BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920450
Length=2728
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G15440.1 | Symbols: PWP2, ATPWP2 | periodic tryptophan prote... 4253 0.0
> AT1G15440.1 | Symbols: PWP2, ATPWP2 | periodic tryptophan protein
2 | chr1:5306061-5309514 REVERSE LENGTH=2855
Length=2855
Score = 4253 bits (2303), Expect = 0.0
Identities = 2593/2732 (95%), Gaps = 23/2732 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 ACGCTATGAACTACCGTTTTC-AGAATCTTCTTGGCGCTCCTTACAGAGGCGGGAACGCA 74
|||| ||| | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 50 ACGCCATGGAGTTCCG-TTTCGAGAATCTTCTTGGCGCTCCTTACAGAGGCGGGAACGCA 108
Query 75 GTCATCACTCAGAATACTCAGCTAATTTCACCGGTTGGTAATCGTGTCTCCGTCACCGAC 134
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 109 GTCATCACTAAGAATACTCAGCTAATTTCACCGGTTGGTAATCGTGTCTCCGTCACCGAC 168
Query 135 CTCAA-TAAGAACCATACGGTTACTCTTTCGCTCGATTCCTCTTCCAACATATGTCGCAT 193
|| || |||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 169 CT-AAGTAAGAACCATTCGGTCACTCTTCCGCTCGAAACCTCTACCAACATATGTCGCCT 227
Query 194 CGCTGCATCACCCGACGGCACTTTCCTTCTCGCCGTCGATGAACAAAACCGAGGCCTTTT 253
|||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 228 CGCTTCCTCACCCGACGGTACTTTCCTACTCGCCGTCGATGAACAAAACCGATGCCTTTT 287
Query 254 CATCAACTTACCTAGACGGGTAGTTCTTCACAGAATTACCTTCAATGATAACGTCAGTGC 313
||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 288 CATCAACTTGCCTCGGCGGGTAGTTCTTCACAGAATTACCTTCAAGGATAAAGTCGGTGC 347
Query 314 CTTGAAGTTCAGCCCTAATGGTAAGTTTATCGCTGTTGGAGTTGGTAAGTTGGTGCAGAT 373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 348 CTTGAAGTTCAGCCCTAATGGTAAGTTTATCGCTGTTGGAATTGGTAAGTTGGTGGAAAT 407
Query 374 ATGGCGATCACCTGGTTTCAGGCGAGCTGTTATGCCCTTTGAGCTAGTTAGGACTTTTGC 433
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 408 ATGGCGATCACCTGGTTTCAGGCGAGCTGTTTTGCCCTTTGAGCGGGTTAGGACTTTTGC 467
Query 434 TAATTCTGATGATATAGTTGTCTCCTTGGAGTGGAGCTTGGACTCTGATTATTTGCTCGT 493
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 468 TAATTCTGATGATAAAGTTGTCTCCTTGGAGTGGAGCTTGGACTCTGATTATTTGCTTGT 527
Query 494 TGGCTCAAAGGATTTAGCAGCTAGGTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTGAAGGGTGTTTTAAA 553
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 TGGCTCAAGGGATTTAGCTGCTAGGTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTGAAGGGTGTTTTAAA 587
Query 554 TAAGCCCTTTTTGTTTCTGGGTCATAGAGACTCTGTGGTGGGTTGCTTCTTTGGTGTTGA 613
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 TAAGCCATTTTTGTTTCTGGGTCATAGAGATTCTGTTGTGGGTTGCTTCTTTGGTGTTGA 647
Query 614 TAAAATGACTAACAAGGTCAACAGGGCTTTCACGATTGCACGGGATGGTTACATTTTTAG 673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 648 TAAAATGACTAACAAGGTCAACAGGGCTTTCACGATTGCAAGGGATGGTTACATTTTTAG 707
Query 674 TTGGGGATATACTGGAAAGGATGTCAAAATGGATGAATCAGAAGATGGCCACTCTGAGCC 733
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 TTGGGGCTATACTGAAAAGGATGTCAAAATGGATGAATCAGAAGATGGCCACTCTGAGCC 767
Query 734 ACCGTCACCTGTTACTCCAGAGAGGGCTGATGAGGTGATGGTGGAAAATGGTGGTGGTGT 793
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 ACCGTCACCTGTTACTCCAGATAGGGCTGATGAGGTGATGGTGGAAAATGGTGGTGGTGT 827
Query 794 TGGTACTGAGCTTAAGAAACGAAAAGAGTATGACGGTAAAGATCTTGAATC--------- 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 828 TGGTACTGAGCTTAAGAAACGAAAAGAGTATGACGGTAAAGGTCTTGAATCAGATGAAGA 887
Query 845 ------TGATGATGATGAAGAGTATATGCACAGAGGGAAATGGGGTTTGTTGAGGAAGGA 898
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 888 AGGAGATGATGATGATGAAGAGTATATGCACAGAGGAAAATGGGTTTTGTTGAGGAAGGA 947
Query 899 TGGGTTTAATCAGGCATCAGCAAAGGTGACAGCTTGCGACTATCACCAGGGGCTCGACAT 958
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 948 TGGGTGTAATCAGGCATCAGCAAAGGTGACCGCTTGCGACTATCATCAGGGACTTGACAT 1007
Query 959 GGTTGTGGTGGGGTTCTCAAATGGTGTTTTCGGGCTTTATCAAATGCCAGATTTCATCTG 1018
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1008 GGTTGTGGTGGGGTTCTCAAATGGTGTTTTTGGGCTTTATCAGATGCCAGATTTCATCTG 1067
Query 1019 TATCCATCTGCTGTCTATTTCTAGGGAGAAGCTGACAACAGCTGTCTTTAATCAGCGTGG 1078
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1068 TATCCATCTGCTCTCTATTTCTAGGCAGAAGCTAACAACAGCTGTCTTCAATGAGCGTGG 1127
Query 1079 TAATTGGCTGACCTTTGGTTGCGCAAAACTTGGGCAACTGTTAGTCTGGGACTGGCGATC 1138
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1128 TAATTGGCTGACCTTTGGTTGCGCGAAACTTGGGCAACTGTTAGTCTGGGATTGGCGAAC 1187
Query 1139 TGAAAGCTATATACTGAAGCAACAAGGACACTATTTTGATGTCAACTGTGTCACTTACTC 1198
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 CGAAACCTATATACTGAAGCAACAAGGACACTATTTTGACGTCAACTGTGTCACTTACTC 1247
Query 1199 ACCCGATTCACAGTTCCTGGCAACTGGTGCTGATGATAACAAAGTCAAGGTGTGGAGCGT 1258
||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1248 ACCGGATTCGCAGCTCTTGGCAACTGGTGCTGATGATAACAAAGTCAAGGTGTGGAACGT 1307
Query 1259 TATGTCAGGATCATGTTTCATCACATTCACCGAGCATACCAATGCAGTGACTGCTCTCCA 1318
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1308 TATGTCAGGAACATGTTTCATTACATTCACCGAGCATACCAATGCCGTGACTGCTCTTCA 1367
Query 1319 TTTTATGGCTGACAACCACTCCCTCTTAAGTGCATCTCTGGACGGCACTGTTCGTGCTTG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 TTTTATGGCTGACAACCACTCCCTCTTAAGTGCATCTCTGGACGGCACTGTTCGTGCTTG 1427
Query 1379 GGATTTTAAAAGATACAAGAACTATAAGACATACACAACCCCTACACCCCGACAATTTGT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GGATTTTAAAAGATACAAGAACTATAAGACATACACAACCCCTACACCCCGACAATTTGT 1487
Query 1439 TTCCTTAACAGCAGACCCGAGTGGTGACGTTGTCTGTGCTGGGACCCTAGATTCATTTGA 1498
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1488 TTCCTTAACAGCAGACCCGAGTGGTGACGTCGTCTGTGCTGGGACCCTAGATTCATTCGA 1547
Query 1499 GATTTTTGTATGGTCCAAGAAGACTGGGCAAATAAAGGATATTCTGAGTGGGCATGAAGC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1548 GATTTTTGTATGGTCCAAGAAGACTGGGCAAATAAAGGATATTCTGAGTGGGCATGAGGC 1607
Query 1559 TCCCGTTCATGGGTTGATGTTTTCTCCCTTAACGCAAATTTTAGCTTCATCCTCATGGGA 1618
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TCCTGTTCATGGGTTGATGTTTTCTCCCTTAACGCAACTTTTAGCTTCATCCTCATGGGA 1667
Query 1619 C-AGTACGGTTCGGTTGTGGGATGTGTTTGCTAGCAAAGGCACCGTGGAGACGTTTCAAC 1677
| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1668 CTA-TACAGTTCGGTTGTGGGATGTGTTTGCTAGCAAAGGCACCGTGGAAACGTTTCGAC 1726
Query 1678 ACAACCACGATGTTCTAACAGTTGCTTTCCGTCCTGATGGGAAGCAGTTAGCCTCGAGTA 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1727 ACAACCACGATGTTCTAACAGTTGCTTTCCGTCCTGATGGGAAGCAATTAGCCTCGAGTA 1786
Query 1738 CGCTAGATGGGCAGATTCATTTT-TGGGACACCATTGAAGGTGTGTTGATGTACACCTTA 1796
|||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1787 CGCTAGATGGGCAGAT-CAATTTCTGGGACACCATTGAAGGTGTGTTAATGTACACCATA 1845
Query 1797 GAGGGGCGGAGAGATATCGCTGGAGGTCGAGTCATGACTGACCGTCGGTCTGCAGCTAAT 1856
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 GAGGGGCGGAGAGATATCGCTGGAGGTCGGGTCATGACTGACCGTCGGTCTGCAGCTAAT 1905
Query 1857 TCAAGTTCTGGAAAGTGTTTTACAACATTGTGCTATTCCGCTGATGGAGGTTATATTCTA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1906 TCAAGTTCTGGAAAGTGTTTTACAACATTGTGCTATTCCGCTGATGGAGGGTATATTCTA 1965
Query 1917 GCCGCAGGAACGAGCAGATATATTTGCATGTATGACATTGCAGATCAGGTTCTTCTGCGC 1976
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 GCCGCAGGAACTAGCAGATATATTTGCATGTATGATATCGCAGATCAGGTTCTTCTGCGC 2025
Query 1977 CGGTTTCAGATATCCCATAATCTTTCGTTAGATGGGGTTCTTGACTTCTTGCACTCCAAG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2026 CGGTTTCAGATATCCCATAATCTTTCGTTAGATGGGGTTCTGGACTTCTTGCACTCTAAG 2085
Query 2037 AAGATGACAGAAGCAGGACCAATGGATCTGATCGATGATGACAACAGCGATGAAGAAGCT 2096
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2086 AAGATGACAGAAGCAGGACCAATTGATCTGATCGATGATGACAACAGCGATGAAGAAGGT 2145
Query 2097 GGTATTGATAAACAGTCTCGAGGGAATCTGGGTTACGATCTGCCTGGATCCAGGCCTAAC 2156
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 GGCATTGATAAACAGTCGAGAGGGAATCTGGGTTACGATCTGCCTGGATCCAGGCCTAAC 2205
Query 2157 CGTGGCAGGCCCATTATCCGGACAAAAAGCCTCAGCATTGCCCCAACTGGGAGGAGCTTT 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2206 CGTGGCAGGCCCATTATCCGGACAAAAAGCCTCAGCATTGCCCCAACTGGAAGGAGCTTT 2265
Query 2217 GCTGCTGCAACAACAGAAGGAGTTCTCATCTATTCAATCGACGATACCTTCATCTTTGAT 2276
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GCTGCTGCAACAACAGAAGGAGTCCTCATCTTTTCAATTGACGATACCTTCATCTTTGAT 2325
Query 2277 CCAACCGAACTTGATATAGACGTCACTCCAGAGGCTGTTGAGGCTGCCATAAAAGAGGCT 2336
|| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2326 CCGACCGATCTAGATATAGATGTTACTCCAGAGGCTGTTGAGGCTGCCATAGAAGAGGAT 2385
Query 2337 GAAGTGAGCAGAGCACTTGCTCTAAGTATGCGTTTGAACGAAGACAGCCTTATCAAAAAA 2396
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2386 GAAGTTAGCAGAGCACTTGCTCTAAGTATGCGTTTGAACGAAGATAGCCTTATCAAAAAA 2445
Query 2397 TGCATCTTTGCTGTAGCTCCTGCAGACATAAAAGCTGTTGCAATCTCTGTCCGCCAGAAA 2456
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2446 TGCATCTTCGCTGTAGCCCCTGCAGACATAAAAGCTGTTGCCATCTCTGTCCGCCAGAAA 2505
Query 2457 TACTTAGAAAGACTTATGGAAGCTTTGGTGGATCTGCTTGAGAACTGTCCTCATCTGGAG 2516
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 TACTTAGAAAGGCTTATGGAAGCTTTGGTGGATCTGCTTGAGAACTGTCCTCATCTGGAG 2565
Query 2517 TTCATACTTCACTGGTGTCAGGAAATCTGCAAGGCACACGGAAGCTCCATTCAGAGGAAC 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2566 TTCATACTTCACTGGTGTCAGGAAATCTGCAAGGCTCACGGAAGCTCCATTCAGCGGAAC 2625
Query 2577 TACAGAATTCTATTGCCTGCACTGAGATCGTTGCAGAAGGCAATCACCAGAGCCCACCAG 2636
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2626 TACAGAACTCTATTGCCTGCACTGAGATCGTTGCAGAAGGCGATCACCAGAGCCCATCAG 2685
Query 2637 GATCTGGCAGATATGTGTTCTTCCAATGAGTACACGCTTCGCTACTTGTGTTCTGTTCCA 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 GATCTGGCAGATATGTGTTCTTCCAATGAGTACACGCTTCGCTACTTGTGTTCTGTTCCA 2745
Query 2697 AACAATCATTGATTATGTTTTCTGCATTATGT 2728
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 AACAATCATTGATTATGTTTTCTGCATTATGT 2777
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135500913043
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5