BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg889766
Length=1914
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G23980.1 | Symbols: ARF9 | auxin response factor 9 | chr4:12... 3169 0.0
> AT4G23980.1 | Symbols: ARF9 | auxin response factor 9 | chr4:12451277-12455014
FORWARD LENGTH=2509
Length=2509
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 1847/1911 (97%), Gaps = 5/1911 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 GCGGAGGTGAATATTTGTACGATGAGTTATGGAAATTATGCGCGGGACCTCTGGTTGATG 64
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 326 GCGGAGGTGAATATCTGTACGATGAGTTATGGAAATTATGCGCGGGACCTCTTGTTGATG 385
Query 65 TTCCTCAAGCTCAAGAAAGAGTTTATTATTTTCCTCAAGGTCACATGGAACAACTCGAAG 124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 TTCCTCAAGCTCAAGAAAGAGTTTATTATTTTCCTCAAGGTCACATGGAACAACTCGAAG 445
Query 125 CGTCAACGCAACAAGTCGACTTAAATACGATGAAGCCACTTTTTGTTCTTCCTCCGAAGA 184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 446 CGTCAACGCAACAAGTCGACTTAAATACGATGAAGCCTCTTTTTGTTCTTCCTCCTAAGA 505
Query 185 TTCTCTGCAATGTTATGAACGTTAGTCTTCAGGCGGAGAAAGATACGGATGAGGTCTATG 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TTCTCTGCAATGTTATGAACGTTAGTCTTCAGGCGGAGAAAGATACGGATGAGGTCTATG 565
Query 245 CACAGATTACTTTGATCCCTGTTGGAACTGAAGTTGATGAACCTACGAGTCCTGATCCCT 304
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 566 CTCAGATTACTTTGATCCCTGTTGGAACTGAAGTTGATGAACCTATGAGTCCTGATCCCT 625
Query 305 CTCCTCCTGAGTTGCAAAGGCCAAAAGTTCACTCTTTCAGCAAGGTTTTGACAGCATCTG 364
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 626 CTCCTCCTGAGTTGCAAAGGCCGAAAGTTCACTCTTTCAGCAAGGTTTTGACAGCGTCTG 685
Query 365 ATACAAGCACGCATGGTGGCTTTTCTGTTCTAAGGAAACATGCCACCGAATGCCTTCCTC 424
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 686 ATACAAGCACCCATGGTGGCTTTTCTGTTCTAAGGAAACATGCCACGGAATGTCTTCCTC 745
Query 425 CCCTGGATATGACCCAGCAAACCCCGACCCAGGAGTTAGTAGCCGAAGATGTCCACGGTT 484
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 746 CGCTGGATATGACTCAGCAAACCCCGACCCAGGAGTTAGTAGCCGAAGATGTGCACGGTT 805
Query 485 ATCAGTGGAAATTCAAGCATATTTTTAGAGGCCAACCACGGAGGCATCTATTGACGACAG 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 ATCAGTGGAAATTCAAGCATATTTTTAGAGGCCAACCACGGAGGCATCTATTGACGACAG 865
Query 545 GGTGGAGCACCTTTGTTACATCAAAGAGATTGGTTGCTGGGGACACCTTTGTATTCCTGA 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 GGTGGAGCACCTTTGTTACATCAAAGAGATTGGTTGCTGGGGACACCTTTGTATTCCTGA 925
Query 605 GAGGGGAGAACGGAGAGTTGCGGGTTGGAGTCAGACGTGCTAATCGTCAACAGAGCAGTA 664
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 926 GAGGGGAGAACGGAGAGTTGCGAGTTGGAGTCAGACGTGCTAATCTTCAACAGAGCAGTA 985
Query 665 TGCCTTCATCCGTCATATCAAGTCATAGCATGCATCTGGGAGTGCTTGCTACTGCACGCC 724
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 TGCCTTCATCCGTTATATCAAGTCATAGTATGCATCTGGGAGTGCTTGCTACTGCACGCC 1045
Query 725 ATGCTACTCAAACCAAAACTATGTTCATCGTATACTATAAACCAAGGACAAGCCAATTCA 784
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 ATGCTACTCAAACGAAAACTATGTTCATTGTATACTATAAACCAAGGACAAGCCAATTCA 1105
Query 785 TCATTAGCTTGAACAAATATCTAGAAGCCATGAGCAATAAGTTCTCTGTAGGGATGAGAT 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 TCATTAGCTTGAACAAATATCTAGAAGCCATGAGCAATAAGTTCTCTGTAGGGATGAGAT 1165
Query 845 TTAAGATGCGGTTTGAAGGAGAGGATTCCCCCGAAAGAAGATATTCTGGCACGGTTATTG 904
|||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 TTAAGATGCGTTTTGAGGGAGAGGATTCCCCTGAAAGAAGATATTCTGGCACGGTTATTG 1225
Query 905 GTGTTAATGACTGCTCTCCTCACTGGAAAGACTCGAAATGGCGATGCTTAGAAGTTCACT 964
|||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1226 GTGTGAAAGACTGCTCCCCTCACTGGAAAGACTCAAAATGGCGATGCTTAGAAGTTCATT 1285
Query 965 GGGATGAGCCTGCATCGATTTCAAGACCCAATAAGGTTTCACCATGGGAAATTGAGCCGT 1024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1286 GGGATGAGCCTGCATCGATTTCAAGACCCAATAAGGTTTCACCATGGGAAATTGAACCGT 1345
Query 1025 TTGTAACTTCAGAAAACGTTCCCAAATCAGTTATGCTAAAGAACAAAAGGCCCCGTCAAG 1084
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 TTGTAAATTCAGAAAACGTTCCCAAATCAGTTATGCTGAAGAACAAAAGGCCCCGTCAAG 1405
Query 1085 TTAGTGAAGTATCTGCACTTGATGTAGGAGGCATAACAGCTTCAAACCTTTGGAGCTCTG 1144
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 TTAGTGAAGTATCTGCACTTGATGTAGG---CATAACAGCTTCAAACCTTTGGAGCTCTG 1462
Query 1145 TATTGACGCAATCCCATGAGTTTGCACAGTCGTGCATCACCTCACCGTGGAGTTCTCCTC 1204
| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1463 TTTTGACGCAACCCCATGAGTTTGCACAATCGTGCATCACCTCACAGTGGAGTTCTCCTC 1522
Query 1205 AGCAATGTCCTCGTGATGCAACTGAGGATGCTAAGAAATCTGACTGGCTAAATAACTCTT 1264
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 AGCAATGTCATCGTGATGCAAATGAGGATGCTAAGAAATCTGACTGGCTAAATAACTCTT 1582
Query 1265 ACTCTGTGTCAAATGTATCAAAAGACTCAACACTGAACGACCAAATGGTTTCCCCAGTCG 1324
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 ACTCTGTGTCAAATGTAGCAAAAGACTCAACACTGAACGACCAAATGGTTTCCCCAGTCG 1642
Query 1325 AGCAGAAGAAACCTGAGACAACTACTAATTATAGATTATTTGGAATTGATCTGATGAGTA 1384
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 AGCAGAAGAAGCCTGAGACAACCGCTAATTATAGATTATTTGGAATTGATCTGATGAGTT 1702
Query 1385 CCTCCTTAGCGGCTTC-TGAGGAGAAAACTGCACCCATGCGACCAATCAACATATCCAAA 1443
||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CCTCCCTAGCGG-TTCCTGAGGAGAAAACTGCACCCATGCGACCAATCAACATATCCAAA 1761
Query 1444 CCGACTATGGACAGCCACTCAGACCCAAAATCGGAGATTTCAAAAGTATCAGAAGAGAAA 1503
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 CCGACTATGGACAGCCACTCAGACCCAAAATCAGAGATTTCAAAAGTATCAGAAGAGAAA 1821
Query 1504 AAGCAGGAACCTGCAGAGGGATCACCAAAAGAGGTCCAAAGCAAGCAAAGCAGTTCTGCA 1563
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1822 AAGCAGGAACCTGCGGAGGGATCACCAAAAGAGGTCCAAAGCAAGCAAAGCAGTTCTACA 1881
Query 1564 AGAAGCCGTACCAAGGTGCAGATGCAAGGCGTACCTGTGGGCAGGGCTGTGGATTTAACT 1623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1882 AGAAGCCGTACCAAGGTGCAGATGCAAGGCGTACCTGTGGGCAGGGCTGTGGATTTAAAT 1941
Query 1624 GCACTAAAGGGGTACAACGAGCTTATAGACGACATTGAGAAGCTGTTTGACATAAAAGGG 1683
|| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GCGCTAAAGGGGTACAACGAGCTCATAGATGACATTGAGAAGCTGTTTGACATAAAAGGG 2001
Query 1684 GAACTGCAGAGTCGCAATCAATGGGAAATAGTGTTCACAGACGATGAGGGAGATATGATG 1743
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 GAACTGCGGAGTCGCAATCAATGGGAAATAGTGTTCACAGACGATGAGGGAGATATGATG 2061
Query 1744 CTTGTCGGTGATGACCCATGGCCTGAGTTCTGTAACATGGTGAAGAGAATATTCATATGG 1803
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 CTTGTCGGTGATGACCCATGGCCTGAGTTCTGCAACATGGTGAAGAGAATATTCATATGG 2121
Query 1804 TCGAAAGAGGAAGTGAAGAAAATGACGCCGGGGAACCAACTCCGGATGCTGTTAACGGAA 1863
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2122 TCGAAAGAGGAAGTGAAGAAAATGACGCCTGGGAACCAACTCCGGATGCTGTTAAGGGAA 2181
Query 1864 GTTGAAACAACATTAACAACAGCTTCCAAAACAGATAACCACACCAACTAA 1914
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2182 GTTGAAACAACACTAACAACAACTTCCAAAACAGATAATCATTCCAACTAA 2232
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94778628960
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5