BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg920619 Length=2821 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G17110.2 | Symbols: UBP15 | ubiquitin-specific protease 15 |... 4368 0.0 > AT1G17110.2 | Symbols: UBP15 | ubiquitin-specific protease 15 | chr1:5845660-5850934 REVERSE LENGTH=3392 Length=3392 Score = 4368 bits (2365), Expect = 0.0 Identities = 2699/2852 (95%), Gaps = 56/2852 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAATGCGTGTCTGGGGACATGCTCGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 60 ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 430 ATGAATGCGTGTCTGAGGACATGCTTGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 489 Query 61 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATATTATTAGGAAAATGGAGTGACATTT 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 490 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATTTTATTAGGAAAATGGAGTAACATTT 549 Query 121 CTGAAAAAAGAGGAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 180 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 550 CTGAAAAAAGAGTAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 609 Query 181 CTGAGACCCTGGTTAATGCGAATAG-GGATGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 239 |||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 610 CTGAGACCGTGGTTAATGCGGATAGAGG-TGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 668 Query 240 AGGGCTCAAAGAACCAAGACCAAGACTGTTTCTGCT-GTGAGTGCTGCTGTAAGAGCAGA 298 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 669 AGGGCTCAAAGAACCAGGACCAAGACTGTTTCTGCTGGTG-GTGGTGCTGTAAGAGCAGA 727 Query 299 GTTTGACGCTGGTGTGAGTGAGACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 358 |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 728 GTTTGACGCTGGTGCGAGAGAAACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 787 Query 359 ATGCGGGGTCCCAGTTGTGGCCCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 418 ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 788 ATGTGGGGTTACAGTTGTGGCTCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 847 Query 419 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGCAAATCTGTTAGATACTGCTCTGGGAA 478 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 848 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGTAAATCTGTTAGATACTGCTCCGGGAA 907 Query 479 GTGCCAAATAATTCACTGGAGGATAGCTCATAAAGATGAATGTGTCCCACTGGAGACTTG 538 ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 908 GTGTCAAATAATTCACTGGAGGGTAGCTCACAAAGATGAATGTGTCCCAGTGGAGTCTTG 967 Query 539 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTTGAGAAAGATTCTGTGTTGTATGACCATGGCAT 598 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 968 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTCGAGAAAGATTCTGTTTTGTATGACCATGGCAT 1027 Query 599 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACACAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAATTAG 658 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1028 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACGCAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAAAAAG 1087 Query 659 CTCTGTTGATTTTGCAAGCTTGGGTATCTCTCAGATTGATATTACGCCACAAATCAACAC 718 |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1088 CTCTGTGGATTTTGCTAGCTTGGGTATCTCTCAGAATGATATTACGCCACAAATCAACAC 1147 Query 719 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAAAATTCTTCCAAGTCCAACCGAGAATCATCTAG 778 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| Sbjct 1148 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAACATTCTTCCAAGGCCAACCGAGAATCATGTAG 1207 Query 779 AAGAGACAGTGCTGTGTTTGATTGTTCTGAAGAAGTTTC-TCGTGGTGAAGCTGCTTGTG 837 |||||||||||| | || |||| | | | ||| || || ||||||||||| || Sbjct 1208 AAGAGACAGTGC--T-ACTG--TGTT-T---G-A--TTCTTC-TGATGAAGCTGCTTCTG 1254 Query 838 CTGGTGGCGATAACAAGAAGGGTCACACT-AAACATAAGTCGAGAAGCAACAGTTATGCT 896 |||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1255 CTGGTGGCGATAACAAGACGAGTCACA-TAAAACATAAGTCGAGAGGCAACAGTTATGCT 1313 Query 897 GCGGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTCTTG-TGTGCAAATGAATGGACA 955 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 1314 GCAGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTC-TGCTGTGCAAATGAATGGACA 1372 Query 956 ACCTCTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTAAGAAG 1015 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1373 ATCTTTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTCAGAAG 1432 Query 1016 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATTTCCTGCAAATGGGACCAGAACTGCTACACTGCC 1075 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1433 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATATCCTTCAAACGGGACCAGAACTGCAACACTGCC 1492 Query 1076 CAAAACAGGTGTTAACAAATCTGGCGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1135 || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1493 CAGAACAGGTATTAACAAATCTGGAGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1552 Query 1136 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTAGGTCTAAGGATACTGGCATC-GCTGAAGAAAGCA 1194 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 1553 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTCGGTCTAAGGATACTGGCATCAG-TGAAGAAAGCA 1611 Query 1195 ATGGCATCTCCTCGACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1254 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1612 ATGGCATCTCCTCAACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1671 Query 1255 ATGATGATCGACATAAGAACCTG-AA---A--------ATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1302 ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| Sbjct 1672 ATGATGATCGATATAAGAACCTGAAAGTTAGTTCCCTGATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1731 Query 1303 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGACTTATCACCTAGGGGCCTTGTAAATTGTG 1362 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1732 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGATTTATCACCTAGGGGGCTTGTAAATTGTG 1791 Query 1363 GAAACAGTTGCTATGCAAACGCTGTCTTGCAGTCCTTAACATGTACAAAACCACTTGTTG 1422 |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1792 GAAACAGTTGCTATGCGAACGCTGTTTTGCAATCCTTAACATGTACAAAACCACTCGTTG 1851 Query 1423 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1482 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1852 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1911 Query 1483 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1542 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1912 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1971 Query 1543 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAAGAAGATG 1602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1972 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAGGAAGATG 2031 Query 1603 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTAGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 1662 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2032 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTGGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 2091 Query 1663 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCAAGGCTGCAAGAGACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 1722 |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2092 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCGAGACTGCAAGAAACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 2151 Query 1723 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCTTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 1782 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2152 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCCTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 2211 Query 1783 AGAATATAATGGATCTTACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 1842 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2212 AGAATATAATGGATCTCACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 2271 Query 1843 TGACTCAGTTTACGAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATCGATGTAGCAGGT 1902 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 2272 TGACTCAGTTTACTAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATAGATGCAGCAGGT 2331 Query 1903 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 1962 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2332 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 2391 Query 1963 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGAAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2022 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2392 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGGAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2451 Query 2023 TTCCTGAAATGCTGGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2082 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2452 TTCCTGAAATGCTAGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2511 Query 2083 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCATT 2142 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2512 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCACT 2571 Query 2143 ACATTTCCTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCCGAGATTC 2202 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2572 ACATTTCGTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCAGAGATTC 2631 Query 2203 ATCGAGTACCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTATATGTTGTTCTACATGAGAT 2262 ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2632 ATCCAGTGCCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTACATGTTGTTCTACATGAGAT 2691 Query 2263 CGTATCCGCGTCCTCAAAGAGGAGAACACAACGGAAAAGCTCCGGTTCATCATTCACAAC 2322 ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 2692 CGTATCCACGTCCTCAAAGAGGAGAGCACAATGGAAAAGCTCCGGTTCACCATTCGCAAC 2751 Query 2323 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCAGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCAGAAC 2382 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 2752 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCTGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCGGATC 2811 Query 2383 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAAGCTT 2442 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2812 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAGGCTT 2871 Query 2443 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATTGACTACACAGATGTTTGCC 2502 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2872 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATAGACTACACAGATGTTTGCC 2931 Query 2503 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTTGCCATCTTCAACAAC-T-TA-------G-AG--C 2550 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || | || | Sbjct 2932 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTCGCCATCTTCAACAACGTATACCACAACGTAGAGC 2991 Query 2551 CATCGCCACATAACACCGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 2610 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2992 CATCGCCACACAACACTGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 3051 Query 2611 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACTCATCGAC-ATCA 2669 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || |||| Sbjct 3052 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACGCAAC-ACCATCA 3110 Query 2670 CCATATCCAAGTCCATCAACAGCACCGTATCCGTCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 2729 | |||||| | | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3111 CTATATCCTA-T---TC--CAGCACCGTATCCGCCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 3164 Query 2730 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 2789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3165 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 3224 Query 2790 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 2821 |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3225 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 3256 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 140166438742 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5