BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494823
Length=3590
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G47820.1 | Symbols: FRA1 | P-loop containing nucleoside trip... 5131 0.0
> AT5G47820.1 | Symbols: FRA1 | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr5:19366483-19372387
FORWARD LENGTH=3288
Length=3288
Score = 5131 bits (2778), Expect = 0.0
Identities = 3076/3222 (95%), Gaps = 12/3222 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCCAATGGAATCTACTCCGCCGCCGGATGATTGTTCCGTTAAGGTTGCTGTTCACAT 60
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 TCTTCCAATGGAATCTACGCCGCCACCGGATGATTGTTCCGTTAAGGTTGCTGTTCACAT 75
Query 61 CAGACCACTCATCGGCGACGAAAGGATCCAAGGTTGTCAAGATTGTGTCACTGTCATTAC 120
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 76 CAGACCACTCATCGGCGACGAAAGGATTCAAGGTTGTCAAGATTGTGTCACTGTCGTTAC 135
Query 121 CGGTAAACCACAGGTACAAATTGGATCACATTCTTTTACATTTGATCATGTATATGGTAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 136 CGGTAAACCACAGGTACAAATTGGATCACATTCTTTTACATTTGATCATGTATATGGGAG 195
Query 181 CTCTGGTTCTCCATCTACTGAAATGTATGAAGAATGTGCTGCCCCGCTCGTTGACGGTTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 196 CTCTGGTTCTCCATCTACTGAAATGTATGAAGAATGTGCTGCCCCTCTTGTTGATGGTTT 255
Query 241 ATTTCAAGGCTACAATGCTACGGTTCTTGCTTATGGACAGACGGGCTCGGGTAAAACATA 300
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 256 ATTTCAAGGCTACAATGCTACCGTTCTTGCTTATGGACAAACGGGTTCCGGTAAAACATA 315
Query 301 TACAATGGGTACTGGCTGCGGAGACAGCAGCCAAACCGGAATCATCCCTCAAGTTATGAA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 316 TACAATGGGTACTGGCTGCGGAGACAGCAGCCAGACTGGTATCATCCCTCAAGTTATGAA 375
Query 361 CGCTCTTTTCAGCAAGATAGAGACTTTGAAGCAGCAGATTGAGTTTCAGATTCATGTTTC 420
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 CGCTCTTTTCACCAAGATAGAGACTTTGAAGCAGCAGATTGAGTTTCAGATTCATGTTTC 435
Query 421 TTTTATCGAGATTCATAAAGAAGAGGTTCAAGATTTGCTGGATCCTTGCACTGTTAATAA 480
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 436 TTTTATTGAGATTCATAAAGAAGAGGTTCAAGATTTGCTGGATCCTTGTACTGTTAATAA 495
Query 481 ATCAGACACTACTAACACTGGACATGTTGGCAAGGTAGCACATGTCCCTGGGAAGCCACC 540
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 ATCAGACACTAATAACACTGGACATGTTGGTAAGGTAGCACATGTCCCTGGGAAGCCACC 555
Query 541 AATACAGATCCGAGAAACATCCAACGGTGTTATCACACTAGCAGGATCCACAGAAGTAAG 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 556 GATACAGATTCGAGAAACATCCAACGGTGTTATCACACTAGCTGGATCCACAGAAGTAAG 615
Query 601 TGTCAGTACGTTGAAAGAGATGGCTGCTTGCCTTGATCAAGGGTCGGTCAGCAGGGCTAC 660
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 616 TGTTAGTACGTTGAAAGAGATGGCTGCTTGCCTTGACCAAGGTTCGGTTAGCAGGGCTAC 675
Query 661 CGGTAGTACTAACATGAACAATCAGTCCAGTCGTTCACATGCCATTTTCACTATCACCGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 TGGTAGTACTAACATGAACAATCAGTCCAGTCGTTCACATGCCATTTTCACTATCACCGT 735
Query 721 GGAGCAAATGCGCAAAATTAATACGGATTCTCCTGAAAACGGTGCTTACAATGGGAGCTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 GGAGCAAATGCGCAAAATTAATACGGATTCTCCTGAAAACGGTGCTTACAATGGGAGCTT 795
Query 781 GAAAGAAGAATATTTGTGTGCCAAGTTGCACCTAGTAGACCTTGCTGGTTCAGAACGAGC 840
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 796 GAAAGAAGAATATTTGTGTGCCAAGTTGCACTTAGTAGATCTTGCTGGTTCAGAACGAGC 855
Query 841 -AAAACGAACTGGTTCTGACGGTTTGAGATTTAAGGAAGGTGTTCACATCAACAAAGGCC 899
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 856 CAAAA-GAACTGGTTCAGACGGTTTGAGATTTAAGGAAGGAGTTCACATCAACAAAGGCC 914
Query 900 TCCTTGCACTTGGTAATGTCATCAGCGCGCTCGGAGATGAGAAAAAGCGTAAAGATGGTG 959
||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TCCTTGCGCTTGGTAATGTTATCAGTGCGCTCGGTGATGAGAAAAAGCGTAAAGATGGTG 974
Query 960 CCCATGTTCCTTACAGAGACAGTAAACTTACACGGCTTTTGCAGGATTCCCTTGGGGGTA 1019
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 975 CCCATGTTCCCTACAGAGACAGTAAACTTACACGGCTTTTGCAGGATTCCCTTGGTGGTA 1034
Query 1020 ACAGCAGAACTGTGATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCAGATATTAATGCGGAGGAAACAC 1079
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1035 ACAGCAGAACTGTGATGATAGCTTGCATTAGTCCTGCAGATATTAACGCGGAGGAGACAC 1094
Query 1080 TTAATACTTTGAAATATGCAAACCGTGCTCGAAACATCCGGAATAAACCTGTTGTTAATA 1139
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1095 TTAACACTTTGAAATATGCAAACCGTGCTCGAAACATCCGAAATAAACCTGTTGTTAATA 1154
Query 1140 GAGATCCTGTGTCTAGTGAGATGCTAAAAATGCGTCAACAGGTAGAATACTTGCAGGCAG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GAGATCCTGTGTCTAGTGAGATGCTAAAAATGCGTCAACAGGTAGAATACTTGCAGGCAG 1214
Query 1200 AGCTCTCCTTACGGACCGGAGGATCCTCATGTGCAGAAGTCCAGGTTCTTAAAGAAAGGA 1259
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1215 AACTCTCCTTACGGACCGGAGGATCCTCATGTGCAGAAGTACAGGCTCTTAAAGAAAGGA 1274
Query 1260 TTGCTTGGCTTGAAACTGCTAATGAAGATCTTTGCCGGGAACTTCATGAGTACCGTAGCA 1319
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 TTGTTTGGCTTGAAACTGCTAATGAAGAACTTTGCCGCGAACTTCATGAGTACCGTAGCA 1334
Query 1320 GATGTCCTGGTGTAGAGCATTTTGAGAAAGACTTTAAAGACATACGAGCTGTAGATGATA 1379
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 1335 GATGTCCTGGTGTAGAGCATTCTGAAAAAGACTTTAAAGACATAAGAGCTG-A--TGATA 1391
Query 1380 TTGTTGGTTCTATCAGACCCGATGGGCTGAAAAGAAGCTTGCACAGTATAGAGTCCTCTA 1439
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 TTGTTGGTTCTGTCAGACCCGATGGGCTGAAAAGGAGCTTGCACAGTATAGAGTCCTCTA 1451
Query 1440 ATTACCCCATAGTTGAAGCCACAACAGGTGATTCAAGGGAAATAGACGAAGAGGCAAAGG 1499
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1452 ATTACCCCATGGTTGAAGCCACAACAGGTGATTCAAGGGAAATTGATGAAGAAGCAAAGG 1511
Query 1500 AGTGGGAGCATAAGCTCTTGCAAAATAGTATGGACAAAGAGTTGCATGAGCTGAACCGCC 1559
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1512 AATGGGAGCATAAGCTCTTGCAAAATAGTATGGACAAAGAGTTGTATGAACTGAACCGCC 1571
Query 1560 GTCTAGAGGAAAAAGAGTCTGAAATGAAGCTGTTTGACGGCTATGATCCGGCTGCCTTAA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1572 GTCTAGAGGAAAAAGAGTCTGAAATGAAGCTGTTTGACGGCTATGATCCGGCTGCGTTAA 1631
Query 1620 AGCAACATTTTGGAAGGAAAATTGCAGAGGTGGAGGATGAAAAGAGATCCGTTCAGGAAG 1679
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1632 AGCAGCATTTTGGAAAGAAAATTGCAGAGGTGGAGGATGAAAAGAGATCAGTTCAGGAAG 1691
Query 1680 AGAGAAACCGTTTGTTGGCTGAAATTGAGAACCTTGCTTCTGATGGTCAAGCACAGAAGT 1739
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 AAAGAAACCGTTTGTTGGCTGAAATTGAGAACCTTGCTTCTGATGGTCAAGCACAGAAGT 1751
Query 1740 TGCAAGATGTGCATGCTCAGAATTTAAAAGCGCTTGAAGCACAGATTCTAGACCTTAAGA 1799
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 TGCAAGATGTTCATGCTCAGAACTTAAAAGCGCTTGAAGCACAGATTCTAGACCTTAAGA 1811
Query 1800 AAAAGCAAGAGAGCCAGGTTCAACTACTGAAGCAGAAACAAAAGAGTGATGATGCGGCTC 1859
|||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1812 AAAAGCAAGAGAGCCAAGTTCAGCTACTGAAACAGAAACAAAAGAGTGATGACGCGGCTC 1871
Query 1860 GGAGGTTACAGGATGAAATCCAATCTATCAAGGCACAAAAGGTTCAGCTACAGCACAGAA 1919
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1872 GGAGGTTACAAGATGAAATCCAATCCATCAAGGCACAAAAGGTTCAACTGCAGCACAGAA 1931
Query 1920 TGAAACAAGAAGCAGAACAGTTTCGACAGTGGAAAGCCTCCCGGGAGAAGGAACTTTTGC 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1932 TGAAACAAGAAGCAGAACAGTTTCGACAGTGGAAAGCCTCCCGAGAGAAGGAACTTTTGC 1991
Query 1980 AGTTACGGAAAGAAGGGAGAAAGAGTGAGTATGAAAGGCATAAGCTGCAAGCTTTAAATC 2039
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 AGTTACGGAAAGAAGGGAGAAAGAGCGAGTATGAAAGGCATAAGCTGCAAGCTTTAAATC 2051
Query 2040 AGCGCCAGAAAATGGTTCTTCAGAGGAAGACAGAAGAGGCTGCAATGGCTACTAAAAGGT 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2052 AGCGCCAGAAAATGGTTCTTCAGAGGAAGACAGAAGAGGCTGCAATGGCTACCAAAAGGT 2111
Query 2100 TGAAAGAGTTGTTAGAAGCTCGGAAATCTTCTCCTCGTGAACAGTCAGCTGGTACAAATG 2159
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2112 TGAAAGAGTTGTTAGAAGCTCGAAAATCATCTCCTCGTGAACACTCAGCTGGTACAAATG 2171
Query 2160 GCTTTGGAACAAATGGTCAGACCAATGAGAAGTCGCTGCAGCGTTGGCTTGATCATGAAT 2219
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2172 GCTTTGGAACAAATGGTCAGACAAATGAGAAGTCATTGCAGCGTTGGCTTGATCATGAGT 2231
Query 2220 TGGAAGTCATGGTGAATGTGCATGAAGTACGTCATGAGTACGAGAAACAAAGCCACGTAC 2279
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2232 TGGAAGTCATGGTAAATGTGCATGAAGTACGTCATGAGTATGAGAAACAAAGCCACGTAC 2291
Query 2280 GAGCTGCGTTGGCAGAAGAGTTGGCTGTTTTAAGACAAGTAGATGAGTTTGTAGTGAAAG 2339
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2292 GAGCTGCACTGGCGGAAGAGTTGGCTGTTTTAAGACAAGTAGATGAGTTTGCAGTGAAAG 2351
Query 2340 GATTAAGTCCTCCAAGAGGAAAGAATGGCTTTGCTAGGGCTTCATCATTGTCACCTAATG 2399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2352 GATTAAGTCCTCCAAGAGGAAAGAATGGCTTTGCTAGGGCTTCATCGTTGTCACCTAATG 2411
Query 2400 CAAGGATGGCCCGAATATCTTCACTTGAGAACATGCTTGGTATATCTTCTAATTCTCTAG 2459
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||
Sbjct 2412 CAAGGATGGCCCGTATATCTTCACTTGAGAACATGCTCGTTATATCTTCTAATTCTTTAG 2471
Query 2460 TAGCGATGGCATCACAACTTTCTGAGGCAGAAGAACGGGAGCGTGCCTTTACAAACCGTG 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2472 TAGCGATGGCATCACAACTTTCTGAGGCAGAAGAACGGGAGCGTGCTTTTACAAACCGTG 2531
Query 2520 GCCGCTGGAACCAGCTACGATCAATGGGAGAGGCAAAGAATTTGCTTCAGTATATGTTCA 2579
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 GTCGCTGGAACCAGCTACGATCAATGGGAGAGGCAAAGAATTTGCTTCAGTATATGTTCA 2591
Query 2580 ACTCTCTTGCAGAAACAAGGTGCCAATTATGGGAGAAAGATGTAGAAATAAAAGAAATGA 2639
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2592 ACTCTCTTGCAGAAACAAGGTGTCAATTATGGGAGAAGGATGTAGAGATAAAAGAAATGA 2651
Query 2640 AAGATCAGTTCAAAGAGATTGTTGGCCTTCTGAGGCAGAGTGAGTTGAGAAGGAAAGAAG 2699
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 AAGATCAGTTCAAAGAAATTGTTGGTCTTCTGAGGCAGAGTGAGTTGAGAAGGAAAGAAG 2711
Query 2700 CAGAGAAGGAGTTAAAATTGAGGGAGCAAGCAGTTGCAACTTCACTAGGAACCCCACCGA 2759
|||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||
Sbjct 2712 CAGAAAAGGAATTAAAATTGAGGGAGCAAGCAATTGCAACTTCATTAGGTACGCCGCCGA 2771
Query 2760 GTTCAGTGAAACATTTAGCTGAAGACCCGA-CAC-C-TTCTCCAATGACCGTGCCAGCAC 2816
|||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 GTTCAGTGAAACATGTAGCTGAAGACTTGAGCACACCTTCTCCAATGACCGTGCCAGCAC 2831
Query 2817 AGAAACAGCTCAAGTTTACCCCAGGGATTGCTAACGGAAAAGTGAGAGGATCGGCTGCAT 2876
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2832 AGAAACAGCTCAAATTTACGCCAGGGATTGCTAACGGAAAAGTGAGAGGACCGGCTGCAT 2891
Query 2877 TTCTTGATACCAACAAGAAGATGGTACCGATGGGACAAGTATCGATGAGAAAACTATCAG 2936
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 TTCTTGATACAAACAAGAAGATGGTACCGATGGGACAAGTATCGATGAGAAAACTATCAG 2951
Query 2937 CTGTAGGCAAACAAGGTGGGAAACTTTGGAGGTGGAAGAGAAGTCATCACCAGTGGATCG 2996
| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2952 CCGTAGGAAAACAGGGTGGGAGACTTTGGAGGTGGAAGAGAAGTCATCACCAGTGGATTG 3011
Query 2997 TTCAATTCAAATGGAAGTGGCAAAAGCCATGGAGACTCTCTGAGTGGATTAGGCACA-GT 3055
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 3012 TTCAATTCAAATGGAAATGGCAAAAGCCATGGAGACTCTCTGAGTGGATTAGG-ACAAGT 3070
Query 3056 GACGAAACACTCCTCAAGGCTAAACCCCGACTTAAGGCTCTGCCTAATAAGATCATGTGA 3115
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 3071 GACGAAACACTCCTCAAGTCAAAACCCCGACTTAAGGCTCTACCTAATAAGATCATGTAA 3130
Query 3116 TTAAGGTT-CTTACCGTTTTCTGAGAGAATCTTTTAGTGTTCAAGCTCTCTCTGCCTCTG 3174
| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3131 TCAAG-TTGCTTGCCGTTTTCTGAGAGAATCTTTTAGTTTTCAAGCTCTCTCTGCCTGTG 3189
Query 3175 AGTATGAGACTTTTATGGAAAGGATCATACAAATGGGTACAG 3216
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3190 AGTATGAGACTTTTATGGAAAGGATCATACAAGTGGGTGCAG 3231
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 178744817909
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5