BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg921302
Length=3568
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G22770.1 | Symbols: GI, FB | gigantea protein (GI) | chr1:80... 5928 0.0
> AT1G22770.1 | Symbols: GI, FB | gigantea protein (GI) | chr1:8061844-8067716
FORWARD LENGTH=4136
Length=4136
Score = 5928 bits (3210), Expect = 0.0
Identities = 3440/3553 (97%), Gaps = 7/3553 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 CTGGATGGCTAGTTCATCTTCTTCATCTGAGAGATGGATTGATGGTCTACAGTTCTCTTC 76
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 342 CTGGATGGCTAGTTCA---TCTTCATCTGAGAGATGGATCGATGGTCTTCAGTTCTCTTC 398
Query 77 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 458
Query 137 CGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATCGCTGAGTTGGTCCG 196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 459 TGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATTGCTGAGTTGGTCCG 518
Query 197 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGGCTTTTGGACGATGTGCTGGCCATGTTTGTCCT 256
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 519 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGACTTTTAGACGATGTGCTGGCGATGTTTGTCCT 578
Query 257 CCATCATCCCGAGCATGGTCATGCAGTAATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 316
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 TCATCATCCGGAGCATGGTCATGCAGTCATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 638
Query 317 CTCGTTGGTGTACTGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 376
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 CTCGTTGGTGTACAGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 698
Query 377 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGCGGAGAAATCCTTCGCAT 436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 699 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGTGGAGAAATCCTTCGCAT 758
Query 437 TTTGACTCATTACAATCGTCCCATATATAAGACTGAGCAACAAAATGGAGAAACCGAGAG 496
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 759 TTTGACTCATTACAACCGTCCCATTTATAAAACTGAGCAGCAAAATGGAGATACAGAGAG 818
Query 497 AAATTGTTTGAGCAAAGCTACAACAAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGTATC 556
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 819 AAATTGTCTGAGCAAAGCTACAACTAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGGATC 878
Query 557 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 938
Query 617 ACTTGCTGCTCCCCTGGGTATAAGAAGTGACTACTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 676
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 ACTTGCTGCTCCTCTTGGTATAAGAAGTGACTATTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 998
Query 677 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 1058
Query 737 TCCTCAACTGATGCCTTCAACGCCAAGATGGGCAGTTGCTAACGGAGCTGGTGTCATACT 796
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1059 TCCTCAACTGATGCCTTCAACCCCAAGATGGGCTGTTGCTAATGGAGCTGGTGTCATACT 1118
Query 797 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCCACGCTGACAGCGGTTGCTGT 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1119 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCTACGCTGACAGCGGTCGCTGT 1178
Query 857 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCCCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 916
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCGCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 1238
Query 917 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATATTATGCCATTGCAACTCCAAG 976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATACTATGCCATTGCAACTCCAAG 1298
Query 977 TGCTACTCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1036
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 TGCTACGCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1358
Query 1037 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1418
Query 1097 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCAATCGGGATTGCTAT 1156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 1419 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCTATAGGAATTGCTAT 1478
Query 1157 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1538
Query 1217 ACAGCCAGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAACACGC 1276
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1539 ACAGCCGGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAGCACGC 1598
Query 1277 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGGAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1336
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGAAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1658
Query 1337 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTCTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTTTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1718
Query 1397 TGAATGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGATTGATCCCTCTAAATTCTTC 1456
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1719 TGAGTGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGTTTGATCCCTTTAAATTCTTC 1778
Query 1457 AGCGGTTGATCTTCCTGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1516
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 GGCGGTTGATCTTCCCGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1838
Query 1517 GAATCTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1576
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 GAATTTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1898
Query 1577 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACAGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1636
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACTGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1958
Query 1637 GCCTGAATCATCCAGGGAACAT-ACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 1695
||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 GCCTGAATCTTCCAGGGAAC-TAACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 2017
Query 1696 CGACCAAAAACCTTGCTATGGCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 1755
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018 CGACCAAAAATCTTGCTATGTCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 2077
Query 1756 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTTCTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 1815
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTACTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 2137
Query 1816 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGCACTACCG 1875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2138 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGTACTACTG 2197
Query 1876 AAAATGTCGAGGCGAATCAACCTGTATCTGACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 1935
||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 AAAATATTGAGGCGAATCAACCTGTATCTAACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 2257
Query 1936 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTTGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 1995
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTGGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 2317
Query 1996 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGAGGGGGGAACTTTTCCAATT 2055
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2318 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGTGGGGGGAACTTTTCCAATT 2377
Query 2056 CTGCCGTGGCTCGAACTATTACAAAGCCTGTAAAAATAAATGGGTCATCTAACGAGTATG 2115
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2378 CTGCCGTGGCTGGAACTATTACAAAGCCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAAAGAGTATG 2437
Query 2116 GAGCTGGGGTTGACTCGGCAATTAATCATACACGCCGAATTTTGGCAATTCTAGAGGCAC 2175
|||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2438 GAGCTGGGATTGACTCGGCAATTAGTCATACGCGCCGAATTTTGGCAATCCTAGAGGCAC 2497
Query 2176 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTAGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2235
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTGGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2557
Query 2236 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2617
Query 2296 CGCATGCGTTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGACAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2355
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 CGCATGCATTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGATAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2677
Query 2356 CATCATTGTATAACCTCATTGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCATCTATTGTTGACAAAG 2415
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2678 CATCATTATATAACCTCATAGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCCTCCATTGTTGACAAAG 2737
Query 2416 CTGAACCCTTAGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTCTGACCTGTT 2475
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2738 CTGAACCCTTGGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTGTGACCTGTT 2797
Query 2476 TGAACTGGAAACAACAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2535
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798 TAAACTGGAAACAAGAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2857
Query 2536 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2917
Query 2596 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2918 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2977
Query 2656 TAGCAAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 2715
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2978 TTGCGAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 3037
Query 2716 TAAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 2775
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3038 TGAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 3097
Query 2776 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 2835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 3157
Query 2836 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCAAAAGCAG 2895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3158 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCGAAAGCAG 3217
Query 2896 CTGCAGCAGTTGTTCTTCAGGCTGAGAGGGAGTTACAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 2955
| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3218 CAGCAGCAGTTGTCCTTCAGGCTGAAAGGGAGTTGCAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 3277
Query 2956 AAGAAGGTCAGAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3015
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3278 AAGAAGGCCAAAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3337
Query 3016 TGCGCAATCATGACCGGCCTGAGTCACTGGTGATACTGGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3075
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3338 TGCGCAATCATGACAGGCCTGAGTCACTGGTGATTCTCGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3397
Query 3076 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGGGAAGCTTGTACACTACCTCAACTTGAGC 3135
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3398 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGAGAAGCTTGTACATTACCTCAACTTGAGC 3457
Query 3136 TACTTGAAGCCACAGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGACCATCTGGACTTG 3195
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 3458 TACTTGAAGCCACGGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGGCCATCTGGACTAG 3517
Query 3196 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3518 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3577
Query 3256 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGACATCATGA 3315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3578 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGATATCATGA 3637
Query 3316 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3638 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3697
Query 3376 TGAACAGCCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCACGATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3435
|||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3698 TGAATAGTCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCTCAATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3757
Query 3436 AAAAATGCTTGAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3495
|||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3758 AAAACTGTTTAAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3817
Query 3496 TCGACACGGCAGCTCGAGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCGCCCG 3555
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3818 TCGACACTGCGGCTCGGGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCACCCA 3877
Query 3556 CGCTTTTGTTTTT 3568
| ||||||||||
Sbjct 3878 C--TTTTGTTTTT 3888
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177641145163
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5