BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493698
Length=2752
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G37020.1 | Symbols: ARF8, ATARF8 | auxin response factor 8 |... 4397 0.0
> AT5G37020.1 | Symbols: ARF8, ATARF8 | auxin response factor 8
| chr5:14630028-14634387 FORWARD LENGTH=2840
Length=2840
Score = 4397 bits (2381), Expect = 0.0
Identities = 2605/2708 (96%), Gaps = 35/2708 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 72 ACATGAAGCTGTCAACATCTGGATTGGGTCAACAGGGTCATGAAGGAGAGAAGTGTCTGA 131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 ACATGAAGCTGTCAACATCTGGATTGGGTCAACAGGGTCATGAAGGAGAGAAGTGTCTGA 181
Query 132 ATTCTGAGCTATGGCATGCTTGTGCTGGACCATTAGTCTCTCTTCCATCATCTGGTAGTC 191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ATTCTGAGCTATGGCATGCTTGTGCTGGACCATTAGTCTCTCTTCCATCATCTGGTAGTC 241
Query 192 GAGTTGTTTACTTTCCACAGGGTCACAGTGAACAGGTAGCTGCTACAACTAATAAGGAAG 251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 GAGTTGTTTACTTTCCACAGGGTCACAGTGAACAGGTAGCTGCTACAACTAATAAGGAAG 301
Query 252 TTGATGGTCACATACCCAATTACCCAAGCCTACCACCACAATTGATATGCCAGCTCCATA 311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 TTGATGGTCACATACCCAATTACCCAAGCCTACCACCACAATTGATATGCCAGCTCCATA 361
Query 312 ATGTTACAATGCATGCAGATGTCGAGACGGATGAAGTCTATGCTCAAATGACACTTCAAC 371
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 ATGTTACAATGCATGCAGATGTTGAGACGGATGAAGTCTATGCTCAAATGACACTTCAAC 421
Query 372 CATTGACACCGGAGGAGCAGAAGGAAACATTTGTACCGATTGAGTTGGGGATCCCGAGCA 431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 422 CATTGACACCGGAGGAGCAGAAGGAAACATTTGTACCGATTGAGTTGGGGATACCGAGTA 481
Query 432 AGCAACCTAGTAATTATTTCTGTAAGACTCTCACAGCTAGTGATACTAGTACACATGGAG 491
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 482 AGCAACCTAGTAATTATTTTTGTAAGACTCTCACAGCTAGTGATACCAGTACACATGGAG 541
Query 492 GGTTTTCTGTTCCTAGACGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCTTTGGATTACACACTGC 551
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 542 GGTTTTCTGTTCCTAGACGTGCTGCTGAGAAAGTGTTTCCTCCATTGGATTACACACTGC 601
Query 552 AGCCACCAGCTCAAGAACTGATTGCAAGGGATCTCCATGATGTTGAATGGAAGTTTAGGC 611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AGCCACCAGCTCAAGAACTGATTGCAAGGGATCTCCATGATGTTGAATGGAAGTTTAGGC 661
Query 612 ATATCTTTCGGGGACAGCCCAAACGGCATCTCCTAACTACTGGATGGAGTGTCTTTGTCA 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ATATCTTTCGGGGACAGCCCAAACGGCATCTCCTAACTACTGGATGGAGTGTCTTTGTCA 721
Query 672 GTGCTAAGCGACTAGTAGCTGGAGATTCTGTCATTTTCATCAGGAATGAAAAGAATCAAC 731
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GTGCCAAGCGACTAGTAGCTGGAGATTCTGTCATTTTCATCAGGAATGAAAAGAATCAAC 781
Query 732 TCTTTTTGGGAATTCGTCATGCCACTCGGCCACAGACTATTGTACCATCATCTGTTTTAT 791
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TCTTTTTGGGAATTCGTCATGCCACTCGGCCGCAGACTATTGTACCATCATCTGTTTTAT 841
Query 792 CTAGTGATAGCATGCATATTGGACTCCTTGCTGCTGCTGCACATGCTTCTGCAACTAATA 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTAGTGATAGCATGCATATTGGACTCCTTGCTGCTGCTGCACATGCTTCTGCAACTAATA 901
Query 852 GCTGTTTCACTGTTTTCTTTCATCCAAGGGCTAGCCAATCTGAGTTTGTGATACAACTTT 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GCTGTTTCACTGTTTTCTTTCATCCAAGGGCTAGCCAATCTGAGTTTGTGATACAACTTT 961
Query 912 CCAAGTACATTAAAGCCGTTTTTCACACGCGTATTTCAGTTGGGATGCGCTTTCGCATGC 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 CCAAGTACATTAAAGCCGTTTTTCACACGCGTATTTCAGTTGGGATGCGCTTTCGCATGC 1021
Query 972 TCTTCGAGACAGAAGAGTCGAGTGTCCGCAGGTACATGGGTACTATAACTGGTATCAGTG 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1022 TCTTCGAGACAGAAGAGTCGAGTGTCCGCAGGTACATGGGTACTATAACTGGTATTAGTG 1081
Query 1032 ATCTAGATTCTGTTCGTTGGCCAAACTCTCATTGGCGGTCTGTCAAGGTTGGTTGGGATG 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1082 ATCTAGATTCTGTTCGTTGGCCAAACTCTCATTGGCGATCTGTGAAGGTTGGTTGGGATG 1141
Query 1092 AATCGACTGCAGGGGAGAGACAGCCAAGGGTTTCTTTATGGGAGATTGAGCCTCTTACTA 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1142 AATCGACTGCAGGGGAGAGACAGCCAAGGGTTTCTTTATGGGAGATTGAGCCTCTGACTA 1201
Query 1152 CCTTTCCTATGTATCCATCTCTGTTTCCTCTCAGACTAAAACGTCCATGGCATGCTGGCA 1211
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 CCTTTCCTATGTATCCATCTCTTTTTCCTCTCAGACTAAAACGTCCATGGCATGCTGGCA 1261
Query 1212 CATCATCATTGCCTGATGGAAGGGGTGATTTAGGAAGTGGTCTAACATGGCTAAG-GGGA 1270
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1262 CATCATCTTTGCCTGATGGAAGGGGTGATTTGGGAAGTGGTCTAACATGGCTAAGAGGG- 1320
Query 1271 GGAGGTGGAGAGCAGCAAGGTTTGCTTCCTCTAAATTATCCATCTGTTGGTTTGTTTCCA 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGAGGTGGAGAGCAGCAAGGTTTGCTTCCTCTAAATTATCCATCTGTTGGTTTGTTTCCA 1380
Query 1331 TGGATGCAACAAAGGCTGGATCTCACTCAAATGGGGACTGATAATAATCAGCAATACCAA 1390
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGGATGCAACAAAGGCTGGATCTCAGTCAAATGGGGACTGATAATAATCAGCAATACCAA 1440
Query 1391 GCAATGTTAGCTGCTGGATTGCAGAACATCGGCGGTGGAGATCCTCTAAGACAGCAGTTT 1450
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1441 GCAATGTTAGCTGCTGGGTTGCAGAACATCGGCGGTGGAGATCCTTTAAGACAGCAGTTT 1500
Query 1451 GTCCAGCTGCAAGAGCCTCACCAACAATATCTTCAACAGTCAGCTTCCCATAATTCTGAT 1510
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GTACAGCTGCAAGAGCCTCACCACCAATATCTTCAACAATCAGCTTCCCATAATTCTGAT 1560
Query 1511 TTGATGCTTCAGCAGCAGCAGCATCAACAAGCG-C--GCCATCTCATGCATGCTCAAACC 1567
||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTGATGCTTCAGCAGCAACAGCAGCAACAAGCGTCACGCCATCTCATGCATGCTCAAACA 1620
Query 1568 CAGATTATGAGTGAGAATCTTTCGCAGCAGAATATGCGACAAGAAGTTAGTAACCAACCA 1627
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CAGATTATGAGTGAGAATCTTCCGCAGCAGAATATGCGACAAGAAGTTAGTAACCAACCA 1680
Query 1628 GCTGGACAGCAGCA---GCTACAGCAACCGGACCAAAATGCATATCTTAATGCTTTCAAA 1684
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GCTGGACAGCAGCAACAGCTACAGCAACCGGACCAAAATGCATATCTTAATGCTTTCAAA 1740
Query 1685 ATGCAAAATGGCCATCTTCAACAGTGGCAGCAT---TCGGAGATGCCGTCACCCTCATTC 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||
Sbjct 1741 ATGCAAAATGGCCATCTTCAACAGTGGCAGCAGCAATCAGAGATGCCATCTCCCTCGTTC 1800
Query 1742 ATGAAGTCAGATTTTCCTGACTCAAGCAACAAATTTGCAACAACTGCTAGTCCGGCTTCT 1801
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATGAAGTCAGATTTTACTGACTCAAGCAACAAATTTGCAACAACTGCTAGTCCGGCTTCT 1860
Query 1802 GGAGATGGCAGCAATCTTTTGAATTTTTCTATAACCGGTCAGTCTGTACTGCCTGAGCAG 1861
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 GGAGATGGCA--A-TCTTTTGAATTTTTCTATAACCGGTCAGTCTGTACTCCCTGAGCAG 1917
Query 1862 TTAACAACAGAAGGTTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTCTGAACCGTTGTCACTT 1921
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTAACAACAGAGGGCTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTCTGAACCGTTGTCACTT 1977
Query 1922 CCACAAGCCTATCCTGGGAAAAGTCTTGCTCTAGAACCTGGAAATCC-C----TC--TCT 1974
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | || |||
Sbjct 1978 CCACAAGCCTATCCTGGGAAGAGTCTTGCTCTAGAACCCGGAAATCCGCAGAATCCCTCT 2037
Query 1975 -TTTT-GGTGTTGATCCCGACTCTGGACTCTTCCTCCCCAGTACCGTTCCTCGCTTTGCT 2032
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2038 CTTTTCGGTGTTGATCCCGACTCTGGACTCTTCCTCCCCAGTACGGTTCCCCGCTTTGCT 2097
Query 2033 TCCTCATCAGGAGACGCTGAAGCTTCCCCTATGTCACTAACAGATTCAGGATTTCAGAAT 2092
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TCTTCATCAGGAGATGCTGAAGCTTCCCCTATGTCACTAACAGATTCAGGATTTCAGAAT 2157
Query 2093 TCCTTATTTGGCTGCATGCAAGACAC---TCATGAGTTATTGCATGGAGCTGGACAGATT 2149
||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TCCTTATATAGCTGCATGCAAGACACAACTCATGAGTTATTGCATGGAGCTGGACAGATT 2217
Query 2150 AACCCGTCCACCCAAACCAAGAACTTTGTAAAGGTTTATAAATCTGGTTCGGTTGGGCGT 2209
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 AACTCGTCCAACCAAACCAAGAACTTTGTAAAGGTTTATAAATCTGGTTCGGTTGGGCGT 2277
Query 2210 TCACTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTACCATGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATG 2269
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TCATTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTACCACGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATG 2337
Query 2270 TTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCCCCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTT 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCCCCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTT 2397
Query 2330 GACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGGCGATGACCCGTGGGAGTCATTTGTGAATAAC 2389
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGGTGATGACCCATGGGAGTCATTTGTGAATAAC 2457
Query 2390 GTTTGGTACATAAAGATACTATCGCCGGAAGATGTGCAGCAAATGGGAGATCATGGCGAA 2449
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2458 GTTTGGTACATAAAGATACTATCACCAGAAGATGTGCATCAAATGGGAGATCATGGAGAA 2517
Query 2450 GGCAGTGGTGGGTCATTCCCGCAAAACCCAACCCATCTCTAGAAGCTGCTTCAGTGT-AG 2508
||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2518 GGCAGTGGTGGGTTATTCCCGCAAAACCCGACCCATCTCTAGAAGCTGCTTCGGTGTTAG 2577
Query 2509 ATCCTATATCCTGCTACATTGCGGGAGCC-TTTGTTTTCG-TTTGAAGACACTTCCACTG 2566
|| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| | |||||||
Sbjct 2578 -TC-TC-ATCATGCTACAACGCGGGAGCCCTTTGTTTCCCATTTGAAGTCGTTTCCACTC 2634
Query 2567 ATCTTTATATGCCATTCGTTCGCATCTCTCTCGTTTTGACGTTTTTAGAAAGAAACATAA 2626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 ATCTTTATATGCCATTCGTTCGCATCTCTCTCGTTTTGACGTTTTTAGAAAGAAACATAA 2694
Query 2627 TCATATTTGTGAAGTATGGGTCCTGAAACTTTAGGGCGTACTTTAGCTTGTATTAGACAG 2686
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 TCATATTTGTGA-GTATGGGTCCTGAAACTTTAGGACGTACTTTAGCTTGTATTAGACAG 2753
Query 2687 ACACTCTCGTCATAAACATAAGAACCTTTAT-TAGTTGTCTCAGG-TAACTAAACTTTTC 2744
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2754 ACACTCTCGTCATAAACATAAGAACCTTTATGTAGCTGTCTCAGGGTAACTAAACTTTTC 2813
Query 2745 TAGTATTT 2752
||||||||
Sbjct 2814 TAGTATTT 2821
Score = 102 bits (55), Expect = 2e-20
Identities = 55/55 (100%), Gaps = 0/55 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGTACTTCCGGAGCTAAAGAGTTATAGCTACTGTAGTAGCTGGAAGTGAAGAA 55
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGTACTTCCGGAGCTAAAGAGTTATAGCTACTGTAGTAGCTGGAAGTGAAGAA 55
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136704919675
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5