BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg495647 Length=2287 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G55600.1 | Symbols: | agenet domain-containing protein / br... 3273 0.0 > AT5G55600.1 | Symbols: | agenet domain-containing protein / bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein | chr5:22521849-22525645 REVERSE LENGTH=3224 Length=3224 Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0 Identities = 1950/2037 (96%), Gaps = 7/2037 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAAGAGCATTTTGTCTCACAAGAGCGA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 850 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAGGAGCATTTTGTCTCCCAAGAGCGA 909 Query 61 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTGAAGGATTCTGCGGGTGAATCCATCCTAGCTGTG 120 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 910 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTCAAGGATTCTGCCGGTGAATCTATCCTAGCTGTC 969 Query 121 GTTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGACACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGT 180 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 970 ATTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGGCACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGC 1029 Query 181 ATTCATGGTTCC-GAGAATTCAATTCATGCGGGCTTTAAATGGAGGTCGAGAAGAGAAGT 239 |||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1030 ATTCATGG-TCCTGAGAATTCAATTCATTCTGGCTTCAAATGGAGGTCGAGAAGGGAAGT 1088 Query 240 TGTGGATTGGCTGACTTCAATGCTGTCTAAGCAAAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 299 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1089 TGTGGATTGGCTCACTTCAATGCTGTCTAAGCAGAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 1148 Query 300 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCTGAATTTCCAAGCAATGGATTTGC 359 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | Sbjct 1149 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCCGAATTTCCAAGCAATGGATTTAC 1208 Query 360 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTAAGTT-TTCACA 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| Sbjct 1209 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTGA-TTATTCACA 1267 Query 419 GTTGGGAGATTATGTGGTTAGGAACTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 478 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1268 GTTGGGAGATTATGTGGTCAGGAGCTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 1327 Query 479 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCATGAGCA 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1328 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCTTGAGCA 1387 Query 539 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTACGAGGACAAGCGTGGCCTAA 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1388 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTATGAGGATAAGCGTGGCCTAA 1447 Query 599 AAAAGGTCAAGGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 658 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1448 AAAAGGTCAAAGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 1507 Query 659 AAAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTCATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 718 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1508 AGAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTTATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 1567 Query 719 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1568 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 1627 Query 779 TTCCTAATTCTTTATTGGCAAAGGTATACATGTGCTATCGGCAACTGAGGAACAGCAAAG 838 |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1628 TTCCGAATTCTTTATTGGCAAGGGTACACATGTGCTATCGGCAACTCAGGAACAGCAAAG 1687 Query 839 TTAAACCTTTTGACTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 898 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1688 TTAAACCTTTTGATTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 1747 Query 899 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGAAAGATGAAGAAT 958 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1748 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGGAAGATGAAGAAT 1807 Query 959 GTAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGACAGGAGCATGAAAAAACGAGCAGGAA 1018 | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| Sbjct 1808 GGAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGAGAGAAGCATGAAAAAACGAGCAAGAA 1867 Query 1019 TTATGTCTGACCATCTGTTAACAACTTATGAATCTTCATGTAAGAGACTCAAACTTAATG 1078 |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1868 TTATGTCTGATCATCTGTTAACAACTTACGAATCTTCATGTAAGAGACTAAAACTTAATG 1927 Query 1079 CCTCGGGAAAAAGATTTCCTTCCCCAACTGATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAATGGAG 1138 ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1928 CCTCGGGCAAAAGATTTCCTTCACCAACCAATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAACGGAG 1987 Query 1139 TGGTTAAGGCTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGTGGTATTAGAGGCTGCT 1198 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1988 TGGTTAAGACTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGCGGTATTAGAGGCTGTT 2047 Query 1199 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGAAGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 1258 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2048 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGACGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 2107 Query 1259 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2108 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 2167 Query 1319 TGCCTGATAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGGCCTGCTCCTCCAG 1378 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 2168 TGCCTGACAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGACCTGCTCCTCGAG 2227 Query 1379 ATGCTAAAACATCATACTTTGATTTTACAATTGGTGAAGCTGTTGACGCCTGGTGGAATG 1438 ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 2228 ATGTTAAAACAGCATACTTTGATCTTACAATTGGTGAAGCTGTTGATGCATGGTGGAATG 2287 Query 1439 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAGTTGCCACTGGCAAACAGGGTGCTGAGGAATTGAAAA 1498 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| Sbjct 2288 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAATTGCCACTGGCAAACCGGATACTGAGGACTTGAAAA 2347 Query 1499 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2348 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 2407 Query 1559 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTTGCTATTG 1618 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2408 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTCGCTATTG 2467 Query 1619 TATCTTCTGATATTAGCTCGGAAGCCAAGCTTTCCACGTCGTCCACTCTTGCAAAAGACA 1678 |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| Sbjct 2468 TATCTTCTGATAGTAGCTCGGAATCCAAGCTTTCCATGTTGTCCACTCTTTCAAAAGACA 2527 Query 1679 CCAAGGCAAAGCCAATTGCTATGCCAGATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGACA 1738 | |||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2528 CAAAGGCAAAACCCAGTGCTATGCCAAATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGAGA 2587 Query 1739 AAGCGGACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATGATGGGGTTGTTA 1798 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| Sbjct 2588 AAGCGTACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATG-T--GGTAGTTA 2644 Query 1799 AGGAGGATGATGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 1858 |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2645 AGGAAGATGACGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 2704 Query 1859 CTAATACCTATGTCAACTATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 1918 |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2705 CTAAAACCTATGTCAACCATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 2764 Query 1919 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2765 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 2824 Query 1979 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATATATAATGATGGTAATTCTG 2035 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2825 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATACATAATGATGGTAATTCTG 2881 Score = 348 bits (188), Expect = 2e-94 Identities = 245/269 (91%), Gaps = 17/269 (6%) Strand=Plus/Plus Query 2035 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 2094 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2951 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 3010 Query 2095 GTATAGAAAATTAAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCGATCATCTAA 2154 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3011 GTATAGAAAATTGAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCAATCATCTAA 3070 Query 2155 GCATAGGATT-ATTTAGCACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTA-G----G---A---G-A- 2200 |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| | | | | | Sbjct 3071 GCATAGGATTCATT-AGTACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTATGCAATGTTTATTAGGAG 3129 Query 2201 AAATGAA-ATCCATTTGTATTTTGCCT-ATTGTCACAAAACTCTTTGTAAAACCACTTCG 2258 ||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3130 AAAAGGATATCCATTTGTATTTTGCCTTATTGTCACAAAACTCCATGTAAAACCACTTCG 3189 Query 2259 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 2287 ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3190 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 3218 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 113503432245 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5