BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg494320 Length=2136 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G46580.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-contai... 3474 0.0 > AT5G46580.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | chr5:18897445-18899645 REVERSE LENGTH=2201 Length=2201 Score = 3474 bits (1881), Expect = 0.0 Identities = 2054/2139 (96%), Gaps = 6/2139 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGACTGTTCTTACTACAGCCATTGATGTCTGCTTCAATCCCCAAAATTCAGACACA 60 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCGACTGTTCTTACCACAGCCATTGATGTCTGCTTCAATCCCCAAAATTCAGACACA 60 Query 61 AAGAAACACAGTCTATTCTTAAAGCCTTCTCTTTTAAGACAATCTCGTACCAGAAAACTC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || Sbjct 61 AAGAAACACAGTCTATTCTTAAAGCCTTCTCTTTTCAGACAATCTCGTTCCAGAAAGCTT 120 Query 121 AACATTTCTTGCAGTTCTTTGAAACAACCTAAAACCCTAGAAGAAGAACCAATCACCACA 180 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AACATTTCTTGCAGTTCCTTGAAACAACCTAAAACCCTAGAAGAAGAACCAATCACCACA 180 Query 181 AAAACTCCATCTCTCTCTGAGCAACTCAAGCCTCTCTCTGCAACAACACTCAGACAAGAA 240 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAAACCCCATCTCTCTCTGAGCAACTCAAGCCTCTCTCTGCAACAACACTCAGACAAGAG 240 Query 241 CAAACCCAAATCTTGTCTAAACCGAAATCTGTCTGGGTCAATCCAACAAGACCCAAAAGG 300 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CAAACTCAAATCTTGTCTAAACCGAAATCTGTCTGGGTCAATCCAACAAGACCCAAAAGG 300 Query 301 TCAGTTCTTTCACTTCAGAGACAAAAACGTTCTGCTTACTCTTACAATCCTCAAATCAAG 360 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TCAGTTCTTTCACTTCAGAGACAAAAGCGTTCTGCTTACTCTTACAATCCTCAAATCAAG 360 Query 361 GATCTTAGGGCTTTTGCTCAGAAGCTCAACAGTTCTAATTTCACTGAAAAGTCTGAGTTT 420 ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GATCTTAGGGCTTTTGCTCTGAAGCTCAATAGTTCTATTTTCACTGAAAAGTCTGAGTTT 420 Query 421 TTATCTCTTCTCGATGAAATTCCTCATCCA-CCAGATCGAGATAACGCATTGCTTGTGCT 479 ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTATCTCTTCTCGATGAGATTCCTCATCCACCCA-ATAGAGATAACGCATTGCTTGTGCT 479 Query 480 AAACAGTTTGAGAGAATGGCAAAAGACTCATACTTTCTTTAATTGGGTTAAATCCAAGAA 539 |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 AAACAGCTTAAGAGAATGGCAAAAGACTCATACTTTCTTTAATTGGGTTAAATCCAAGAG 539 Query 540 TTTGTTTCCCATGGAAACGATATTTTATAATGTTACAATGAAGTCTCTGAGATTTGGGAG 599 | ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TCTGTTTCCTATGGAAACTATATTTTACAATGTTACAATGAAGTCTCTGAGATTTGGGAG 599 Query 600 GCAGTTTCAGCTTATAGAGGAGATGGCACTTGAAATGGTGAAGGATGGTGTTGAGCTTGA 659 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GCAATTTCAGCTTATTGAGGAGATGGCACTTGAAATGGTGAAGGATGGTGTTGAGCTTGA 659 Query 660 TAACATTACTTATTCGACAATCATCACTTGTGCGAAAAGGTGCAATCTTTACGACAAAGC 719 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 660 TAACATTACTTATTCGACAATCATCACTTGTGCTAAAAGGTGCAATCTTTACAACAAAGC 719 Query 720 TATTGAATGGTTTGAGAGAATGTATAAAACGGGGT-TGATGCCTGATGAGGTCACTTACT 778 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TATTGAGTGGTTTGAGAGAATGTATAAAAC-AGGTCTGATGCCTGATGAGGTCACTTACT 778 Query 779 CTGCAATTCTTGATGTTTATTCCAAGTTAAGAAAAGTTGAGGAGGTTCTTAGTTTGTATG 838 | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 779 CAGCAATTCTTGATGTTTATTCCAAGTCAGGAAAAGTTGAGGAGGTTCTTAGTTTGTACG 838 Query 839 AAAGAGCGGTGGCTACGGGTTGGAAACCCGATGCTATAGCGTTTTCTGTGTTGGGGAAAA 898 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 839 AAAGAGCGGTGGCTACGGGTTGGAAACCTGATGCTATAGCGTTCTCTGTGTTGGGGAAAA 898 Query 899 TGTTTGGTGAAGCAGGGGATTATGATGGGATTAGGTATGTTTTGCAAGAGATGAAGTCTA 958 ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 899 TGTTTGGTGAAGCTGGAGATTATGATGGGATTAGGTATGTTTTGCAAGAGATGAAATCTA 958 Query 959 TGGATGTGAAGCCTAATGTGGTTGTTTATAATACTTTGTTGGAAGCTATGGGGAGAGCTG 1018 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 959 TGGATGTGAAGCCTAATGTTGTTGTGTATAATACTTTGTTGGAAGCTATGGGGAGAGCAG 1018 Query 1019 GGAAACCGGGTTTGGCGAGGAGTTTGTTTAATGAGATGCTTGAGGCGGGTTTAACTCCGA 1078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1019 GGAAACCGGGTTTGGCGAGGAGTTTGTTTAATGAGATGCTTGAGGCAGGTTTAACTCCAA 1078 Query 1079 ATGAGAAAACTTTGACAGCTCTTGTGAAGATTTACGGGAAAGCGAGGTGGGCGAAAGATG 1138 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||| Sbjct 1079 ATGAGAAAACTTTGACAGCTCTTGTAAAGATTTATGGAAAAGCGAGGTGGGCGAGAGATG 1138 Query 1139 CTCTTCAGTTGTGGGAGGAGATGAAGGCGAAGAAGTGGCCGATGGATTTCATTTTGTACA 1198 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 CTCTTCAGTTGTGGGAGGAAATGAAGGCAAAGAAGTGGCCGATGGATTTCATTTTGTACA 1198 Query 1199 ACACGTTGTTGAATATGTGTGCTGATATTGGATTGGAGGAAGAAGCGGAGAGGCTGTTTA 1258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1199 ATACGTTGTTGAATATGTGTGCTGATATTGGATTGGAGGAAGAAGCAGAGAGGCTGTTTA 1258 Query 1259 ATGATATGAAGGAGTCTGTGCAATGTAAACCTGATAATTTTAGTTACACAGCGATGCTGA 1318 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1259 ATGATATGAAGGAGTCTGTGCAATGTAGACCTGATAATTTTAGTTACACAGCAATGCTGA 1318 Query 1319 ATATATATGGGAGTGGTGGAAAAGCCGAAAAGGCGATGAAATTGTTTGAAGAGATGTTAG 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | Sbjct 1319 ATATATATGGGAGTGGTGGAAAAGCCGAAAAGGCGATGGAGTTGTTTGAAGAGATGTT-G 1377 Query 1379 -AAGCTGGGGTTCAGGTTAATGTGATGGGGTGCACTTGTTTGGTTCAATGCTTAGGGAAA 1437 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 1378 AAAGCTGGGGTTCAGGTTAATGTAATGGGATGCACTTGTTTAGTACAATGCTTAGGGAAA 1437 Query 1438 GCTAAAAGGATCGATGATTTGGTTTATGTGTTTGATCTCTCGATTCAAAGGGGAGTTAAG 1497 ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1438 GCTAAAAGGATTGATGATGTGGTTTATGTGTTTGATCTCTCGATTAAAAGGGGAGTTAAG 1497 Query 1498 CCCGACGATAGGCTCTGTGGGTGTCTGCTTTCGGTTATGGCCTTGTGTGAGAGTAGTGAA 1557 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 CCTGACGATAGGCTCTGTGGGTGTCTGCTTTCAGTTATGGCCTTGTGTGAGAGTAGTGAA 1557 Query 1558 GATGCTGAAAAGGTTATGGCTTGTTTGGAGCGAGCTAATCGGAAGCTGGTGACATTTGTG 1617 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 1558 GATGCTGAAAAGGTTATGGCTTGTTTGGAGCGAGCTAATAAGAAGTTGGTGACATTTGTG 1617 Query 1618 AATCTGATTGTAGATGAGAAAACCGAATTTGAGACCGTAAAAGAAGAGTTCAAGTTAGTG 1677 |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 AATCTGATTGTAGATGAGAAAACCGAATATGAGACTGTAAAAGAAGAGTTCAAGTTAGTG 1677 Query 1678 ATCAACGCAACCCAAGTAGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGCTTGATAGATATATGC 1737 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1678 ATCAATGCAACCCAAGTAGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGTTTGATAGATATATGC 1737 Query 1738 AGAGGCAAGAAGCGGCATGAGAGAGCTCATGAGCTTCTCTATTTAGGAACACTTTTTGGT 1797 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1738 AGAGGCAACAACCGGCATGAGAGAGCTCATGAGCTTCTCTACTTAGGAACACTTTTTGGT 1797 Query 1798 CTATACCCGGGACTACACAACAAGACCATAAAAGAATGGAGCCTAGACGTGAGGTCATTA 1857 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1798 CTATACCCGGGACTACACAACAAGACCATAAAAGAATGGAGCCTAGATGTGAGGTCATTA 1857 Query 1858 TCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTCGAAGAGTGGATGAGAACACTTGCCAACATCATT 1917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 TCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTCGAAGAGTGGATGAGAACACTTGCCAACATCATT 1917 Query 1918 AAACGCCAAGAGGATCTTCCCGAGCTGTTTTTGGCGCAAACTGGGACAGGAACTCACAGA 1977 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 AAACGCCAAGAGGAACTTCCTGAGCTGTTTTTGGCGCAAACTGGGACAGGAACTCACAGA 1977 Query 1978 TTCTCTCAGGGATTAGCAAACTCTTTCGCCTTGCATTTGCAACAACTCTCTGCACCATTC 2037 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 TTCTCACAGGGATTAGCAAACTCTTTCGCCTTGCATTTGCAACAACTCTCTGCACCATTT 2037 Query 2038 AGACAGAGCGATAGGGCAGGTATCTTTGTGGCTACAAAGGAGGATTTGGTGTCATGGTTG 2097 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 AGACAGAGCGATAGGCCAGGTATCTTTGTGGCTACAAAGGAGGATTTGGTGTCATGGTTG 2097 Query 2098 GAATCAAAGTTTCCACCTTTAGTTACTTCTCAAGCATGA 2136 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 GAATCAAAGTTTCCACCTTTAGTTACTTCTCAAGCATGA 2136 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 105923149950 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5