BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg496588 Length=3529 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G63960.2 | Symbols: | DNA binding;nucleotide binding;nuclei... 3783 0.0 > AT5G63960.2 | Symbols: | DNA binding;nucleotide binding;nucleic acid binding;DNA-directed DNA polymerases;DNA-directed DNA polymerases | chr5:25599514-25606768 FORWARD LENGTH=3518 Length=3518 Score = 3783 bits (2048), Expect = 0.0 Identities = 2186/2253 (97%), Gaps = 7/2253 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1207 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCGGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1266 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1269 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1328 Query 1267 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCAACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1326 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1329 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCTACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1388 Query 1327 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTGCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1386 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1389 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTCCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1448 Query 1387 ATAAGGGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGACGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1446 ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1449 ATAAGAGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGAAGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1508 Query 1447 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCACACTTTCTT 1506 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1509 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCTCACTTTCTT 1568 Query 1507 TCCGAGCAGAAATAGGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCC 1566 |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1569 TCCGAGCAGAAAGAAGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCG 1628 Query 1567 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTCTGAAGGATGCATATCTCCCTCAGAGGCTT 1626 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1629 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTTTGAAGGATGCATATCTTCCTCAGAGGCTT 1688 Query 1627 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1686 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1689 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1748 Query 1687 ATTTCCTTTCTTCTTGCTAGAGGACAGAGTATCAAGGTTCTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1746 ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1749 ATTTCATTTCTTCTTGCGAGAGGACAGAGTATCAAGGTTTTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1808 Query 1747 -GCTAAACAGAAGAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1805 || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1809 GGC-AAACAGAAAAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1867 Query 1806 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1865 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1868 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1927 Query 1866 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1925 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1928 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1987 Query 1926 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAGAAC 1985 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1988 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAAAAC 2047 Query 1986 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAAGTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2045 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2048 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAACTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2107 Query 2046 CGAAGAGCTTCTTACCGCCCGTAAAAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2105 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2108 CGAAGAGCTTCTTACTGCCCGTAAGAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2167 Query 2106 ACTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTGGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2165 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2168 CCTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTAGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2227 Query 2166 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTAATGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCAAGTGT 2225 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2228 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTGTTGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCGAGTGT 2287 Query 2226 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAGACGAAGAAACTTGTGGAAGACAAATTCAC 2285 |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2288 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAAACAAAGAAACTTGTTGAAGACAAATTCAC 2347 Query 2286 AACACTGGGAGGGTATGAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2345 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2348 AACACTGGGAGGGTATCAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2407 Query 2346 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCAATGAACTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2405 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2408 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCGATGACCTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2467 Query 2406 ACATATTAGCGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAAGTCTATTTCCC 2465 ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2468 ACACATTAGTGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAGGTCTATTTCCC 2527 Query 2466 ATATCTGCTCATTAACAAGAAGAGATATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2525 |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2528 ATATCTTCTCATTAACAAGAAGAGGTATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2587 Query 2526 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2585 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2588 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2647 Query 2586 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGCGCAGC 2645 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2648 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGGGCAGC 2707 Query 2646 TGAAAATGTTAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2705 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2708 TGAAAATGTCAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2767 Query 2706 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2765 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2768 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2827 Query 2766 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCCACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2825 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2828 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCTACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2887 Query 2826 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGGTCAGAAGA 2885 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2888 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGATCAGAAGA 2947 Query 2886 TCCGATCTACGTGCTACAGAATAACATCCCTATAGTCCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 2945 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2948 TCCAATCTACGTGCTACAGAATAATATCCCTATAGACCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 3007 Query 2946 GATTAGCAAACCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3005 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3008 GATTAGCAAGCCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3067 Query 3006 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATTACTACTCCTTCAAACAGCGGCATAAT 3065 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3068 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATCACTACTCCTTCAAACAGCGGTATAAT 3127 Query 3066 GAAATTTGCTAAGAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3125 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3128 GAAGTTTGCTAAAAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3187 Query 3126 TCTGTGCTCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATACTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3185 || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3188 ACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3247 Query 3186 GGCTGAGCTAGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACCCAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3245 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3248 GGCTGAGCTTGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACACAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3307 Query 3246 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3308 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3367 Query 3306 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTTTAATAAGT 3365 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3368 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTCTAATAAGT 3427 Query 3366 ATTTA-GGTTGTTTTTAGCTCTCttttttttACATTGGTTTC-TCCGCTATTA-ACTTTT 3422 ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| ||| ||||| Sbjct 3428 ATTTAAGGTTGTTTTTAGCTCTCTCTTTTTTCCATTGGTATCGTT-GCTGTTACACTTT- 3485 Query 3423 CCGTTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3455 ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3486 CCGCTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3518 Score = 1925 bits (1042), Expect = 0.0 Identities = 1165/1223 (95%), Gaps = 14/1223 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAAT--CACACATTGTCT 58 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAATCACACACATTCTCT 60 Query 59 TCTTTTCCCGCTCGCCCAAAGCCATGAATAGAGCCGGTAATTCCAAAAAGCGACCGCCTC 118 ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 61 TCTTTTCCCGCTCACCCAAAGCCATGAATAGATCCGGTATTTCCAAAAAGCGACCGCCTC 120 Query 119 CTTCGAATA--CC-CCACCGGC-GGTGAAGCATCGAGCCACTGGTAATTCAACACCATCT 174 ||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 121 CTTCGAATACCCCACCACCGGCGGGT-AAGCATCGAGCCACTGGTGATTCAACACCATCT 179 Query 175 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGGTGGACGAGGACGTGTTTCTCGACGAA 234 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 180 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGATGGAAGAGGACGTGTTTCTGGACGAA 239 Query 235 GCTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATTCTCCGGGACATTGAGGAGCGT 294 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 240 ACTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATCCTCCGTGACATTGAGGAGCGT 299 Query 295 GAATCGCGTTCGTCGGCTTTGGCTCGACCTCCGCTCTCACCCGCTTATCTCTCGAATTC- 353 ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 300 GAATCGCGTTCCTCGGCTTGGGCTCGACCTCCGCTCTCCCCCGCGTATCTCTCGAATTCA 359 Query 354 C-CAG----ATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATTTCGGAGAGTCATAAGGAG 408 | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 360 CAGAGTATCATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATCGCGGAGAGTCATAAGGAG 419 Query 409 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 468 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 479 Query 469 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTCGAGCCCTACTTTTACATTGCTTGCCCT 528 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTTGAGCCATACTTTTACATTGCTTGCCCT 539 Query 529 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGATTCTTGAGGGAAGGATGAGG 588 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 540 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGAGTCTTGAGGGAAGGATGAGG 599 Query 589 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTCGGCGTATCGAAATGGTGCAAAAA 648 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| Sbjct 600 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTAAACGTATAGAAATGGTGCAGAAA 659 Query 649 AGAAGTATTATGTATTACCAACAGCAAGAATCACAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 708 ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AGAAGCATTATGTATTACCAACAGCAAAAATCCCAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 719 Query 709 TTGCCAACTATGGTGGCAAGTTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCTTACAAATTGATGGA 768 ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 720 TTGCCGACTATGGTGGCAAGCTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCCTACAAATTGATGGA 779 Query 769 TTTGGTATGAAGAGCTTCCAAACATATGAGAGCAATATTATTTTCGTTCTCCGTTTCATG 828 || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTGGGTATGAAGAGCTTCCAGACATATGAAAGCAATATTCTTTTCGTTCTCCGTTTCATG 839 Query 829 GTTGACTGCGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAATATAAGAAG 888 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 840 GTTGATTGTGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAGTATAAGAAA 899 Query 889 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 959 Query 949 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1008 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1019 Query 1009 ATTGAGTGCGCAGGTCGTAAAGGGCACTTTCCGGAGGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1068 |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 ATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGACATTTTCCGGAAGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1079 Query 1069 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1139 Query 1129 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1188 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1199 Query 1189 GTCTTACTAGCTTGGAGGG-ATT 1210 ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1200 GTCTTACTAGCTTGGAGGGTATT 1222 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 175684634386 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5