BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg905775
Length=2163
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G04350.1 | Symbols: LACS8 | AMP-dependent synthetase and lig... 3535 0.0
> AT2G04350.1 | Symbols: LACS8 | AMP-dependent synthetase and ligase
family protein | chr2:1515805-1519308 FORWARD LENGTH=2434
Length=2434
Score = 3535 bits (1914), Expect = 0.0
Identities = 2085/2168 (96%), Gaps = 10/2168 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCGTCTAAAGGCAGTGGA-TTTGGAGT 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 142 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCATCTAAAGGCAGT-GACTTTGGAGT 200
Query 60 TTATGGAATCATAGGAGGTGGAATTGTGGCTTTACTTGTACCAGTGTTACTCTCTGTGGT 119
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 201 CTATGGAATCATAGGAGGTGGAATCGTGGCTTTACTTGTGCCTGTGTTACTCTCTGTGGT 260
Query 120 GTTGAATGGAAGCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCGATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 179
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 261 GTTGAATGGAACCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCCATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 320
Query 180 AGGTTACACGATGCGTCATGCTCGTGCTCCTGATTTGGTTGATGTTCCTTGGGAAGGAGC 239
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 321 AGGTTACACAATGCGTCATGCTCGAGCTCCTGAATTGGTTGATGTACCTTGGGAAGGAGC 380
Query 240 TACTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 299
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TGCTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 440
Query 300 TGGGACTAGAGAGTTTATAGATAGGGAATTTGTTACTTCTAGTGATGGAAGGAAGTTTGA 359
|| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 441 AGGAACTAGAGAGTTTATAGATAAGGAATTTATTACTGCTAGTGATGGGAGGAAGTTTGA 500
Query 360 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAGTGGCAAAGTTATGCAGAGGTCTTTGAACGTGTTTG 419
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 501 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAATGGCAAAGTTATGGAGAGGTTTTTGAACGTGTTTG 560
Query 420 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTGAATGTTGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 479
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTTAATGTAGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 620
Query 480 TTCGGATACTCGAGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 539
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 TTCGGATACTCGTGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 680
Query 540 CGTTGTTACTATATATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 599
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 CGTTGTTACTATTTATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 740
Query 600 TCGAGTATCAACCTTGATATGCGACTCGAAACAACTTAAGAAGTTGTCTACGATACAATC 659
|||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 741 TCGAGTGTCAACCTTAATATGTGACTCAAAACAACTTAAGAAGTTGTCTGCGATACAATC 800
Query 660 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 860
Query 720 TAGTGACT-TAAATAGTATGGGTGACATCACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 778
|||||| | | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TAGTGA-TGTCAATAGTATGGGTGATATAACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 919
Query 779 TGGGGCAGAAGAAC-CATGTTCCACCGATCTTACCTTCTAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 837
| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TTGGGCAGAAGAACGC-TGTTCAACCGATCTTACCTTCGAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 978
Query 838 ATGTTTACCAGTGGTAGTACCGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 897
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 ATGTTTACCAGTGGTAGTACTGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 1038
Query 898 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGCTGGATAAGAATGATACATAT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1039 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGTTGGATAAAAATGATACATAT 1098
Query 958 ATTGCATACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1017
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 ATTGCGTACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1158
Query 1018 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1218
Query 1078 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTAAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTGAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1278
Query 1138 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1338
Query 1198 GCAAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1257
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 GCGAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1398
Query 1258 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATACTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATGCTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1458
Query 1318 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGATTTATGCTCTGT-GGAGGAGCTCCTCTATCTCCTGA 1376
||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1459 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGTTTTATGCTC-GTTGGAGGAGCTCCTCTGTCTCCTGA 1517
Query 1377 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1577
Query 1437 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGACCCTGCTGTTGGCCGTGTGGG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1578 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGATCCTGCTGTTGGTCGTGTTGG 1637
Query 1497 ACCTCCACTTCCATGCGGCTATGTGAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1556
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 ACCTCCACTTCCATGCGGCTACGTTAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1697
Query 1557 TTCAGACAAACCAATGCCCAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1616
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 TTCAGATAAACCAATGCCTAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1757
Query 1617 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACGAG 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1758 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACAAG 1817
Query 1677 GTGGTTTTATACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTTATTGA 1736
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1818 GTGGTTTTACACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTCATCGA 1877
Query 1737 CAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACACGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1796
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 TAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACATGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1937
Query 1797 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTACACGCAGACCCAATGAA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1938 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTCCACGCAGACCCAATTAA 1997
Query 1857 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCGTTAGAGAAATGGGCAGAGGA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCATTAGAGAAATGGGCAGAGGA 2057
Query 1917 AGCAGGAGTTAAACACAGTGACTTCGCCGAGCTATGCGAGAACAG-TGAAGCAGTCAAGG 1975
||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2058 AGCTGGAGTTAAACACAGCGAATTCGCTGAGCTATGCGAGAA-AGGTGAAGCAGTCAAGG 2116
Query 1976 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGAAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAACTTC 2035
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2117 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGGAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAGCTTC 2176
Query 2036 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGCCGGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACAGCTG 2095
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2177 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGTCAGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACTGCTG 2236
Query 2096 CTCTTAAGATAAAGAGGGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGATCTCAGCAAGTTGT 2155
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2237 CTCTTAAGATAAAGAGAGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGAACTCAGCAAGTTAT 2296
Query 2156 ATGCCTAA 2163
||||||||
Sbjct 2297 ATGCCTAA 2304
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107278564665
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5