BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg921319
Length=3434
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G22930.1 | Symbols: | T-complex protein 11 | chr1:8117339-8... 5336 0.0
> AT1G22930.1 | Symbols: | T-complex protein 11 | chr1:8117339-8122127
FORWARD LENGTH=3851
Length=3851
Score = 5336 bits (2889), Expect = 0.0
Identities = 3267/3450 (95%), Gaps = 24/3450 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTACTGATTGATCGAAAGTATGGAGGAAGATCGAGGGGAAGCGATCGTTTTGGATATCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 163 TTTACTGATTGATCGAAAGTATGGAGGAAGATCGTGGGGAAGCGATCGTTTTAGATATTT 222
Query 61 CGCCGGAGGA-GATTAATACTCCGGCGG---TGATGAGAGTTCCACGGAGGATTCGTGAG 116
||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CGCCGGA-GATTAATAATACTCCGGCGGTAATGATGAGAGTTCCACGGAGGATTCGTGAG 281
Query 117 AGGCTTTTGTCTGACTGTAG---TAAGAAGACAGTATCTTCTGTTCAAGATATTGAAGAC 173
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 282 AGGCTTTTGTCTGACTGTAGTAATAAGAAGACAGTATCTTCTGTTCAAGATATTGAAGAC 341
Query 174 AAGCTTCTTCATGCCCATCTACGAAGACAGCAATTTTATCATAACGTTTCGAGAAAGGCT 233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 AAGCTTCTTCATGCCCATCTACGAAGACAGCAATTTTATCATAACGTTTCGAGAAAGGCT 401
Query 234 CGTGCGAAACCTAGAAGCCCTTCACGATCATCTGATGAAGAACTTGGCCAACGGATCGAA 293
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 402 CGTGCTAAACCTAGAAGTCCTTCACGATCATCTGATGAAGAACTTGGCCAACGAATCGAA 461
Query 294 GCAAGACTTCTTGCTGCTGAACAAAAAAGGTTGGAGATTCTTGCGAAAGCACAGATGCGT 353
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 462 GCAAGACTTCTGGCTGCTGAACAAAAAAGGTTGGAGATTCTTGCGAAGGCACAGATGCGT 521
Query 354 TTAGCGAAGTTAGATGAGTTAAGACAAGCAGCGAAAACAAGTGTGGAGATACGGTCGGAG 413
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 TTGGCGAAGTTAGATGAGTTAAGACAAGCAGCGAAAACAAGTGTGGAGATACGGTCGGAG 581
Query 414 AGGGAACGTGTGAAGCTTGGAACTCAGGTGGAGTCTCGTGTTCAAAAAGCTGAAGCTAAT 473
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 582 AGGGAACGTGTGAAGCTTGGAACTCAAGTGGAGTCTCGTGTTCAAAAGGCTGAAGCTAAT 641
Query 474 AGAATGAAGATTCTCAAGGCATCACATCAGAAAAGGGCTTGTGCTAAAGAGAGAACGTCT 533
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 AGAATGAAGATTCTCAAGGCGTCTCATCAGAAAAGGGCTTGTGCTAAAGAGAGAACGTCA 701
Query 534 CAGTCTATGATGAGAAGGATGGCGAGAGAGAGTAAGTATAAGGAAAGAGTTCGTGCTTCG 593
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 CAGTCTATGATGAGGAGGATGGCTAGAGAGAGTAAGTATAAGGAAAGAGTTCGTGCTTCG 761
Query 594 ATTAATCAGAAACGTGTAGCTGCTGAGAAGAAACGTCTTGGGTTGCTTGAAGCTGAGAAG 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 ATTAATCAGAAACGTGTAGCTGCTGAGAAGAAACGTCTTGGGTTGCTTGAAGCTGAGAAG 821
Query 654 AAGAAAGCACGTGCTCGTGTCCAACAAGTACGTCATGTTGCCAACTCTGTTTCTAATCAG 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 AAGAAAGCACGTGCTCGTGTCCAACAAGTACGTCATGTTGCCAACTCTGTTTCTAATCAG 881
Query 714 CGTGAGATTGAGAGAAGTAAAATGAGGGATAAACTTGAAGACAAATTGCAAAGAGCAAAG 773
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 CGTGAGATAGAGAGAAGTAAAATGAGGGATAAACTTGAAGACAAATTGCAAAGAGCAAAG 941
Query 774 AGATATAGATCAGAGTTTCTTCGTCAGAGAAGAAGACAACGTGATTCCATTAGTCTCTAT 833
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 AGATATAGATCGGAGTTTCTTCGTCAGAGAAGAAGACAACGTGATTCCATTAGTCTCTAT 1001
Query 834 TGCGATATGATGCAGGAAGATGCTGATCTTCTCTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGGAAG 893
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1002 TGCGATATGATGCAGGAAGATGCTGATCTTCTTTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGGAGG 1061
Query 894 TGTTTTGTGAGGCAGAAGAGGACAACTTTGGATTTGGCGAAAGCTTATGATGGTTTGAAG 953
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 TGCTTTGTAAGGCAGAAGAGGACAACTTTGGATTTGGCGAAAGCTTATGATGGTTTGAAG 1121
Query 954 ATTAGCGACTCACTGCCATTTGAGCAGCTTGCGGTGCTAATTGAATCGCCT-AATACTCT 1012
|||| ||| ||| | || ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||
Sbjct 1122 ATTAACGAGTCATTACCGTTTGAGCAGCTTGCGATGCTACTTGAATCGC-TGAACACTCT 1180
Query 1013 TAAAACGGTTAAATCTTTGCTTGATCGCCTTGAAGTTCGCTTAGAAGCTTCTAAGAATGT 1072
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TAAAACGGTTAAATCTTTGCTTGATCGCCTTGAAATTCGCTTAGAAGCTTCTAAGAATGT 1240
Query 1073 TACCATCGCTT-CTCAATCGTCCATATTGGATAACATTGATCATCTACTTAGAAGAGTTG 1131
||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||
Sbjct 1241 TACCA-CGGTTTCTCAACCGTCCATATTGGATAATATTGATCACCTTCTTAAAAGAGTTG 1299
Query 1132 CCACCCCAAGGAGAAAGGTTACGCCAAGTACTTTGAGGAGCAGAAAAGGAAAGAAGGTTT 1191
|||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1300 CCACACCAAGGAGAAAGGCTACGCCGAGTACTCTGAGGAGCAGAAAGGGAAAGAAGGTTT 1359
Query 1192 CTTCTGTTAGGAACGTGGCTGGGACATCAGCGAAGATGTCTAGGTATCCTGTCAGAGTTG 1251
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 CTTCTGTTAGGAATGTGGCTGGGACATCAGTGAAGATGTCTAGGTATCCTGTCAGAGTTG 1419
Query 1252 TTCTTTCTGCCTTTATGATACTCGGCCATCCAGATGCAGTTTTTAATGGTCAAGGTGATC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 TTCTTTCTGCCTTTATGATACTCGGCCATCCAGATGCTGTTTTTAATGGTCAAGGTGATC 1479
Query 1312 AAGAGGCTGCTCTCAATAACGCGGCTAAAGGATTTGTGAGAGAGCTTAAGTTATTGATAA 1371
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1480 AAGAGGCTGCTCTCAATAACGCGGCTAAAGGGTTTGTGAGGGAGCTTAAGTTATTGATAA 1539
Query 1372 ATGTTATTCAAGAGGGCCCTGTTCAGGTTTCTGGTGGAGAATCAAAAC-TGCGGACCTTG 1430
| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1540 ACGTTATTCAAGAGGGTCCTGTTCAGGTTTCGGGTGGAGAATCAAAACAT-CGGACCTTA 1598
Query 1431 AGATCTCAGTTGGACTTATTCGATAAGGCGTGGTGCTCCTTTTTGAATTCATTTGTGATT 1490
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1599 AGATCTCAGTTGGACTTATTCGATAAGGCTTGGTGCTCCTTTTTGAACTCATTTGTGATT 1658
Query 1491 TGGAAAGTTAAGGATGCTCGGTTGTTGGAAGATGACTTGGTAAGAGCAGCTTGTCAGCTT 1550
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1659 TGGAAAGTCAAGGATGCTCGGTTGTTGGAAGATGACCTGGTTAGAGCAGCTTGTCAGCTT 1718
Query 1551 GAGCTTTCCATGATTCAAAAATGCAAGCTAACTCCAGAAGGGGAAGAAACTATGCTCACT 1610
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1719 GAGCTTTCTATGATTCAAAAATGCAAGCTAACTCCAGAAGGGGTTGACACTATGCTCACT 1778
Query 1611 CATGATAAGAAAGCAATTCAAATGCAGGTAACACAAGATCAAGAACTCCTAACAGAGAAA 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 CATGATAAGAAAGCAATTCAAATGCAGGTAACACAAGATCAAGAACTCCTAACAGAGAAA 1838
Query 1671 GTACGGCACCTGAGTGGAGTTGCAGGAGTTGAGCGCATGGAAAATGCGTTGTCAGAAACA 1730
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1839 GTACGACACCTGAGTGGAGTTGCAGGAGTTGAGCGCATGGAAAGTGCGTTGTTGGAAACA 1898
Query 1731 CGAACAAAGTACTTTCAAGCGAAGGAGAATGGAAGCCCTATGGCTAATCAGCTCGCATGT 1790
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1899 CGAACAAAGTACTTTCAGGCGAAGGAGGATGGAAGCCCTATGGCTAATCAGCTCGCACAT 1958
Query 1791 TTCTTTTCTCCAAGCCCAGCTTCGTCTCCAGTTCAGTCTGTGTCTAGTTCCAGCAGCAGA 1850
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 TTCTTTTCTCCAAGCCCAGCTTCATCTCCAGTTCAGTCTGTGTCTAGTTCCAGCAGCAGA 2018
Query 1851 AGTAAAGATAGCATAGGTGTTGAAGGATCAAAACGTGTTAGTCGTTCTTTATTTAAGGAT 1910
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2019 AGTAAAGATAGCATAGGTGTTGAAGGATCAAATCGTGTTAATCGTTCTTTATTGAAGGAT 2078
Query 1911 GATACTCCACCCTCATCTGGACCCTCTAGAGCCAGTAATGACACTGTGGATGAGGTTTCA 1970
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2079 GATACTCCACCCTCATCTGGACCCTCTAGAGTCAGTAATGGCACTGTGGACGAGGTTTCA 2138
Query 1971 AAACAGAATGAGTTGATGGTGAATGAGTTCCTGCACGATTGGAATTTCAAGTTTCCTGGT 2030
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||
Sbjct 2139 AATCAGAATGAGTTGATGGTGAATGAGTTCCTGCATGATGGGAACCTCAACTTTCCTGGT 2198
Query 2031 GGATCCACTGTCAAGGATGAAGAGGATAATCTTAAGAGAAGGATAAAGGAGACTATGGAG 2090
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 GGATCCACTGTCAAGGATGAAGAGGACAATCTTAAGAGAAGGATAAAGGAGACTATGGAG 2258
Query 2091 AGAGCTTTCTGGGATAGTGTCATGGAATCCATCAAATTGGAAAAACCAGACTATAGTTGC 2150
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 2259 AGAGCTTTCTGGGATAATGTCATGGAATCCATGAAATTGGAGAAGCCAGACTATAGCTGC 2318
Query 2151 ATCTCTAACCTTATGAAAGAAGTGAGTGACGAACTTTGCCAAATGGTACCAGATAGCTGG 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2319 ATCTCTAACCTTATGAAAGAAGTGAGTGACGAACTTTGCCAGATGGTACCAGATAGCTGG 2378
Query 2211 AAAGTAGAAATAACTGAAACTATTGATTTGGACATTCTCTCACAGTTGCTTAACTCCGGC 2270
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2379 AAAGTAGAAATAACTGAAACTATTGATCTGGACATTCTCTCACAGTTGCTCAACTCCGGC 2438
Query 2271 ACCTTGGATATCGATTACCTTGGAAAGATGCTTGAGTTTGCATTGGCTACTCTGCGGAAA 2330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2439 ACCTTGGATATCGATTACCTTGGAAAGATGCTTGAGTTTGCGTTGGCTACTCTGCGGAAA 2498
Query 2331 CTCTCTGCCCCAGCTAATGACCGTGAGAATGAAAGCACCCATCAGAATCTACTCATGGAA 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||| ||||
Sbjct 2499 CTCTCTGCCCCAGCTAATGACCGTGAGAATGAAAGCACCCACCGGGATTTACTCAAGGAA 2558
Query 2391 CTTCACAGGTTGTGTGAAGCTAAAGATGAGTCTGGTAACTTGCATGCTGTTGCGATAGTC 2450
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||
Sbjct 2559 CTTCACAGGTTGTGTGAAGCTGAAGATGAGTCTGGTAACTTCCGTGCTGTTGCAATAGTC 2618
Query 2451 AAGGGGATCCGCTTCATTCTTGAGCAGATTCAGGATCTTAAGCGAGAGATAGGCATAGGT 2510
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2619 AAGGGGATCCGCTTCATTCTTGAGCAAATTCAGGAACTTAAGCGAGAGATAGGCATAGGT 2678
Query 2511 CGCATAACAATCATGAAACCCTTTTTGCAAGGGCCAGCAGGCTTTGATTACCTGACCCAA 2570
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2679 CGCATAGCAATCATGAAACCCTTTTTGCAAGGACCAGCAGGCTTTGATTACCTTACAAAA 2738
Query 2571 GCTTTTGAAAAGCGTTATGGATCTCCCACTCAAGCCTACAAATCACTACCAGTGACACGA 2630
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 GCATTTGAAAAGCGTTATGGACCTCCCACTCAAGCCTACGAATCACTACCAGTGACACGA 2798
Query 2631 AGGTGGATATCAACTCTTTTGTCTTGCAAAGACGAGTGGGAAGAGCACAGCAATACGCTT 2690
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2799 AGGTGGATATCAACTCTTTTGTCTAGCAAAGAAGAGTGGGAAGAACACAACAATACGCTT 2858
Query 2691 TCAGCCTTGAATGTGGTTGAGAGATCCTCCATGGGAATTTCTCTCAAAACGGGTGGAAGT 2750
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 TCAGCCTTGAATGTGGTTGAGAGATCCTCCATGGGTATTTCTCTCAAAACGGGTGGAAGC 2918
Query 2751 TTTTTATCCTCGGTCAATACCATGTCCAAGTCAACTGTTACGGACACTGCAGAAGGTCAA 2810
||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||
Sbjct 2919 TTTCTATCCCCAGTCAATACCACGTCCAAGTCAACTGTTATGGACACTGCAG--G-TCAA 2975
Query 2811 CTATCAGAATGCAAGGGAGAAAGAGTTGATTTGGCAGTGAGGCTTGGATTGTTGAAGCTG 2870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2976 CTATCAGAATGCAAGGGAGAAAGAGTTGATTTGGCAGTGAGGCTTGGGTTGTTGAAGCTG 3035
Query 2871 GTGAGTCAGGTATCTGGTTTAACACCAGAAGTTCTACCAGAAACTTTTCAGCTCAACCTC 2930
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3036 GTGAATCAGGTAGCTGGTTTAACACCAGAAGTTCTACCGGAAACTTTTCAGCTCAACCTC 3095
Query 2931 TCTCGCGTGAGGGATATTCAATCAGAAATTCAGAAGATAGTTGTAGTAACCACAAGCTTA 2990
| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3096 TTTCGCGTGAGGGATATTCAAGCTGAAATTCAGAATATAATTGTGGTAACCACAAGCTTG 3155
Query 2991 CTCATTTGGCGTCAGATGCTTGTGAAGAGCGAAACCGAAACCGAAAGCATGGCAAAGAAA 3050
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 3156 CTCATTTGGCGTCAAATGCTTGCAAAGAGCGAAAGCGAAACAGAAAGTATGGCAAAGAAA 3215
Query 3051 TTGTTGGAGTTGTTAGATGGGAAGGAAGAAGCAGGACTAATGGAGATCATCGAAACAACG 3110
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3216 TTGTTGGAGTTGTTAGATGGGAAGGAAGGAGCAGGACTAACGGAGATAATCGAAACAACA 3275
Query 3111 ATGAGTGAAGAAGATGTAGAGAAAAAGAAGATGATGAGAGGATTATTGGGGAAGAGTTTG 3170
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3276 ATGAGTGAAGAAGATGGAGAGAAGAAGAAGATGATGAGAGGATTATTGGGGAAGAGTTTG 3335
Query 3171 GGAGAAAGTAACACAGTGTATCAAAGAGTTACAGGTTGTATATATAAAGCGGCTCGAGGA 3230
|||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3336 GGAGAAGGTAACACAGTGTATGAGAGAGTTACAAGTTGTATATACAAAGCGGCTCGAGGA 3395
Query 3231 GCTTTATTAGCCGGGAATGGTGAAAATGGGAAGAGAATGGTGGAAACAGAGATGAAGAAA 3290
|||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3396 GCTTTATTGGCTGGGAATGGAGAAAATGGGAAGAGAATGGTTGAAACAGAGATGAAGAAA 3455
Query 3291 GTAGGAGGAGGAGGAGGATTGAAAGAAAGGGTTTTAGAAACAGCTCGAGCCCTTGGTGTT 3350
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3456 GTAGGAGGAGGTGGAGGATTGAAAGAAAGGGTTTTAGAGACAGCTCGAGCCCTTGGTGTT 3515
Query 3351 GTAGCTTGTGTCTCGGTCAGAGTTCATGGTCCATGGTTGACTCATCTCATGC-AGCAACA 3409
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||
Sbjct 3516 GTAGCTTGTGTCTCAGTCAGAGTTCATGGTCCATGGTTGACTCAGCTCATGCCA-CAACA 3574
Query 3410 TTGAACCA--C-A--CCACTCGGTAAACTT 3434
|||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 3575 TTGAACCAAACCAAACCACTCGGTAAACTT 3604
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 170918774801
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5