BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492391
Length=2341
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G24520.1 | Symbols: ATR1, AR1 | P450 reductase 1 | chr4:1266... 3747 0.0
> AT4G24520.1 | Symbols: ATR1, AR1 | P450 reductase 1 | chr4:12662841-12667161
REVERSE LENGTH=2398
Length=2398
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2252/2357 (96%), Gaps = 25/2357 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCGATCTCTCCTAAATCCTCAAACCCT---G-GAGAGAGAGAGTGTGAC-GGGGAAG 55
||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 33 TCTTCGATCTCTCCTGAATCCTCAAACCCTGGAGAGAGAGAGAGAGAGTGACGGGGGAAG 92
Query 56 AAGATGACCTCTGCTTTGTATGCTTCCGATTTGTTTAAGCAGCTCAAGTCAATTATAGGG 115
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 93 AAGATGACTTCTGCTTTGTATGCTTCCGATTTGTTTAAGCAGCTCAAGTCAATTATGGGG 152
Query 116 ACCGATTCGATATCGGACGATGTTGTACTTGTGATTGCAACCACGTCTTTGGCACTAGTA 175
|| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 153 ACAGATTCGTTATCCGACGATGTTGTACTTGTGATTGCAACGACGTCTTTGGCACTAGTA 212
Query 176 GCTGGGTTTGTGGTGTTGTTATGGAGGAAAACGACTGCGGATCGGAGCCAGGAGCTGAAG 235
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 213 GCTGGATTTGTGGTGTTGTTATGGAAGAAAACGACGGCGGATCGGAGCGGGGAGCTGAAG 272
Query 236 CCTTTGATGATCCCTAAGTCTCTTATGGCTAAAGATGAGGACGATGATTTGGATTTGGGA 295
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 273 CCTTTGATGATCCCTAAGTCTCTTATGGCTAAGGACGAGGATGATGATTTGGATTTGGGA 332
Query 296 TCCGGGAAGACCAGAGTCTCTATCTTCTTCGGTACGCAGACTGGAACAGCTGAGGGATTT 355
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 333 TCCGGGAAGACTAGAGTCTCTATCTTCTTCGGTACGCAGACTGGAACAGCTGAGGGATTT 392
Query 356 GCTAAGGCATTATCAGAAGAAATCAAAGCGAGATATGAAAAAGCAGCAGTCAAAGTCATT 415
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 GCTAAGGCATTATCCGAAGAAATCAAAGCGAGATATGAAAAAGCAGCAGTCAAAGTCATT 452
Query 416 GACTTGGATGACTATGCTGCCGATGACGACCAATATGAAGAGAAACTGAACAAGGAAACT 475
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 453 GACTTGGATGACTATGCTGCCGATGATGACCAGTATGAAGAGAAATTGAAGAAGGAAACT 512
Query 476 TTGGCAtttttttGTGTTGCTACTTATGGAGACGGAGAGCCTACTGACAATGCTGCCAGA 535
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 TTGGCATTTTTCTGTGTTGCTACTTATGGAGATGGAGAGCCTACTGACAATGCTGCCAGA 572
Query 536 TTTTACAAATGGTTTACGGAGGAAAATGAACGGGAGATAAGGCTTCAACAACTAGCATAT 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 573 TTTTACAAATGGTTTACGGAGGAAAATGAACGGGATATAAAGCTTCAACAACTAGCATAT 632
Query 596 GGTGTGTTTGCTCTTGGTAATCGCCAATACGAACATTTTAATAAGATCGGGATAGTTCTT 655
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 GGTGTGTTTGCTCTTGGTAATCGCCAATATGAACATTTTAATAAGATCGGGATAGTTCTT 692
Query 656 GATGAAGAGCTT-TGTAAGAAAGGTGCAAAGCGTCTTATTCAAGTCGGTCTAGGAGATGA 714
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 693 GATGAAGAG-TTATGTAAGAAAGGTGCAAAGCGTCTTATTGAAGTCGGTCTAGGAGATGA 751
Query 715 TGATCAGAGCATCGAGGATGATTTTAATGCCTGGAAAGATTCGCTATGGTCTGAGCTAGA 774
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 752 TGATCAGAGCATTGAGGATGATTTTAATGCCTGGAAAGAATCACTATGGTCTGAGCTAGA 811
Query 775 CAAGCTCCTCAAAGACGAGGATGATAAAAGTGTGGCAACTCCTTATACAGCTGTTATTCC 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 CAAGCTCCTCAAAGACGAGGATGATAAAAGTGTGGCAACTCCTTATACAGCTGTTATTCC 871
Query 835 TGAATACCGGCTGGTGATTCATGATCCTAGTTTTACAACTGAAAAATCAAGGGACTTAAA 894
|||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| | |||
Sbjct 872 TGAATACCGGGTGGTGACTCATGATCCTCGGTTTACAACTCAAAAATCAATGGAATCAAA 931
Query 895 TGTGGCCAACGGAAATACTGCTATTGACATTCATCATCCCTGCAGAGTTGATGTTGCTGT 954
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 TGTGGCCAATGGAAATACTACTATTGACATTCATCATCCCTGCAGAGTTGATGTTGCTGT 991
Query 955 GCAGAAGGAGCTTCACACACATGAATCTGATCGGTCTTGCATTCATCTCGAGTTCGACAT 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 GCAGAAGGAGCTTCACACACATGAATCTGATCGGTCTTGCATTCATCTCGAGTTCGACAT 1051
Query 1015 ATCCAGGACGGGTATTACATATGAAACAGGTGACCATGTAGGTGTATATGCTGAAAATCA 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 ATCCAGGACGGGTATTACATATGAAACAGGTGACCATGTAGGTGTATATGCTGAAAATCA 1111
Query 1075 TGTTGAAATAGTTGAAGAAGCTGGAAAATTGCTTGGCCACTCTCTAGATTTAGTATTTTC 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1112 TGTTGAAATAGTTGAAGAAGCTGGAAAATTGCTTGGCCACTCTTTAGATTTAGTATTTTC 1171
Query 1135 CATACATGCTGACAAGGAAGATGGCTCCCCATTGGGAAGCGCAGTGCCGCCTCCATTCCC 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1172 CATACATGCTGACAAGGAAGATGGCTCCCCATTGGAAAGCGCAGTGCCGCCTCCTTTCCC 1231
Query 1195 TGGTCCATGCACACTTGGGACTGGTTTGGCAAGATACGCAGACCTTTTGAACCCTCCTCG 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 TGGTCCATGCACACTTGGGACTGGTTTGGCAAGATACGCAGACCTTTTGAACCCTCCTCG 1291
Query 1255 AAAGTCTGCGTTAGTTGCCTTGGCGGCCTATGCCACTGAACCAAGTGAAGCC-ACAAAAC 1313
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |
Sbjct 1292 AAAGTCTGCGTTAGTTGCCTTGGCGGCCTATGCCACTGAACCAAGTGAAGCCGAGAAA-C 1350
Query 1314 TTAAACATCTGACATCACCTGATGGAAAGGATGAATACTCACAGTGGATTGTTGCAAGTC 1373
|||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1351 TTAAGCACCTGACATCACCTGATGGAAAGGATGAGTACTCACAATGGATTGTTGCAAGTC 1410
Query 1374 AGAGAAGTCTTTTAGAGGTGATGGCTGCTTTTCCATCTGCAAAACCCCCACTAGGTGTAT 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 AGAGAAGTCTTTTAGAGGTGATGGCTGCTTTTCCATCTGCAAAACCCCCACTAGGTGTAT 1470
Query 1434 TTTTTGCTGCAATAGCTCCTCGTCTACAACCTCGCTACTACTCCATCTCATCCTCGCCAA 1493
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 TTTTTGCTGCAATAGCTCCTCGTCTACAACCTCGTTACTACTCCATCTCATCCTCGCCAA 1530
Query 1494 GATTGGCGCCAAGTAGAGTTCATGTTACATCCGCACTAGTATATGGTCCAACTCCTACTG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 GATTGGCGCCAAGTAGAGTTCATGTTACATCCGCACTAGTATATGGTCCAACTCCTACTG 1590
Query 1554 GTAGAATCCACAAGGGTGTGTGTTCGACGTGGATGAAGAATGCAGTTCCTGCGGAGAAAA 1613
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GTAGAATCCACAAGGGTGTGTGTTCTACGTGGATGAAGAATGCAGTTCCTGCGGAGAAAA 1650
Query 1614 GTCATGAATGTAGTGGAGCCCCAATCTTTATTCGAGCATCTAATTTCAAATTACCATCCA 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1651 GTCATGAATGTAGTGGAGCCCCAATCTTTATTCGAGCATCTAATTTCAAGTTACCATCCA 1710
Query 1674 ACCCTTCAACTCCAATCGTTATGGTGGGACCTGGGACTGGCCTGGCACCTTTTAGAGGGT 1733
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1711 ACCCTTCAACTCCAATCGTTATGGTGGGACCTGGGACTGGGCTGGCACCTTTTAGAGGTT 1770
Query 1734 TTCTGCAGGAAAGGATGGCTCTAAAAGAAGATGGAGAAGAACTAGGTTCATCGTTGCTAT 1793
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1771 TTCTGCAGGAAAGGATGGCACTAAAAGAAGATGGAGAAGAACTAGGTTCATCTTTGCTCT 1830
Query 1794 TCTTTGGGTGTAGAAATCGACGGATGGATTTTATATACGAGGATGAACTCAATAATTTTG 1853
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1831 TCTTTGGGTGTAGAAATCGACAGATGGACTTTATATACGAGGATGAGCTCAATAATTTTG 1890
Query 1854 TGGATCAAGGCGTGATATCTGAGCTCATCGTTGCATTCTCCCGTGAAGGAGCGCAGAAGG 1913
| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1891 TTGATCAAGGCGTAATATCTGAGCTCATCATGGCATTCTCCCGTGAAGGAGCTCAGAAGG 1950
Query 1914 AGTATGTTCAACATAAGATGATGGAGAAGGCAGCACAAGTTTGGAATCTAATAAAGGAAG 1973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1951 AGTATGTTCAACATAAGATGATGGAGAAGGCAGCACAAGTTTGGGATCTAATAAAGGAAG 2010
Query 1974 AAGGATATCTCTATGTATGTGGTGATGCTAAGGGCATGGCGAGGGATGTCCACCGAACTC 2033
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2011 AAGGATATCTCTATGTATGCGGTGATGCTAAGGGCATGGCGAGGGACGTCCACCGAACTC 2070
Query 2034 TACATACCATTGCTCAGGAGCAGGAAGGTGTGAGTTCGTCAGAGGCAGAGGCTATAGTTA 2093
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 TACACACCATTGTTCAGGAGCAGGAAGGTGTGAGTTCGTCAGAGGCAGAGGCTATAGTTA 2130
Query 2094 AGAAACTTCAAACTGAAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGAT--GATTTA 2151
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2131 AGAAACTTCAAACCGAAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGATATGATTTA 2190
Query 2152 TTGGTA-TTCTCTACT--TTT-TCAAGCTTT-CTTGGTACGAAGACTGTTCTTACCAATT 2206
|||||| |||||| || ||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||||| ||
Sbjct 2191 TTGGTAATTCTCTTCTGCTTTCTCAA-CTTTTCTTGGTACG----CTGTCCTTACCATTT 2245
Query 2207 ATATATTTATTTGTTTATTTTCATTCGTCTCTCTTCTTTTAGTCAAACATGAATGGTTTG 2266
| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2246 AGATATTTATTTGTTTATTTTCCTTCGTCTCCCTTCTTTTAGTCAAACATGAATGATTTG 2305
Query 2267 TCAAAGTTGTCTTTGTATGAACAAAAGTATAAAACTATCAAA-TAAATCTG-GAGAGTTA 2324
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |
Sbjct 2306 TCAAAGTTTTCTTTGTATGAACAAAAGTATAAA-CTA-CAAAATAAATCTGTGAGAGTGA 2363
Query 2325 TAAAATTGAGAGAAGAT 2341
|||||||||||||||||
Sbjct 2364 TAAAATTGAGAGAAGAT 2380
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116214261675
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5