BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg496189 Length=3085 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G60410.2 | Symbols: ATSIZ1, SIZ1 | DNA-binding protein with ... 4630 0.0 > AT5G60410.2 | Symbols: ATSIZ1, SIZ1 | DNA-binding protein with MIZ/SP-RING zinc finger, PHD-finger and SAP domain | chr5:24294890-24301115 FORWARD LENGTH=3219 Length=3219 Score = 4630 bits (2507), Expect = 0.0 Identities = 2715/2817 (96%), Gaps = 8/2817 (0%) Strand=Plus/Plus Query 53 ATC-AGTTTCCGATTTCATGATCGGGTGCTGTATATGGAGACTAATTGCTGGAGTTTAGG 111 ||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 127 ATCAAGTATCCGATTTCATGATCGGTTGCTG--TATGGAGACTAATTGCTGGAGTTTAGG 184 Query 112 TTCGTGTGTTTTGAACTGAGCTTTTGGTTCTTG-TT-TGTCTGCTGTTGAAGACATGGAT 169 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| Sbjct 185 TTCGTGTGTTTTGAACTGAGCTTTTGGTTCTTGTTTGTGTCTGGTGTTGAAGACATGGAT 244 Query 170 TTGGAAGCTACTTGTAAGGATAAACTTTCATATTTTCGAATAAAAGAGCTCAAGGATGTG 229 |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 245 TTGGAAGCTAATTGTAAGGAAAAACTTTCATATTTTCGGATAAAAGAGCTCAAGGATGTG 304 Query 230 CTCACTCAGCTGGGACTTTCGAAACAGGGAAAGAAGCAGGAACTTGTCGACCGGATCTTA 289 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 305 CTCACTCAGCTGGGACTTTCGAAACAGGGAAAGAAGCAGGAACTTGTCGACCGGATCTTG 364 Query 290 ACCCTTCTTTCTGATGAACAAGCTGCCAGGGTGTGGTCTAAAAAGAATACAGTGGCAAAG 349 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 365 ACCCTTCTTTCTGATGAACAAGCTGCCAGGTTGTTGTCTAAAAAGAATACAGTGGCAAAG 424 Query 350 GAAGAAGTTGCAAAATTAGTGGACGATACATATAGGAAAATGCAAGTATCTGGGGCAAGT 409 |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 425 GAAGCAGTTGCCAAATTAGTGGACGATACATATAGGAAAATGCAAGTATCTGGGGCAAGT 484 Query 410 GATTTAGCATCAAAAGGACAAGTAAGTTCAGATACCAGTAATCTGAAAGTTAAGGGAGAG 469 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 485 GATTTAGCATCAAAAGGACAAGTGAGTTCAGATACCAGTAATCTGAAAGTTAAGGGAGAG 544 Query 470 CCTGAAGATCCCTTTCAACCAGAAATTAAAGTTCGATGTGTTTGTGGGAATTCACTAGAA 529 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| Sbjct 545 CCTGAAGACCCCTTCCAACCAGAAATTAAAGTTCGATGTGTTTGTGGAAACTCGCTAGAA 604 Query 530 ACAGACTCAATGATACAGTGTGAGGATCCAAGATGCCATGTTTGGCAGCATGTTGGCTGT 589 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 605 ACAGACTCAATGATACAGTGTGAGGATCCAAGATGCCATGTTTGGCAGCATGTTGGCTGT 664 Query 590 GTTATTCTCCCAGATAAGCCAATGGATGGGAATCCACCACTTCCAGAATCATTTTATTGT 649 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 665 GTTATTCTCCCAGATAAGCCTATGGATGGGAATCCACCACTTCCGGAATCATTTTATTGT 724 Query 650 GAAATCTGCCGACTTACTCGAGCTGACCCGTTTTGGGTTACAGTGGCACATCCACTCTCT 709 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 725 GAAATCTGCCGACTTACTCGAGCTGACCCATTTTGGGTTACAGTGGCACATCCACTCTCT 784 Query 710 CCAGTGAGGCTGACTGCGACGACTATCCCAAATGATGGTACAAACACAATGCTGAGTGTG 769 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| Sbjct 785 CCAGTGAGGCTGACTGCAACGACTATCCCAAATGATGGTGCAAGCACAATGCAGAGTGTG 844 Query 770 GAGAGAACATTTCAAATTACAAGGGCAGACAAGGACCTGCTGGCCAAACAAGAGTACGAT 829 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| Sbjct 845 GAGAGAACATTTCAAATCACAAGGGCAGACAAGGACCTTTTGGCCAAACCAGAGTACGAT 904 Query 830 GTTCAGGCTTGGTGTATGCTCTTGAATGACAAAGTTCTCTTTAGGATGCAGTGGCCTCAG 889 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 905 GTTCAGGCTTGGTGTATGCTCTTGAATGATAAAGTTCTCTTTAGGATGCAGTGGCCTCAG 964 Query 890 TATGCTGATCTGCAGGTCAATGGTTTGCCTGTACGTGCAATTAATCGACCTGGATCACAG 949 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 965 TATGCTGATCTGCAGGTCAATGGTGTGCCTGTACGTGCAATTAATCGACCTGGAGGACAG 1024 Query 950 CTTTTGGGAGTCAACGGCCGCGACGATGGACCTATTATCACACCTTGTATTAGGGATGGA 1009 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 1025 CTTTTGGGAGTCAACGGCCGCGACGATGGACCCATTATTACATCTTGTATTAGGGATGGA 1084 Query 1010 GTTAACAGAATATCCTTGAGTGGAGGTGACGTTCGGATTTTTTGTTTTGGAGTTAGACTT 1069 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1085 GTTAACAGAATATCCTTGAGTGGAGGTGACGTTCGGATTTTTTGTTTTGGGGTCAGACTT 1144 Query 1070 GTGAAGCGCAGGACTCTACAACAGGTTCTAAATTTGATTCCAGAAGAAGGTAAAGGGGAG 1129 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1145 GTGAAGCGCAGGACTCTACAACAGGTTCTAAATTTGATTCCAGAAGAGGGTAAAGGGGAG 1204 Query 1130 ACTTTTGAAGATGCTCTTGCACGAGTCCGCCGATGCATTGGAGGTGGAGGTGGAGATGAT 1189 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1205 ACTTTTGAAGATGCTCTTGCACGTGTCCGCCGATGCATTGGAGGTGGAGGTGGAGATGAT 1264 Query 1190 AATGCCGACAGTGATAGTGACATTGAAGTTGTTGCTGATTTCTTCGGTGTCAATCTTCGG 1249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1265 AATGCCGACAGTGATAGTGACATTGAAGTTGTTGCTGATTTCTTCGGTGTCAATCTTCGG 1324 Query 1250 TGTCCTATGAGCGGTTCTAGGATAAAAGTTGCTGGGAGATTTTTACCCTGTGTGCACATG 1309 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1325 TGTCCTATGAGCGGTTCTAGGATAAAAGTTGCTGGGAGATTTTTACCCTGTGTGCACATG 1384 Query 1310 GGCTGTTTTGACCTTGATGTGTTTGTGGAGTTGAATCAACGTTCCAGAAAGTGGCAGTGC 1369 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1385 GGCTGTTTTGACCTTGATGTGTTTGTGGAGTTGAATCAACGTTCCAGAAAGTGGCAGTGC 1444 Query 1370 CCTATTTGTCTGAAGAACTACTCAGTGGAGCATGTAATTGTCGATCCTTATTTTAACCGT 1429 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1445 CCTATTTGTCTGAAGAACTACTCAGTGGAGCATGTAATCGTCGATCCTTATTTTAACCGT 1504 Query 1430 ATCACGTCTAAGATGAAGCATTGTGATGAAGAGGTGACTGAAATTGAAGTGAAACCTGAT 1489 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1505 ATCACGTCTAAGATGAAGCATTGTGATGAAGAGGTGACTGAAATTGAAGTGAAACCTGAT 1564 Query 1490 GGTTCTTGGCGTGTAAAGTCCAAAAGAGAGAGTGAGCGAAGGGAACTGGGGGAACTCTCA 1549 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1565 GGTTCTTGGCGTGTAAAGTTCAAAAGAGAGAGTGAGCGAAGGGAACTGGGGGAACTCTCA 1624 Query 1550 CAGTGGCACGCACCAGATGGTAGTCTTTACCCCTCTGCTGTTGATATTAAACGGAAGATG 1609 |||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1625 CAGTGGCATGCACCTGATGGTAGCCTTTGCCCCTCTGCTGTTGATATTAAACGGAAGATG 1684 Query 1610 GAAATGTTACCGGTTAAGCAAGAAGGTTTCTCAGATGGCCCGGCGCCTCTAAAACTTGGA 1669 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||| Sbjct 1685 GAAATGTTACCGGTTAAGCAAGAAGGTTACTCAGATGGTCCAGCCCCGCTAAAACTTGGA 1744 Query 1670 ATAAGGAAAAATCGTAATGGCATTTGGGAAGTTAGCAAACCTAATACAAATGGATTATCT 1729 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1745 ATAAGGAAGAATCGTAATGGCATTTGGGAAGTTAGCAAACCTAATACAAATGGATTATCT 1804 Query 1730 TCCAATAATAGGCAAGAAAAGGTTGGGTATCAGGAGAAAAATGTTATACCAATGAGTAGT 1789 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 1805 TCCAGTAATAGGCAAGAAAAGGTTGGGTATCAGGAGAAGAATATTATACCAATGAGTAGT 1864 Query 1790 AGTGCTACTGGAAGTGGTAGGGATGGTGATGATGCAAGCGTAAACCAGGATGCTATTGGA 1849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1865 AGTGCTACTGGAAGTGGTAGGGATGGTGATGATGCAAGCGTAAACCAGGATGCTATTGGA 1924 Query 1850 ACTTTTGACTTTGTAGCCAACGGCATGGAACTTGATTCCATTTCCATGAATGTTGATTCA 1909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1925 ACTTTTGACTTTGTAGCCAACGGCATGGAACTTGATTCCATTTCCATGAATGTTGATTCA 1984 Query 1910 GGTTATAACTTTCCTGACAGAAACCAATCTGGAGAGGGTGGAAATAATGATGTCATCGTT 1969 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1985 GGTTATAACTTTCCTGACAGAAACCAATCTGGCGAGGGTGGAAATAATGAAGTCATCGTT 2044 Query 1970 CTGAGTGATTCTGATGACGAGAATGATGTAGTAATCACTCCAGGGCCTGCATACAGTGGT 2029 ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2045 CTGAGTGATTCTGATGACGAGAATGATTTAGTGATCACTCCAGGGCCTGCATACAGTGGT 2104 Query 2030 TGTCAAACAGATGGTGGGCTTACTTTTCCACTGAACCCTTCTGGAATAATTAACTCATAT 2089 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2105 TGTCAAACAGATGGTGGACTTACTTTTCCACTGAACCCTCCTGGAATAATTAACTCATAT 2164 Query 2090 AATGAGGACCCACACAACATAGCTGGGGGAAGTTCACGCTTAGGTCTTTTCAATGATGAT 2149 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2165 AATGAGGACCCACACAGCATAGCTGGGGGAAGTTCAGGCTTAGGTCTTTTCAATGATGAT 2224 Query 2150 GACGAATTTGATACGCCCCTTTGGTCATTTCCTTCTGAAACTCCAGAAGCCCCTGGGTTC 2209 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2225 GATGAATTTGATACGCCCCTTTGGTCATTTCCTTCTGAAACTCCAGAAGCCCCTGGGTTC 2284 Query 2210 CAGCTATTTAGATCTGATGCTGACGTTTCAGAAGGTTTAGTTGGTTTGCATAATCATGGT 2269 || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 2285 CAACTATTTAGATCTGATGCTGACGTTTCAGGAGGTTTAGTTGGTTTGCATCATCATAGT 2344 Query 2270 CCACTAAACTGTGCTCCTGAAATAAATGGAGGTTACACCATGGCTCCTGAGACATCAATG 2329 |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2345 CCACTAAACTGTTCTCCTGAAATAAATGGAGGTTATACCATGGCTCCTGAGACATCAATG 2404 Query 2330 GCATCTATTCCTGTGGTTCCTGGCTCGGCTGGACGATCTGAAGCAAACGATGGCCTAGTT 2389 |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2405 GCATCTGTTCCTGTGGTTCCTGGCTCTACTGGCCGATCTGAAGCAAACGATGGCCTAGTT 2464 Query 2390 GACAATCCTCTTGCATTTGGTAGAGACGATCCCTCACTTCAAATATTTTTGCCAACAAAA 2449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2465 GACAATCCTCTTGCATTTGGTAGAGACGATCCCTCACTTCAAATATTTTTGCCAACAAAA 2524 Query 2450 CCAGATGCTTCAGCTCAGTCGGGTTTTAAAAACCAAGCTGATATGTCAAATGGTATCCGC 2509 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2525 CCAGATGCTTCAGCTCAGTCGGGTTTTAAAAACCAAGCTGATATGTCAAATGGTCTCCGT 2584 Query 2510 AGTGAAGACTGGATCTCGCTTAGGCTAGGTGATAGCGCTTCTGGGAATCATCGAGTTCCT 2569 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||| Sbjct 2585 AGTGAAGACTGGATCTCGCTTAGGCTAGGCGATAGCGCCTCTGGGAATCATGGAGATCCT 2644 Query 2570 GCAACTGCAAACGGGGTTAACTCAAGCCAGCAGATGTCTCCAAGGGAAGGTTCTTTGGAT 2629 |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| Sbjct 2645 GCAACTACAAACGGGATTAACTCAAGCCATCAGATGTCTACGAGGGAAGGTTCTATGGAT 2704 Query 2630 ACTACAACAGACACTGCGTCGTTGCTTCTGGGTATGAATGACAGTAGGCAAGACAAGGCA 2689 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2705 ACTACAACAGAGACTGCGTCGTTGCTTCTGGGTATGAATGACAGTAGACAAGACAAGGCA 2764 Query 2690 AAGAAGCAAAGATCAGATAATCCATTTTCATTTCCTCGGCAGAAGCGTTCTGTAAGACCT 2749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2765 AAGAAGCAAAGATCAGATAATCCATTTTCATTTCCTCGCCAGAAGCGTTCTGTAAGACCT 2824 Query 2750 CGGATGTTCCTCTCCATTGACTCGGATTCTGAAACAATGAACGGGATCATCAGACAAGAC 2809 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2825 CGGATGTACCTCTCCATTGACTCGGATTCTGAAACAATGAACAGGATCATCAGACAAGAC 2884 Query 2810 ACCGGAGGTTAC-CAAGATTTGCTTGATTCTCTCTGTGCAGGCAAGAATTGAACCGG 2865 ||||||| ||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2885 ACCGGAGTTTAAACAAGATTTGCATAATTCTCT--GTGCAGGCAAGAATTGAACCGG 2939 Score = 252 bits (136), Expect = 2e-65 Identities = 187/209 (89%), Gaps = 13/209 (6%) Strand=Plus/Plus Query 2864 GGATGTAGTTTGGCAAAAGC-AATGCACTGGCTGATTTAGTTACTCTGATAGGCAGGAAA 2922 ||||||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| | |||| Sbjct 3022 GGATGTAATTT-GC-AAAGCGAA-GCACTGGCTGATTTAGTTTCTCTGATAGAAAAGAAA 3078 Query 2923 AGTGGGCACAGTGGGTTCCGGTTTAATTAATTAGTAATTTGTATACTCG-AATAGGtttt 2981 |||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 3079 AGTGGGCACAGT-GGTTCC-G---ATTTAATTAGTAGTTTGTATACTCGAAATAGGTTTT 3133 Query 2982 ttttttGTGGACGATGATAAAATTACTTCGAAGCCAGGAGGAGCTATAGAGAGATATAGC 3041 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3134 TTTTGTGTGGACGATGATAAAATTACTTCGAAGCCAGGAG---CTATAGAGAGATATAGC 3190 Query 3042 AATGTAAATTATGGGCTCCAATTTTTATT 3070 ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3191 AATGTAAATTATGGGCTCCAAATTTTATT 3219 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 153410511694 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5