BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg922237
Length=2965
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G31730.1 | Symbols: | Adaptin family protein | chr1:1135964... 4857 0.0
> AT1G31730.1 | Symbols: | Adaptin family protein | chr1:11359642-11364288
FORWARD LENGTH=3454
Length=3454
Score = 4857 bits (2630), Expect = 0.0
Identities = 2862/2974 (96%), Gaps = 15/2974 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGAGAGAGTGAGAGAAGAAGATGGAGCAGCTAAAGACAATTGGAAGAGAGCTAGCGATGG 60
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 TGAGTGAGTGAGAGAGGAAGATGGAGCAGCTAAAGACAATTGGAAGAGAGCTAGCGATGG 305
Query 61 GATCACAAGGAGGATTTGGTCAGTCGAAAGAGTTTCTCGATCTGGTCAAATCAATCGGAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 GATCACAAGGAGGATTTGGTCAGTCGAAAGAGTTTCTCGATCTGGTCAAATCAATCGGAG 365
Query 121 AAGCACGATCTAAAGCTGAGGAAGATCGGATCGT-CTTAAGCGAGATCGATATACTAAAA 179
||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 366 AAGCACGATCTAAAGCTGAAGAAGATCGGATCGTTCT-AAGCGAGGTCGATATACTAAAA 424
Query 180 CGAAGATTGTTAGAGCCAGATATTCCCAAGAGGAAGATGAAAGAGTACATTATACGACTC 239
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 CGAAGATTATTAGAGCCAGATATTCCCAAGAGGAAGATGAAAGAGTACATTATACGACTC 484
Query 240 GTTTACATAGAGATGCTAGGCCACGACGCTTCTTTTGGTTACATTCACGCCGTGAAGATG 299
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 485 GTTTACATTGAGATGCTAGGCCACGACGCTTCTTTTGGTTACATTTACGCCGTGAAGATG 544
Query 300 ACTCACGACGATAATCTTCTTCTCAAGCGTACTGGTTACTTAGCTGTGACGTTGTTTCTC 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 545 ACTCACGACGATAATCTTCTTCTCAAGCGTACTGGTTACTTAGCAGTGACGTTGTTTCTC 604
Query 360 AACGAAGATCATGATCTTATTATCCTTATTGTTAACACGATTCAGAAAGATCTCAGATCC 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 605 AACGAAGATCATGATCTTATTATCCTTATTGTTAACACGATTCAGAAAGATCTTAGATCC 664
Query 420 GATAACTACCTCGTTGTTTGCGCGGCGCTTAATGCGATTTGTAGGTTGATTAATGAAGAG 479
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 665 GATAACTACCTCGTCGTTTGCGCCGCGCTTAATGCGATTTGTAGGTTGATTAATGAGGAG 724
Query 480 ACGATTCCGGCGGTTTTGCCTCAGGTTGTTGAGTTGCTTAATCATCAAAAGGAAGCTGTC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 ACGATTCCGGCGGTTTTGCCTCAGGTTGTTGAGTTGCTTAATCATCAAAAGGAAGCTGTG 784
Query 540 AGGAAGAAAGCTATTATGGCTTTACATAGATTTCATCGCAAGTCTCCTTCTTCGGTTTCG 599
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 785 AGGAAGAAAGCTATTATGGCTTTGCATAGATTTCATCGCAAATCTCCTTCTTCTGTTTCG 844
Query 600 CATTTGATTACTAATTTCAGAAAGAGGTTATGTGATAATGATCCTGGAGTTATGGGTGCG 659
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 845 CATTTGGTTTCTAATTTCAGAAAGAGGTTATGTGATAATGATCCTGGTGTTATGGGAGCG 904
Query 660 ACGCTTTGTCCGTTGTTTGATCTCATAAGTGAAGATGTTAACTCCTACAAGGATTTGGTT 719
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 ACTCTATGTCCGTTGTTTGATCTTATAAGTGAAGATGTTAACTCCTACAAGGATTTGGTT 964
Query 720 AGCAGTTTCGTTAGCATTCTCAAACAGGTTACTGAGAGAAGATTGCCTAAGAGTTATGAT 779
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 AGCAGTTTCGTTAGCATTCTCAAACAGGTCACTGAGAGAAGATTGCCTAAGAGTTATGAT 1024
Query 780 TACCATCAAATGCCTGCACCTTTTATACAGATCAAGTTGCTGAAGATAATGGCTTTGCTG 839
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1025 TATCATCAAATGCCTGCACCTTTTATCCAGATCAAATTGCTGAAGATAATGGCTTTGTTG 1084
Query 840 GGTAGTGGTGATAAGAATGCGAGTGAAATTATGTCTATGGTGCTTGGAGATTTGTTCAGA 899
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 GGTAGTGGTGATAAGAATGCGAGTGATATCATGTCTATGGTGCTTGGAGATTTGTTCAGA 1144
Query 900 AAGTGTGATTCCTCTACCAATATAGGGAATGCGATCCTTTATGAGTGTATTCGATGTATT 959
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1145 AAGTGTGATTCTTCTACCAATATAGGGAATGCGATCCTTTATGAGTGTATTCGCTGTATT 1204
Query 960 TCTTGTATACTTCCAAATCCCAAGCTGTTGGAAGCTGCTGCTGATGCTATCTCCAAGTTT 1019
|||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 TCTTGTATACTTCCGAATCCCAAGCTTTTAGAAGCTGCTGCTGATGCTATCTCCAAGTTT 1264
Query 1020 TTGAAGAGTGATAGTCACAATCTGAAGTACATGGGCATTGATGGTCTTGGTCGTTTGATA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1265 TTGAAGAGTGATAGTCACAATCTGAAGTACATGGGTATTGATGGTCTTGGTCGATTGATA 1324
Query 1080 AAAATAAGCCCAGACATTGCTGAGCAGCACCAACTTGCTGTGATAGATTGTTTGGAGGAT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 AAAATAAGCCCAGACATTGCTGAGCAGCACCAACTTGCTGTGATAGATTGTTTGGAGGAT 1384
Query 1140 CCGGATGATACACTAAAGAGGAAGACATTTGAATTGTTGTACAAAATGACCAAGTCGTCT 1199
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 CCAGATGATACACTAAAGAGGAAGACTTTTGAATTGTTGTACAAAATGACCAAGTCGTCT 1444
Query 1200 AATGTAGAAGTGATTGTCGACCGAATGATTGATTACATGATTAGTATCAATGATAATCAT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1445 AATGTAGAAGTGATTGTCGACCGAATGATTGATTACATGATTAGTATCAACGACAATCAT 1504
Query 1260 TACAAAACTGAGATAGCATCTCGTTGTGTTGAATTGGCCGAACAATTTGCTCCAAGCAAT 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 TACAAAACTGAGATAGCATCTCGTTGTGTTGAGTTGGCCGAACAATTTGCTCCAAGCAAT 1564
Query 1320 CAATGGTTCATCCAGATCATGAATAAAGTCTTCGAGCATGCAGGAGATCTGGTAAATATT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 CAATGGTTCATCCAGATCATGAATAAAGTCTTCGAGCATGCAGGAGATCTGGTAAATATT 1624
Query 1380 AAGGTGGCACATAATCTGATGCGTTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGACGATGATGAT 1439
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 AAAGTGGCACATAATCTGATGCGTTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGACGATGATGAT 1684
Query 1440 GCAGACAGCAAGCTCAGATTATCAGCTGTTGAATCGTACTTGCAGCTTATTAGCGAGCCA 1499
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1685 GCAGACAGCAAGCTCAGATTATCAGCTGTGGAATCGTACTTGCAGCTTATTAGCGAACCA 1744
Query 1500 AAGCTTCCATCCCTGTTTCTTCAGGTCATTTCTTGGGTCTTGGGAGAATACGGCACAGCT 1559
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1745 AAACTTCCATCCCTGTTTCTTCAGGTCATTTCTTGGGTTTTGGGAGAATATGGCACAGCT 1804
Query 1560 GATGGGAAATATTCTGCCTCCTATATTAGTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCAGACGCATAC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1805 GATGGGAAATATTCTGCCTCCTATATTAGTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCAGATGCATAC 1864
Query 1620 TCAAGTGATGAAACTGTAAAGGGTTATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATCTACGCATTT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TCAAGTGATGAAACTGTAAAGGGTTATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATCTACGCATTT 1924
Query 1680 GAAATTGCATCTGGGAGAAAGGTTGATGTTTTGCCAGAGTGCCAATCTTTAATCGAAGAG 1739
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1925 GAAATTGCATCTGGGAGAAAGGTGGATGTTTTGCCGGAGTGCCAATCTTTGATTGAAGAG 1984
Query 1740 CTACTGGCTTCACATTCAACAGATCTTCAGCAACGTGCATATGAGCTACAGGCCCTCCTT 1799
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1985 CTATTGGCTTCACATTCAACAGATCTTCAGCAACGTGCATATGAGCTTCAGGCTCTCCTT 2044
Query 1800 GCTCTAGATGCCCGTGCTGTTGAGAGTATACTCCCTTTAGATGCTAGTTGTGAAGACATC 1859
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2045 GCTCTAGATGCCCGTGCTGTTGAGACTATACTCCCTTTAGATGCTAGTTGCGAAGACATT 2104
Query 1860 GAGGTTGACAAGGATCTTTCATTTCTCAATGGCTATATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 GAGGTTGACAAGGATCTTTCATTTCTCAATGGCTATATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGA 2164
Query 1920 GCACAACCTTATATATCTGAGAGAGAGCGCTCGGGGATGTTTGAAACAACCGATTACCAT 1979
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 GCACAACCTTATATTTCTGAGAGAGAGCGCTCGGGCATGTTTGAAACAACCGATTACCAT 2224
Query 1980 CCCCAAGATCATCACGAAGTTCCATCTCATGCTCTTCGATTCGAAGCCTATGAACTTCCA 2039
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 CCCCAAGATCATCACGAAGTTCCAACTCATGCTCTTCGATTCGAAGCCTATGAACTTCCA 2284
Query 2040 AAGCCATCAGGGCCACCACAAGCTTCGAACGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTAT 2099
|||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 AAGCCATCAGTGCCACCACAAGCTTCAAACGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTAT 2344
Query 2100 TATAGCGAGTCACACCAGCCAGTTTCAACATCTTTGGTTTCTGAACGAGAGTCATCAGAA 2159
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 TATAGCGAGTCACACCAGCCAATTTCAACATCTTTGGTTTCTGAACGAGAGTCATCAGAA 2404
Query 2160 ATTAAGCTGCGACTCGATGGAGTTAAGCAAAAGTGGGGTAGACCGAGCTATCAATCGACC 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 ATTAAGCTGCGACTCGATGGAGTTAAGCAAAAATGGGGTAGACCGAGCTATCAATCGACC 2464
Query 2220 ACATCAGCTTCTTCTACTACTC-AGCAAGCAG-----G-TACCCCTACACACTCGGATGC 2272
||| |||||||||||||||||| | ||||||| | || | |||||||||| |||||
Sbjct 2465 ACAGCAGCTTCTTCTACTACTCCA-CAAGCAGCAAACGGTATCTCTACACACTCAGATGC 2523
Query 2273 AGGAGTTGGTTCATCTAGCTCAAAGCCTCGAAGCAGCTATGAACCAAAGAAACCCGAAAT 2332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 AGGAGTTGGTTCATCTAGCTCAAAGCCTCGAAGCAGTTACGAACCAAAGAAACCCGAAAT 2583
Query 2333 CGATCCCGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCCTTGTTTGGTGGATCGTCATCAAGAACTGA 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2584 CGATCCCGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCCTTGTTTGGTGGATCATCATCAAGAACTGA 2643
Query 2393 TAAAAAGTCATCTTCTGGTGGTCACAAGCCGGCGAAAGGAACTGTTAACAAA-CCTGCAG 2451
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||
Sbjct 2644 CAAAAGGTCTTCTTCTGGTGGTCACAAGCCGGCGAAAGGAACTGCTAACAAAACC-GCAA 2702
Query 2452 CCGTCCCCAAGGAAAATCAAACCCCTGTTCAACCGCCACCGGACTTGCTCGACTTAGGCG 2511
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2703 CCGTACCCAAGGAAAATCAAACCCCTGTTCAACCGCCACCGGACTTGCTCGACTTCGGTG 2762
Query 2512 AGCCAACTGCCACAACCGTTACAGCAATGGATCCATTTAAAGAGTTGGAAGGTCTTATGG 2571
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2763 AGCCAACTGCCACAACCGCTACAGCAATGGATCCTTTTAAAGAATTGGAAGGTCTTATGG 2822
Query 2572 ATTCTTCGAGTCAAGATGGGGGTTCATCCGATGTAATGGGACTATACTCAGATGCAGCAC 2631
|||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 ATTCTTCGAGCCAAGACGGTGGTTCATCCGATGTGATGGGACTATACTCAGATGCAGCAC 2882
Query 2632 CTGTGACCACAACCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCCGAACTGTCTGATAGCTCCAAAG 2691
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CTGTGACAACAACCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCCGAACTGTCTGATAGCTCCAAAG 2942
Query 2692 GAAACCCACGCACGTACCAATCTCAAACCTCAAAAGGACCTAACACAAAGGAAGCTCTCG 2751
||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2943 GAAACTCACGCACGTACCAACCTCAAACCTCCAAAGGACCAAACACAAAGGAAGCTCTTG 3002
Query 2752 AGAAAGATGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAACCCAACAAGTCAGAACCCTACACTGT 2811
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 AGAAAGACGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAATCCAACAAGTCAGAACCCTACACTGT 3062
Query 2812 TCAAAGATCTCCTCGGCTAGACGAACCATTCTCCGACCAAACCAATCCATTCAGCGACTC 2871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3063 TCAAAGATCTCCTCGGCTAGACGAACCATTCTCCGACCAAACCAATCCATTCATCGACTC 3122
Query 2872 AcatcatcatcatcatcatcatTCCATATTTGGTAATGTGCTGTGGGGTTTGGGAATTAA 2931
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 ACATCATCATCATCATCAT--T-CCATATTTGGTAATGTGCTGTGGGGTTTGGGAATTAA 3179
Query 2932 TATGTTTCCAATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTA 2965
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 TATGTTTCCAATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTA 3213
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147390478534
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5