BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg919754 Length=2069 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G09910.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family prot... 3417 0.0 > AT1G09910.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family protein | chr1:3220035-3224541 REVERSE LENGTH=2234 Length=2234 Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0 Identities = 1997/2070 (96%), Gaps = 2/2070 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATCGCTTGGGTC-AAGTACTGATGAAGAAACTGGCTGGTCGGCTCCTTCATCGTTTCACT 59 ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| Sbjct 71 ATCACTTGGGTCGAA-TACTGATGAAGAAACTGGCTGATCGGCTCCTTCATCGTTTTACT 129 Query 60 AATCATGAAACCGCTTTCAACGCCGGCCACCACTGCTCACAAGGGACAGATCAAGGTACA 119 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 130 AATCATGAAACCGCTTTAAACGCCGGCCACCACTGCTCAGAGGGGACAGATCAAGGTACA 189 Query 120 AGTGGTCTTAGTAATAGAAAGGATCTCAATATGCCCTCTCAAGGTGTCCACCTGCATATC 179 |||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 190 AGTGGTCTTAGTCATAGGAAGGATCACAGGATGTCCTCTCATGGTGTCCACCTGCATGTC 249 Query 180 CATGACCGATATGTTGTGATGGACAATGGAATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGG 239 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 250 CATGATCGATATGTTGTGATGGACAATGGGATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGT 309 Query 240 GGTATTATCACTGGGATAAAGTATAACGGTATCGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 299 || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 310 GGAATTATCACTGGGATAGAGTATAACGGTATTGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 369 Query 300 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 359 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 370 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 429 Query 360 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACTGAAGAACAGGTTGAGATC 419 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 430 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACCGAAGAACAGGTTGAGATC 489 Query 420 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 490 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 549 Query 480 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAC 539 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 550 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAT 609 Query 540 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACAAGAATTGCGTTCAAGCTCAGAAAA 599 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 610 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACTAGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAA 669 Query 600 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 659 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 670 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 729 Query 660 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTACTCACTGCT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 730 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTGCTCACTGCT 789 Query 720 CCATGTGATCCACGCCTGCAAGGCGAAGTAGATGACAAATACCAATACTCGTGTGAGAAT 779 || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 790 CCTTGTGATCCACGCCTACAAGGCGAAGTAGATGATAAATACCAATATTCGTGTGAGAAT 849 Query 780 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCTGTAGGATTCTGGCAAATT 839 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 850 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCAGTAGGATTTTGGCAAATT 909 Query 840 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCTGGTGGACCACTCAAACAAAACCTCACTTCACATGTT 899 ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 910 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCAGGCGGACCACTCAAACAAAACCTGACTTCACATGTT 969 Query 900 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCCGGAAAAACCATGATGCCT 959 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 970 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCTGGAAAAACCATGATGCCT 1029 Query 960 CGCTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1019 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1030 CGTTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1089 Query 1020 TCAACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1079 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1090 TCCACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1149 Query 1080 GCTGAAGTTGAAAGTTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTTTCCAAAGTCTGAA 1139 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1150 GCTGAGGTTGAAAGGTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTATCCAAAGTCTGAA 1209 Query 1140 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGCGACAGGTTCATAAGCAGTGATTTG 1199 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| Sbjct 1210 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGTGACAGGTTCATAAACAATGATTTG 1269 Query 1200 ATTTCAGCAGGAGGTGCTTATGTGGGTTTGGCTCCACCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1259 ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1270 ATTTCAGCAAGAGGTGCTTATGTTGGTTTGGCTCCGCCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1329 Query 1260 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCGATAGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCAATA 1319 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1330 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCTATTGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCGATA 1389 Query 1320 GGGAACGTACGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCGGTTTCATTGGAGAT 1379 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1390 GGGAACGTGCGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCAGTTTCATTGGAGAT 1449 Query 1380 TATCACAACGTAACAATTGTTACAGTGACTTCAGGGTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1439 |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1450 TATCACAACGGCACAATTGTTAGAGTGACTTCAGGTTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1509 Query 1440 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACACTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1499 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1510 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACATTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1569 Query 1500 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCTCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1559 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1570 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCCCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1629 Query 1560 GACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAGATACACAGATTTGTATCCAAAT 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1630 CACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAAATACACAGATATGTATCCAAAT 1689 Query 1620 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTAAGCGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1679 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1690 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTGAGTGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1749 Query 1680 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTAGGTTTAATCTT 1739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1750 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTATATTTAATCTT 1809 Query 1740 GAAAACATTGATCAAAAGGCAAATTACAAACTGCAAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1799 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1810 GAAAACATCGATCAAAAGGCCAATTACAAACTGCGAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1869 Query 1800 GCCGAGTTGCAGATTCGAGTCAATAATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1859 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1870 GCCGAGTTGCAGATTCGAATCAATGATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1929 Query 1860 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1919 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1930 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1989 Query 1920 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTACAAGGTGATAACACTATATTCCTGAAACAG 1979 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1990 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTGCAAGGTGATAATACTATATTCCTGAAACAG 2049 Query 1980 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2039 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2050 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2109 Query 2040 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2069 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2110 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2139 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 102559713435 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5