BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495512
Length=1133
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G54270.1 | Symbols: LHCB3, LHCB3*1 | light-harvesting chloro... 1932 0.0
AT5G54280.2 | Symbols: ATM2, ATMYOS1, ATM4 | myosin 2 | chr5:22... 307 1e-82
> AT5G54270.1 | Symbols: LHCB3, LHCB3*1 | light-harvesting chlorophyll
B-binding protein 3 | chr5:22038273-22039568 FORWARD
LENGTH=1134
Length=1134
Score = 1932 bits (1046), Expect = 0.0
Identities = 1106/1135 (97%), Gaps = 3/1135 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATATCCCATCTCTGATTCTCCAACCTCTCTTCTCATCCACAAAATACTAACATAAAAGTC 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATATCCCATCTCTGATTCTCCCACCTCTCTTCTCATCCACAAAATACTAACATAAAAGTC 60
Query 61 AAAGTCCCTGAGACCAATACTTTCACCAAACAGCAAAAGAAGAAGAACAACAACACTAAG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAAGTCCCTGAGACCAATACTTTCACCAAACAGCAAAACAAGAAGAACAACAACACTAAG 120
Query 121 CaaaaaaaaaaaTCTCAAGCCGAGAGAGACAATGGCATCAACATTCACGAGCTCAAGCAG 180
||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAAAAAAGAAAAGCTCAAGCCGAGAGAGACAATGGCATCAACATTCACGAGCTCAAGCAG 180
Query 181 TGTTCTGT-CTCCTACAACATTCCTTGGCCAGACTAAAGCCTCAAGCTTTAACCCTCTTC 239
|||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 TGTTCT-TACCCCAACAACATTCCTTGGCCAGACTAAAGCCTCAAGCTTTAACCCCCTTC 239
Query 240 GTGATGTTGTCTCTCTCGGATCTCCCAAATACACTATGGGAAATGATCTTTGGTATGGAC 299
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GTGATGTTGTCTCTCTCGGATCTCCCAAGTACACTATGGGAAATGATCTTTGGTATGGAC 299
Query 300 CAGACAGAGTGAAGTACTTAGGACCCTTTTCCGTCCAAACTCCGTCTTACCTCACCGGAG 359
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTGACAGAGTGAAGTACTTAGGACCCTTTTCCGTTCAAACTCCGTCTTACCTCACCGGAG 359
Query 360 AATTCCCCGGCGATTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCTGCAGACCCTGAAGCCTTTG 419
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 AATTCCCTGGCGATTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGCCTTTG 419
Query 420 CCAAAAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCTTTTGGTT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CCAAAAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCTTTTGGTT 479
Query 480 GCATAACCCCTGAAGTTCTTCAAAAGTGGGTCCGTGTGGACTTCAAAGAACCAGTCTGGT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GCATAACCCCTGAAGTTCTTCAAAAGTGGGTCCGTGTGGACTTCAAAGAACCAGTCTGGT 539
Query 540 TCAAGGCCGGTTCACAAATCTTCTCCGAAGGCGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAACC 599
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCCGAAGGCGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAACC 599
Query 600 TAGTCCATGCTCAGAGCATTTTAGCCGTCCTTGGCTTCCAAGTCATCCTCATGGGCTTGG 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 600 TAGTCCATGCTCAGAGCATTTTAGCCGTCCTTGGCTTCCAAGTCATCCTCATGGGTTTGG 659
Query 660 TTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGCGAAGGCAACGACTTGTACCCCG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGCGAAGGCAACGACTTGTACCCCG 719
Query 720 GTGGACAATACTTTGACCCGTTGGGTCTCGCTGATGATCCAGTTACTTTTGCCGAGCTCA 779
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 720 GTGGGCAATACTTTGACCCGTTGGGTCTCGCTGATGATCCAGTTACTTTTGCTGAGCTTA 779
Query 780 AGGTGAAAGAGATCAAGAATGGAAGATTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTTGTTC 839
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGGTGAAAGAGATCAAGAACGGAAGATTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGCTTCTTTGTTC 839
Query 840 AAGCCATTGTTACTGGAAAAGGTCCTTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTCGACAACCCCG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 840 AAGCCATTGTTACTGGAAAAGGTCCTTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGACAACCCTG 899
Query 900 TTGCTAACAATGCATGGGCTTTCGCAACTAAGTTTGCACCTGGAGCTTAAATTTTTAAGT 959
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 900 TTGCTAACAATGCGTGGGCTTTCGCAACTAAGTTTGCACCTGGAGCTTAAATTTTCAAGT 959
Query 960 CTTGATGTGATTCTTGTAATGATATGAACATAACCTTTCTTGTTCCTCTCAAATTACAAA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTTGATGTGATTCTTGTAATGATATGAACATAACCTTTCTTGTTCCTCTCAAATTACAAA 1019
Query 1020 TCT-CTATTTGCTATACACAGAAGAAGTCTCAAAAATACATGTCTCTCACAGCTAAATCT 1078
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCTTCTATTTGCTATGCACAGAAGAAGTCTCAAAAATACATGTCTCTCACAGCTAAATCT 1079
Query 1079 ACAATGCTCTCAATCTAACATTTTGGGATCGGGATACTAATACAAAGCTAAGTGG 1133
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACAATGCTCTTAATCTAACATTTTGGGATCGTGATACTAATACAAAGCTAAGTGG 1134
> AT5G54280.2 | Symbols: ATM2, ATMYOS1, ATM4 | myosin 2 | chr5:22039389-22046298
REVERSE LENGTH=4343
Length=4343
Score = 307 bits (166), Expect = 1e-82
Identities = 175/179 (98%), Gaps = 1/179 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 956 AAGTCTTGATGTGATTCTTGTAATGATATGAACATAACCTTTCTTGTTCCTCTCAAATTA 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4342 AAGTCTTGATGTGATTCTTGTAATGATATGAACATAACCTTTCTTGTTCCTCTCAAATTA 4283
Query 1016 CAAATCT-CTATTTGCTATACACAGAAGAAGTCTCAAAAATACATGTCTCTCACAGCTAA 1074
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4282 CAAATCTTCTATTTGCTATGCACAGAAGAAGTCTCAAAAATACATGTCTCTCACAGCTAA 4223
Query 1075 ATCTACAATGCTCTCAATCTAACATTTTGGGATCGGGATACTAATACAAAGCTAAGTGG 1133
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4222 ATCTACAATGCTCTTAATCTAACATTTTGGGATCGTGATACTAATACAAAGCTAAGTGG 4164
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55572003315
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5