BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491627
Length=5805
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G31160.1 | Symbols: DCAF1 | DDB1-CUL4 associated factor 1 | ... 4922 0.0
AT4G31180.1 | Symbols: | Class II aminoacyl-tRNA and biotin sy... 217 1e-54
> AT4G31160.1 | Symbols: DCAF1 | DDB1-CUL4 associated factor 1
| chr4:15145853-15153075 FORWARD LENGTH=5871
Length=5871
Score = 4922 bits (2665), Expect = 0.0
Identities = 2995/3150 (95%), Gaps = 39/3150 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTTCTAtttt-tttttCCGCGATCCCAACGTCTGAATTGATCGTCGTTTCTGGGTTTT 59
||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 AATTTCT-TTTTCTTTTTCCGTGATCCCAACGTTTGAATTGATCGCCGTTTCTGGGTTTT 59
Query 60 TCTTTGAAAAGAGAGGTA-TC-T-ATGGACGGGCAAGAGCATGCCGAGGTCCCTAA-TCA 115
||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 60 TCTTTTAAAAGAGAGGTATTCATCATGGACGGGCAAGAGCATGCCGAGGTCCCTAATTC- 118
Query 116 GATGGTTGAGGATGAACAATCGGTTGTTGCGGCGGAGGCAATTACAGAGTTGGCGAATTC 175
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 119 GATGGTTGAGGATGACCAATCAGTTGTTGCGGCGGAGGCGATTGCAGAGTTGGCGAATTC 178
Query 176 AAATAACGAAGCTAATCCTGAAGAAGGAGGACAACAGGAAGGAGAAGAACAGAGTGTGGA 235
|| |||| |||||||| | | | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 179 AACCGGCGAACCTAATCCT----------G---A-A-GAAGGAGAAGAACAGAGTGTTGA 223
Query 236 GGACGAGCTTATAGCGAAGGCGCAGAAGCTTATGGATGATATTACTTCCGTTGCTAATAA 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 224 AGACGAGCTTATAGCGAAGGCGCAGAAGCTTATGGAAGATATTACTTCCGTTGCCAATAA 283
Query 296 CCCTAATCCTAATTTCCTTCACGCTCTTAGTCATCTTCTCGAATCTCAGGAGTCTCTGTT 355
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CCCTAATCCTAATATCCTTCACGCTCTTAGTCAGCTTCTCGAATCTCAGGAGTCTCTGTT 343
Query 356 CTTAGAGGAGAATGGGCATTTCTCCAATGCTCGCGGTAGTCATAACAGTGGCAAGCTGTG 415
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 CTTAGAGGAGAATGGGCATTTCTCCAATGCTCGTGGTAGTCATAACAGTGGCAAGCTGTG 403
Query 416 TACTCTCATCCGAGAAAATGATGAGTTTTTTGAATTGATATCGTCAACTTTTCTATCTGA 475
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 404 TATTCTCATCCGAGAAAACGATGAGTTTTTTGAATTGATATCGTCGACTTTTCTATCTGA 463
Query 476 GAATTCTTACTCAACCGCCGTAAAGGCAGCCTCTGCAAGATTGCTAATGAACTGTTCGCT 535
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 464 GAATTCTTACTCAACCGCAGTAAAGGCAGCCTCTGCAAGGTTGCTAATGAACTGTTCGCT 523
Query 536 TACTTGGATGTATCCTCATGTTTTCGACGATGCTGTTACGGAAAACTTTAAAAATTGGGT 595
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 TACGTGGATGTATCCTCATGTTTTCGACGATGCTGTAACGGAAAACTTTAAAAATTGGGT 583
Query 596 TATGGAAGAAGCAGTCAAGTTTCCTGGTGAAGACTCTGGCAGGAAGGAAGCCTCAGATTC 655
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 584 TATGGAAGAGGCAGTCAAGTTTCCTGGTGAAGACTCTGCCAAGAAGGAAGCCTCAGATTT 643
Query 656 TGAAATGTTAAAGACTTATTCTACAGGACTTCTTGCTCTCTCTCTCGCCAGTCGTGGGCA 715
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 644 TGAAATGTTAAAAACTTATTCTACAGGACTTCTTGCTCTCTCTCTGGCGAGTCGTGGGCA 703
Query 716 AATAGTTGAAGACGTTTTGACATCAGGACTATCTGCTAAGCTTATGCATTATCTTCGAGT 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 AATAGTTGAAGACGTTTTGACATCAGGACTATCTGCTAAGCTTATGCATTATCTTCGAGT 763
Query 776 ACGAGTTATTGGAGAGCCAAGCACAAGCCGTAGAGATGCCCTTCACACAACTGAGACTAA 835
||||||| || ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 764 ACGAGTTCTTAAAGAGCCAAGCACAAGCCGT----A-----TACACACAACTGAGACTAA 814
Query 836 GCATGTGTCCTTAAAAACAAAAGAAGAAGGTCGGAGTAGGGTGCGTAAGGTTGTGGATAC 895
||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 815 GCACGTCTCCTTAAAAACCAAAGAAGAAGGTCGAAGTAGGGTGCGTAAGATTGTGGATAC 874
Query 896 AGTTGAAGGTGACCATGTTTTTGAGATGGACTCTGGCAGAGAGATGGGACAAACTGATGT 955
||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 875 AGTTGAAGGTGACCATGTTCTTGAGACGGACTCCGGAAGAGAGATGGGACAAACTGATGT 934
Query 956 ACAGTCTGATGGTGAATTCGAAATCGATGGCAGAGAAATATTTAATGTTTCAGGTGTTGT 1015
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 ACAGCCTGATGGCGAATTCGAAATCGATGGCAGAGATGTATTTAATGTTTCAGGTGTTGT 994
Query 1016 TGATTGTAAAATTAAACCTGGAGATGACAATAGTGGAAGAGATGACCCTTCAAGACACAG 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 TGATTGTAAAATTAAACCTGGAGATGACAATAGTGTTAGAGATGACCCTTCAAGACACAG 1054
Query 1076 ACTGAACCGATCAAAATCGAGGGGGAGAGGAAGGGTTAACGAAGGTGCAACTGATACAGA 1135
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1055 ACTGAACCGATCAAAATCAAGGGGGAGAGGAAGGGTTCACGAAGGTGCACCTGATACAGA 1114
Query 1136 AGTTCTCTTGGCATCTCCTAGATCAGGTCGTCTAGTTGTCAGAGATAAGGATCTATCAAA 1195
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1115 AGTTCTCTTGGCATCTCCTAGATTAGGTCGTCTACTTGTCAGAGATAGGGATCTATCAAA 1174
Query 1196 ATTTTCAGATGGCAGAAATGCAGAAGATGTGACCATATGTCTGGGGAAAATGAAGTCTGG 1255
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1175 AATTTCAGATGGCAGAAATGCAGAAGACGTGACCGTATGTCTTGGGAAAATGAAGTCTGG 1234
Query 1256 TATTATGGAGATAGAAAGAGAGGATGACGATGAATGCTTTCAAGGTTGCATAATAGGAAC 1315
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235 TATTATGGAGATAGAAAGAGAGGATAACGATGAGTGCTTTCAAGGTTGCATAATAGGAAC 1294
Query 1316 GAAAAACATAATTGATCTAGTAAAGAGAGCCGTTGGAGCTGCAGAAACGGAAGCTAGAGC 1375
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1295 TAAAAACATAACTGATCTAGTAAAGAGAGCCGTTGGAGCTGCTGAAACCGAAGCTAGAGC 1354
Query 1376 TGCCCATGCTCCTGATGACGCAGCTAAAGCAGCTGGCGATGCTGCAGCAGAGCTTGTTAA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1355 TGCCCATGCTCCTGATGACGCAGCTAAAGCAGCTGGCGATGCTGCTGCAGAGCTTGTTAA 1414
Query 1436 AACTGCTGCTTTGGAGGAATTCAAGTCTTCTGGCAGTGAAGAAGCTGCTGTGTCGGCTGC 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1415 AACTGCTGCTTTGGAGGAATTCAAGTCTTCTGGCAGTGAAGAAGCTGCTGTGTCTGCTGC 1474
Query 1496 TACTCGAGCAGCTATTACAGTCATAGATGCTGCAGAGGTTTCAAGAAATCCTACTTGTGT 1555
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 TACTCGAGCAGCTATTACAGTCATAGATGCCGCAGAGGTTTCAAGAAATCCTACTTGTGT 1534
Query 1556 CACATCTGATCAGACAACAGATGTTAGTGAAGTTTCACTTCCAGATATCGAATCTTTGGC 1615
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1535 CACATCTGATCAGACAACGGATGTTAGTGAAGTTTCCCTTCCAGATATCGAATCATTGGC 1594
Query 1616 TCAGTTACAAGAAAAATATTGCATCCAGTGCCTTGAGATACTGGGAGAATATGTCGAGGT 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1595 TCAGTTACAAGAAAAATATTGCATCCAGTGCCTTGAGATACTGGGAGAATATGTTGAGGT 1654
Query 1676 TCTCGGGCCTGTACTCCATGAAAAAGGTGTTGATGTATGCATTATGCTACTGGAACGTAC 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1655 TCTCGGGCCTGTACTCCATGAAAAAGGTGTTGATGTATGCATTGTGCTGCTGGAACGTAC 1714
Query 1736 ATCCCAGTTTGATGATAGTTCTACAGTGTCTCCTTTGTTACCTGATGTCATGAAGTTAAT 1795
||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 ATCCCAGTTAGATGATCGTTCGACAGTGTCTCCTTTGTTACCTGATGTCATGAAGTTAAT 1774
Query 1796 TTGCGCTTTGGCTGCGCACCGGAAGTTTGCTGCGATGTTTGTTGACCGGGGTGGCATACA 1855
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1775 TTGCGCTTTGGCTGCGCACCGGAAGTTTGCAGCAATGTTTGTTGAACGGCGTGGCATACT 1834
Query 1856 AAAATTACTTGCTGTTCCAAGGGTTTCTGAGACGTTTTATGGTCTCTCATCTTGCTTATA 1915
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 AAAATTACTTGCTGTTCCAAGGGTCTCTGAGACTTTTTATGGTCTCTCATCTTGCTTATA 1894
Query 1916 CACCATTGGCTCTCTTCAGGGTATAATGGAGCGTGTCTGTGCACTTCCATCGGATCTCAT 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||
Sbjct 1895 CACCATTGGCTCTCTTCAGGGTATAATGGAGCGTGTCTGTGCACTTCCATTGGTTGTCAT 1954
Query 1976 ACATCAAGTTGTTAAATTAGCTATCGAACTTCTCGACTGTTCCCAGGATCAAGCCAGAAA 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 ACATCAAGTTGTTAAATTAGCTATCGAACTTCTCGACTGTTCCCAGGATCAAGCCAGAAA 2014
Query 2036 AAATTCAGCTTTATTCTTTGCTGCTGCTTTTGTCTTCAGAGCCATTTTAGATGCATTTGA 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 AAATTCAGCTTTATTCTTTGCTGCTGCTTTTGTCTTCAGAGCCATTTTAGATGCATTTGA 2074
Query 2096 TGCTCATGATAGTTTGCAGAAACTCCTTGCAATTCTTAAAGATGCAGCCTCAGTTAGAAC 2155
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 TGCTCAGGATAGTTTGCAGAAACTCCTTGCAATTCTTAAAGATGCAGCCTCAGTTAGAAC 2134
Query 2156 TGGTGCTAATTCTGACCGATCAGCTCCTGAAGTCATGACGTCCTCAGAGAAACAGATGGC 2215
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2135 TGGTGCTAATACTGACCGATCAGCTCCTGAAGTCATGACGTCCTCAGAGAAGCAGATGGC 2194
Query 2216 TTTCCACACGTGTTTTGCTTTGCGCCAGTATTTTAGAGCTCATCTTCTTTTGCTTGTTGA 2275
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2195 TTTTCACACCTGTTTTGCTTTACGCCAGTATTTTAGAGCTCATCTCCTTTTGCTTGTTGA 2254
Query 2276 TTCAATCCGTCCTAGCAGAAGTAGCCGAGGTGGTGTGCGA-----AATGTT-CCTAATAT 2329
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 2255 TTCAATCCGTCCTAGCAGAATTAGCCGGGGTGGTGTGCCATCTTCAATGAAGCCTAATAT 2314
Query 2330 AAGGGCAGCCTATAAGCCCCTTGACATCAGCAATGAAGCTGTTGATGCCATCTTCCATCA 2389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2315 AAGGGCAGCCTATAAGCCCCTTGACATCAGCAATGAAGCTGTTGATGCCATCTTCCTTCA 2374
Query 2390 GTTACAGAAGGACAGGAAGTTGGGTCCGACCTTTGTGAGAA-CTCAGTGGCCTGCTGTCA 2448
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2375 GTTACAGAAGGATAGGAGGTTGGGTCCGACCTTTGTGA-AAGCTCAGTGGCCTGCTGTCA 2433
Query 2449 ATAACTTTTTGGCCTCCTCTGGACATGTTACCATGTTGGAACTTTGTCAGACTCCACCAG 2508
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2434 ATAATTTTTTGGCCTCCTCTGGACATGTTACCATGTTGGAACTTTGTCAGACTCCACCAG 2493
Query 2509 TAGACCGTTATCTGCATGATCTACTTCAGTATGCTTTTGGGGTTCTTCACATAGTTACAT 2568
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 TAGATCGTTATCTGCATGATCTTCTTCAGTATGCTTTTGGGGTTCTTCACATAGTTACAT 2553
Query 2569 CAATACCTGATGGCCGCAAAGCAATTGCGCATGCCACACTCAGCAACAATCGTGCTGGCA 2628
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2554 CAATACCTGATGGCCGCAAAGCAATTGCACATGCCACACTCAGCAACAATCGTGCTGGCA 2613
Query 2629 TTGCTGTCATTCTGGATGCAGCAAATATTTCCAACAGCATAGTAGACCCTGAGATCATTC 2688
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2614 TTGCTGTCATTCTGGATGCAGCAAATATTTCCAACAGCATAGTAGACCCTGAGATCATCC 2673
Query 2689 AGCCTGCACTAAATGTCCTAATCAATCTGGTGTGCCCACCACCATCATTAAGCAATAAGC 2748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2674 AGCCTGCACTAAATGTCCTAATCAATCTGGTGTGCCCACCACCATCATTAAGCAATAAGC 2733
Query 2749 CGCCCCTTGCACAAAATCATCAACCTGTTCCCGGCCAAGCCACTACCCGTCCCTCTACTG 2808
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2734 CGCCCCTTGCACAAAATCATCAACCTGTTCCTGGCCAAGCCACTACCCGTCCCTCTACTG 2793
Query 2809 ATGTTGCTGTAGGTACTCAGTCCACTGGTAATGCTCCGCAAACTCCTGTTGCACCAGCAT 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794 ATGTTGCTGTAGGTACTCAGTCCACTGGTAATGCTCCGCAAACTCCTGTTGCACCAGCAT 2853
Query 2869 CTTCAGGTTTGGTTGGGGATCGGAGAATTTTCTTAGGAGCAGGAACTGGTTCTGCTGGCC 2928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2854 CTTCAGGTTTGGTTGGGGATCGGAGAATTTTCTTAGGAGCAGGAACTGGTTCTGCTGGCC 2913
Query 2929 TTGCTGCTAAGTTGGAGCAGGTTTATCGTCAAGCCCGTGAAGCTGTTCGTGGGAATGATG 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2914 TTGCTGCTAAGTTGGAGCAGGTTTATCGTCAAGCCCGTGAAGCTGTTCGTGGGAATGATG 2973
Query 2989 GTATAAAAATTCTTTTAAAACTTCTTCAGCCCAGAATATATGTGAATCCCCCTGCTACCC 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2974 GTATAAAAATTCTTTTAAAACTTCTTCAGCCCAGAATATATGTAAATCCTCCTGCTACCC 3033
Query 3049 CAGATTGTCTACGAGCGCTGGCTTGCAGGGTACTTCTTGGTCTGGCTAGAGATGATACAA 3108
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034 CAGATTGTCTACGAGCGCTAGCTTGCAGGGTACTTCTTGGTCTGGCTAGAGATGATACAA 3093
Query 3109 TTGCACAAATACTGACTAAACTTGAGATTG 3138
|||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3094 TTGCACAAATACTGACTAAACTTGAGGTTG 3123
Score = 2730 bits (1478), Expect = 0.0
Identities = 1705/1810 (94%), Gaps = 34/1810 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4013 GCGTAGGAATTCAACCATTGCGGAAAGCTCAGGTTTGCAAACACCAGCTTCAGCTTTAGA 4072
||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 GCGAAGGAATTCAACCTTTGCGGATGGCTCAGGTTTGCAAACACCAGCTTCAGCTTTAGA 4120
Query 4073 TGCCAACCAATCTGGGAGTTCCAGACTGGGCCAGATGACACCTGCTTCTCAGCTAAGGCT 4132
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4121 TGCCAACCAATCTGGGAGTTCCAGACTGGGCCAAATGACACCTGCTTCTCAGCTACGGCT 4180
Query 4133 TCCAAGTGATCCCCAGCCTTCAAATCCAGAACGGTTATCACTAGACTCCCTTGTGGTTCA 4192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4181 TCCAAGTGATCCCCAGCCTTCAAATCCAGAACGGTTATCACTAGACTCCCTTGTGGTTCA 4240
Query 4193 GTATTTGAAGCACCAACACAGGCAGTGCCTGGCTCCAATCACAACTCTTCCCCCTGTGTC 4252
|||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4241 GTATCTAAAGCACCAACACAGGCAGTGTCTGGCTCCAATCACAACTCTTCCCCCTGTGTC 4300
Query 4253 TCTCCTACATCCGCATGTCTGTCCTGAACCTAAACGGTTACTTGAAGCTCCACTAAACAT 4312
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4301 TCTCCTACATCCACATGTCTGTCCTGAACCTAAACGGTTACTTGAAGCTCCACTAAACAT 4360
Query 4313 CACTGGCCGTCTTGGGACCCGTGAGCTTCAAAGTTTCTACAGTGGAGTCCATGGGAATCG 4372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4361 GACTGGCCGTCTTGGGACCCGTGAGCTTCAAAGTTTCTACAGTGGAGTCCATGGGAATCG 4420
Query 4373 CAGGGATCGTCAATTTGTTTTCAGCAGATTCAAATCTTGGAGATCTTTCCGGGATGAGAC 4432
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4421 CAGGGATCGTCAGTTTGTTTTCAGCAGATTCAAATCTTGGAGATCTTTCCGGGATGAGAC 4480
Query 4433 TGCTCTCTTTACATGCATTGCACTTCTTGGTGGTACTAATCATTTAGCAGTCGGTAGTCA 4492
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4481 TGCTCTCTTTACATGCATTGCACTTCTTGGCGGTACTAATCATATAGCAGTCGGTAGTCA 4540
Query 4493 TGCTGGAGAAATCAAGATATTTGAAGCTAGCAGCGGTACCTTGCTTGAGAGTTTCTCAGG 4552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 4541 TGCTGGAGAAATCAAGATATTTGAAGCTAGCAGCGGTAGCATGCTTGAGAGTGTCTCAGG 4600
Query 4553 TCACCAGGCTCCGGTTACGCTTGTTCAGCCGTATGTCTCTGGGGATACTCAGTTGTTACT 4612
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 4601 TCACCAGGCTCCGGTTACACTTGTTCAGCCGTATGTCTCTCGTGATACTCAGTTGTTACT 4660
Query 4613 TTCTTCGAGCTCCAGTGATGTACAGTTGTGGGACGCGTCTTCTATAACTGGTGGGCCTAG 4672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4661 TTCTTCGAGCTCCAGTGATGTACAGTTGTGGGACGCGTCTTCTATAACTGGTGGGCCTAG 4720
Query 4673 ACACTCCTTTGATGGATGCAAGGCTGCAAAATTCAGCAACTCTGGGCTACAATTTGCAGC 4732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4721 ACACTCCTTTGATGGATGCAAGGCTGCAAAATTCAGCAACTCTGGGCTACAATTTGCAGC 4780
Query 4733 ACTTTCTTGTGAAGCAT-TGACAAAAGATGTTCTTCTATATGATGTACAGACCTGCAGTC 4791
|||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 4781 GCTTTCTTGTGAAGCATCT-AGAAAAGATGTTCTTCTATATGACGTACAGACCTGCAGCC 4839
Query 4792 CTTGCGATAAACTCACTGACACAGTCACATCTTCTCGAAGTAATCCCTATTCTCTTGTAC 4851
||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4840 CTTGCCAAAAACTCACTGACACAGTCACATCCTCTCGAAGTAATCCCTATTCTCTTGTGC 4899
Query 4852 ACTTCAGCCCTTGTGATACACTGATTTTGTGGAATGGTGTTCTCTGGGACCGCCGTATCC 4911
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4900 ACTTCAGCCCTTGCGATACACTGATTTTGTGGAATGGTGTTCTCTGGGACCGCCGTATCC 4959
Query 4912 CCGAGTCTGTCAGTCGGTTTGATCAATTTACTGATTATGGCGGCGGTGGTTTTCATCCTT 4971
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 4960 CCGAGAAGGTCAGACGGTTTGATCAATTTACTGATTATGGCGGAGGTGGGTTTCATCCTT 5019
Query 4972 CTAGGAACGAGGTGATCATAAACTCAGAGGTCTGGGACATGAGGAATTTCAAGCTTCTTC 5031
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 5020 CTAGGAACGAGGTGATCATAAACTCAGAGATCTGGGACATGAGGACTTTCAAACTTCTTC 5079
Query 5032 GAAGTGTACCATCACTGGACCAGACAGCTATTACGTTCAACTCCAGGGGAGATGTTATAT 5091
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5080 GGAGTGTACCATCACTGGACCAGACAGCTATTACGTTCAACTCTAGGGGAGATGTTATAT 5139
Query 5092 ACGCAATGCTGAGGAGAAACATCGAAGACGTTATGTCTGCAGTTCACACACGCCGTGTGA 5151
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 5140 ACGCAATGCTGAGGAGAAACATCGAGGACGTTATGTCAGCGGTTCACACACGCCGTGTGA 5199
Query 5152 AACATCCCTTGTTTGCTGCTTTCCGCACTCTTGATGCGATCAACTACTCAGACATTGCCA 5211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5200 AACATCCCTTGTTTGCTGCTTTCCGCACTCTTGATGCGATCAACTACTCAGACATTGCCA 5259
Query 5212 CTATACCTGTGGACCGATGTCTTCTTGACTTTGCCACAGAACCAACAGATTCGTTCCTTG 5271
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5260 CTATACCTGTAGACCGGTGTCTTCTTGACTTTGCCACAGAACCAACAGATTCGTTCCTTG 5319
Query 5272 GACTGATCACAATGGAAGACCAAGAAGATATGTTTTCCTCGGCCAGGATGTATGAGATTG 5331
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5320 GGCTGATCACAATGGAAGACCAAGAAGATATGTTTTCCTCGGCCAGGATGTATGAGATTG 5379
Query 5332 GTAGACGGAGGCCAACagatgatgactcggatcccgatgatgatgatgagacggacgatg 5391
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5380 GTAGAAGGAGACCAACAGATGATGACTCGGATCCCGATGATGATGATGAGACGGAAGATG 5439
Query 5392 aagatgaagatgatgaagacgaggaagatgacCTGGACCGAATTCTGGGACTAGGTGTAG 5451
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 5440 AAGATGAAGATGATGAAGA--AG-AAGATGACCTGGACCGAATTCTGGGACTAGCTGGAG 5496
Query 5452 ACGATAGCGATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGACGACAATGAAGATAGTGTGAGCG 5511
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5497 ACAATAGCGATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGAGGACAATGAAGATAGTGTGAGCG 5556
Query 5512 ATTTTGATGAAGGAGGAGAGATTCTTCTTGACGGTCTTGACGGTGGCTTTATGG-GGA-- 5568
|||||||||||| || ||| ||||| | | | | ||||||| |||||||| |||
Sbjct 5557 ATTTTGATGAAGAAGCAGATATTCT-C---A---T-T-GACGGTGACTTTATGGAGGAGC 5607
Query 5569 TTATAGAAggtgaggatgaagacgatgataatggtg-gtgatggtgaggatgatgatgat 5627
||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 5608 TTATAGAAGGTGAAAATGAAGACGATGGTAATGGTGAG-GATG---AGGATGATGATGAC 5663
Query 5628 gacggtgagatgCAGGATTTCATGAGCAGTGGCGAAGAAGATGATTATAGAGACAATATT 5687
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5664 GACGGTGAGATGCAGGATTTCATGAGCAGTGGGGAAGAGGATGATTATAGAGACAACATT 5723
Query 5688 CGTTCTTCCTAAGGTTTTTT-------ATA--TCTTGTTTACTTTTGAG-T-TCTACAGA 5736
||||||||||||| |||||| ||| | || ||||||| || | | ||||||||
Sbjct 5724 CGTTCTTCCTAAGTTTTTTTTTGTTTTATAAATTTTATTTACTTCTGGGCTCTCTACAGA 5783
Query 5737 TCTCTAAGATGGATTTTTACTATCCAAAGTTTTGATGATAAGTTCTTGTATTATTTTTTC 5796
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5784 TCACTAAGATGGATTTTTACTATCCAAAATTTTGATGATAAGTTCTTGTATTATTTTTTC 5843
Query 5797 TTTGTT-AAG 5805
|||||| |||
Sbjct 5844 TTTGTTCAAG 5853
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 797/839 (95%), Gaps = 8/839 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3134 GATTGTGACAAATTCAGGGCATGCGACTACACTGACAGCCAGCGATGCTGCTACTCCAAC 3193
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3230 GATTGTGACAAATTCAGGGCATGCAACTACACTAACAGCCAGTGATGCTGCTACTCCAAC 3289
Query 3194 ACTGAGGCGCATTGAAAGAGCTGCCATTGCAGCAGCAACGCCTATAACTTATGATTCTAA 3253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 ACTGAGGCGCATTGAAAGAGCTGCCATTGCAGCAGCAACGCCTATAACTTATGATTCTAA 3349
Query 3254 GGAGCTTTTGCTGCTTATCCATGAGCACCTCCAGGCATCAGGTCTTGGTGAAACTGCTTC 3313
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3350 GGAGCTTTTACTGCTTATCCATGAGCATCTCCAGGCATCAGGTCTTGGTGATACAGCTTC 3409
Query 3314 AGCACTGTTAAAAGAAGCTCAATTAACTCCTCTACCTTCATTGGCTTCCCCTTCTTCTAT 3373
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3410 AGCACTGTTAAAAGAGGCTCAATTAACTCCTCTACCTTCATCGGCTTCCCCTTCTTCTAT 3469
Query 3374 TGCATATTCCTCTACACAGGAGATGTCTACGCCGCTAGCTCAAGAACAATGGCCCTCTGG 3433
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3470 TGCATATTCCACTACACAGGAGATGTCTACGCCGCTAGCTCAGGAACAATGGCCCTCTGG 3529
Query 3434 CCGTGCTAACAGTGGATTTTTCACCAGCAAACCCAAAGTCTGTGCACATGACGAAGATCC 3493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3530 CCGTGCTAACAGTGGATTTTTCACCAGCAAACCCAAGGTCTGTGCACATGACGAAGATCC 3589
Query 3494 TAATTCTAGATGTAATGCGGCTATATCTGCCAAAAAGAAGCATTTGGCTTCCTCGACACT 3553
|||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 AAATTCTAGATCTAATGCAGCTCTATCTGCCAAGAAGAAGCATTTGGCTTCCTCGACACT 3649
Query 3554 GGAGATACCCACACCAGTAGCACAGCAACAGTGGCCATCAGGCCGTGCTAACAGTGGTTT 3613
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3650 GGAGATGCCCACACCAGTAGCACAGCAACAATGGCCATCAGGCCGTGCTAACTGTGGTTT 3709
Query 3614 TT-TCCCCAGCATACCCAGAATCAATGCACTTGATGAAGATCCTAGTTCGAGAGGTAACG 3672
|| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3710 TTGT-CCCAGCATACCCAAAATCAATGCACGTGATGAAGATCCTAGTTCGAGAGGTAACG 3768
Query 3673 CAGCTCCATCTGCAAAGAAGAAGCAGTTGACTTTCTCACCCAGTTTTAGTTTGCAGTCAC 3732
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3769 CAGCTCCATCTGCAAAGAAGAAACAGTTGACTTTCTCACCCAGTTTTAGTTCGCAGTCAA 3828
Query 3733 GAAAGCAATCTCTCTCCCATGACGCTCAACCTCAGTCTACACAGAGAATAAATAGTAGTT 3792
|||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3829 GAAAACAATCTTTCTCCCATGACGCTCTACCTCAGTCTACACAGAGAATAAATTGTTGTT 3888
Query 3793 CGAATTCAGATCCTGCTTGGGCAGATACATCAGAAACTGCTGCAGAATTAGTTTTGAAGA 3852
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3889 CGAATTCAGATCCTGCTTTGGCAGATACATCAGAAACTGCTGCAGAATTAGTTTTGAAGA 3948
Query 3853 ACGACCTTGATGCCGATGCTCAATTTAAGACCCCGATTTCCTTTCCAAGAAAACGGAAAT 3912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3949 ACGACCTTGATGCCGATGCTCAATTTAAGACCCCGATTTCCTTTCCAAGAAAACGGAAGT 4008
Query 3913 TGTCTGAGCTTAGAGACCCAGAGTTGTCAGTTCCGGGTAAAAGAATCAATTTGGGTGAG 3971
||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4009 TGTCTGAGCTTAGAGACTC-G--T---CAGTTCCGGGTAAAAGAATCGATTTGGGTGAG 4061
> AT4G31180.1 | Symbols: | Class II aminoacyl-tRNA and biotin
synthetases superfamily protein | chr4:15155879-15159589 FORWARD
LENGTH=2126
Length=2126
Score = 217 bits (117), Expect = 1e-54
Identities = 145/158 (92%), Gaps = 3/158 (2%)
Strand=Plus/Minus
Query 5344 CAACagatgatgactcggatcccgatgatgatgatgagacggacgatgaagatgaagatg 5403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 180 CAACAGATGATGACTCGGATCCCGATGATGATGATGAGACGGAAGATGAAGATGAAGATG 121
Query 5404 atgaagacga-g--gaagatgacCTGGACCGAATTCTGGGACTAGGTGTAGACGATAGCG 5460
| || || || | |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||
Sbjct 120 AAGATGATGAAGACGAAGATGACCTGGATCGAATTCTGGGACTAGCTGGAGACAATAGCG 61
Query 5461 ATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGACGACAATGAA 5498
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 60 ATAGTGGGGATGATGACCTTAGCAGCGACGGCCATGAA 23
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 289620310957
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5