BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925447
Length=1039
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00740.1 | Symbols: RPOA | RNA polymerase subunit alpha | ch... 1712 0.0
> ATCG00740.1 | Symbols: RPOA | RNA polymerase subunit alpha |
chrC:77901-78890 REVERSE LENGTH=990
Length=990
Score = 1712 bits (927), Expect = 0.0
Identities = 970/990 (98%), Gaps = 6/990 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 91
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Sbjct 1 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 60
Query 92 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGT 151
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Sbjct 61 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGC 120
Query 152 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 211
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Sbjct 121 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 180
Query 212 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGTAGGTATT 271
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Sbjct 181 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGCAGGTATT 240
Query 272 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 331
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Sbjct 241 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 300
Query 332 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 391
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Sbjct 301 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 360
Query 392 ATAATTTTACCGCCCTCTGTAGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACG 451
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Sbjct 361 ATTATTTTACCGCCCGCTGTGGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACA 420
Query 452 GAAACAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 511
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Sbjct 421 GAACCAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATTGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 480
Query 512 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 571
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Sbjct 481 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 540
Query 572 AACGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 631
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AATGCCAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 600
Query 632 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGG 691
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Sbjct 601 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAAGCCTCCCGG 660
Query 692 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 751
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Sbjct 661 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 720
Query 752 AACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTA 811
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Sbjct 721 AACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTAGTTAACCTA 780
Query 812 AGaaaaaaaa------CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 865
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Sbjct 781 AGAAAAAAAAAAAAAACAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 840
Query 866 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGACCTT 925
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Sbjct 841 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAATCCAATATACATACATTATTGGACCTT 900
Query 926 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 985
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Sbjct 901 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 960
Query 986 AAGATATTAGACATTCTAGaaaaaaaaTAG 1015
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Sbjct 961 AAGATATTAGACATTCTAGAAAAAAAATAG 990
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 50937425058
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5