BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495719
Length=2395
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G56290.1 | Symbols: PEX5, ATPEX5 | peroxin 5 | chr5:22786506... 3879 0.0
> AT5G56290.1 | Symbols: PEX5, ATPEX5 | peroxin 5 | chr5:22786506-22792161
FORWARD LENGTH=2525
Length=2525
Score = 3879 bits (2100), Expect = 0.0
Identities = 2306/2405 (96%), Gaps = 16/2405 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CAACAAAAACACCGCCACGAGACGAGCCAAACTATAGATTGGGATTTGGGAGGTGATTGA 60
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | | ||||
Sbjct 8 CAAAAAAAACACCGCCACGAGACGAGCCAAACTAAAGATTAGGATTTGGGA-G-G-TTGA 64
Query 61 TGATCAATTCCGGACAACGGAAGAAACCATACTAATAGACTCGACGACGGCGGTTACGGC 120
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| | || ||||
Sbjct 65 TGATCAATTCCGGACAACGGAGGAAACCATACTGATAGATTCAACGACGGTGATTGCGGC 124
Query 121 GGAGTAG-AG-AA-CCGTTGGAAACATGGCGATGAGAGACCTTGTTAACGGCGGAGCCGC 177
|||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 GGAGGAGTAGAAACCCGTTGGAAACATGGCGATGAGAGACCTTGTTAACGGCGGAGCCGC 184
Query 178 TTGTGCCGTTCCCGGTTCTTCTTCTTCTTCTAATCCTCTCGGAGCTCTCACCAACGCTCT 237
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 185 TTGTGCCGTTCCTGGTTCGTCTTCTTCTTCTAATCCTCTCGGAGCTCTCACCAACGCTTT 244
Query 238 ACTTGGTTCGTCTTCCAAAACCCAGGAAAGGCTTAAGGAGATACCTAATGCTAACCGTTC 297
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 245 ACTTGGTTCGTCTTCCAAAACCCAGGAAAGGCTCAAGGAGATACCTAATGCAAACCGGTC 304
Query 298 AGGTCCT-GGCCCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTG 356
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 AGGTCCTCGG-CCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTG 363
Query 357 AGTTGGATCAGCCAGGTCTGCAACCGGGTGCTCAGGGTTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTCC 416
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 364 AGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTC 423
Query 417 GCTCTGTAGATCAGAATGGTCTGGGTGCGGCTTGGGATGAGGTACATCAAGGTGGACCTA 476
||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 424 GCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTGCAGCTTGGGATGAGGTACAGCAAGGTGGACCTA 483
Query 477 TGCCTCCAATGGGACCTATGTATGAGCCAGTTCAGCCTACATTTGAAGGACCCCCACAGA 536
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 TGCCTCCAATGGGACCTATGTTTGAGCCAGTTCAGCCTACATTTGAAGGACCCCCACAGA 543
Query 537 GAGTTTTATCAAACTTTCTGCATTCATTTGTTGAGAGTAGCCGTGGTGGTATTCCATTTC 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 GAGTTTTATCAAACTTTCTGCATTCATTTGTTGAGAGTAGCCGTGGTGGTATTCCATTTC 603
Query 597 GTCCAGCACCTATTCCAGTTCTGGGATTGTCGCAAAGTGACAAACAATGTATACGTGATC 656
||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 GTCCAGCACCTGTTCCAGTTCTAGGATTGTCACAAAGTGACAAACAATGTATACGTGATC 663
Query 657 GTAGTAGCATAATGGCCCGGCAtttttttGCTGATAGGGGAGAGGAATTTATCAATTCTC 716
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 664 GTAGTAGCATAATGGCCCGGCATTTTTTTGCCGATAGGGGAGAGGAATTTATTAATTCTC 723
Query 717 AGGTAAACGCATTATTATCATCTTTAGATATCGACGATGGGATACAAGCTCGAGGTCATG 776
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 AGGTAAACGCATTATTGTCATCTTTAGATATTGATGATGGGATACAAGCTCGAGGTCATG 783
Query 777 TTCCCGGGAGATTTCGGGATCTAGATGATTACTGGAATGAGTCTCAAGCTATTGTGAAAC 836
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 784 TTCCCGGGAGATTTCGGGAGCTAGATGATTACTGGAATGAGTCTCAAGCTGTTGTGAAAC 843
Query 837 CTAATTTACATCCTGCTGACAATTGGGCGGCTGAATTTAACCAACATGGGATGGATCACG 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 844 CTAATTTACATCCTGCTGACAATTGGGCGGCTGAATTTAACCAACATGGGATGGATCATG 903
Query 897 GTGGTCCTGAATCATGGGTCCAGTCTTTTGAGCAACAACATGGTGTGAATGGGTGGGCCA 956
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 904 GTGGTCCTGATTCATGGGTCCAGTCTTTTGAGCAACAACATGGTGTGAATGGGTGGGCTA 963
Query 957 CTGAGTTTGAGCAGGGTCAATCTCAATTGATGTCAAACCAAATGAGAAGTATGGATATGC 1016
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 CTGAGTTCGAGCAGGGTCAATCTCAATTGATGTCAAGCCAAATGAGAAGTATGGATATGC 1023
Query 1017 AAAATATAGCTGCAATGGAGCAGACTCGTAAGCTTGCCCATACACTATCTCAGGATGGGA 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1024 AAAATATAGCTGCAATGGAGCAGACTCGTAAGCTTGCCCATACACTATCTCAAGATGGGA 1083
Query 1077 ATCCGAAATTTCAGAATTCAAGATTCCTCCAATTTGTTTCAAAGATGAGCCGTGGTGAAC 1136
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1084 ATCCGAAATTTCAGAATTCAAGATTCCTTCAGTTTGTTTCCAAGATGAGCCGTGGTGAAC 1143
Query 1137 TTATTATTGATGAGAATCAGGTCAAACAAGCATCAGTCCCCGGGGAATGGGCTACTGAAT 1196
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 TTATTATTGATGAGAATCAGGTCAAGCAAGCTTCAGCCCCCGGGGAATGGGCTACTGAAT 1203
Query 1197 ATGAACAGCAGTATCTGGGGCCACCAAGTTGGGCTGATCAATTTGCAAATGAGAAACTTT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 ATGAACAGCAGTATCTGGGGCCACCAAGTTGGGCTGATCAATTTGCAAATGAGAAACTTT 1263
Query 1257 CACATGGACCAGAACAGTGGGCTGATGAGTTTGCTTCCGGGAGAGGACAGCAAGAATCAG 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1264 CACATGGACCAGAACAGTGGGCTGATGAGTTTGCTTCCGGGAGAGGACAGCAAGAAACAG 1323
Query 1317 CTGAGGACCAATGGGTTAATGAGTTTTCAAAGTTGAATGTTGATGACTGGATAGATGAAT 1376
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 CCGAGGACCAATGGGTTAATGAGTTTTCAAAGTTGAATGTTGATGACTGGATAGATGAAT 1383
Query 1377 TTGCT------CCCGTGGGTGAGAGTTCAGCTGATGCATGGGCAAATGCTTATGATGAGT 1430
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1384 TTGCTGAAGGTCCCGTGGGTGATAGTTCAGCTGATGCATGGGCAAATGCTTACGATGAGT 1443
Query 1431 TTCTGAATGAGAAAAATGCTGGAAAACAAACCAGTGGTGTCTACGTCTTCTCTGACATGA 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 TTCTGAATGAGAAAAATGCTGGAAAACAAACCAGTGGTGTCTACGTCTTCTCTGACATGA 1503
Query 1491 ATCCTTATGTGGGTCACCCTGAACCTATGAAAGAAGGGCAGGAATTGTTTCGGAAAGGAC 1550
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1504 ATCCTTATGTGGGTCACCCTGAACCTATGAAAGAAGGGCAAGAATTGTTTCGAAAAGGAC 1563
Query 1551 TTCTGAGTGAAGCAGCGCTTGCTCTAGAAGCTGAGGTTATGAAAAACCCTGAGAATGCTG 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 TTCTGAGTGAAGCAGCGCTTGCTCTAGAAGCTGAGGTTATGAAAAACCCTGAGAATGCTG 1623
Query 1611 AAGGTTGGAGATTACTTGGGGTTACACACGCAGAGAACGATGATGATCAACAGGCAATAG 1670
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 AAGGTTGGAGATTACTTGGGGTCACACACGCAGAGAACGATGATGATCAACAGGCAATAG 1683
Query 1671 CTGCAATGATGCGTGCACAAGAAGCTGATCCCACAAATCTAGAGGTGCTTCTTGCGCTTG 1730
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 CTGCAATGATGCGTGCACAGGAGGCTGATCCCACAAATCTAGAGGTGCTTCTTGCGCTTG 1743
Query 1731 GTGTGAGTCATACCAACGAGTTGGAGCAAGCAACTGCTTTGAAATATTTATATGGATGGC 1790
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1744 GTGTGAGTCATACCAACGAGTTAGAGCAAGCAACTGCTTTGAAATATCTATATGGATGGC 1803
Query 1791 TGCGAAATCATCCAAAGTATGGAGCAATTGCACCTCCGGAGCTAGCTGATTCTCTATACC 1850
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 1804 TGCGAAATCACCCAAAGTATGGAGCAATTGCGCCTCCGGAGCTAGCGGATTCTTTGTACC 1863
Query 1851 ATGCTGATATTGCTAGATTATTCAATGAAGCTTCTCAGTTGAATCCTGAGGACGCCGATG 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 ATGCTGATATTGCTAGATTATTCAATGAAGCTTCTCAGTTGAATCCTGAGGACGCCGATG 1923
Query 1911 TGCATATAGTGTTGGGCGTGCTCTACAATCTGTCGAGGGAGTTTGATAGAGCAATTACTT 1970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |
Sbjct 1924 TGCATATAGTGTTGGGCGTGCTCTACAATCTGTCGAGAGAGTTCGATAGAGCAATCACAT 1983
Query 1971 CCTTCCAAACAGCATTACAACTAAAACCAAACGATTATTCTCTATGGAATAAGCTAGGTG 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1984 CCTTCCAAACAGCATTACAACTAAAACCAAACGATTATTCTCTGTGGAATAAGCTAGGTG 2043
Query 2031 CAACACAAGCCAACAGTGTCCAGAGTGCTGATGCCATATCTGCTTATCAACAGGCTCTAG 2090
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 CAACGCAAGCCAACAGTGTCCAGAGTGCTGATGCCATATCTGCTTATCAACAGGCTCTAG 2103
Query 2091 ATTTAAAACCTAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGG 2150
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 ATTTAAAACCAAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGG 2163
Query 2151 GGATGTACAAAGAATCAATTCCGTATTATGTTCGTGCCCTTGCGATGAATCCTAAAGCTG 2210
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 GGATGTACAAAGAATCAATCCCGTATTATGTCCGTGCCCTTGCGATGAATCCTAAAGCTG 2223
Query 2211 ATAACGCATGGCAATACTTGAGGCTCTCGTTAAGTTGTGCCTCAAGGCAAGACCTGATTG 2270
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 2224 ATAACGCATGGCAATACTTGAGACTCTCGTTAAGTTGTGCATCAAGGCAAGACATGATAG 2283
Query 2271 AAGCTTGCGAGTCAAGGAATCTCGATCTTTTGCAGAAAGAATTCCCGCTGTGAGTAGACA 2330
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 AAGCTTGTGAGTCAAGGAATCTCGATCTCTTGCAGAAAGAATTCCCGCTGTGAGTAGACA 2343
Query 2331 AAAAGCAGACGATTTAAGCCCTAAATCCACATGAAAATCTTACAAGGACGTTACGTCTTT 2390
|| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2344 AA--GCAGACGATTAAAACCCTAAATCCACATGAAAATCTTACAAAGACGTTACGTCTTT 2401
Query 2391 TTGTT 2395
|||||
Sbjct 2402 TTGTT 2406
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118925091105
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5