BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491552
Length=3448
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G31850.1 | Symbols: PGR3 | proton gradient regulation 3 | ch... 5546 0.0
AT4G31860.1 | Symbols: | Protein phosphatase 2C family protein... 67.6 8e-10
> AT4G31850.1 | Symbols: PGR3 | proton gradient regulation 3 |
chr4:15403020-15406493 FORWARD LENGTH=3474
Length=3474
Score = 5546 bits (3003), Expect = 0.0
Identities = 3322/3472 (96%), Gaps = 38/3472 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTCGCGTTACTCTGCTCTACGAGTCTGTGTGGTGATATTA-CAGTCGGTGATGCTTG 59
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGGTCGCGTTACTCTGCTCTGCGAGTTTGTGTGGTGATA-TATCAGTTGGTGATGCTTG 59
Query 60 TC-TGATTAGTAACAGCAAAGCAAAATGTTGTTGGAGACGCGATAATTTGGTTACTGGAG 118
|| || ||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTTG-TTAGTAACATCAAAGCAAAA---TG-T-----CGCGATAATTTGGTTACTGGAG 109
Query 119 GATTAAAGTTCCACGCTTTGAAGATTGGGTCTCGGAAGAAACACTGGAGAATGAAGAGTA 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 110 GATTAAAGTTCCACGCTTTGAAGATTGGGTCTCGGAAGAAACACTGGAGAAGGAAGAGTA 169
Query 179 TGAGATGTAGTTTAGTATCCATGAAAAGTTCTGACTTTTCGGGTTCTATGATAAGAAAGA 238
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 TGAGATGTAGTGTAGTCTCCATGAAAAGTTCTGACTTTTCGGGTTCTATGATAAGAAAGA 229
Query 239 GCTCAAAACCTGATTTGTCATCGAGT---GAAGTAACGAGGGTTTTAATGTCGTTTCCTG 295
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 230 GCTCAAAACCTGATTTGTCATCGAGTGAAGAAGTAACGAGGGGTTTAAAGTCGTTTCCTG 289
Query 296 ATACTGATTCTTCGTTTTCTTATTTCAAATCAGTGGCTGGGAATTCGAATTTGGTTCACA 355
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 290 ATACTGATTCTTCATTTTCGTATTTCAAATCAGTGGCTGGGAATTTGAATTTAGTTCACA 349
Query 356 CTACTGAGACTTGCAACTACATGCTTGAAGCTTTGAGGGTTGATGGCAAAATTGAGGAAA 415
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 350 CTACTGAGACTTGTAACTACATGCTTGAAGCTTTGAGGGTTGATGGTAAACTTGAGGAAA 409
Query 416 TGCCTTATGTGTTTGATTTGATGCAGAAAAGAATCATAAAGAGGGATACTAATACTTACT 475
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 TGGCTTATGTGTTTGATTTGATGCAGAAAAGAATCATAAAGAGGGATACTAATACTTACT 469
Query 476 TGACTATCTTCAAGAGTCTTTCTGTGAAAGGTGGATTGCGGCAAGCGCCTTTTGCACTTC 535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
Sbjct 470 TGACTATCTTCAAGAGTCTTTCTGTGAAAGGTGGATTGAAGCAAGCACCTTATGCACTTC 529
Query 536 GGAAGATGAGAGAATTTGGTTTTGTGTTGAATGCATATTCATACAATGGATTGATTCATC 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 530 GGAAGATGAGAGAATTTGGTTTTGTGTTGAATGCATATTCATACAATGGGTTGATTCATC 589
Query 596 TTCTGCTTAAGTCTAGGTTTTGCACAGAGGCAATGGAGGTTTATAGAAGAATGATCTTGG 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TTCTGCTTAAGTCTAGGTTTTGCACAGAGGCAATGGAGGTTTATAGAAGAATGATCTTGG 649
Query 656 AAGGTTTTAGGCCTAGTTTGCAGACTTACTCTTCACTTATGGTAGGATTGGGAAAAAGAA 715
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 650 AAGGTTTTAGACCTAGTTTGCAGACTTACTCTTCACTTATGGTAGGTTTGGGGAAAAGAA 709
Query 716 GGGATATTGAATCTGTGATGGGTTTACTTAAAGAGATGGAGACTTTGGGATTAAAGCCGA 775
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 710 GGGATATTGATTCTGTGATGGGTTTACTTAAAGAGATGGAGACTTTGGGGTTAAAGCCGA 769
Query 776 ATGTCTACACGTTTACGATATGTATTCGGGTGCTTGGTAGGGC-GGGTAAGATTAATGAA 834
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 770 ATGTTTACACCTTTACGATATGTATTCGGGTGCTTGGTAGGGCAGGG-AAGATTAATGAA 828
Query 835 GCATATGAAATACTGAAGCGAATGGATGATGAAGGATGTGGACCTGATGTAGTTACTTAC 894
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 GCATATGAAATACTGAAGCGGATGGATGATGAAGGATGTGGACCTGATGTAGTTACTTAC 888
Query 895 ACTGTTCTTATTGATGCTCTGTGTACTGCTAGGAAGCTCGATTGTGCTAAGGAGGTTTTC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 889 ACTGTTCTTATTGATGCTCTGTGTACTGCTAGGAAGCTCGATTGTGCGAAGGAGGTTTTC 948
Query 955 GCAAAGATGAAAACGGGAAGACACAAACCGGATCGTGTAACTTACATTACTTTGCTGGAC 1014
| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GAAAAGATGAAAACAGGAAGACACAAACCAGATCGTGTAACTTACATTACTTTGCTGGAC 1008
Query 1015 AGGTTTAGTGATAACAGAGATCTGGATTCAGTGAAGCAGTTTTGGAGTGAAATGGAGAAG 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 AGGTTTAGTGATAACAGAGATCTGGATTCAGTGAAGCAGTTTTGGAGTGAAATGGAGAAG 1068
Query 1075 GATGGTCATGCACCTGACGTTGTAACCTTTACCATTCTCGTGGATGCTCTGTGCAAAGCT 1134
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 GATGGTCATGTACCTGATGTTGTAACCTTTACCATTCTCGTGGATGCTCTGTGCAAAGCT 1128
Query 1135 GGGAATTTTGGTGAAGCATATGATACATTGGATGTGATGAGGGACCAAGGTATCTTACCG 1194
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 GGGAATTTTGGTGAAGCATTTGATACATTGGATGTGATGAGGGACCAAGGTATCTTACCG 1188
Query 1195 AACCTCCATACATACAACACATTGATTTGCGGTCTTCTAAGAGTTCACAGGTTGGATGAT 1254
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1189 AACCTTCATACATATAACACATTGATTTGCGGTCTTCTAAGAGTCCACCGGTTGGATGAT 1248
Query 1255 GCACTTGAACTTTTTGATAATATGGAGTCTCTGGGCGTGAAGCCCACTGCTTATACGTAC 1314
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1249 GCACTTGAACTGTTTGGTAATATGGAGTCTCTGGGCGTGAAGCCCACTGCCTATACGTAC 1308
Query 1315 ATAGTATTCATTGATTACTATGGAAAGTCTGGAGATTCCGTCAGTGCTCTTGAGACTTTT 1374
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 ATAGTTTTCATTGATTACTATGGAAAGTCTGGAGATTCCGTCAGTGCTCTTGAGACTTTT 1368
Query 1375 GAGAAGATGAAAACCAAAGGAATAGCTCCGAACATTGTAGCCTGTAATGCATCTCTCTAC 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1369 GAGAAGATGAAAACCAAAGGAATAGCTCCGAACATTGTAGCCTGTAATGCGTCTCTCTAC 1428
Query 1435 AGTCTAGCAAAAGCGGGAAGAGACCGAGAAGCAAAACAAATCTTCTATGGCTTGAAAGAC 1494
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 AGTCTAGCTAAAGCGGGAAGGGACCGAGAAGCGAAACAAATCTTCTATGGCTTGAAAGAC 1488
Query 1495 ATAGGGTTGGTCCCTGATTCAGTAACTTATAACATGATGATGAAGTGCTACAGTAAGGTT 1554
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 ATAGGACTGGTCCCTGATTCAGTAACTTATAACATGATGATGAAGTGCTACAGTAAGGTT 1548
Query 1555 GGAGAGATAGATGAAGCCATCAAGCTGCTTTCTGAGATGGTGGAGAACGGTTGTGAACCT 1614
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1549 GGGGAGATAGATGAAGCCATCAAGCTGCTTTCTGAGATGATGGAGAATGGTTGTGAACCT 1608
Query 1615 GACGTTATTGTTGTTAACTCTTTGATCAACACGCTTTACAAAGCTGATAGAGTAGATGAG 1674
|| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GATGTTATTGTTGTTAATTCTTTGATCAATACACTTTACAAAGCTGATAGAGTAGATGAG 1668
Query 1675 GCGTGGAAGATGTTTATGAGAATGAAGGAAATGAAGCTCAAGCCTACAGTTGTGACTTAC 1734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GCGTGGAAGATGTTTATGAGAATGAAGGAAATGAAGCTGAAGCCTACAGTTGTGACTTAC 1728
Query 1735 AACACATTGCTCGCAGGTTTAGGCAAAAACGGAAAAATTCAAGAGGCCATTGAGTTGTTC 1794
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 AACACATTGCTCGCAGGTCTAGGCAAAAATGGAAAAATTCAAGAGGCCATTGAGTTGTTC 1788
Query 1795 GAGGGGATGGTGCAGAAAGGTTGTCCACCTAACACAATAACTTTCAACACTCTCTTTGAT 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 GAGGGGATGGTGCAGAAAGGTTGTCCACCTAACACAATTACTTTCAACACTCTCTTTGAT 1848
Query 1855 TGTCTTTGCAAAAATGACGAGGTGACTCTAGCCTTGAAAATGTTGTTCAAGATGATGGAC 1914
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TGCCTTTGCAAAAATGACGAGGTGACTCTAGCCTTGAAGATGTTGTTCAAGATGATGGAC 1908
Query 1915 ATGGGTTGTGTCCCAGATGTTTTTACTTACAATACAATTATCTTTGGTTTGGTGAAGAAT 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 ATGGGTTGTGTCCCAGATGTTTTTACTTACAATACGATTATCTTTGGTTTGGTGAAGAAT 1968
Query 1975 TGTCAAGTCAAAGAGGCAATGTGTTTCTTTCACCAGATGAAGAAACTGGTGTACCCTGAT 2034
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1969 GGTCAAGTCAAAGAGGCAATGTGTTTCTTCCACCAGATGAAGAAACTGGTTTACCCTGAT 2028
Query 2035 TTTGTTACCCTCTGCACTCTTCTCCCAGGTGTTGTCAAGGCTGGTTTAATCGAAGATGCT 2094
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2029 TTTGTTACACTCTGCACTCTTCTCCCAGGTGTTGTCAAGGCCAGTTTAATCGAAGATGCT 2088
Query 2095 TACAAAATCATCGCCAACTTTCTTTACAACTGTGCAGACCAACCGGCCAATCTTTTCTGG 2154
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2089 TACAAAATCATCACCAACTTTCTTTACAATTGTGCAGACCAACCGGCTAATCTTTTCTGG 2148
Query 2155 GAAGACTTGATGGGCTCTATCTTGGCTGAAGCTGGAATAGACAACGCTGTTTCATTTTCT 2214
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2149 GAAGACTTGATAGGCTCTATCTTGGCTGAAGCTGGAATAGACAATGCCGTTTCATTTTCT 2208
Query 2215 GAGAGATTGGTAGCTAATGGGATTTGTCGAGATGGTGACTCAATCCTGGTGCCAATAATC 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2209 GAGAGATTGGTAGCTAATGGGATTTGTCGAGATGGTGACTCTATCCTGGTGCCAATAATC 2268
Query 2275 AGATATTCTTTTAAACATAATAACGCCTCAGGTGCTCGAA-TGTTATTCGAGAAATTCAC 2333
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2269 AGATATTCTTGTAAACATAATAACGTCTCAGGTGCTCGAACT-TTATTCGAGAAATTCAC 2327
Query 2334 AAAAGATCTTGGTGTCCAACCCAAACTTCCGACCTATAATCTGCTAATCAGCGGGCTTCT 2393
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2328 AAAAGATCTTGGTGTCCAACCCAAACTCCCGACTTATAATCTGCTAATCGGCGGGCTTCT 2387
Query 2394 TGAAGGTAATATGATTGAAATAGCACAGGACGTGTTCCTACAGGTGAAGAGCACTGGTTG 2453
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TGAAGCTGATATGATTGAAATAGCACAGGACGTGTTCCTACAGGTGAAGAGCACTGGTTG 2447
Query 2454 CATCCCAGATGTGGCTACCTACAACTTCTTGCTTGATGCTTATGGAAAATCAGGAAAAAT 2513
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 CATCCCAGATGTGGCGACCTACAACTTCTTGCTTGATGCTTATGGAAAATCAGGAAAAAT 2507
Query 2514 CGACGAACTGTTTGAGCTATACAAAGAGATGTCTGCCCATGAGTGCGAACCAAACACAAT 2573
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2508 CGACGAACTGTTTGAGCTATACAAAGAAATGTCTACCCATGAGTGCGAAGCAAACACAAT 2567
Query 2574 AACTCATAACATTGTCATCTCGGGGCTTGTGAAGGCAGGAAATGTGGATGATGCTCTTGA 2633
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2568 TACTCACAACATTGTCATCTCCGGGCTTGTGAAGGCAGGAAATGTGGACGATGCTCTTGA 2627
Query 2634 TTTATACTATGACCTTATGAGTGATCGGGACTTCTCCCCAACTGCCTGCACGTATGGTCC 2693
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 TTTATACTACGACCTTATGAGTGATCGGGACTTCTCCCCAACTGCCTGCACGTATGGTCC 2687
Query 2694 CCTTATCGATGGCCTCTCTAAGTCAGGAAGATTATATGAAGCAAAACAACTCTTTGAAGG 2753
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 CCTTATCGATGGCCTCTCTAAGTCAGGAAGACTATATGAAGCAAAACAACTCTTTGAAGG 2747
Query 2754 AATGTTGGACTACGGTTGCAGGCCAAACTGTGCTATCTACAACATTCTCATTAACGGGTT 2813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2748 AATGTTGGACTACGGTTGCAGGCCAAACTGTGCTATCTACAACATTCTCATTAACGGGTT 2807
Query 2814 TGGAAAAGCGGGTGAGGCTGATGCAGCGTGTGCGTTGTTCAAAAGGATGGTAAAAGAAGG 2873
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2808 TGGAAAAGCAGGTGAGGCTGATGCAGCGTGTGCATTGTTCAAAAGGATGGTAAAAGAAGG 2867
Query 2874 AGTAAGACCGGATCTCAAGACTTACTCGGTTCTAGTAGATTGCCTTTGTATGGTCGGAAG 2933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 AGTAAGACCGGATCTCAAGACTTACTCGGTTCTAGTAGATTGCCTTTGTATGGTCGGAAG 2927
Query 2934 AGTGGATGAAGGCTTGCATTACTTCAGGGAGCTGAAGGAATCAGGCCTCAATCCCGATGT 2993
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2928 AGTTGATGAAGGCTTGCATTACTTCAAGGAGCTGAAGGAATCAGGCCTCAATCCCGATGT 2987
Query 2994 AGTATGTTACAATCTCATTATTAACGGACTCGGGAAATCTCATAGACTTGAAGAAGCTCT 3053
|||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2988 AGTATGTTACAATCTCATAATCAATGGACTTGGGAAATCTCATAGACTTGAAGAAGCTCT 3047
Query 3054 TGTGCTTTTCAACGAGATGAAGAACAGCAGAGGAATCACCCCTGATCTCTACACTTACAA 3113
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3048 TGTGCTTTTCAACGAGATGAAGACCAGCAGAGGAATCACCCCTGATCTCTACACTTACAA 3107
Query 3114 CTCCTTGATTTTAAATCT-GGGTATCGCCGGAATGGTGGAAGAAGCTGGGAAAATTTACA 3172
|||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3108 CTCCTTGATTCTAAA-CTTGGGTATCGCCGGGATGGTGGAAGAAGCTGGGAAGATTTACA 3166
Query 3173 ATGAGATACAAAGAGCAGGTCTTGAACCGAATGTTTTTACATTTAACGCTCTGATCCGCG 3232
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 ATGAGATTCAAAGAGCAGGTCTTGAACCGAATGTTTTTACATTTAACGCTCTGATCCGCG 3226
Query 3233 GATACAGTTTGTCTGGAAAACCTGAGCACGCTTACGCTGTGTATCAGACAATGGTGACCG 3292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3227 GATACAGTTTGTCTGGAAAACCTGAGCACGCTTACGCTGTGTACCAGACAATGGTGACCG 3286
Query 3293 GTGGTTTTAGCCCCAACACAGGAACATACGAACAGCTCCCCAATAGAGCTTGACATTTTA 3352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3287 GTGGTTTTAGCCCCAACACAGGAACATACGAACAGCTCCCCAATAGAGCTTGACATTTTA 3346
Query 3353 CACAGCTAATACAC--AG---T--A------G--A-GCTTTATGTCCATGTGAAGTGTAC 3396
| ||||||||||| || | | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3347 CGCAGCTAATACAAGTAGAGCTCTACACTAAGTGAAGCTTTATGTCCATGTGAAGTGTAC 3406
Query 3397 AAAACATAACGTTGTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGACGAT 3448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3407 AAAACATAACGTTGTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGATGAT 3458
> AT4G31860.1 | Symbols: | Protein phosphatase 2C family protein
| chr4:15406439-15409000 REVERSE LENGTH=1540
Length=1540
Score = 67.6 bits (36), Expect = 8e-10
Identities = 38/39 (97%), Gaps = 0/39 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 3410 GTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGACGAT 3448
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1540 GTGTAAATGTCTTATTGTTTTGTTTATTTACATGATGAT 1502
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171621112003
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5