BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495654
Length=2555
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G55670.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 3969 0.0
> AT5G55670.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr5:22543940-22546801 REVERSE LENGTH=2582
Length=2582
Score = 3969 bits (2149), Expect = 0.0
Identities = 2439/2572 (95%), Gaps = 47/2572 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 AGATGGGAGAGATCAGATGGATCAATTTCATCAAAACGAGGCGATATCTGCCGTAGCTGA 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 12 AGATGGGAGAGATCAGATGGATCAATTTCATCAAAACGAGGCGATATCTGCCGTTGCTGA 71
Query 75 CGACGGGTTTTTGGCGGAGGAAGAGGATGATGATTATGAGGATCTTTATAACGACGTTAA 134
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 72 CGACGGGTTTATGGCGGAGGAAGAGGATGATGATTATGAGGATCTTTATAACGACGTTAA 131
Query 135 TGTTGGAGAAGGGTTTCTTCAGTCTATGAAGAAGAACGACGAACCGGGATCTAGAAACGA 194
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 132 TGTTGGAGAAGGGTTTCTTCAGTCTATGAAAAAGAACGACGAAGCGGGATCTAGAAACGA 191
Query 195 GGAAAAGGAGAAGGTTAGCATCGAGGAGGAGGATAGGGTTGAACCAGTTTTAGGTG-CGT 253
||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 192 GGAAAAGGAGAAGGTTAATATGGAGGAGGAAGATAGGGTTGAACCAGTTTTAGGTGAAG- 250
Query 254 CGGAAGCTGAGGTTTCTATACCTGGTTTGGTTGGTGAGAGCGTT---------GCTA-AA 303
| || | | | |||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 251 CTGAGGTTTCGATTTCGATACCTGGTTTGGTTGGTGAGAGCGTTGAGAAAGAAGC-AGAA 309
Query 304 G-A-AG--A--AGGAGGAGG-A--GGAAGTGGTACTGATGTGGTGGTCGCTTCTAGTGGA 354
| | || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 GCAGAGTCAGGAGGAGGAGGAAGTGGAAGTGGTACTGATGTGGTGGTCGCTTCTAGTGGA 369
Query 355 TATGGAGCTCAAGAGGTTAAGGTAAGCGATGTTAGCCAGGAGATTTCTGGTGGAATTGGT 414
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 370 TATGGAGCTCAGGAGGTTAAGGTAAGCGATGTTAGCCAGGAGATTCCTGGTGGAATTGGT 429
Query 415 TCTGGTACTGGAGGTGGTCTTAGAGTTGAGCTAGGGCAAGCTGCTAATCGGGCAAATGAT 474
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 430 ACTGGTACTGGAGGTGGGCTGAGAGTTGAGCTAGGGCAAGCTTCTAATCGGGCTAATGAT 489
Query 475 CTCGAGGCATCTAGAGGAAATAATATGTCGCAGGGTCTCTTGCCCCCACCGCATGTGTTG 534
||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 490 CTCGAGGCACCTAGAGGGAATAATATTTCGCAGGGTCTCTTGCCACCACCGCCTGTGTTG 549
Query 535 GGGAATAACGAGAATTTGATGAGACCTGTGATGGGTAATGCTAATGGCGGGACTCCTCCT 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 550 GGGAATAACGAGAATTTGATGAGACCTGTGATGGGTAATGTTAATGGCGGGATTCCTCCT 609
Query 595 GGACCTGGTAGTATTATGGTTGGGAACGGAGCTAATATCGCTATGCCTGGTGTTGTTGGC 654
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 GGACCTGGTAGTAACATGGTTGGGAACGGAGCTAATATCGCTATGCCTGGTGTTGTTGGC 669
Query 655 GGGGGAACCGGTggaggaggaggaggaggCGGTGGAGCTATTCTTTTCGTTGGGGAACTG 714
||||||| | | || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||
Sbjct 670 GGGGGAA-C--T---GGTGGTGGAGGAGGCGGTGGAGCTTTTCTTTTCGTAGGGGATCTG 723
Query 715 CATTGGTGGACAACTGATGCTGAGCTTGAGGCAGAGTTGTGCAAGTATGGTGCAGTGAAG 774
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 CATTGGTGGACAACTGATGCGGAGCTTGAGGCAGAGTTGTGCAAGTATGGTGCAGTGAAG 783
Query 775 GAGGTTAAGTTCTTTGATGAGAAAGCTAGCGGGAAGTCTAAAGGGTTTTGTCAAGTAGAG 834
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 784 GAGGTTAAGTTCTTTGATGAGAAAGCTAGTGGGAAGTCGAAAGGGTATTGTCAAGTAGAG 843
Query 835 TTCTATGATCCTATGGCAGCTTCGGCTTGCAAAGATG-GAATGAATGGGTATGCATTCAA 893
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 844 TTCTATGATCCTGTGGCAGCTTCGGCTTGCAAAGATGCG-CTGAATGGGTATCCATTCAA 902
Query 894 TGGTAGGCCTTGTGTTGTTGACTATGCGTCTCCATATTCGGTTAAGAGAATGGGAGAGGC 953
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 CGGTAGGCCTTGTGTTGTTGAGTATGCGTCCCCATATTCGGTTAAGAGAATGGGAGAGGC 962
Query 954 ACAGGTGAATAGGACCCAACAGGCGCAATCTGTAATTGCACAAGCTAAGAGAGGAGGGCC 1013
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ACAGGTGAATAGGACCCAACAGGCTCAATCTGTAATTGCACAAGCTAAGAGAGGAGGGCC 1022
Query 1014 TGCTGATCCTCCAAGTAAACCAGTCGT-G--ACcaacaacaat---aacaacaacaacGC 1067
|||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1023 TGCTGATCCTCCAAGTAAACCACTCGTGGCCAACAACAACAATAACAACAACAACAACGC 1082
Query 1068 CATTGGCGGGAATTTCCAAGGCGGGGAAAATAGAGGATTTGGTAGAGGTAATT--GG-AG 1124
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1083 CATTGGCGGGAATTTCCAAGGTGGGGAAAATAGAGGATTTGGTAGAGGTAATTGGGGTAG 1142
Query 1125 AGGCAATGCTCAAGGAATGGGTGGTAGAGGACCAGGTGGTCCAATGAGGAATAGGCCtgg 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 AGGCAATGCTCAAGGAATGGGTGGTAGAGGACCAGGTGGTCCAATGAGGAATAGGCCTAA 1202
Query 1185 tgggatgggtggaagaggtttgatgggtaatggtggaggtgggtttggtcagggaatggg 1244
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1203 TGGGATGGGTGGAAGAGGTTTGATGGGTAA---T---GGTGGGTTTGGTCAAGGAATGGG 1256
Query 1245 tACAGGGCCTCCTATGAATATGATGCATCAACCAATGATGGGGCAAGGGTTTGAACAAGC 1304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TACAGGGCCTCCTATGAATATGATGCATCAACCAATGATGGGGCAAGGGTTTGAACAAGC 1316
Query 1305 TTTTGGTGGACCGATGGCGAGAATGGGAGGGTATGGAGGATTCCCTGGGGCTCCAGGTCC 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TTTTGGTGGACCGATGGCGAGAATGGGAGGGTATGGAGGATTCCCTGGGGCTCCAGGTCC 1376
Query 1365 ACCGTTTCCTGGGCTTTTGTCCTCATTCCCTCCTGTAGGAGGAGTTGGTTTACCTGGAGT 1424
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ACAGTTTCCTGGGCTTTTGTCATCATTCCCTCCTGTAGGAGGAGTTGGTTTACCTGGAGT 1436
Query 1425 GGCACCTCATGTGAATCCAGCGTTTTTTGGACGAGGGATGCCAATGAATGGAATGGGAAT 1484
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGCACCTCATGTGAATCCAGCATTTTTTGGACGAGGGATGCCGATGAATGGAATGGGAAT 1496
Query 1485 GATGCCTAATGCTGGTGTTGATGGAGGGCATAATATGGGAATGTGGGATCCTAATAGTGG 1544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1497 GATGCCTAATGCTGGTGTTGATGGAGGGCATAATATGGGAATGTGGGATCCTAACAGTGG 1556
Query 1545 AGGATGGGGTGGTGGTGAAGATCTGGGTAGTGGAAGAGCTGCGGAATCGAGTTATGGGGA 1604
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 AGGGTGGGGTGCTGGTGAAGATCTGGGTAGTGGAAGAGCTGCGGAATCGAGTTATGGGGA 1616
Query 1605 GGAAGCTGCATCTGATCATCAGTATGGAGAGGTTAATCACGATAGAGGGGCTCGTCCGAA 1664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1617 GGAAGCTGCATCTGATCATCAGTATGGAGAGGTTAATCACGAAAGAGGGGCTCGTCCAAA 1676
Query 1665 TCCAGTGAAGGAAAAAGAAAGAGTTTCAGAAAGAGAATGGTCTGGTTCTTCTGATAGAAG 1724
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1677 TCCTGTGAAGGAAAAAGAAAGAGCTTCAGAAAGGGAATGGTCTGGTTCATCTGATAGAAG 1736
Query 1725 GAATCGTGAGGATAAAGATGCTGGTTATGAAAGGGACATTCCGAGGGAGAAAGATGTTGG 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GAATCGTGAGGATAAAGATGCTGGTTATGAAAGGGACATACCGAGGGAGAAAGATGTTGG 1796
Query 1785 TCACGGTTATGATATGCCAGAGAGAAGGCATCGTGATGATAGAGACACCGGTCGTGAGCG 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TCACGGTTATGATATGCCAGAGAGAAGGCATCGTGATGATAGAGACACCGGTCGTGAGCG 1856
Query 1845 TGAGAGGGAACATCATCATAAGGATCGTGAACGCTCCAGAGAACATGTTCGTGACAGAGA 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TGAGAGGGAACATCATCATAAGGATCGTGAACGCTCCAGAGAACATGTTCGTGACAGAGA 1916
Query 1905 AAGGGACAGGGAGAGGGATCGTCATAGAGAAGAACGAGAACGATATGGTGGTGATCATCG 1964
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AAGGGAAAGGGAGAGGGATCGTCATAGAGAAGAACGAGAACGATATGGTGGTGATCATCG 1976
Query 1965 TACTAGACACAGGGACGAACCTGAACATGATGAGGAATGGAACAGAGGTAGATCATCCAG 2024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1977 TACTAGACACAGGGACGAACCTGAACATGATGAGGAATGGAACAGAGGCCGATCATCCAG 2036
Query 2025 AGGACACAGCAAATCGCGGTTGTCTCGGGAGGATAACCATCGCTCAAGATCAAGGGATAC 2084
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2037 AGGACACAACAAATCGCGGTTGTCTCGCGAGGATAACCATCGCTCAAAATCAAGGGATAC 2096
Query 2085 TGATTATGGGAAAAGAAGGCGGCTTACTACTGAATGAATATCTGATAAAAATTGACTTTG 2144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 2097 TGATTATGGGAAAAGAAGGCGGCTTACTACTGAATGAGTATCAGATAAAAATTGACTTTG 2156
Query 2145 AGAGCTCCTGCAAAACTATAAACCCCCTTATGGAAGAAAAGCAAGATGAGGAAGAAGAAA 2204
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2157 AGAGTTACTGCAAAACTATAAACCCCCTTATGGAAGAAGAGCAAGATGAGGAAGAAGATA 2216
Query 2205 GAAAGGCAGACTCTTGTCAAAGATTGAAGACTCTCACTGGTGAAATCTCTTCTTCAACTC 2264
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GAAAGGCAGACTCTTGTCAAAGATTGAAGACTCTTACTGGTGAAATCTCTTCTTCAACTC 2276
Query 2265 AGCTTAGATACCTAGAAGTGGAAAGAAACTTGGCAAACGTTTGCCTTCTTTAAGTTATTA 2324
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2277 AGCTTAGTTACCTAGAAGTGGAAAGAAACTTGGCAAACGTTTACCTTCTTTAAGTTATTA 2336
Query 2325 GACACCTTACCTTTTTGCCATTTTT-ATGTGAAACTTCTAAAGACCAGTGTGTTGTGGTG 2383
|||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GACACCTTTCCTTTT-GCCATTTTTTATGTGAAACTTCTAAAGACCAGTGTGTTGTGGTG 2395
Query 2384 ATGTTTTGGCCTTTTGGGTTTCCATCCATTTGTGTTTAGATGTTCTTGTTTTAACTGTTT 2443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 ATGTTTTGGCCTTTTGGGTTTCCATCCATTTGTGTTTAGATGTTCTTGTTTTAACTGTTT 2455
Query 2444 CTGAATTTGTTGTTGTGTAGTTGTATTAGTTGCAGCCAAATAGCTAGCCTGGCCAGTGTT 2503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2456 CTGAATTTGTTGTTGTGTAGTTGTATTAGTTGCAGCCAAATAGTTAGCCTGGCCAGTGTT 2515
Query 2504 ACTGATCTTGTTTCTCCATGTTTTAGCCATTTGGGCTGTATTGTATGTATCT 2555
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 ACTGATCTTGTTTCTCCAAGTTTTAGCCATTTGGGCTGTATTGTATGTATCT 2567
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126822031904
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5