BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923204
Length=3635
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G48650.2 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family prot... 6004 0.0
> AT1G48650.2 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family protein
| chr1:17989398-17995326 REVERSE LENGTH=3897
Length=3897
Score = 6004 bits (3251), Expect = 0.0
Identities = 3470/3578 (97%), Gaps = 5/3578 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTCTAATCTTGATAAAAAATGCATTTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 60
||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 TGTTCTAATCTCGA-AAAAAATGCAACTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 197
Query 61 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATTTTTATTCAACATAACTCCGTTCAGCTTCATC 120
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 198 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATGTTTATTCAACATAATTCCATCCAGCTTCATC 257
Query 121 GGAGCCCTAAGTTGTTGTTAAAACCCTCCTCTGTGGTTAGGTCTCTTCACTGCCGGAGGT 180
|||||||||| |||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 258 GGAGCCCTAAATTGTTGTTGAGACCTTCCTCTGTAGTAAGGTCTCTTCATTGCCGGAGGT 317
Query 181 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTGTTGTCTGTGAAAGCAGGTCGTG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 318 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTCTTGTGTGTGAAAGCAGCTCGTG 377
Query 241 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGATTGGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATACTTTC 300
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 378 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGAATAGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATATTTTC 437
Query 301 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 438 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 497
Query 361 CAGACAGAGATGTTGGGTCTTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 420
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 CGGATAGAGATGTTGGGTCCTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 557
Query 421 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 558 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 617
Query 481 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCAGCTATGGCTACCAGAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || |
Sbjct 618 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCTGCTTTGGCAACTAGGA 677
Query 541 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 737
Query 601 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCGTTTGGTC 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 738 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCTTTTGGTC 797
Query 661 TTCAAAGCGAAGTAGATACCCATCTACATGCTTTCCTCGATCAGaaaaaaaCATTGGTTC 720
| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 798 TACAAAGCGAAGTAGATGCCCATCTACATTCTTTCCTCGATCAGAAAAAAACATTGATTC 857
Query 721 CAGAGATGTCCAGGCCAAATAGTAATGGAAGTTTAGC-AACTGATTATGGAAACTATGAG 779
| |||||| |||||| |||||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 858 CGGAGATGCCCAGGCAAAATAGTAGTGAAAGTTTAGCAAAC-GGTTATGGAAACTATGAG 916
Query 780 AAACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCCAGGGAAAGAATACTCCGTCCAAGAAGC 839
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 917 ACACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCTAGGGAAAGAATACTCCGCCCAAGAAGC 976
Query 840 TTACAACTGAGGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 899
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 TTACAACTGAAGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 1036
Query 900 GAGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGACGCACTACTGAAAGCCATTGCA 959
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GGGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGATGCACTACTGAAAGCCATTGCA 1096
Query 960 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGTTGTGGTAAAACAACACAGCTTCCC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGATGTGGTAAAACAACACAGCTTCCT 1156
Query 1020 CAGTACATATTAGAATCTGAGATTGAGGCTGCCCGTGGAGCTTCATGCAGCATCATATGT 1079
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1157 CAGTACATATTAGAATCTGAGATCGAGGCTGCCCGTGGAGCTACATGCAGCATCATATGT 1216
Query 1080 ACCCAGCCTAGAAGAATATCTGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1139
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 ACCCAGCCTAGAAGAATATCGGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1276
Query 1140 GAACAAATCGGAGACTCCGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1199
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 GAACAAATTGGAGAATCTGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1336
Query 1200 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTTGATCGTAGC 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1337 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTGGATCGTAGC 1396
Query 1260 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGGATGAATGAAGAT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1397 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGAATGAATGAAGAT 1456
Query 1320 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTCCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1379
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTTCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1516
Query 1380 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1576
Query 1440 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1636
Query 1500 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1696
Query 1560 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCaaaaaaaGAAAATCCCCTA-TATCCTCTGCTGTTGA 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||
Sbjct 1697 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCAAAAAAAGAAAATCCC-TAATATCCTCTGCAGTAGA 1755
Query 1619 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1815
Query 1679 ATGCTGGAGTCCTGATTCGATAGGCTTTAACCTCATTGAGAATGTGCTTTGCCACATCGT 1738
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||
Sbjct 1816 ATGCTGGAGTCCTGATTCAATAGGCTTTAACCTCATTGAAAATGTACTCTGTCACATCGT 1875
Query 1739 CAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 TAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1935
Query 1799 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1995
Query 1859 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 2055
Query 1919 AGGAATTAGGAAAATAGTGCTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 1978
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 AGGAATTAGGAAAATAGTACTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 2115
Query 1979 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGTAAAGCAAAAGAAACGTCTTATGATGCGCTTAACAA 2038
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGGAAAGCAAAAGAAACATCTTATGATGCGCTTAACAA 2175
Query 2039 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGACAAAGAAGAGGAAG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2176 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGCCAAAGAAGAGGAAG 2235
Query 2099 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTATGATGC 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2236 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTACGAAGC 2295
Query 2159 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTCTACA 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2296 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTTTACA 2355
Query 2219 AATTAAAAGCTTAGGACTTGGAAGCATTTCAGAGTTCCTCTCCAGGGCGTTGCAACCTCC 2278
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2356 AATTAAAAGCCTAGGACTTGGAAGCATTTCGGAGTTCCTCTCCAGGGCATTGCAACCTCC 2415
Query 2279 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2475
Query 2339 CGATGAAAATTTAACAGCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2398
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 CGATGAAAATTTAACACCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2535
Query 2399 TGGGAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2458
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 TGGAAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2595
Query 2459 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2596 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2655
Query 2519 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2656 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2715
Query 2579 ATACAGTGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGAATATTGCTGGAAGAA 2638
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2716 ATACAATGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGACTATTGCTGGAAGAA 2775
Query 2639 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2835
Query 2699 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTAAGTCATGATGA 2758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2836 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTGAGTCATGATGA 2895
Query 2759 ACATCTTGTCCGCGCAATCATCTGTGCTGGCCTGTTCCCTGGAATTTGTTCTGTTGTTAA 2818
||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2896 ACATCTTGTACGCGCAATCATTTGTGCTGGCATGTTCCCTGGAGTCTGTTCTGTTGTTAA 2955
Query 2819 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGGCAAGTGCTTCTATACTCGAG 2878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2956 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGACAAGTGCTTCTATACTCGAG 3015
Query 2879 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAAGGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 2938
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3016 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAATGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 3075
Query 2939 GAAAGTCAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCCACTGCTGTATCTGACTCTGTGCTTCTTTT 2998
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3076 GAAAGTTAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCTACTGCTGTATCTGACTCTGTTCTTCTTTT 3135
Query 2999 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3136 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3195
Query 3059 TCTAGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACGTACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3118
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3196 TCTGGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACATACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3255
Query 3119 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTAGATATTCAACTATACGACAA 3178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3256 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTTGATATTCAACTATACGACAA 3315
Query 3179 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3316 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3375
Query 3239 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAACAAAGAAGTTAAAAGAAGTAGGGACTCAGCT 3298
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 3376 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAGCAAAGAAGTTAAAAGATGTAGGGGCTCAGCT 3435
Query 3299 GCAGAACAGTGGCGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTGCTTGCCCGAGCAGG 3358
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3436 TCAGAACAGCGGTGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTACTTGCCCGAGCAGG 3495
Query 3359 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCGCTATGGT 3418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3496 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCTCTATGGT 3555
Query 3419 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGGAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3478
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3556 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGAAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3615
Query 3479 GGATGCAGCTCATGAAGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCGAGTCTGAATGA 3538
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3616 GGATGCAGCTCATGAGGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCAAGTCTGAATGA 3675
Query 3539 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACAAAA 3576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3676 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACAAAA 3713
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 181002330344
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5