BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg924144
Length=2607
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G56070.1 | Symbols: LOS1 | Ribosomal protein S5/Elongation f... 4242 0.0
AT3G12915.1 | Symbols: | Ribosomal protein S5/Elongation facto... 2460 0.0
> AT1G56070.1 | Symbols: LOS1 | Ribosomal protein S5/Elongation
factor G/III/V family protein | chr1:20967930-20971742 REVERSE
LENGTH=2958
Length=2958
Score = 4242 bits (2297), Expect = 0.0
Identities = 2501/2600 (96%), Gaps = 12/2600 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 ATCTTTCTCTCT---AGATTTTGTAGGTGACAATCAAAAGTTTGACAAAATGGTGAAGTT 66
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 ATCTTTCTCTCTAAGAGATTTTGTAGGTGACAATCAAAAGTTTGACAAAATGGTGAAGTT 122
Query 67 TACAGCTGATGAGCTTCGAAGGATTATGGACTACAAACACAACATCCGTAATATGTCCGT 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 123 TACAGCTGATGAGCTTCGAAGGATTATGGACTACAAACACAACATCCGTAATATGTCTGT 182
Query 127 TATTGCCCATGTTGACCACGGGAAATCCACTCTCACTGATTCCTTGGTTGCTGCTGCGGG 186
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 183 TATTGCTCATGTCGACCACGGGAAATCCACTCTTACTGATTCTTTGGTTGCTGCTGCTGG 242
Query 187 TATCATTGCCCAAGAGGTTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATACCAGAGCTGATGAGGC 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 TATCATTGCCCAAGAGGTTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATACCAGAGCTGATGAGGC 302
Query 247 TGAACGTGGTATTACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTACTACGAGATGACGGATGC 306
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 303 TGAACGTGGTATCACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTACTACGAGATGACTGATGA 362
Query 307 GTCCTTGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGATGGCAACGAATACCTTATCAACCTTATCGA 366
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 363 ATCCTTGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGACGGAAACGAGTACCTCATCAATCTTATTGA 422
Query 367 TTCTCCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCTCTCCGTATTACTGATGG 426
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 TTCACCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCTCTCCGTATTACTGATGG 482
Query 427 TGCTCTTGTGGTGGTCGACTGTATTGAGGGTGTGTGTGTTCAGACTGAGACTGTTCTACG 486
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TGCTCTTGTGGTGGTCGACTGCATTGAGGGTGTGTGTGTTCAGACTGAGACTGTTCTACG 542
Query 487 TCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTTAACAAGATGGACAGGTGTTT 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTCAACAAGATGGACAGGTGTTT 602
Query 547 CCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTTCTCCAGGGTCATTGAGAA 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 603 CCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTTCTCGAGGGTTATTGAGAA 662
Query 607 TGCCAACGTTATCATGGCTACCTATGAGGATCCTCTCCTTGGTGATGTTCAGGTATACCC 666
|| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 663 CGCTAATGTCATCATGGCTACATACGAGGATCCTCTCCTTGGTGATGTTCAGGTTTACCC 722
Query 667 AGAGAAGGGAACTGTGGCGTTTTCTGCTGGTCTCCACGGTTGGGCGTTTACACTGACCAA 726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 723 AGAGAAGGGAACTGTGGCGTTTTCTGCTGGTCTCCATGGATGGGCGTTTACACTGACCAA 782
Query 727 CTTTGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTCGATGAAACTAAGATGATGGAGAGGCT 786
||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 783 CTTCGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTTGTTGAATCTAAGATGATGGAGAGGCT 842
Query 787 CTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAATGGAGTGGCAAAAACACTGGTTC 846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 CTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAGTGGAGTGGCAAAAACACTGGTTC 902
Query 847 CCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTCCAGTTCTGCTATGAACCCATCAAGCAAATCATCGC 906
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 903 CCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTTCAGTTCTGCTATGAACCCATCAAGCAAATTATTGC 962
Query 907 TACTTGCATGAATGACCAGAAGGACAAGTTGTGGCCCATGTT-GCAGAAGCTTGGTGTCA 965
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 963 TACTTGCATGAATGACCAGAAGGATAAGTTGTGGCCTATGTTGGC-GAAGCTTGGTGTCT 1021
Query 966 CAATGAAGAATGATGAGAAAGAGCTTATGGGTAAACCTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGA 1025
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CAATGAAGAATGATGAGAAGGAGCTTATGGGTAAACCTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGA 1081
Query 1026 CTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATGATCTATCATTTGCCATCTCCCC 1085
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1082 CTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATGATCTTTCATTTGCCATCTCCCC 1141
Query 1086 ACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATCTGTATGAAGGTCCTCTTGATGATCAGTATG 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 ACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATCTGTATGAAGGTCCTCTTGATGATCAGTATG 1201
Query 1146 CAAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCAATGGACCTCTCATGCTCTACGTATCTAAGATGA 1205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1202 CAAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCAATGGACCTCTCATGCTCTACGTATCCAAGATGA 1261
Query 1206 TTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGGTTCTTTGCCTTTGGTCGTGTCTTTGCTGGTAAGGTTT 1265
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGATTCTTTGCCTTCGGTCGTGTCTTTGCTGGTAAGGTTT 1321
Query 1266 CTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCAACTATGTCCCTGGTGAGAAGAAGGATC 1325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 CTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCAACTATATCCCTGGTGAGAAGAAGGATC 1381
Query 1326 TGTATACTAAGAGTGTTCAGAGGACTGTTATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACGGTGG 1385
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1382 TGTACACTAAGAGTGTTCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACAGTGG 1441
Query 1386 AGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGA 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 AGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGA 1501
Query 1446 ATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCCCATTCGTGCCATGAAGTTTT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1502 ATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCCCATTCGTGCTATGAAGTTTT 1561
Query 1506 CTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGCATCTGACCTTCCCAAGC 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1562 CTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGCGTCTGACCTTCCCAAGT 1621
Query 1566 TGGTTGAGGGTCTCAAGAGGCTGGCCAAGTCTGATCCTATGGTTGTGTGCACAATGGAAG 1625
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1622 TGGTTGAGGGTCTCAAGAGGTTGGCCAAGTCTGATCCTATGGTTGTGTGTACAATGGAGG 1681
Query 1626 AATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGGAGAGCTCCATCTTGAGATTTGTCTGAAGG 1685
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1682 AATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGGAGAACTCCATCTTGAGATTTGTCTTAAGG 1741
Query 1686 ATCTGCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAAATTATCAAGTCAGACCCTGTGGTCTCCT 1745
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 ATCTTCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAAATTATCAAGTCAGACCCTGTGGTCTCCT 1801
Query 1746 TCCGTGAGACAGTTAGTGATAGGTCTATTCGCACTGTTATGAGTAAGTCTCCTAACAAGC 1805
|||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TCCGTGAGACAGTTTGTGATAGATCTACTCGCACAGTTATGAGTAAGTCTCCTAACAAGC 1861
Query 1806 ATAACCGTCTCTACATGGAAGCAAGACCCATGGAAGATGGTCTAGCTGAGGCGATTGATG 1865
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1862 ATAACCGTCTGTACATGGAAGCAAGACCCATGGAGGAAGGTCTAGCTGAGGCTATTGATG 1921
Query 1866 ATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGACCCTAAGATCAGGTCCAAGATCTTGGCTGAGGAGT 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 ATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGACCCTAAGATCAGATCCAAGATCTTGGCTGAGGAGT 1981
Query 1926 TTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATCTGGGCTTTTGGACCTGAAACCACAGGGC 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATCTGGGCTTTTGGACCTGAAACCACAGGGC 2041
Query 1986 CTAACATGGTTGTTGATATGTGTAAAGGAGTTCAGTACCTTAATGAAATCAAGGACTCAG 2045
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2042 CTAACATGGTTGTCGATATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTTAACGAAATCAAGGATTCAG 2101
Query 2046 TGGTGGCTGGTTTCCAGTGGGCGTCCAAGGAAGGTCCTCTATG-TGAAGAGAACATGAGA 2104
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2102 TTGTTGCTGGTTTCCAGTGGGCGTCCAAGGAAGGTCCTCT-TGCTGAAGAGAACATGAGA 2160
Query 2105 GGCATCTGTTTCGAGGTTTGTGATGTGGTGCTTCACTCTGATGCCATCCACAGAGGAGGT 2164
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GGTATCTGTTTTGAGGTATGTGATGTGGTGCTTCACTCTGATGCCATCCACAGAGGAGGT 2220
Query 2165 GGTCAGGTTATCCCAACAGCCAGAAGGGTCATATACGCTGCCCAGATCACAGCTAAGCCC 2224
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GGTCAGGTTATCCCCACAGCCAGAAGGGTCATATACGCTTCCCAGATCACAGCTAAGCCC 2280
Query 2225 AGGCTTTTGGAGCCAGTTTACATGGTTGAGATCCAGGCACCAGAGGGAGCTCTTGGAGGA 2284
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 AGACTTTTGGAGCCGGTTTACATGGTTGAGATCCAGGCACCAGAGGGAGCTCTTGGAGGA 2340
Query 2285 ATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTCTTCGAGGAGATGCAGAGGCCAGGA 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 ATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTCGAGGAGATGCAGAGGCCAGGA 2400
Query 2345 ACTCCGCT-GTACAACATCAAGGCATACCTGCCTGTTGTGGAGTCTTTCGGATTCTCGAG 2403
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2401 ACTCC-CTTGTACAACATCAAGGCATACCTGCCTGTTGTGGAGTCTTTCGGATTCTCAAG 2459
Query 2404 TCAGCTTAGGGCAGCAACCTCAGGACAGGCTTTCCCACAGTGTGTGTTTGATCATTGGGA 2463
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TCAGCTTAGGGCAGCAACCTCAGGACAGGCATTCCCACAGTGTGTGTTTGATCATTGGGA 2519
Query 2464 AATGATGTCTTCTGACCCTCTTGAGCCAGGTACTCAGGCTTCAGTTCTGGTGGCTGATAT 2523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2520 AATGATGTCTTCTGACCCTCTTGAGCCAGGTACTCAGGCTTCAGTTTTGGTGGCTGATAT 2579
Query 2524 CAGGAAGAGGAAGGGATTGAAGGAA-CAGATGACTCCACTATCTGATTTTGAAGACAAGC 2582
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2580 CAGGAAGAGGAAGGGATTGAAGGAAGC-GATGACTCCACTATCTGAGTTCGAAGACAAGC 2638
Query 2583 TTTAAGCTTTCACCAAGACT 2602
||||||||| ||||||||||
Sbjct 2639 TTTAAGCTT-CACCAAGACT 2657
> AT3G12915.1 | Symbols: | Ribosomal protein S5/Elongation factor
G/III/V family protein | chr3:4112834-4115708 FORWARD LENGTH=2628
Length=2628
Score = 2460 bits (1332), Expect = 0.0
Identities = 2166/2562 (85%), Gaps = 84/2562 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 58 GGTGAAGTTTACAGCTGATGAGCTTC-GAAGGATTATGGACTAC--AAACACAACATCCG 114
|||||||||||||| ||| |||| | ||| |||| ||| | | ||||||||||||||
Sbjct 105 GGTGAAGTTTACAGTTGAAGAGCAACGGAA-AATTACGGA-T-CGTAAACACAACATCCG 161
Query 115 TAATATGTCCGTTATTGCCCATGTTGACCACGGGAAATCCACTCTCACTGATTC-CTTGG 173
||| ||||| || || |||||||| || || |||||||| || || || ||||| ||| |
Sbjct 162 TAACATGTCTGTCATCGCCCATGTCGATCATGGGAAATCTACACTTACGGATTCACTT-G 220
Query 174 TTGCTGCTGCGGGTATCATTGCCCAAGAGGTTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATAC-C 232
|||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 221 TTGCTGCTGCTGGTATCATTGCTCAAGAAACTGCGGGTGATGTGCGTATGACTGATACTC 280
Query 233 AGAGCTGATGAGGCTGAACGTGGTATTACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTACTAC 292
| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 281 -GTGCTGATGAGGCAGAACGTGGTATCACCATCAAGTCCACTGGTATCTCTCTCTACTAT 339
Query 293 GAGATGACGGATGCGTCCT-TGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGATGGCAACGAATACCT 351
|||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 340 GAGATGACTGATGCGT-CTCTGAAGAGTTTCACCGGAGCTAGAGATGGCAATGAGTACCT 398
Query 352 TATCAACCTTATCGATTCTCCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCTCT 411
|||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 399 GATCAACCTCATTGACTCTCCTGGACACGTTGACTTTTCTTCAGAGGTCACAGCTGCTCT 458
Query 412 CCGTATTACTGATGGTGCTCTTGTGGTGGTCGACTGTATTGAGGGTGTGTGTGTTCAGAC 471
|||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 459 CCGTATCACTGATGGTGCTCTTGTGGTTGTTGACTGCATTGAAGGTGTTTGTGTGCAGAC 518
Query 472 TGAGACTGTTCTAC-GTCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTTAACA 530
||||||||| || | | || |||||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||
Sbjct 519 TGAGACTGTGCT-CAGGCAATCTCTTGGTGAAAGGATTAGGCCTGTTTTGACTGTCAACA 577
Query 531 AGATGGACAGGTGTTTCCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTTCT 590
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||
Sbjct 578 AGATGGACAGGTGTTTCCTTGAGCTTAAGGTTGATGGTGAGGAGGCGTATCAGAATTTC- 636
Query 591 C-CAGGGTCATTGAGAATGCCAACGTTATCATGGCTAC-CTATGAGGATCCTCTCCTTGG 648
| ||||||||||||||||| || || |||||||| || | |||||||||||||||| ||
Sbjct 637 CAGAGGGTCATTGAGAATGCTAATGTCATCATGGCCACGC-ATGAGGATCCTCTCCTCGG 695
Query 649 TGATGTTCAGGTATACCCAGAGAAGGGAACTGTGGCGTTT-TCTGCTGGTCTCCACGGTT 707
|||||||||||| ||||| || ||||| || || || ||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 696 TGATGTTCAGGTTTACCCTGAAAAGGGGACAGTAGC-TTTCTCTGCTGGTCTCCACGGAT 754
Query 708 GGGCGTTT-ACACTGACCAACTTTGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTCGATGAA 766
|||| ||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 755 GGGC-TTTCACTCTCACCAATTTTGCTAAGATGTATGCTTCCAAGTTTGGTGTCTCTGAA 813
Query 767 ACTAAGATGATGGAGAGGCTCTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAATGG 826
|||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||
Sbjct 814 TCTAAAATGATGGAGAGGCTGTGGGGTGAGAACTTCTTTGATTCTGCAACCAGAAAATGG 873
Query 827 AGTGGCAAAAACACTGGTTCCCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTCCAGTTCTGCTATGAA 886
| | | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 874 A-CGAC-CAAA-ACTGGCTCCCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTTCAGTTCTGTTATGAA 930
Query 887 CCCATCAAGCA-AATCATC-GCTACTTGCATGAATGACCAGAAGGACAAGTTGTGGCCCA 944
||||| ||| | ||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 931 CCCATTAAG-ATAATGATCAAC-ACTTGTATGAATGATCAGAAGGATAAGCTGTGGCCGA 988
Query 945 TGTT-GCAGAAGCTTGGT-GTCACAATGAAGAATGATGAGAAAGAGCTT-ATGGGTAAAC 1001
|||| | ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 989 TGTTAG-AGAAGCTTGGTATTCA-GATGAAGCCCGATGAGAAAGAG-TTGATGGGTAAAC 1045
Query 1002 CTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGACTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGA 1061
|| | ||||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||
Sbjct 1046 CTTTGATGAAGCGTGTCATGCAGGCATGGCTTCCTGCGAGTACCGCTCTTCTTGAAATGA 1105
Query 1062 TGATCTATCATTTGCCATCTCCCCACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATC-TGTAT 1120
|||||| ||| || ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1106 TGATCTTTCACTTACCATCACCCTACACTGCGCAGAGGTACCGTGTTGAGAA-CTTGTAT 1164
Query 1121 GAAGGTCCTCTTGATGATCAGTATGC-AAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCA-ATGGAC 1178
|||||||| ||||||||| ||||||| | || ||||| |||||||| ||| | || |
Sbjct 1165 GAAGGTCCCCTTGATGATAAGTATGCTGCA-GCTATCAGAAACTGTGA-TCCAGACGGTC 1222
Query 1179 CTCTCATGCTCTACGTATCTAAGATGATTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGGTTCTTTGCCT 1238
|| | ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1223 CTTTGATGCTCTACGTCTCTAAGATGATTCCCGCATCTGACAAGGGCAGGTTCTTTGCCT 1282
Query 1239 TTGGTCGTGTCTTTGCTGGTAAGGTTTCTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCA 1298
| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 1283 TCGGTCGTGTCTTTTCTGGTACGGTTTCTACTGGTATGAAAGTCAGGATCATGGGTCCTA 1342
Query 1299 ACTATGTCCCTGGTGAGAAGAAGGATCTGTATACT-AAGAGTGTTCAGAGGACTGTTATT 1357
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1343 ACTATGTCCCTGGTGAAAAGAAAGATCTGTAT-GTCAAAAGTGTGCAGAGGACTGTCATT 1401
Query 1358 TGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACGGTGGAGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATG 1417
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1402 TGGATGGGTAAGAAACAAGAGACAGTGGAGGATGTTCCTTGTGGTAATACTGTTGCTATG 1461
Query 1418 GTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGAATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGAT 1477
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1462 GTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGAATGGTACCTTGACGAATGAGAAGGAAGTGGAC 1521
Query 1478 GCTCACCC-CATTCGTGCCATGAAGTTTTCTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCA 1536
|| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1522 GCACACCCGC-TTCGTGCCATGAAGTTTTCTGTCTCTCCCGTTGTTCGTGTTGCTGTGAA 1580
Query 1537 GTGTAAGGTTGCATCTGACCTTCCCAAGCTGGTTGAGGGTCTCAAGAGGCTGGCCAAGTC 1596
|| ||| | || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1581 ATGCAAGCTAGCGTCTGACCTTCCCAAGCTTGTAGAAGGTCTTAAGAGGCTGGCCAAGTC 1640
Query 1597 TGATCCTATGGTTGTGTGCACAATGGAAGAATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGG 1656
||| ||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1641 TGACCCTATGGTTCTATGCACAATGGAAGAGTCTGGTGAGCACATTGTTGCAGGTGCTGG 1700
Query 1657 AGAGCTCCATC-TTGAGATTTGTCTGAAGGATCTGCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTG 1715
||| ||||| | |||| |||||| | |||||||| || ||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 1701 AGAACTCCA-CATTGAAATTTGTGTCAAGGATCTTCAAGAT--TTT-ATGGGTGGTGCGG 1756
Query 1716 AAATTATCAA-GTCAGACCCTGTGGTCTCCTTCCGTGAGACAGT-TAGTGATAGGTCTAT 1773
| || || | |||||| ||||| || || || || |||||||| | ||| |||||| |
Sbjct 1757 ATATCAT-AGTGTCAGATCCTGTTGTTTCGTTACGAGAGACAGTCTT-TGAGAGGTCT-T 1813
Query 1774 TC-GCACTGTTATGAGTAAGTCTCCTAACAAGCATAACCGTCTCTACATGGAAGCAAGAC 1832
| | ||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1814 GCCGGACTGTGATGAGTAAGTCCCCAAACAAACACAACCGTCTTTACATGGAAGCCAGAC 1873
Query 1833 CCATGGAAGATGGTCTAGCTGAGGCGATTGATGATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGACC 1892
| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || || || ||| |||||||
Sbjct 1874 CAATGGAGGATGGTCTAGCAGAGGCCATTGATGAAGGCCGCATCGGTCCATCTGATGACC 1933
Query 1893 CTAAGATCAGGTCCAAGAT-CTTGGCTGAGGAGTTTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAG 1951
| |||||| | |||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1934 CCAAGATCCGATCCAAGATTCTTG-CAGAAGAGTTTGGGTGGGACAAGGATCTTGCCAAG 1992
Query 1952 AAGATCTGGGCTTTTGGACCTGAAACCACAGGGCCTAACATGGTTGTTGATATGTGTAAA 2011
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1993 AAAATCTGGGCGTTTGGACCTGACACCACAGGGCCCAACATGGTGGTTGACATGTGTAAG 2052
Query 2012 GGAGTTCAGTACCTT-AATGAAATCAAGGACTCAGTGGTGGCTGGTTTCCAGTGGGCGTC 2070
||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 2053 GGAGTGCAGTAC-TTGAATGAAATCAAGGACTCAGTGGTTGCTGGGTTCCAATGGGCTTC 2111
Query 2071 CAAGGAAGGTCCTCTATGT-GAAGAGAACATGAGAGGCATCTGTT-TCGAGGTTTGTGAT 2128
|||||||||||| || | || || ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||
Sbjct 2112 AAAGGAAGGTCCTTTA-GCAGAGGAAAACATGAGAGGGGTCTGTTAT-GAGGTGTGTGAT 2169
Query 2129 GTGGTGCTTCACT-CTGATGCCATCCACAGAGGAGGTGGTCAGGTTATCCCAACAGCCAG 2187
|| ||||| || | ||||||| |||||||||||| |||||||| | ||| ||||||| ||
Sbjct 2170 GTTGTGCTCCA-TGCTGATGCAATCCACAGAGGATGTGGTCAGATGATCTCAACAGCAAG 2228
Query 2188 AAGGGTCATATACGC-TGCCCAGA-TCACAGCTAAGCCCAGGCTT-TTGGAGCCAGTTTA 2244
||| | ||| || || | | || | |||| || ||||| || ||| ||| |||| |||||
Sbjct 2229 AAGAGCCATCTATGCAT-CACA-ACTCACGGCCAAGCCTAGACTTCTTG-AGCCGGTTTA 2285
Query 2245 CATGGTTGAGATCCAGGCACCAGAGGGAGCTCTT-GGAGGAATCTACAGTGTGCTGAATC 2303
|||||| ||||| || ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2286 CATGGTCGAGATACAAGCACCTGAGGGAGCT-TTAGGAGGAATCTACAGTGTGTTGAATC 2344
Query 2304 AGAAGCGTGGACACGTCTTCGAGGAGATGCAGAGGCCAGGAACTCCGCTGTACAACATCA 2363
||||||||||||| || || || || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 2345 AGAAGCGTGGACATGTGTTTGAAGAAATGCAAAGGCCAGGAACGCCTCTCTACAACATCA 2404
Query 2364 AGGCATACCTGCCTGTTGTGGAGTC-TTTCGGATTCTCGAG-TCAGCTTAGGGCAGCAAC 2421
| || ||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| || |||||| ||||| |||||
Sbjct 2405 AAGCCTACCTTCCTGTGGTCGAGTCATTT-GGTTTCTC-AGGTCAGCTAAGGGCTGCAAC 2462
Query 2422 CTCAGGACAGGC-TTTCCCACAGTGTGTGTTTGATCATTGGGAAATGATGTCTTCTGACC 2480
||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2463 CTCAGGACAAGCCTTTCCT-CAGTGTGTGTTTGACCATTGGGACATGATGTCTTCTGATC 2521
Query 2481 CTCTTGAGCCAGG-TACTCAGGCTTC-AGTTCTGGTGGCTGATATCAGGAAGAGGAAGGG 2538
| |||||| | || | | |||||| | | | |||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2522 CGCTTGAGACTGGCT-CACAGGCTGCGACAT-TGGTAGCTGATATCAGGAAGAGAAAAGG 2579
Query 2539 ATTGAAGGAACAGATGACTCCACTATCTGATTTTGAAGACAA 2580
|||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2580 TTTGAAGCTACAAATGACTCCACTCTCTGATTATGAAGACAA 2621
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129430712940
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5