BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg925484 Length=5564 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value ATCG00190.1 | Symbols: RPOB | RNA polymerase subunit beta | chr... 5725 0.0 ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase fami... 2940 0.0 AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta pri... 327 5e-88 > ATCG00190.1 | Symbols: RPOB | RNA polymerase subunit beta | chrC:23111-26329 REVERSE LENGTH=3219 Length=3219 Score = 5725 bits (3100), Expect = 0.0 Identities = 3136/3154 (99%), Gaps = 0/3154 (0%) Strand=Plus/Plus Query 155 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 214 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTGCAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 60 Query 215 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTTCTAAGTTTCCAAAA 274 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 61 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTGCTAAGTTTCCAAAA 120 Query 275 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 334 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 180 Query 335 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 394 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 240 Query 395 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 454 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 300 Query 455 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACAGA 514 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 301 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACCGA 360 Query 515 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 574 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 420 Query 575 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 634 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 480 Query 635 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 694 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 540 Query 695 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 754 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 600 Query 755 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGaaaaaaaaaaTAGGGTCAAAAGAA 814 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 601 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGAAAAAAAAAATAGGATCAAAAGAA 660 Query 815 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCAATATTTTCT 874 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 661 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCTATATTTTCT 720 Query 875 GAATCCTTATGTAAGGAATTACaaaaaaaaTTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 934 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GAATCCTTATGTAAGGAATTACAAAAAAAATTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 780 Query 935 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 994 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 840 Query 995 TTGTTACCACGAGATATATTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 1054 ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TTGTTACCACGAGATGTGTTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 900 Query 1055 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 1114 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 960 Query 1115 TTACAAGACCAGCTTGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1174 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TTACAAGACCAGCTCGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1020 Query 1175 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1234 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1080 Query 1235 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1294 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1140 Query 1295 ACTAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1354 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 ACAAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1200 Query 1355 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1260 Query 1415 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1474 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1320 Query 1475 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1534 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1380 Query 1535 TCaaaaaaaGCACGGATACGGATGCtttttttATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1594 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TCAAAAAAAGCACGGATACGGATGCTTTTTTTATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1440 Query 1595 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1654 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1500 Query 1655 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1714 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1560 Query 1715 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1774 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1620 Query 1775 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1834 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1680 Query 1835 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1740 Query 1895 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1800 Query 1955 GGCAATGGGGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 2014 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 GGCAATGGTGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 1860 Query 2015 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 2074 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGTCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 1920 Query 2075 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 2134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 1980 Query 2135 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2040 Query 2195 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2254 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2041 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2100 Query 2255 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGCCGTTTACTCCGA 2314 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2101 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGTCGTTTACTCCGA 2160 Query 2315 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2374 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2161 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2220 Query 2375 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2221 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2280 Query 2435 TTACGAGCCATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2494 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2281 TTACGAGCTATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2340 Query 2495 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGGGGTTCAAGT 2554 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2341 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGTGGTTCAAGT 2400 Query 2555 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATCAAAGTAGGTGAT 2614 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2401 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATAAAAGTAGGTGAT 2460 Query 2615 AAAGTAGCTGGACGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2674 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2461 AAAGTAGCTGGAAGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2520 Query 2675 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2521 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2580 Query 2735 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2581 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2640 Query 2795 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2854 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2641 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2700 Query 2855 CTGGTGTTTTCTGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2914 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2701 CTGGTGTTTTCAGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2760 Query 2915 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2974 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2761 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2820 Query 2975 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 3034 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2821 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 2880 Query 3035 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 3094 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2881 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 2940 Query 3095 AAGCAgggggggCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3154 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2941 AAGCAGGGGGGGCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3000 Query 3155 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3214 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3001 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3060 Query 3215 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCAGAATCT 3274 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 3061 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCGGAATCT 3120 Query 3275 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3308 |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3121 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3154 > ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase family protein | chrC:20251-23084 REVERSE LENGTH=2043 Length=2043 Score = 2940 bits (1592), Expect = 0.0 Identities = 1606/1613 (99%), Gaps = 0/1613 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3834 ATTTTTCTTTTGCTAGGCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTACGAGGTTCAT 3893 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 431 ATTTTTCTTTTGCTAGGCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTACGAGGTTCAT 490 Query 3894 TTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACttttttttACTACTCAAGGTT 3953 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 491 TTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACTTTTTTTTACTACTCAAGGTT 550 Query 3954 TCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACCGGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAG 4013 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 551 TCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACTGGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAG 610 Query 4014 CCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAG 4073 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 611 CCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAG 670 Query 4074 AAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTT 4133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 671 AAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTT 730 Query 4134 TAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAACCAGAATGGA 4193 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 731 TAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAACCCGAATGGA 790 Query 4194 TGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATTCAGATAGAAG 4253 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 791 TGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATTCAGATAGAAG 850 Query 4254 GGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATCTATCGGAACA 4313 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 851 GGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATCTATCGGAACA 910 Query 4314 ATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTAGTAATGTGTC 4373 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 911 ATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTAGTAATGTGTC 970 Query 4374 AGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATCCGTGGACAAC 4433 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 971 AGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATCCGTGGACAAC 1030 Query 4434 CCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAG 4493 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1031 CCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAG 1090 Query 4494 AGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGGCGCTCGGTGA 4553 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1091 AGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGGCGCTCGGTGA 1150 Query 4554 TTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAAATAGCAATAG 4613 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1151 TTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAAATAGCAATAG 1210 Query 4614 AGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCTTCGAACATAG 4673 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1211 AGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCTTCGAACATAG 1270 Query 4674 GAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGaaaaaaaGCCGATTGTCTGGGAAATCCTTCAAGAAG 4733 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1271 GAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGAAAAAAAGCCGATTGTCTGGGAAATCCTTCAAGAAG 1330 Query 4734 TCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGATTAGGCATAC 4793 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1331 TCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGATTAGGCATAC 1390 Query 4794 AGTCATTCCAACCAATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTA 4853 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1391 AGTCATTCCAACCTATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTA 1450 Query 4854 AGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCTTTATCTTTAG 4913 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1451 AGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCTTTATCTTTAG 1510 Query 4914 AGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTATCTCCAGCTA 4973 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1511 AGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTATCTCCAGCTA 1570 Query 4974 TTGGAGATCCCATTTCTGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTATGTATTAACGA 5033 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1571 TTGGAGATCCCATTTCGGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTATGTATTAACGA 1630 Query 5034 GCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGAAAAAACTATA 5093 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1631 GCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGAAAAAACTATC 1690 Query 5094 AAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCtttttttGCAATT 5153 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1691 AAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCTTTTTTTGCAATT 1750 Query 5154 CCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAGAATCAATTTAGATAGTCCTTTGTGGC 5213 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1751 CCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAAAATCAATTTAGATAGTCCTTTGTGGC 1810 Query 5214 TTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATCGAAGTTCACT 5273 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1811 TTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATCGAAGTTCACT 1870 Query 5274 ATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTAAGAAGTGTaa 5333 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1871 ATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTAAGAAGTGTAA 1930 Query 5334 aaaaaGAAACTTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCTTTTTATCGAG 5393 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1931 AAAAAGAAAATTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCTTTTTATCGAG 1990 Query 5394 AAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACCTAA 5446 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1991 AAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACCTAA 2043 Score = 787 bits (426), Expect = 0.0 Identities = 430/432 (99%), Gaps = 0/432 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3347 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGATTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 3406 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGCTTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 60 Query 3407 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 3466 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 120 Query 3467 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 3526 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 180 Query 3527 TTTGGGCCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 3586 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTTGGACCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 240 Query 3587 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 3646 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 300 Query 3647 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 3706 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 360 Query 3707 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 3766 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 420 Query 3767 GTATACTGCGAT 3778 |||||||||||| Sbjct 421 GTATACTGCGAT 432 > AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta prime subunit (fragment), similar to RNA polymerase A beta prime subunit GB:CAB48413 (Chloroplast Sinapis alba) | chr3:11593203-11593470 REVERSE LENGTH=268 Length=268 Score = 327 bits (177), Expect = 5e-88 Identities = 203/216 (94%), Gaps = 0/216 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3986 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAAT 4045 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 48 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCAATTTAGATTTGCAAATTATTATAGAAAAT 107 Query 4046 TCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 4105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 108 TTGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGACCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 167 Query 4106 CGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTTTAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTT 4165 ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 168 CGAAAAATTGTAAAAAGAAAAAAAAATTTAGTTAGACGTATGAAATTAGCTAAGCATTTT 227 Query 4166 ATTCGAACAAATATAGAACCAGAATGGATGGTTTTA 4201 || |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 228 CTTTGAACAAATATAGAACCCGAATGGATGGTTTTA 263 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 277774363391 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5