BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg924607
Length=4427
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G63490.1 | Symbols: | transcription factor jumonji (jmjC) d... 5446 0.0
> AT1G63490.1 | Symbols: | transcription factor jumonji (jmjC)
domain-containing protein | chr1:23544656-23552030 REVERSE
LENGTH=3717
Length=3717
Score = 5446 bits (2949), Expect = 0.0
Identities = 3288/3457 (95%), Gaps = 2/3457 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 972 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAAATAGTAGAA 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAGATAGTAGAA 60
Query 1032 GGGTCAGGTGGAGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGACACTTCTGTTTACGGG 1091
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 GGGTCAGGTGGTGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGATACTTCTGTTTACGGG 120
Query 1092 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGGGACCAAAGACCAGATTCAGTTGAGGCAAATATTTGGGAT 1151
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 121 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGCGACCAAAGACCAGAATCAGTTGAGGCAGATATATGGGAT 180
Query 1152 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 240
Query 1212 CAAGCCATTCGGCATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTGTATCTTGGAATGCTC 1271
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 CAGGCCATTCGACATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTATATCTTGGAATGCTC 300
Query 1272 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 360
Query 1332 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTGTTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 1391
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTATTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 420
Query 1392 GTCATGCGGAAAACCCTTCCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 1451
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTCATGCGAAAAACCCTACCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 480
Query 1452 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 540
Query 1512 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 600
Query 1572 GGTTTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTCATGGTGGT 1631
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 601 GGTCTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTTATGGTGGT 660
Query 1632 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGTCTGTACCGGAAACCTTCAGTGATATCTCATGAAGAGCTT 1691
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGGCTGTACCGGAAACCTTCAGTCATATCTCATGAAGAGCTT 720
Query 1692 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGTTGCAATACCGAAGGATCAATACATTTAAAGAAA 1751
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 721 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGCTGCAATAACGAAGGGTCAATACATTTGAAGAAA 780
Query 1752 GAATTGCTGAGAATATACAGCAAGGaaaaaaaCTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 1811
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAATTGCTCAGAATATACAGCAAGGAAAAAACCTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 840
Query 1812 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTCTGCCTGAATGCCCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 1871
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTGTGCCTGAATGCGCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 900
Query 1872 GATCCAACATGCATCATCTGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCCATTGC 1931
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 901 GATCCAACATGCATCATATGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCAATTGC 960
Query 1932 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTGGAGCACTGGAAGCACCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1991
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTAGAGCACTGGAAGCATCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1020
Query 1992 AAGTTGCGTCTTGTATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTGGATAGGATGGTACAAGAAGTT 2051
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGTTGCGACTTGAATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTAGATATGATGGTACAAGAAGTT 1080
Query 2052 GAAAAGTTTGGTGGCTGCAAAACACAAGAAACCAAAAACTCACAACGGCCAAGTTCAGGC 2111
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1081 GAAAAGTTTGGTGGGTGCAAAACACAAGAAACCAAAATCTCACAACGGCCGAGTTCAGGC 1140
Query 2112 ACCAAACGATCTATTGCTTTCAACAAAAAGCAGGAAGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGA 2171
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ACCAAACGATCTATTGCTTTAAATAAAAAGCAGGAGGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGG 1200
Query 2172 CCAGCAGACAATTGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTCGACGATGCCTTTTCTAGTGTT 2231
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1201 CCAGCAGACAAATGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTTGACGCTGCGTTTTCTAGTGTT 1260
Query 2232 GAATATGCCACTCTTTTAAAGGAAGCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 2291
||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAATATGCCACCCTTTTGAAGGAATCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 1320
Query 2292 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 1380
Query 2352 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGCCAACAATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 2411
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGTCAACGATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 1440
Query 2412 TTTATTGATAAGTTGGTGAGAGTTAACCCCGTTCCTTGCTTTCAGTCTGGTTATCTGAAA 2471
||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1441 TTTATTGATGAGTTGCTGAGAGTTAATCCTGTTCCTTGCTTTAATTCTGGTTATCTGAAA 1500
Query 2472 TTAAAGGATTATGCTGAAGTGGTTAGAAAGTTGTCTGAGAAAGTTGATTCAGCTCTGTCA 2531
||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||
Sbjct 1501 CTAAAGGACTATGCTGAAGAAGCTAGAAAATTGTCCGAGAAAATCGATTCAGCTCTCTCG 1560
Query 2532 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTTTTGCATTCTGAAGTCTCCAGTTCACCAATC 2591
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1561 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTATTGCATTCTGAAGTCTCCAGATCGCCAATC 1620
Query 2592 TCCCTAATAAAACACGAGATCTTATCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 2651
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TCCCTAAAAAAACACGAGATCTTGTCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 1680
Query 2652 AGGGCGAGACGCTATCTCGCAGACACTAAACCTCCAGGACTTGAAATGGATGCACTTTTC 2711
||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AGGGCGAAACGCTATCTCACAGACGCTAAACCTCCAGGAATTGAAATGGATGCACTTTTC 1740
Query 2712 AAGCTAAAGTCAGAGATGTTAGAGCTTCAGGTGCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTTTG 2771
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1741 AAGCTAAATTCAGAGATGTTAGAGCTTCATGTTCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTCTG 1800
Query 2772 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATTAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 2831
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATCAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 1860
Query 2832 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGCTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 2891
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGTTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 1920
Query 2892 CCTGAGTTGACTATCCTGAGGCAGTACCACGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTC 2951
|||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CCTGAGTTGAATATCCTGAGGCAGTATCATGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTT 1980
Query 2952 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACAAAAGCTAATTAGTGACCTG 3011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACGAAAGCTAATTAGTGACCTC 2040
Query 3012 AGTTCCCTTCTACGGGATGGGGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 3071
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AGTTCCCTTCTACGGGATGGAGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 2100
Query 3072 GAAGTTGAATTAAAAAAGGCATCTTGCCGGAAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 3131
||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GAAGTTGAATTGAAGAAGGCATCTTGCCGGGAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 2160
Query 3132 AGGTCTCTGGATTTCATTGAGCAGCTGCTCTCGGAAGCTGTTGTTCTACAAATCGAGGAG 3191
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||
Sbjct 2161 AAATCTCTGGATTTCATTGAGCAACTGCTCTCGGAAGCTGTTATACTACACATCGAAGAG 2220
Query 3192 GAGGAGCTATTTGTTGAGATCTCTGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAAGAAAGA 3251
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2221 GAGGAGATATTTGTTGAGATCTCGGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAGGAAAGA 2280
Query 3252 GCAAGCAGTATCCTTGCTAGTGAAACTCAGATGTACGACCTTAAAGATCTGGCAAGGATG 3311
||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 2281 GCAAGCACTATCCTTGAAAATGAAACTCAGATGTACGAGCTTAAAGATCTCGTAAGGATG 2340
Query 3312 TCAATCAACATTGATGCGGTTTTGCCTTCTCTG-AAGGGCATAGAGAACACAATCTCATC 3370
||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2341 TCAGTCAACATTGATGCGGTTTTACCTACTCTGCAAGG-CATAGAGAACACAATCTCGTC 2399
Query 3371 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTTTATCAGCCATTTGCTCTATGGCATC 3430
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2400 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTCTATCAGCCACTTCCTCTATGGCATC 2459
Query 3431 ATCTCCATGTTCTCTGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGACCTAGTTACTCAGTCTAAATC 3490
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2460 ATCTCCATGTTCTATGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGATCTAGTTACTCAGGCTAAATT 2519
Query 3491 GCTTAACGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACACTGTTGCTTAATTGCGAAAG 3550
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 2520 GCTCAATGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACATTGTTGCTTAACTGCGAGAG 2579
Query 3551 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAGGATTTGTTGGACAATGCGAA 3610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAAGATTTGTTGGACAATGCGAA 2639
Query 3611 AATAGATGATGGCATGCATAACAATATCCTTCCGAAGATTTTGGATTTGATAACCAGAGT 3670
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AATAGATGATGGCACGCATAGCAATATCCTTCCGAAGATAATGGATTTGATAACCAGAGT 2699
Query 3671 GGACTCTGCTAGAAAATCTGGTCTGTCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 3730
|||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GGACTCCGCTAGGAGATCTGGTCTGGCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 2759
Query 3731 TCAAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 3790
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 TCGAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 2819
Query 3791 ACCTTCCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTAGGAAAGCCCTCGTTACAGCAAATTCAGCAGCA 3850
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2820 ACCTACCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTTGGAAAGCCCTCGTTACAGCATATTCAGCAGCA 2879
Query 3851 CATAAAAGAGGGACAAACACTGGAAATATTACCCGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 3910
| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 CTTAAAAGAGGGACAAACACTTGAAATATTACCTGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 2939
Query 3911 AATGGAGTTAGAAGGCACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTGACAGA 3970
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2940 CATGGAGTTAAAAGACACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTAACAGA 2999
Query 3971 CTCGGGTGCTCTTGCCTTAGAAGATGTTTTTGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 4030
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 CTCAGGTGCTCTTGCCTTGGAAGATGTTTTCGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 3059
Query 4031 TGTCCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 4090
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 TGTTCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 3119
Query 4091 TCTAAAACCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 4150
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 TCTAAAGCCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 3179
Query 4151 CACCTATTGTTTAAAACTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 4210
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 CACCTATTGTTTAAAGCTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 3239
Query 4211 ACTGGCGGAATCCACTCCACTGATTGATCCCGCCAGAGCAAAAGAGCCAGAGACACCGTC 4270
|||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 3240 ACTGGCAGAAACCACTCCACAGATCGATCCCGCCAGAGCAACAGAGCCAGAGAGACCGTC 3299
Query 4271 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTTGCGACTGATGCAGCGGTTGATGACTTACGGTG 4330
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||
Sbjct 3300 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTCGCGACTGATGCAGCAGTTAATGACTTAAAGTG 3359
Query 4331 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGAATAACTAAACGGTGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 4390
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3360 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGGACAACTAAACGGAGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 3419
Query 4391 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAAGACAATAAACTCTT 4427
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||
Sbjct 3420 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAACATAATAATCTCTT 3456
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 220734549200
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5