BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg494802 Length=2398 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G42310.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 3579 0.0 > AT5G42310.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | chr5:16915783-16918569 FORWARD LENGTH=2538 Length=2538 Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0 Identities = 2257/2409 (94%), Gaps = 30/2409 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCTCCACTGGTTTCATCTCGATTTCAC 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| Sbjct 63 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCACCACTGGTTTCAACTAGATTTCAC 122 Query 61 TCTCTCTACTTCCTCACTcaccaccaccaccaccaccaccaccaccgcttcttccaacca 120 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 123 TCTCTCTACTTCCTCACT------CACCACCACCACCACCACCACCGCTTCTTCCAACCA 176 Query 121 ccaatctctgctttctctgcaaccacctctgcttCATTACCTTCACCA--T-CATCTCCG 177 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| | Sbjct 177 CCAATCTCAGCTTTCTCTGCAACAACCTCTGCTTCTTTACCTTCACCATCTCCATCTTCT 236 Query 178 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATAC-AA--ACGAAGAAGACGATGAA 234 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| Sbjct 237 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATACAAATGAAGAAGAAGACAATGAA 296 Query 235 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTTCTAAAATTCCTCTCAAGA 294 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 297 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTCCTAAAATTCCTCTCAAGA 356 Query 295 TTCGGACCAGTCGAGTTAGTTTTAGATTCAGAATCGGAATCGGAATCGGAAGCTTCACCG 354 ||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 357 TTCGGACCAGTCGAGTTAGCTCTAGA-T-----TCGGAATCGGAATCAGAAGCTTCACCG 410 Query 355 GAATCGCTTAATCCGGTGGAGTTCGAGCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 414 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 411 GAATCGCTTAATCCGGTAGAGTTCGATCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 470 Query 415 TATTGGCACTCAT-TGATAAAATCTTTATGTTCGTCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 473 || |||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 471 TACTGGCACTC-TCTGATAAAATCGTTAACCTCATCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 529 Query 474 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTATGAGCTTCTCTATTC 533 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || Sbjct 530 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTACGAGCTTCTTTACTC 589 Query 534 GATTCTCATTCACGCGCTTGGCCGTTCGGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTTTCTCA 593 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 590 GATTCTCATCCACGCGCTTGGCCGTTCCGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTCTCTCA 649 Query 594 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 653 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 650 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 709 Query 654 TGATATCGAAAAAGCGCTTAATTTGATCTCTAGGATGCGTCAAGACGGTTACCAATCCGA 713 |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 710 CGATATCGAAAAAGCTCTTAATTTGATCGCTAAGATGCGTCAAGACGGTTATCAATCCGA 769 Query 714 TTTCGTTAACTATAGCTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTTGCAATAAGATTGATTCAGT 773 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || Sbjct 770 TTTTGTTAACTATAGTTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTAGCAATAAGATTGATTCTGT 829 Query 774 TATGTTGCAGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 833 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 830 TATGTTGTTGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 889 Query 834 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAATCTGGTGACCCTTCTCGGGCTTTGCAGCT 893 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| Sbjct 890 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAGTCTGGTGATCCTTCTAAGGCTTTGCAGCT 949 Query 894 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACTGCTACTCTTGTTTCGATTAT 953 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 950 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACCGCTACTCTTGTATCGATTAT 1009 Query 954 TTCGGCGTTGGCGAATTCGGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1013 || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1010 CTCTGCGTTGGCGGATTCAGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1069 Query 1014 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAAAGCTTATAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1073 |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1070 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAGAGCTTACAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1129 Query 1074 GACGGGTCCTTTGAAAGATGCGGAGTCGATGGTTTCGGAGATGGAGAAGAGAGGTGTTTC 1133 |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1130 GACGGGTCCTTTGAAAGACGCAGAGTCAATGGTTTCTGAGATGGAGAAGCGAGGTGTTTC 1189 Query 1134 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATTGATGCGTATGTGAATGCCGGTAGATGGGA 1193 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1190 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATCGATGCGTATGTTAATGCAGGTAGATGGGA 1249 Query 1194 AAGCGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1253 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1250 AAGTGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1309 Query 1254 TTTCAGCAGACTCTTAGCTGGTTATCGCGATAGAGGTGAGTGGCAAAAGACATTTCAAGT 1313 |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1310 TTTCAGTAGACTCTTAGCTGGTTTTCGCGATAGAGGTGAATGGCAGAAGACATTTCAAGT 1369 Query 1314 TCTCAAGGAGATGAAGAGTATCGGGGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTACAACGTGGTGAT 1373 ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1370 TCTTAAAGAGATGAAGAGTATCGGTGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTATAACGTGGTGAT 1429 Query 1374 CGATACATTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCGATGACGACTTTTGATAGAATGTT 1433 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1430 CGATACCTTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGACTTTCGATAGAATGTT 1489 Query 1434 AAGCGAGGGGATTGAACCCGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATCGATTGCCATTGTAA 1493 |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1490 AAGCGAAGGTATTGAACCAGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATTGATTGTCATTGTAA 1549 Query 1494 GCATGGTCGGCATATAGTAGCAGAAGAGATGTTTGAGGCAATGGAGAGGCG-GGGCTGCT 1552 ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || | Sbjct 1550 GCATGGTCGGCATATCGTAGCGGAAGAGATGTTCGAGGCGATGGAGAGGCGAGGG-TGTT 1608 Query 1553 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATCATGATAAATAGTTATGGAGATCAAGAAAGATGGG 1612 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1609 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATTATGATCAATAGTTATGGTGATCAAGAAAGATGGG 1668 Query 1613 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATACTTCCTAACGTCGTGA 1672 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||| Sbjct 1669 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATCCTGCCTAATGTTGTGA 1728 Query 1673 CACACACAACACTTGTTGACGTGTATGGCAAATCCGGTAGGTTCAATGATGCGATAGAGT 1732 ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1729 CACACACTACACTTGTCGACGTTTATGGCAAATCGGGTAGGTTTAATGATGCGATAGAGT 1788 Query 1733 GCTTGGAAGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1792 ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1789 GCTTGGAAGAGATGAAGTCGGTTGGGTTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1848 Query 1793 TCAACGCCTATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTAATGA 1852 |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1849 TCAATGCATATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTGATGA 1908 Query 1853 CATCAGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCCCTCATCAATGCCTTTGGTG 1912 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1909 CATCGGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCGCTCATCAATGCCTTTGGTG 1968 Query 1913 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCTTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAACGGCGTAA 1972 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1969 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCCTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAATGGCGTAA 2028 Query 1973 AACCAGACGTGGTCACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTCC 2032 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2029 AACCAGACGTGGTCACTTACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTTC 2088 Query 2033 AGAAGGTACCGGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2092 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2089 AGAAGGTACCGGTTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2148 Query 2093 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2152 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2149 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2208 Query 2153 AACATAGGAGAA-CAATGCTACGGTTTTATCTCGAGCTCAAGTGATCAAATTTTTCTCGA 2211 |||||||| ||| |||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 2209 AACATAGG-GAAACAATGCAAAGGTTTTATCTTGAGCTAAAGTGATCAAATATTTCTCGA 2267 Query 2212 GCTTATGATAGCATCTCACAAGCTCAGGACAGATATGTAACACAAACCACAGTACCACAC 2271 |||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || | | ||| ||||||| Sbjct 2268 GCTTCTGATATCGTCTCGCAAGCTCAGGACCGATATGTAA-ACGA-C-ACAA-ACCACAC 2323 Query 2272 ATTACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCTCACATTCT--GTCTATGTAAAGATTCAAC 2329 || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2324 ATCACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCGCACATTCTCTGTCTATGTAAAGATTCAAC 2383 Query 2330 CTGTACAAATATATAACTGTGTTGACCAAATTGGATCCGGCTACTGTCTGTACTACAGAG 2389 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2384 CTGTACAAATATATAAGTGTGTTGACCAAATTGGATACGGTTACTGTCTGTACTACAGAG 2443 Query 2390 ATCATGTAG 2398 ||||||||| Sbjct 2444 ATCATGTAG 2452 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 119075692740 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5