BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg889110
Length=2274
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30120.1 | Symbols: HMA3, ATHMA3 | heavy metal atpase 3 | ch... 3422 0.0
> AT4G30120.1 | Symbols: HMA3, ATHMA3 | heavy metal atpase 3 |
chr4:14730401-14733510 REVERSE LENGTH=2290
Length=2290
Score = 3422 bits (1853), Expect = 0.0
Identities = 2140/2280 (94%), Gaps = 13/2280 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAGAAGGTGAAGAGGCCAAGAAGAAGAATTTACAGACAAGTTACTTCGACGTCGTT 60
||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 9 ATGGCGGAAGGTGAAGAGTCAAAGAAGATGAATTTACAGACAAGTTACTTCGACGTCGTT 68
Query 61 GGAATCTGCTGTTCATCGGAGGTTTCTATCGTCGGTGACGTTCTCCGTCCACTTGACGGC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||
Sbjct 69 GGAATCTGCTGTTCATCGGAGGTTTCTATCGTAGGTAACGTTCTCCGTCAAGTGGACGGC 128
Query 121 GTCAAAGAATTCTCCGTTATCCTCCCTTCTAGAACCGTCATCGTTGTCCATGACACTTTC 180
|| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 129 GTTAAAGAATTCTCAGTCATCGTTCCTTCTAGAACCGTCATCGTTGTCCACGATACTTTT 188
Query 181 TTGATTTCTCCGCTTCAAATCGTCAAGGCTCTGAATCAAGCAAGACTAGAAGCAAGTGTG 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 TTGATTTCTCCACTTCAAATCGTCAAGGCTCTGAATCAAGCAAGACTAGAAGCAAGTGTT 248
Query 241 AGACCATACGGAGAAACAAGCTTGAAGAGTCAATGGCCAAGTCCTTTTGCAATACTTTCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||
Sbjct 249 AGACCATACGGAGAAACAAGCTTGAAGAGTCAATGGCCAAGCCCTTTCGCAATAGTTTCT 308
Query 301 GGTGTATTTCTTGCTCTCTCCTTCTTCAAATACTTTTATAGTCTGCTTGAATGGCTCGCT 360
|||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 309 GGTGTACTGCTAGTTCTCTCCTTCTTCAAATACTTTTATAGTCCGCTTGAATGGCTCGCT 368
Query 361 GTTGTTGCCGTGGTGGCCGGGA-TTTTCCCCATCCTTGCTAAAGCTGTTGCTTCGGTCAC 419
||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 369 ATTGTTGCCGTGGTGG-CTGGAGTTTTCCCCATTCTTGCTAAAGCTGTTGCTTCAGTCAC 427
Query 420 AAGGTTCAGACTTGATATCAACGCTCTCACTTTTATTGCTGTGATAGCAACACTATGTAT 479
||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 428 AAGGTTCAGGCTTGACATCAACGCTCTCACTCTAATTGCTGTGATAGCAACGCTATGTAT 487
Query 480 GCAGAATTTCACAGAAGCTGCCACAATTGTGTTTCTATTCTCAGTTGCAGATTGGCTAGA 539
|||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 488 GCAGGATTTCACAGAAGCTGCTACAATTGTGTTTTTATTCTCAGTTGCAGATTGGCTTGA 547
Query 540 GTCTAGTGCTGCTCATAAGGCAAGCACAGTAATGTCATCACTGATGAGCTTAGCGCCACG 599
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 GTCTAGTGCTGCTCATAAGGCAAGCATAGTAATGTCATCACTGATGAGCTTAGCGCCACG 607
Query 600 AAAGGCAGTGATAGCGGAAACTGGAC-ACGAAGTCGATGTAGATGAGGTTAGGATCAACA 658
||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 608 GAAGGCAGTGATCGCGGATACTGGACTA-GAAGTTGATGTTGATGAGGTTGGGATCAACA 666
Query 659 CAATTGTTTCAGTGAAAGCTGGAGAAAGTATACCGATTGATGGAGTTGTGGTGGATGGAA 718
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CCGTTGTTTCAGTTAAAGCTGGAGAAAGTATACCGATCGATGGAGTTGTGGTGGATGGAA 726
Query 719 GCTGTGATGTGGATGAGAAAACATTGACAGGAGAGTCATTCCCTGTCTCCAAACAGAGAG 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GCTGTGATGTGGATGAGAAAACATTGACAGGAGAATCATTCCCTGTCTCCAAACAGAGAG 786
Query 779 ATTCAACTGTTTTGGCTGCAACCATAAATCTTAATGGTTATATAAAGGTGAAAACTACAG 838
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AGTCAACTGTTATGGCTGCAACCATAAATCTTAATGGTTATATAAAGGTGAAAACTACAG 846
Query 839 CTCTAGCCCGGGACTGCGTAGTTGCGAAAATGACTAAGCTTGTAGAAGAAGCTCAAAAAA 898
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 CTCTAGCCCGGGACTGCGTGGTTGCGAAAATGACTAAGCTTGTAGAAGAAGCTCAAAAAA 906
Query 899 GCCAAACCAAAACTCAAAGGTTTATAGATAAATGTTCTCGCTACTACACTCCAGCTGTTG 958
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 GCCAAACCAAAACTCAAAGGTTTATAGACAAATGCTCTCGCTACTACACTCCAGCTGTTG 966
Query 959 TCGTGTTAGCAGCATGTTTTGCGGTGATCCCGGCATTGTTAAAGCTTCAGGACCTTAGCC 1018
| |||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 967 TTGTGTCAGCAGCATGTTTTGCGGTAATCCCGGTACTGTTAAAGGTTCAAGACCTTAGCC 1026
Query 1019 ATTGGTTTCACTTAGCACTTGTAGTGTTAGTAAGTGGTTGTCCATGTGGTCTTATCTTAT 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1027 ATTGGTTTCACTTAGCACTTGTAGTGTTAGTAAGTGGTTGTCCCTGTGGTCTTATCCTAT 1086
Query 1079 CCACACCTGTTGCTACCTTTTGTGCTCTCACTAAGGCAGCCATGTCGGGGTTTCTGATCA 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1087 CCACACCTGTTGCTACCTTTTGTGCTCTCACTAAGGCAGCCACGTCAGGGTTTCTGATCA 1146
Query 1139 AAACTGGTGATTGTCTAGAGACTCTT-GCAAAGATCAAGATTGTTGCTTTTGACAAAACA 1197
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 AAACTGGTGATTGTCTAGAGAC-ATTAGCAAAGATCAAGATTGTTGCTTTTGACAAAACA 1205
Query 1198 GGAACTATTACAAAGGCTGAGTTCATGGTCTCGGATTTTAGGTCTCTTTCTCACAATATC 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1206 GGAACTATTACAAAGGCTGAGTTCATGGTCTCGGATTTTAGGTCTCTTTCTCCCAGTATC 1265
Query 1258 AATCTGCACAACTTGCTTTACTGGGTCTCGAGCATTGAGAGCAAGTCAAGCCACCCGATG 1317
|| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1266 AACCTGCACAAGTTGCTTTACTGGGTCTCAAGCATTGAGTGCAAGTCAAGCCATCCGATG 1325
Query 1318 GCAGCGGCACTTATTGACTATGCAAGATTAATTTTTGTTGAGCCTAAGCCTGATCTCGTT 1377
||||| || ||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1326 GCAGCTGCGCTTATTGACTACGCAAGATCAGTTTCTGTTGAGCCTAAGCCTGATATAGTC 1385
Query 1378 GAGAACTTTCAAAACTTTCCAGGAGAAGGAGTTTATGGGAGAATAGATGGTCAAGATATC 1437
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GAGAACTTTCAGAACTTTCCAGGAGAAGGAGTTTATGGGAGAATAGATGGTCAAGATATC 1445
Query 1438 TACATTGGAAACAAAAGAATTGCACAGAGAGCTGGATGCTTAACAG-T--T---CCGGAT 1491
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 1446 TACATTGGAAACAAAAGAATAGCACAGAGAGCTGGATGCTTAACAGATAATGTTCCGGAT 1505
Query 1492 ATGGAAGCTAATATGAAGCGAGGTAAGACCATTGGTTACATATACATTGGAGCAAAACTG 1551
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1506 ATTGAAGCTACTATGAAGCGAGGTAAGACCATTGGTTACATATACATGGGAGCAAAACTG 1565
Query 1552 TCCGGAAGTTTCAACCTTATGGACGGTTGTCGATATGGGGTTGCTCAAGCTCTCAAGGAG 1611
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1566 ACCGGAAGTTTCAACCTTTTGGATGGTTGTCGATATGGGGTTGCTCAAGCTCTTAAGGAA 1625
Query 1612 CTTAAGTCTTTAGGAATCAAAACTGCAATGCTCACAGGAGATAACCGAGACGCAGCCCTG 1671
|| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1626 CTCAAATCTT-AGGAATCCAAACTGCAATGCTCACAGGAGATAACCAAGACGCAGCTATG 1684
Query 1672 TCTACTCAAGAACAGTTAGAGAATGCTTTGGATATTGTTCACTCTGAACTCCTTCCACAA 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1685 TCTACTCAAGAACAGTTAGAGAATGCTTTGGATATTGTTCACTCTGAACTTCTTCCACAA 1744
Query 1732 GACAAAGCAAGAATCATCGATGAATTCAAGATCCAAGGGCCTACAATGATGGTAGGAGAC 1791
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1745 GACAAAGCAAGAATTATTGATGATTTCAAGATCCAAGGGCCAACAATGATGGTAGGAGAT 1804
Query 1792 GGGCTTAACGATGCACCGGCTTTAGCGAAAGCAGACATTGGCCTTTCAATGGGGATCTCA 1851
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 1805 GGGCTTAACGATGCACCGGCTTTAGCTAAAGCAGACATTGGTATATCCATGGGGATCTCA 1864
Query 1852 GGGTCAGCACTTGCAACAGAGACAGGAGACATCATTCTTATGTCAAACGATATAAGGAAG 1911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1865 GGGTCAGCACTTGCAACAGAGACAGGAGACATCATTCTTATGTCAAACGACATAAGGAAG 1924
Query 1912 ATCCCGAAAGGGATGAGACTAGCGAAGAGAAGTCATAAGAAAGTGATTGAGAATGTTGTT 1971
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1925 ATTCCTAAAGGGATGAGACTAGCGAAGAGAAGTCATAAGAAAGTGATTGAGAATGTGGTT 1984
Query 1972 TTGTCTGTGAGCATAAAAGGAGCAATCATGGTTCTTGCTTTTGTAGGTTACCCTCTGGTT 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 TTGTCTGTGAGCATAAAAGGAGCAATCATGGTTCTTGGTTTTGTAGGTTACCCTCTGGTT 2044
Query 2032 TGGGCAGCTGTTCTTGCAGATGCAGGAACTTGTTTGCTTGTGATACTCAATAGTATGATG 2091
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 TGGGCAGCTGTTCTTGCAGATGCGGGGACTTGTTTGCTTGTGATACTCAATAGTATGATG 2104
Query 2092 CTTCTACGCGATGAGCGTGAAGCCGTGTCTACATGTTACCGTGCGTCTTCTTCTTCGCCG 2151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 2105 CTTCTACGCGATGAGCGTGAAGCCGTGTCTACATGTTACCGTGCTTCTACTTCTTCACCG 2164
Query 2152 GTGAAACTTGAGGAGGATGAAGCAGAGGATCTAGAAGTTGGCTTGTTGCAGAAGAGTGAG 2211
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 GTGAAGCTTGAGGAGGATGAAGTAGAGGATCTAGAAGTGGGCTTGTTGCAGAAGAGTGAG 2224
Query 2212 GAGACAAGTAAAAAGAGTTGTTGCTCTGGTTGTTGTAGTGGCCCTAAGGATAATCAACAA 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2225 GAGACAAGTAAAAAGAGTTGTTGCTCTGGTTGTTGTAGTGGTCCTAAGGACAATCAACAA 2284
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112850825160
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5