BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923241
Length=1533
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G48900.1 | Symbols: | Signal recognition particle, SRP54 su... 2571 0.0
AT5G49500.1 | Symbols: | Signal recognition particle, SRP54 su... 1836 0.0
AT1G15310.1 | Symbols: ATHSRP54A, SRP54-1 | signal recognition ... 1618 0.0
> AT1G48900.1 | Symbols: | Signal recognition particle, SRP54
subunit protein | chr1:18084782-18087879 REVERSE LENGTH=1814
Length=1814
Score = 2571 bits (1392), Expect = 0.0
Identities = 1480/1523 (97%), Gaps = 3/1523 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGAATTCGCAAAGCAGCGAAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 60
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 TTGAATTCACAAAGCAGCGTAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 174
Query 61 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGTTTGAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 175 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGCTTGAA 234
Query 121 CGAGATCACTCGTGCTCTGCTTCAATCCGATGTTTCGTTTCCTCTTGTGAAGGAGATGCA 180
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 235 CGAGATCACTCGTGCTTTGCTTCAATCCGATGTTTCATTTCCCCTTGTGAAAGAGATGCA 294
Query 181 GAGTAATATCAAGAAGATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAACGCCG 240
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 295 GAGTAATATTAAGAAAATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAGCGCCG 354
Query 241 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTTTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGCCTGC 300
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 355 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTCTGTAAGATGTTGGATCCAGGGAAGCCTGC 414
Query 301 GTTTGCTCCTAAAAAGGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 360
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GTTTGCTCCTAAAAAAGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 474
Query 361 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 534
Query 421 CCTAGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 480
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 TTTGGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCTGGTGCGTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 594
Query 481 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 654
Query 541 TGAGGGAGTTGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACTAGTGG 600
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 655 TGAGGGAGTAGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACCAGTGG 714
Query 601 TCGCCATAAACAAGAAGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 660
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TCGCCATAAACAAGAAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 774
Query 661 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 834
Query 721 TCAAGCCTTTAAGCAAAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 780
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TCAAGCCTTTAAGCAGAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 894
Query 781 TGCCAAGGGTGGTGGTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 840
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGCCAAGGGTGGTGGGGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 954
Query 841 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTTAGCCG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 955 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTCAGCCG 1014
Query 901 TCTCTTAGGAATGGGTGACTGGTCTGGATTTGTTGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 960
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TCTCTTAGGAATGGGTGATTGGTCTGGATTCGTGGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 1074
Query 961 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACATTGAGAATTAT 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1075 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACGTTGAGAATTAT 1134
Query 1021 GTACGACCTGTTCCAGAATATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCGATGCT 1080
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1135 GTACGACCAGTTCCAGAACATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCAATGCT 1194
Query 1081 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCAAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1140
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCGAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1254
Query 1141 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1314
Query 1201 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1374
Query 1261 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTGCTAGCAAAGATATGGAGCAAGAT 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1375 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCT---AGCGAAGATATGGAGCAAGAT 1431
Query 1321 GAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1380
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GAAAGGACTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1491
Query 1381 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTACCGCCGCAGATGCTCAAGCAGATTGGTGGCATGGGCGG 1440
||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1492 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTCCCACCTCAGATGCTCAAGCAGATTGGCGGCATGGGCGG 1551
Query 1441 TCTGCAGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1500
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TCTGCAGAGTCTAATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1611
Query 1501 CGGAGACAAGTAGTTTCTTTCTT 1523
|||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1612 CGGAGACAAGTAGTATCTTTCTT 1634
> AT5G49500.1 | Symbols: | Signal recognition particle, SRP54
subunit protein | chr5:20077556-20080206 REVERSE LENGTH=1494
Length=1494
Score = 1836 bits (994), Expect = 0.0
Identities = 1340/1506 (89%), Gaps = 27/1506 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 ATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGCGATACAGCAGATGAGCAATGTG 82
||||||||||||||||| || || ||||||| |||| |||||| |||||| |||||||
Sbjct 1 ATGGTGTTGGCGGAGCTTGGAGGTCGGATTATGAGCGCCATACAGAAGATGAACAATGTG 60
Query 83 ACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGTTTGAACGAGATCACTCGTGCTCTGCTT 142
||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACAATAATCGATGAAAAGGCTCTGAATGATTGCTTGAACGAGATCACTCGTGCTCTGCTC 120
Query 143 CAATCCGATGTTTCGTTT-CCTCTTGTGAAGGAGATGCAGAGTAATATCAAGAAGATCGT 201
|| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 121 CAGTCCGATGTTTC-TTTCCCCCTTGTGAAGGAGATGCAGACCAATATTAAGAAAATCGT 179
Query 202 CAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAACGCCGGATCATTGAACAGGCTATCTT 261
||| ||||| ||||||||||| || || ||||| || || |||||||| ||||| |||||
Sbjct 180 CAACCTTGAGGATCTAGCAGCCGGCCATAACAAGCGTCGTATCATTGAGCAGGCGATCTT 239
Query 262 TAGTGAACTTTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGCCTGCGTTTGCTCCTAAAAAGGCTAA 321
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 240 CAGTGAACTCTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGTCTGCATTTGCTCCCAAAAAGGCCAA 299
Query 322 AGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTAC-A----AGGTGCTGGAAAGACGACAACTTGT 376
| |||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||| || |||||||||
Sbjct 300 ACCTAGTGTAGTTATGTTCGTCGGATTACAAGGTGAGGTGCTGGAAAAACCACAACTTGT 359
Query 377 ACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAG-AAAGGATACAAACCAGCCCTAGTTTGTGCGGA 435
|| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 360 ACCAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAAGGGTACAAACCAGCTCTAGTGTGTGCGGA 419
Query 436 TACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTACCAAGGCTAAGATCCC 495
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 420 TACTTTCAGGGCAGGTGCTTTTGATCAGCTGAAACAGAATGCCACCAAATCTAAGATCCC 479
Query 496 CTTTTATGGAAGCTACAC-GGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATA 554
|| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTATTATGGAAGTTACACAGG-ATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATA 538
Query 555 CGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACTAGTGGTCGCCATAAACAAG 614
||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 539 GGTTCAAGAAAGAAAATTGTGATCTTATTATTGTTGACACCAGTGGTCGCCATAAACAAC 598
Query 615 AAGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAAACCAGATCTTGTTA 674
||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAATTTCTGAAGCAACGAAACCAGATCTTGTTA 658
Query 675 TATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGCTCAAGCCTTTAAGC 734
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||| |
Sbjct 659 TATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAACTGCGTTTGAACAAGCTCGAGCATTTAAAC 718
Query 735 AAAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCATGCCAAGGGTGGTG 794
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 719 AAACTGTTGCTGTGGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGATGGTCATGCCAAGGGTGGTG 778
Query 795 GTG-CTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTATCGGAACAGGAGAG 853
| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 779 G-GACTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACAAAAAGTCCTGTCATATTCATTGGAACAGGAGAG 837
Query 854 CATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACG-TCAAACCATTTGTTAGCCGTCTCTTAGGAA- 911
|||||||||||||||||||| ||||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 838 CATATGGATGAGTTTGAAGTTTTTGATGCT-AAACCGTTTGTCAGCCGTCTCTTAGGAAA 896
Query 912 TGGGTGAC-TGGTCTGGATTTGTTGA-TAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAAAGATCAACA 969
||| ||| || |||||||| || || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 897 TGG-TGATATG-TCTGGATTCGT-GAATAAACTACAAGAGGTGGTACCTAAAGATCAACA 953
Query 970 GCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACATTGAGAATTATGTACGACCT 1029
||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 GCCTGAACTTCTGGAAATGCTCTCTCATGGTAAATTTACATTGAGAATTATGTACGACCA 1013
Query 1030 GTTCCAGAATATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCGATGCTGCCTGGAAT 1089
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1014 GTTCCAGAACATGCTGAACATGGGCCCACTTAAGGAGGTTTTCTCCATGCTACCTGGAAT 1073
Query 1090 TAGTGCTGAAATGATGCCAAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGATAAAGCGGTA 1149
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1074 GCGTGCTGAAATGATGCCAGAGGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGATAAAGCGATA 1133
Query 1150 CATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCCAAAGGTGTT 1209
||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1134 CATGACAATGATGGACTCTATGACTAATGAAGAACTGGACAGCTCAAATCCAAAGGTGTT 1193
Query 1210 TAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAA-GTAAGAGAAGTGA 1268
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1194 TAACGAGTCAAGGATAATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGG-ATTGTAAGAGAAGTGA 1252
Query 1269 TGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTGCTAGCAAAGATATGGAGCAAGATGAAAGGGC 1328
|||||||||||||||||||||| ||| | || ||| || ||| | ||| |||||||||
Sbjct 1253 TGGAGATGTTGGAAGAGTACAAAAGG-T--TAACAACTATGTGGGGGAAGGTGAAAGGGC 1309
Query 1329 TCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGCACAGCACA 1388
| |||| || | |||| ||| ||||||| |||||||| | ||||| |||| | ||||| |
Sbjct 1310 TTAAGAACCTAGAGAAAGGAAATATGAGCGCACTCTCAAAAAACAAGAACTCGCAGCA-A 1368
Query 1389 T-GAGCAAGGTCCTACCGCCGCAGATGCTCAAGCAGATTGGTGGCATGGGCGGTCTGCAG 1447
| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||
Sbjct 1369 TTGAGTAAGGTCCTACCGGCTCAGATGCTAAAGCAGATTGGCGGCATGAGTGGTCTGCAG 1428
Query 1448 AGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGGCGGAGAC 1507
||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1429 AGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCAGGTAAAGACCTGATGGGAATGTTCGGTGGCCGAGAC 1488
Query 1508 AAGTAG 1513
|||||
Sbjct 1489 GAGTAG 1494
> AT1G15310.1 | Symbols: ATHSRP54A, SRP54-1 | signal recognition
particle 54 kDa subunit | chr1:5269019-5272058 REVERSE LENGTH=1705
Length=1705
Score = 1618 bits (876), Expect = 0.0
Identities = 1195/1346 (89%), Gaps = 33/1346 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGCGATACAGCAGATGAGCAAT 79
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 109 AAAATGGTGTTGGCGGAGCTCGGCGGCCGGATAACCCGCGCCATACAGCAGATGAACAAT 168
Query 80 GTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGT-TTGAACGAGATCACTCGTGCTCT 138
|||||||| |||||||| |||| |||||||| || | || |||||||| ||||| ||| |
Sbjct 169 GTGACAATAATCGATGAAAAGGTTTTGAATG-ATTTCTTAAACGAGATTACTCGCGCTTT 227
Query 139 GCTTCAATCCGATGTTTCGTTT-CCTCTTGT-GAAGGAGATGCAGAGTAATATCAAGAAG 196
||| || ||||||||||| ||| | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 228 GCTCCAGTCCGATGTTTCTTTTGGC-CTTGTGGAA-AAGATGCAGACCAATATTAAGAAG 285
Query 197 ATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAACGCCGGATCATTGAACAGGCT 256
||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||
Sbjct 286 ATCGTTAACCTCGACGATCTAGCAGCTGGCCACAACAAACGCCTGATCATCGAGCAGGCT 345
Query 257 ATCTT-TAGTGAACTTTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGCCTGCGTTTGCTCCTAAAAA 315
||||| || ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 346 ATCTTCAAG-GAACTCTGTAGGATGCTGGATCCAGGAAAGCCTGCCTTTGCCCCCAAAAA 404
Query 316 GGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGGAAAGACGACAACTTG 375
||| ||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 405 GGCCAAACCTAGTGTAGTGATGTTCGTCGGTTTACAAGGTGCTGGAAAAACCACAACATG 464
Query 376 TACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGCCCTAGTTTGTGCGGA 435
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||
Sbjct 465 TACCAAGTATGCTTACTATCATCAGAAGAAAGGGTACAAAGCAGCTCTAGTGTGTGCGGA 524
Query 436 TACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTACCAAGGCTAAGATCCC 495
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 525 TACTTTCAGGGCCGGTGCTTTTGATCAGCTGAAACAGAATGCCACCAAGGCTAAGATCCC 584
Query 496 CTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATAC 555
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 CTTTTATGGAAGCTACACAGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATAG 644
Query 556 GTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACTAGTGGTCGCCATAAACAAGA 615
||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 645 GTTCAAGAAAGAAAAGTGTGATCTTATTATTGTTGACACCAGTGGTCGCCATAAACAAGC 704
Query 616 AGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAAACCAGATCTTGTTAT 675
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 705 AGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGGAACCAGATCTTGTTAT 764
Query 676 ATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGCTCAAGCCTTTAAGCA 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |
Sbjct 765 ATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGAACAAGCTGAAGCTTTTAAGGA 824
Query 736 AAGTGT-TGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCATGCCAAGGGTGGTG 794
|| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 825 AACTGTAT-CTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCATGCCAAGGGAGGTG 883
Query 795 GTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTATCGGAACAGGAGAGC 854
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 884 GTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACAAAAAGTCCTGTGATATTCATTGGAACAGGAGAGC 943
Query 855 ATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTTAGCCGTCTCTTAGGAATGG 914
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 944 ATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTTAAACCATTTGTCAGCCGTCTCTTAGGAAAGG 1003
Query 915 GTGACTGGTCTGGATTTGTTGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAAAGATCAACAGCCTG 974
|||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1004 GTGATTGGTCTGGACTCGTGGATAAACTACAAGAGGTGGTACCTAAAGATCTACAGAATG 1063
Query 975 AACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACATTGAGAATTATGTACGACCTGTTCC 1034
||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1064 AACTTGTAGAAAATCTCTCTCAGGGTAACTTTACGTTGAGAAGTATGTACGACCAGTTCC 1123
Query 1035 AGAA-TATACTGAACATGGGT-CCACTTAAGGAGGTTTTCTCGATGCTGCCTGGAATTAG 1092
|| | | ||| | || | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 AGTGCTCT-CTG--C--GGATTCCACTTAATCAGCTTTTCTCGATGCTGCCTGGAATTAG 1178
Query 1093 TGCTGAAATGATGCCAAAAGGACATGA-GAAAGAAAGCC-AGGCGAAGATAAAGCGGTAC 1150
||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||| ||||| |||
Sbjct 1179 TGCTGAAATGATGCCGAAAGGACATGGTGAA-GAAAGCCGAGT-GAAGATGAAGCGATAC 1236
Query 1151 ATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCCAAAGGTGTTT 1210
||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 1237 ATGACAATGATGGATTCTATGACAAATAAAGAACTTGACAGCCCAAACCCAAAGATTTTT 1296
Query 1211 AACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAGAGAAGTGATG 1270
||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1297 AACGAGTCAAGGATAATGAGGATAGCGAGAGGGTCAGGGAGGTTAGTAAGAGAAGTGATG 1356
Query 1271 GAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTGCTAGCAAAGATATGGAGCAAGATGAAAGGGCTC 1330
|||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||| ||
Sbjct 1357 GAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGAT---AGCAAAGA-------CAA--TGAAAGGGATC 1404
Query 1331 AAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAG 1356
|||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1405 AAGATCCCAAAGAACGGAGACATGAG 1430
Score = 189 bits (102), Expect = 7e-47
Identities = 127/139 (91%), Gaps = 2/139 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1386 ACATGAGCAAGGTCCTACCGCCGCAGATGCTCAAGCAGATTGGTGGCATGGGCGGTCTGC 1445
|||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 1424 ACATGAGCAAGGTCATACCGCCTCAGATGCTAAAACAGATGGGCGGCATGAGCGGTCTGC 1483
Query 1446 AGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCCGGC-AAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGGCGGA 1504
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1484 AGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTT-CGGCTAAGGACATGATGGGAATGTTTGGTGGCGGA 1542
Query 1505 GACAAGTAGTTTCTTTCTT 1523
| |||||||||||| ||||
Sbjct 1543 GGCAAGTAGTTTCTATCTT 1561
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75652221315
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5