BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg888668
Length=1878
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G34110.1 | Symbols: PAB2, PABP2, ATPAB2 | poly(A) binding pr... 3064 0.0
> AT4G34110.1 | Symbols: PAB2, PABP2, ATPAB2 | poly(A) binding
protein 2 | chr4:16336387-16340098 FORWARD LENGTH=2441
Length=2441
Score = 3064 bits (1659), Expect = 0.0
Identities = 1817/1892 (96%), Gaps = 16/1892 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGCAGGTTCAACTTCAGGGTCAGACTCCGAATGGTTCGACCGTGGCGGTCACTGCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 346 ATGGCGCAGGTTCAACTTCAGGGTCAGACTCCGAATGGTTCGACCGCGGCGGTCACTTCT 405
Query 61 GCTTCGGTGACGTCAGGTGGAGCAACGGCGGCCGGGTTTGGTACCACGTCGCTTTATGTG 120
||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 406 GCTCCGGCGACGTCAGGTGGAGCAACGGCGACCCAGTTTGGTAACACGTCGCTTTATGTG 465
Query 121 GGGGATCTCGATTTCAATGTGACGGACTCGCAGCTTTTCGATGCGTTTAGCCAAATGGGT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 466 GGGGATCTCGATTTCAATGTGACGGACTCGCAGCTTTTCGATGCGTTTGGCCAAATGGGT 525
Query 181 CCAGTGGTCTCCGTTCGTGTCTGTAGGGATTTGGCCACTCGCCGATCCCTTGGCTATGGA 240
| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 526 ACTGTGGTCACCGTTCGTGTCTGTAGGGATTTGGTCACTCGCCGATCTCTTGGCTATGGA 585
Query 241 TACGTTAACTTCACCAATCCCCAAGACGCTGCAAGAGCGATCCAAGAACTGAATTACATA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 TACGTTAACTTCACCAATCCCCAAGACGCTGCAAGAGCGATCCAAGAACTGAATTACATA 645
Query 301 CCTCTTTATGGAAAACCTATTAGGGTTATGTATTCTCATCGTGATCCTAGTGTTCGTCGA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 646 CCTCTTTATGGAAAACCTATTAGGGTTATGTATTCTCATCGTGATCCTAGTGTTCGCCGA 705
Query 361 AGTGGCGCTGGGAACATTTTCATCAAGAATTTGGACGAGTCCATCGACCACAAAGCACTA 420
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 AGTGGCGCTGGCAACATTTTTATTAAGAATTTGGACGAGTCCATCGACCACAAAGCACTG 765
Query 421 CATGATACTTTTTCAGT-GTTTGGAAACATTGTGTCGTGCAAGGTAGCTGTGGACTCTTC 479
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 766 CATGATACTTTTTCA-TCGTTTGGAAACATTGTGTCGTGCAAGGTAGCTGTCGATTCTTC 824
Query 480 AGGCCAATCAAAAGGCTATGGCTTTGTGCAATACGCCAATGAAGAATCTGCCCAGAAAGC 539
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 AGGCCAGTCAAAAGGCTATGGGTTTGTGCAATACGCCAATGAAGAATCTGCCCAGAAAGC 884
Query 540 TATAGAGAAACTGAACGGCATGTTGCTCAATGACAAGCAAGTGTATGTGGGTCCTTTCCT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 TATAGAGAAACTGAACGGCATGTTGCTCAATGACAAGCAAGTGTATGTGGGTCCTTTCCT 944
Query 600 GAGGAGACAAGAAAGAGATTCCACTGCTAACAAAACGAAATTCACCAATGTGTATGTGAA 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GAGGAGACAAGAAAGAGACTCCACTGCTAACAAAACGAAATTCACCAATGTGTATGTGAA 1004
Query 660 GAATCTTGCGGAAAGTACTACCGATGATGACTTGAAGAACGCTTTTGGCGAGTATGGAAA 719
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 GAATCTCGCGGAAAGTACTACCGATGATGACTTGAAGAATGCTTTTGGCGAGTATGGAAA 1064
Query 720 GATAACAAGTGCTGTGGTGATGAAAGATGGAGATGGGAAGTCTAAGGGCTTTGGGTTTGT 779
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1065 GATAACAAGTGCTGTCGTGATGAAAGATGGAGAAGGGAAGTCCAAGGGCTTTGGGTTTGT 1124
Query 780 TAACTTTGAAAATGCTGATGATGCTGCTAGGGCTGTGGAGTCTCTCAATGGGCACAAACT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1125 CAACTTTGAAAATGCTGATGATGCTGCTAGGGCTGTGGAGTCTCTCAATGGGCACAAATT 1184
Query 840 TGATGATAAGGAGTGGTATGTTGGTAGAGCCCAGAAGAAGTCGGAGAGGGAAACAGAATT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGATGATAAGGAGTGGTATGTTGGTAGAGCCCAGAAGAAGTCAGAGAGGGAAACAGAATT 1244
Query 900 AAGGGTCCGTTATGAACAGAATTTGAAGGAAGCTGCAGACAAGTTTCAAAGTTCAAACTT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 AAGGGTCCGTTATGAACAGAATTTGAAGGAAGCTGCAGACAAGTTTCAAAGTTCAAACTT 1304
Query 960 GTATGTGAAGAATTTGGATCCTAGCATTTCAGATGAGAAGCTTAAAGAGATCTTTTCTCC 1019
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 GTATGTTAAGAATTTGGATCCTAGCATTTCAGATGAGAAACTTAAAGAGATCTTTTCTCC 1364
Query 1020 TTTTGGTACCGTTACATCTTGCAAGGTGATGCGGGATCCTAATGGAACAAGCAAAGGCTC 1079
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 TTTTGGTACCGTTACATCTAGCAAGGTGATGCGGGATCCTAATGGAACAAGCAAAGGCTC 1424
Query 1080 AGGTTTTGTTGCTTTCTCAACTCCCGAAGAAGCAACCGAAGCTATGTCACAGTTGAGCGG 1139
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 AGGTTTTGTTGCTTTCGCAACTCCCGAAGAAGCAACTGAAGCTATGTCACAGTTGAGCGG 1484
Query 1140 TAAAATGATCGAAAGCAAGCCACTCTATGTGGCTATTGCACAGCGGAAGGAAGACAGAAG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 TAAAATGATCGAAAGCAAGCCACTCTATGTGGCTATTGCACAGCGGAAGGAAGACAGAAG 1544
Query 1200 GG-C----T-CAG--T---TTT-CCCAAGTGAGGCCAGTTGCAATGCAGCCGTCTGTTGG 1247
|| | | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 GGTCAGACTACAGGCTCAGTTTTCCCAAGTGAGGCCAGTTGCAATGCAGCCGTCTGTTGG 1604
Query 1248 TCCCCGCATGCCAGTGTATCCCCCGGGTGGTCCTGGTATTGGACAACAAATGTTCTATGG 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TCCCCGCATGCCAGTGTATCCCCCGGGTGGTCCTGGTATTGGACAACAAATGTTCTATGG 1664
Query 1308 TCAGGGCCCTCCTACCATGATTCCTCCCCAGCCTGGGTTTGGGTACCAACAGCAGCTTGT 1367
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1665 TCAGGCCCCTCCTGCCATGATTCCTCCCCAGCCTGGGTATGGATACCAACAGCAGCTTGT 1724
Query 1368 TCCTGGAATGAGACCTGGTGGGGGCCCTGGACCCAATTTCTTCATGCCTATGGTTCAGCA 1427
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 TCCTGGAATGAGACCTGGTGGGGGTCCTGTACCCAGTTTCTTCATGCCTATGGTTCAGCC 1784
Query 1428 ACAGCAGCAGCGTCCTGGGGGAGGAAGACGTCCTGGGGGAATCCAACACCCCCAGCAGCA 1487
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1785 ACAGCAGCAGCGTCCTGGAGGAGGAAGACGTCCTGGGGGAATCCAACACTCCCAGCAGCA 1844
Query 1488 AAATCCCATGATGCAGCAACAGATGCATCCAAGGGGTCGGATGATCCGGTATCCCCAAGG 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1845 AAATCCCATGATGCAGCAACAGATGCATCCAAGGGGTCGGATGTTCCGGTATCCCCAAGG 1904
Query 1548 ACGTGGTGGTAGTGGTGAGGTGCCTCCATATGATATGGGCAACAACATGCCATTGCCTAT 1607
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1905 GCGTGGTGGTAGTGGTGATGTGCCTCCATATGATATGGGCAACAACATGCCATTGACTAT 1964
Query 1608 TGGGGCTTTGGCTTCACATCTGGCTAATGCTTCTCCAGAGCAACAGAGGACGATGCTGGG 1667
||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TGGAGCTTTGGCTTCAAATCTGTCTAATGCTACTCCAGAGCAACAGAGGACGATGCTGGG 2024
Query 1668 TGAGAGT-CTGTACCCGTTGGTGGAGCAGCTTGAGGCAGAGTCTGCAGCCAAAGTGACTG 1726
|||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 TGAG-GTGCTGTACCCGTTGGTGGAGCAGGTTGAGGCAGAGTCTGCAGCCAAAGTGACTG 2083
Query 1727 GGATGCTTTTGGAGATGGACCAGACTGAAGTGCTCCATCTATTGGAGTCACCAGAAGCTC 1786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2084 GGATGCTTTTGGAGATGGACCAGACTGAAGTGCTCCATCTGTTGGAGTCACCAGAAGCTC 2143
Query 1787 TCAAGGCCAAAGTTGCAGAGGCTATGGATGTTCTCAGGAGCGTCGCTGCTGGTGGTGCAG 1846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TCAAGGCCAAAGTTGCAGAGGCTATGGATGTTCTCAGGAGTGTCGCTGCTGGTGGTGCAA 2203
Query 1847 CCGAGCAGCTCGCTTCCTTGAACCTCTCTTAA 1878
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 CCGAGCAGCTCGCTTCCTTGAACCTCTCTTAA 2235
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92971409340
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5