BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg922878 Length=2653 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G43850.1 | Symbols: SEU | SEUSS transcriptional co-regulator... 4010 0.0 > AT1G43850.1 | Symbols: SEU | SEUSS transcriptional co-regulator | chr1:16617152-16622049 FORWARD LENGTH=3688 Length=3688 Score = 4010 bits (2171), Expect = 0.0 Identities = 2522/2686 (94%), Gaps = 46/2686 (2%) Strand=Plus/Plus Query 2 AGTTGTGAATT-GTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGTAGTGGCG 60 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 582 AGTTGTGAATTAGTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGGGGTGGTG 641 Query 61 AAAACGTTCCGCCTTCGATTTTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCTG 120 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 642 AAAATGTTCCGCCTTCGATATTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCAG 701 Query 121 CATTTCCTTCACTTGTTTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAACATGAGTATGAGTATGC 180 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 702 CATTTCCTTCACTTGTCTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAATATGAGTATGAGTATGC 761 Query 181 TTGGGAATGCCCCAAACATATCTTCACTCCTGAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTATTC 240 |||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 762 TTGGGAATGCTCCAAATATATCTTCTCTTCTCAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTA-TC 820 Query 241 CC-GGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGGCAGACCCGCTGTCTAATGTC 299 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| Sbjct 821 CCTGGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGTCTGACCCGATGTCTAACGTC 880 Query 300 GGGTTTAGTGGTTTGTCATCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCCCCGCGCTCATCAGGT 359 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 881 GGGTTTAGTGGTTTGTCGTCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCTCCGCGCTCATCAGGT 940 Query 360 CAA-TTACAGGGTCAGCAATTCTCGAATGTTTCGTCTAACCAGTTGTTGGCAGAGCAACA 418 ||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 941 CAAGTT-CAGGGTCAGCAGTTTTCGAATGTTTCGGCTAACCAGTTGTTGGCTGAGCAACA 999 Query 419 ACGGAATAAGAAATTGGAGCCTCAGAATTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATGCAACA 478 ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1000 ACGGAATAAGAAAATGGAGACGCAGAGTTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATG---CA 1056 Query 479 GCAGCAGTTTTCAACAGTGCGTGGAGGCGGGTTACCAGGTGTGGGATCTGTCAAGATGGA 538 |||||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 1057 GCAGCAGTTTTCGACAGTGCGTGGTGGTGGATTAGCAGGTGTGGGACCTGTTAAGATGGA 1116 Query 539 ACCTGGTCAGGTTTCGAACGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 598 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1117 GCCTGGTCAGGTTTCGAATGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 1176 Query 599 GTTAAGAAACCTAGGATCAGTAAAGTTGGAACCGCAACAACA-TCAGGCCATGAGGAACT 657 ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| || | Sbjct 1177 GTTGAGAAACCTAGGGTCAGTTAAGTTGGAACCGCAGCAA-ATTCAGGCCATGAGAAATT 1235 Query 658 TGTCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCAGAGCAGTCATTGTTTCTCcaacagcagc 717 || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1236 TGGCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCTGAGCAGTCATTGTTTCTCCAACAACAGC 1295 Query 718 agaggcaacaacag---caacaacaacaacaaTTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCTC 774 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1296 AGAGGCAACAACAGCAACAACAACAACAACAATTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCGC 1355 Query 775 AGGCTCAAATGAACATATTTCACCAGCAGAGACTTATGCAACTGCAACAACAGCAACTTC 834 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 1356 AGGCTCAAATGAACATATTTCAGCAGCAGAGACTTATGCAACTTCAACAACAGCAAC-TC 1414 Query 835 -TGAAATCAATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAGTTTA 893 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1415 TTGAAATCTATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAATTTA 1474 Query 894 CCTCTGAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 953 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1475 CCTCTAAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 1534 Query 954 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAACATCGAGTTCTGGAGAAAA 1013 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1535 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAATATCGAGTTCTGGAGAAAA 1594 Query 1014 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTTTCTATGTATGGC 1073 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1595 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTCTCTATGTATGGC 1654 Query 1074 AGTGGCCGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1133 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1655 AGTGGCAGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1714 Query 1134 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCGACCGCCGAAGTCCTCCCGCGGCT-TTTCAAGAT 1192 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| Sbjct 1715 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCAACCGCCGAAGTCCTTCCGCGGCTGTTT-AAGAT 1773 Query 1193 TAAGTATGAGAGTGGCAC-TCTAGAGGAGCTGCTATATGTTGATATGCCAAGGGAATCCC 1251 ||||||||||||||| || | |||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1774 TAAGTATGAGAGTGGGACGT-TAGAAGAACTGTTATATGTAGATATGCCAAGGGAGTCCC 1832 Query 1252 AGAATTCCTCGGGACAAATTGTTTTGGAGTACGCCAAAGCAACACAAGAGAGTGTGTTTG 1311 ||||||| || || |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1833 AGAATTCATCTGGCCAAATTGTCCTGGAGTATGCAAAAGCAACACAAGAGAGTGTCTTTG 1892 Query 1312 AGCATCTTCGAGTTGTTCGTGATGGCCAGCTTCGAATAGTCTTCTCTCCAGATCTTAAGA 1371 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1893 AGCATCTTCGGGTTGTTCGTGATGGCCAACTTCGAATAGTCTTCTCGCCAGATCTTAAGA 1952 Query 1372 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGGCTTTTGA 1431 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1953 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGACTTTTGA 2012 Query 1432 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGGTCGGCAGCTCAGAAATATCAGCAAGCCGCTCAAAATG 1491 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 2013 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGATCGGCAGCTCAGAAATATCAACAAGCTGCTCAAAATG 2072 Query 1492 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCCGAGTTACAAAATAATTGCAACATGTTTGTTGCATCTG 1551 |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2073 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCGGAGCTACAAAATAATTGCAATATGTTTGTTGCATCTG 2132 Query 1552 CTAGACAATTGGCAAAAGCTCTGGAAGTACCACTCGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 1611 |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2133 CTAGACAATTGGCAAAGGCCCTGGAAGTACCACTTGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 2192 Query 1612 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCGGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACTTGATTGATT 1671 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 2193 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCAGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACCTGATAGATT 2252 Query 1672 ACAGCAGAGAAACAAGAACAGGACCGATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 1731 | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2253 ATAGCAGAGAAACACGAACAGGACCAATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 2312 Query 1732 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTcagcaagccagcgaccaggtaaggctgc 1791 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || Sbjct 2313 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTCAGCAAGCCAGCGACCAGCTTAGGCAGC 2372 Query 1792 agca--a-ca------gcagcagcagcaaca--a-cagcagcaacagcaacagca--a-c 1836 |||| | || ||||||||||||||| | || || ||||| ||||| || | | Sbjct 2373 AGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAACAACAACAACAACAACAGCAGC 2432 Query 1837 agcagcaaacagTTTCCCAGAATACAAACAGCGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 1896 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2433 AGCAGCAAACAGTTTCCCAGAATACAAACAGTGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 2492 Query 1897 TGCAGGGTAATCCCAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACCT 1956 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2493 TGCAGGGTAATCCAAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACTT 2552 Query 1957 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGCAAGACATCAGAATG 2016 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2553 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGGAAGACATCAGAATG 2612 Query 2017 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2076 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2613 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2672 Query 2077 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATC---GCAGCAACAACACAACTTGCCAACATTTC 2133 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2673 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATCATCGCAGCAACAACACAACCTGCCAACATTTC 2732 Query 2134 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2193 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2733 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2792 Query 2194 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCGGGTGAGGTTGATGGAAACG 2253 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2793 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCAGGTGAGGTTGATGGAAACG 2852 Query 2254 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2313 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2853 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2912 Query 2314 ---GCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2370 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2913 ATAGCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2972 Query 2371 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTGCTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAAC--C- 2427 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2973 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTACTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAACAACA 3032 Query 2428 CAAGTATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATGGGTCAGTCCATGGCAGCTAACG 2487 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| Sbjct 3033 CAAATATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATTGGTCAATCCATGGCAGCAAACG 3092 Query 2488 GAATCAATAATTTAAACGGTAACAATGGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 2547 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3093 GAATCAATAATATAAACGGTAACAATAGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 3152 Query 2548 GGGATCCAAACAGTCAACAGGATCTGGGAAACCAACTCTTAGGGGCAGTGAATGGTTTTA 2607 ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | Sbjct 3153 GGGATCCAAACGGTCAACAGGATTTAGGAAACCAACTTTTAGGAGCAGTGAATGGTTTCA 3212 Query 2608 ACAATTTTCAAGATTGGAATGCGTGAAATGAAGATGAAGAAGAAGA 2653 |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| Sbjct 3213 ACAATTTT---GATTGGAACGCGTGAAATGAAGAAGAGGAAGAAGA 3255 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 131738392318 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5