BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925485
Length=4224
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00170.1 | Symbols: RPOC2 | DNA-directed RNA polymerase fami... 7299 0.0
AT3G33004.1 | Symbols: | pseudogene, DNA-directed RNA polymera... 3526 0.0
AT5G31909.1 | Symbols: | pseudogene, hypothetical protein | ch... 333 8e-90
AT1G32110.1 | Symbols: | pseudogene, hypothetical protein | ch... 176 1e-42
AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717... 91.6 6e-17
> ATCG00170.1 | Symbols: RPOC2 | DNA-directed RNA polymerase family
protein | chrC:15938-20068 REVERSE LENGTH=4131
Length=4131
Score = 7299 bits (3952), Expect = 0.0
Identities = 4079/4140 (99%), Gaps = 9/4140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 63 ATGGCGGAACGGGCCAATCTGGTATTTCACAATAAAGTGATAGATGGAACTGCTATTAAA 122
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Sbjct 1 ATGGCGGAACGGGCCAATCTGGTATTTCACAATAAAGTGATAGATGGAACTGCTATTAAA 60
Query 123 CGACTTATTAGCCGATTAATAGATCACTTCGGGATGGCATATACATCACACATCCTAGAT 182
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Sbjct 61 CGACTTATTAGCCGATTAATAGATCACTTCGGGATGGCATATACATCACACATCCTAGAT 120
Query 183 CAAGTAAAGACTCTGGGTTTCCAGCAAGCCACTGCTACATCCATTTCATTAGGAATTGAT 242
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Sbjct 121 CAAGTAAAGACTCTGGGTTTCCAGCAAGCCACTGCTACATCCATTTCATTAGGAATTGAT 180
Query 243 GATCTTTTAACGATACCTTCTAAGGGCTGGCTTGTCCAAGATGCTGAACAACAAAGTTGG 302
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Sbjct 181 GATCTTTTAACGATACCTTCTAAGGGCTGGCTTGTCCAAGATGCTGAACAACAAAGTTGG 240
Query 303 ATTTTGGAAAAACACCATCATTATGGGAATGTACATGCGGTAGAAAAATTACGCCAATCT 362
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Sbjct 241 ATTTTGGAAAAACACCATCATTATGGGAATGTACATGCGGTAGAAAAATTACGCCAATCT 300
Query 363 ATTGAGATATGGTATGCTACAAGTGAATATTTGCGACAAGAAATGAATCCTAATTTTAGG 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATTGAGATATGGTATGCTACAAGTGAATATTTGCGACAAGAAATGAATCCTAATTTTAGG 360
Query 423 ATGACGGACCCCTTCAATCCAGTCCATATGATGTCTTTTTCGGGAGCTAGGGGAAATGCA 482
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Sbjct 361 ATGACGGACCCCTTCAATCCAGTCCATATGATGTCTTTTTCGGGAGCTAGGGGAAATGCA 420
Query 483 TCTCAAGTACATCAATTAGTGGGTATGAGAGGATTAATGTCGGATCCCCAAGGACAAATG 542
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCTCAAGTACATCAATTAGTAGGTATGAGAGGATTAATGTCGGATCCCCAAGGACAAATG 480
Query 543 ATTGATTTACCTATTCAAAGCAATTTACGCGAAGGACTGTCTTTAACAGAATATATTATT 602
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Sbjct 481 ATTGATTTACCTATTCAAAGCAATTTACGCGAAGGACTGTCTTTAACAGAATATATTATT 540
Query 603 TCTTGCTATGGAGCCCGTAAAGGAGTTGTAGATACTGCTGTACGCACATCAGATGCTGGA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTTGCTATGGAGCCCGTAAAGGAGTTGTAGATACTGCTGTACGCACATCAGATGCTGGA 600
Query 663 TATCTTACGCGTCGACTTGTTGAAGTAGTTCAACATATTGTTGTACGTAGAACAGATTGT 722
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Sbjct 601 TATCTTACGCGTCGACTTGTTGAAGTAGTTCAACATATTGTTGTACGTAGAACAGATTGT 660
Query 723 GGCACTATCCGAGGGATTTCTGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGA 782
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Sbjct 661 GGCACTATCCGAGGGATTTCGGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGA 720
Query 783 ATTTTTATCCAAACATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGA 842
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Sbjct 721 ATTTTTATCCAAACATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGA 780
Query 843 TGTGTCGCCTTTCGAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTT 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGTGTCGCCTTTCGAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTT 840
Query 903 GGAACACAATCAATATCTATTCGAACTCCCTTTACTTGTCGGAGTACATCTTGGATCTGT 962
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Sbjct 841 GGAACACAATCAATATCCATTCGAACTCCCTTTACTTGTCGGAGTACATCTTGGATCTGT 900
Query 963 CGATTATGTTATGGTCGGAGTCCCACTCATGGTGACCTAGTTGAATTGGGGGAAGCTGTA 1022
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Sbjct 901 CGATTATGTTATGGTCGGAGTCCCACTCATGGTGACCTCGTTGAATTGGGGGAAGCTGTA 960
Query 1023 GGTATTATCGCGGGTCAATCGATCGGCGAACCGGGGACTCAACTAACATTAAGAACTTTT 1082
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Sbjct 961 GGTATTATCGCGGGTCAATCGATCGGCGAACCGGGGACTCAACTAACATTAAGAACTTTT 1020
Query 1083 CATACCGGCGGAGTATTTACAGGAGGTACTGCCGAACATGTACGAGCCCCTTATAATGGA 1142
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Sbjct 1021 CATACCGGCGGAGTATTTACAGGAGGTACTGCCGAACATGTACGAGCCCCTTATAATGGA 1080
Query 1143 AAAATAAAATTCAATGAGGATTTGGTTCATCCTACACGTACACGTCACGGGCATCCTGCC 1202
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAAATCAAATTCAATGAGGATTTGGTTCATCCTACACGTACACGTCACGGGCATCCTGCC 1140
Query 1203 TTTCTATGTTATATAGACTTGTCTGTAATTATTGAGAGCGAAGATATTATACATAGCGTG 1262
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Sbjct 1141 TTTCTATGTTATATAGACTTGTCTGTAATTATTGAGAGCGAAGATATTATACATAGCGTG 1200
Query 1263 ACTATTCCACCAAAAAGTTTTCTTTTAGTTCAAAATGATCAATATGTGGAATCAGAACAA 1322
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Sbjct 1201 ACTATTCCACCAAAAAGTTTTCTTTTAGTTCAAAATGATCAATATGTGGAATCAGAACAA 1260
Query 1323 GTGATTGCTGAGATTCGCGAGGGAACATACACTTTTCATTTTAAAGAGAGGGTTAGAAAA 1382
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Sbjct 1261 GTGATTGCTGAGATTCGCGAGGGAACATACACTTTTCATTTTAAAGAGAGGGTTAGAAAA 1320
Query 1383 TATATTTATTCTGACTCAGAGGGCGAAATGCACTGGAGTACTGATGTGTCCCATGCACCC 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TATATTTATTCTGACTCAGAGGGCGAAATGCACTGGAGTACTGATGTGTCCCATGCACCC 1380
Query 1443 GAATTTACATATAGTAATGTCCACCTCTTACCAAAAACAAGTCATTTATGGATATTATCA 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GAATTTACATATAGTAATGTCCACCTCTTACCAAAAACAAGTCATTTATGGATATTATCC 1440
Query 1503 GGAGGTTCATGTGGATCTAGTCTAATTCTTTTTTCGATCCATAAAGATCAAGATCAAATG 1562
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Sbjct 1441 GGAGGTTCATGTGGATCTAGTCTAATTCGTTTTTCGATCCATAAAGATCAAGATCAAATG 1500
Query 1563 AATATACCCTTTCTTTCCGCCGAAAGAAAATCTATTTCTAGCCTCTCAGTGAATAATGAT 1622
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Sbjct 1501 AATATACCCTTTCTTTCCGCCGAAAGAAAATCTATTTCTAGCCTCTCAGTGAATAATGAT 1560
Query 1623 CAAGTGAGCCAAAAATTTTTTAGTTCCGATTTTGCTGATCaaaaaaaaTTAGGGATTTCC 1682
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Sbjct 1561 CAAGTGAGCCAAAAATTTTTTAGTTCCGATTTTGCCGATCCAAAAAAATTAGGGATTTAC 1620
Query 1683 GATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATAATTTCATATATTCTGCT 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1621 GATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATAATTTAATATATTCTGCT 1680
Query 1743 ATTTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGGCGAAGAAATCGATTTCTCATTCCA 1802
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Sbjct 1681 ATTTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGACGAAGAAATAGATTTCTCATTCCA 1740
Query 1803 TTCCAATCGATTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCACATTCAGGTATCTCGGTTGAA 1862
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Sbjct 1741 TTCCAATCGATTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCGCAGTCAGGTATCTCGGTTGAA 1800
Query 1863 ATACCCATAAATGGTATTTTCCGTAGAAATAGTAtttttgctttttttGATGATCCTAGA 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATACCCATAAATGGTATTTTCCGTAGAAATAGTATTTTTGCTTTTTTTGATGATCCTAGA 1860
Query 1923 TACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTAAATATGGGACTCTAAAGGCGGATTCAATCATC 1982
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Sbjct 1861 TACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTAAATATGGGACTCTAAAGGCGGATTCAATCATC 1920
Query 1983 CAAAAAGAGGATATGATTGAGTATCGAGGAGTCCAAAAATTTAAGACAAAATACGAAATG 2042
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Sbjct 1921 CAAAAAGAGGATATGATTGAGTATCGAGGAGTCCAAAAAATTAAGACAAAATACGAAATG 1980
Query 2043 AACGTAGATCGCttttttttCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCCGAATCCTCTGCC 2102
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AAAGTAGATCGCTTTTTTTTCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCCGAATCCTCTGCC 2040
Query 2103 ATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTCGATACACGACTCACTTTAAATATAAGA 2162
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 ATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTGGATACACGACTCACTTTAAATATAAGA 2100
Query 2163 AGCCAAGTCGGCGGGTTGATCCGAGTAGAGAGaaaaaaaaaaaGGATTGAACTCAAAATA 2222
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Sbjct 2101 AGCCAAGTCGGCGGGTTGATCCGAGTAGAGAAAAAAAAAAAAAGGATTGAACTCAAAATA 2160
Query 2223 TTTTCGGGGGATATCCATTTTCCGGACAAGACAGATAAAATATCCCGACACAGTGGCATC 2282
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TTTTCAGGGGATATCCATTTTCCGGACAAGACAGATAAAATATCCCGACACAGTGGCATC 2220
Query 2283 TTGATACCGCCAGGAAGAGGaaaaaaaaaCTCGAAGGAATCCAAAAAATTTAAAAATTGG 2342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTGATACCGCCAGGAAGAGGAAAAAAAAACTCGAAGGAATCCAAAAAATTTAAAAATTGG 2280
Query 2343 ATTTATGCCCAACGGATCACACCAACCAAGAAAAAGTTTTTTGTTTTGGTGCGGCCCGTA 2402
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ATTTATGTCCAACGGATTACACCAACCAAGAAAAAGTTTTTTGTTTTGGTGCGGCCCGTA 2340
Query 2403 GCCACCTATGAGATAGCGGACAGTATAAATTTGGCAACACTCTTCCCACAAGATCTCTTT 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GCCACCTATGAGATAGCGGACAGTATAAATTTGGCAACACTCTTCCCACAAGATCTCTTT 2400
Query 2463 CGGGAAAAGGATAATATTCAACTTCGAGTTTTCAACTATATCCTTTATGGAAATGGCAAA 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 CGGGAAAAGGATAATATTCAACTTCGAGTTTTCAACTATATCCTTTATGGAAATGGCAAA 2460
Query 2523 CCCACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAACTTGTTTAGTCTTGAAT 2582
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 CCAACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAACTTGTTTAGTCTTGAAT 2520
Query 2583 TGGGACCAAGACAACAAAAATTCTTCCCTCGAGGAGGTCCGGGCTTTCTTTGTTGAAGTA 2642
|||||| || | || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2521 TGGGAC-AA-A-AA------TTCTTCTCTCGAGGAGGTCCGTGCTTTCTTTGTTGAAGTA 2571
Query 2643 AGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGTGAAATCCCATATTTCA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 AGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGTGAAATCCCATATTTCA 2631
Query 2703 TATATAAGAAAAAGGAATAATTCGCCAGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATCACATGAAT 2762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 TATATAAGAAAAAGGAATAATTCGCCAGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATCACATGAAT 2691
Query 2763 CCGTTTTATTCGATTTCGCCCAAGGCTGGCATTCTTCAACAATCACTTAGACAAAATCAC 2822
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 CCGTTTTATTCGATTTCGCCCAAGTCTGGCATTCTTCAACAATCACTTAGACAAAATCAC 2751
Query 2823 GGAACTATTCGTATGTTCTTAAATCGAAATAAGGAATCCCAATCTTTGTTAATTTTATCA 2882
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 GGAACTATTCGCATGTTCTTAAATCGAAATAAGGAGTCCCAATCTTTGTTAATTTTATCA 2811
Query 2883 TCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAATATCACAATGTGATAAAC 2942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2812 TCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAACATCACAATGTGATAAAC 2871
Query 2943 AAATCAATaaaaaaaaaTACTCTAATTACAATTAAAAATTCGTCGGGCCCCTTAGGAACA 3002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 CAATCAATAAAAAAAAATACTCTAATTACAATTAAAAATTCGTCGGGCCCCTTAGGAACA 2931
Query 3003 GCTACCCAAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAACTTATAATAAGATCTCT 3062
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2932 GCTACCCCAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAACTTATAATCAGATCTCT 2991
Query 3063 TTAATTAAATATTTGCAACTTGATAACTTAAAATATATTTTTCAAGTAATTAACTCTTAT 3122
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2992 TTAATTAAATATTTTCAACTTGATAACTTAAAATATATTTTTCAAAAAATTAACTCTTAT 3051
Query 3123 TTAATCGATGAAAACGGAAAAATTTTTAATCTCGACCCATACAGTAACGTTGTTTTGAAT 3182
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3052 TTAATCGATGAAAACGGAATAATTTTAAATCTCGACCCATATAGTAACGTTGTTTTGAAT 3111
Query 3183 CCATTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCATCATAATTATTGTGAGGAA 3242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3112 CCATTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCATCATAATTATTGTGAGGAA 3171
Query 3243 ACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAAtttttttGTGAAAATTTATGTATAGCCAAAAAA 3302
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 3172 ACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAATTTTTTTGTGAAAATGTATGTATAGCTAAAAAA 3231
Query 3303 GAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCTGTAGTAATAAGA 3362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3232 GAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCCGCAGTAATAAGA 3291
Query 3363 TCTGCGAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTACAGAGAAATT 3422
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3292 TCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTACAGCGAAATT 3351
Query 3423 CTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATA 3482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 CTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATA 3411
Query 3483 ACACAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAAGTTTTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCG 3542
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3412 ACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAAGTTTTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCG 3471
Query 3543 CTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAAGTGTATAACAAGAATTCTTGGAATT 3602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 TTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAAGTGTATAACAAGAATTCTTGGAATT 3531
Query 3603 CCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTT 3662
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3532 CCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGTTAACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTT 3591
Query 3663 AATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGGCATATCGAA 3722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3592 AATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGGCATATCGAA 3651
Query 3723 ATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCCGAAGAGGGAATGTCTAATGtt 3782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3652 ATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCCGAAGAGGGAATGTCTAATGTT 3711
Query 3783 tttttACCTGGAGAACTTATTGGATTGTTACGAGCAGAACGAACGGGGCGTGCTTTAGAA 3842
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3712 TTTTTACCTGGAGAACTTATTGGATTATTACGAGCAGAACGAACGGGGCGTGCTTTAGAA 3771
Query 3843 GAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAA 3902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3772 GAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAA 3831
Query 3903 AGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCCGCTCTT 3962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3832 AGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCTGCTCTT 3891
Query 3963 CGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTTTAgggggggTGATC 4022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3892 CGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAGGGGGGGTGATC 3951
Query 4023 CCCGCCGGGACCGGATTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATT 4082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3952 CCCGCCGGGACCGGATTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATT 4011
Query 4083 CTTTTGGaaaaaaaaaCAAAGAATTTAGCTTTATTCGAGGGAGATATGAGAGATATTTTA 4142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4012 ATTTTGGAAAAAAAAACAAAGAATTTAGCTTTATTCGAGGGAGATATGAGAGATATTTTA 4071
Query 4143 TTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCCAAATCTGACTTTTCTAGGATTTAA 4202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4072 TTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCCAAATCTGACTTTTCTAGGATTTAA 4131
> AT3G33004.1 | Symbols: | pseudogene, DNA-directed RNA polymerase
beta-chain | chr3:13538953-13541488 REVERSE LENGTH=2536
Length=2536
Score = 3526 bits (1909), Expect = 0.0
Identities = 2359/2566 (92%), Gaps = 71/2566 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1684 ATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATAATTTCATATATTCTGCTA 1743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATATTTTAATATATTCTGCTA 60
Query 1744 TTTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGGCGAAGAAATCGATTTCTCATTCCAT 1803
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 61 TCTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGTAAAAAGACGAAGAAATAGATTTCTTATTCCAT 120
Query 1804 TCCAATCGATTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCACATTCAGGTATCTC-------- 1855
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 121 TCCAATCGGTTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCGCAGGCAGGTATCTCGGTTGAAA 180
Query 1856 ---G--GTTGAAATACCCATAAATGGTATTTTCCGTAGAAATAGTAtttttgcttttttt 1910
| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGGCCGTTGAAATACCCATAAATGGTATTTTCCATAGACATAGTATTTTTGCTTTTTTT 240
Query 1911 GATGATCCTAGATACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTAAATATGGGACTCTAAAGGCG 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATGATCCTAGATACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTATATATGGGACTCTAAAGGCG 300
Query 1971 GATTCAATCATCCAAAAAGAGGATATGATTGAGTATCGAGGAGTCCAAAAATTTAAGACA 2030
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 301 GATTCAATCATCC-AAAAGAGGATATGATTGAGTATCAAGGAGTCCAAAAAATTAAGACA 359
Query 2031 AAATACGAAATGAACGTAGATCGCttttttttCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCC 2090
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AAATAAGAAATGAAAGTAGATCGCTTTTTTTTCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCT 419
Query 2091 GAATCCTCTGCCATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTCGATACACGACTCACT 2150
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 420 GAATCCTCTGCCATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTGGATACGCGACTCACT 479
Query 2151 TTAAATATAAGAAGCCAAGTCGGCGGGTTGATCCGAGTAGAGAGaaaaaaaaaaaGGATT 2210
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TTAAATATAAGAAGCCAAGTCGGTGGGTTGATCCGAGT--AGAG--AAAAAAAAAGGATT 535
Query 2211 GAACTCAAAATATTTTCGGGGGATATCCATTTTCCGGACAAGACAGATAAAATATCCCGA 2270
| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 GGACTC-AAATATTTTCAGGGGATATCCATTTTCCCGACAAGACAGATAAAATATCCCGA 594
Query 2271 CACAGTGGCATCTTGATACCGCCAGGAAGAGGaaaaaaaaaCTCGAAGGAATCCAAAAAA 2330
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 595 CACAGTGGCGTCTTGATACCGCCAGGAAGAGGAAAAACAAACTCAAAGGAATCCAAAAAA 654
Query 2331 TTTAAAAATTGGATTTATGCCCAACGGATCACACCAACCAAGAAAAAG---TTTTTTGTT 2387
||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 655 TTTAAAAATCCTATTTATGTCCAACGGATTACACCAACCAAGAAAAAGTTTTTTTTTGTT 714
Query 2388 TTGGTGCGGCC-CGTAGCCACCTATGAGATAGCGGACAGTATAAATTTGGCAACACTCTT 2446
||||||||||| ||||||||| | || | || ||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TTGGTGCGGCCTTGTAGCCACC--T---AT----G--AG-ATAAATTTGGCAACACTCTT 762
Query 2447 CCCACAAGATCTCTTTCGGGAAAAGGATAATATTCAACTTCGAGTTTTCAACTATATCCT 2506
|| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 763 CCAACAAGATCTCTTTCGGGGAAATGATACTATTCAACTTCGAGTTTTTAACTATATCCT 822
Query 2507 TTATGGAAATGGCAAACCCACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAAC 2566
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TTATGGAAATGGCAAACCAACTCGAGGAATTTTTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAAC 882
Query 2567 TTGTTTAGTCTTGAATTGGGACCAAGACAACAAAAATTCTTCCCTCGAGGAGGTCCGGGC 2626
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Sbjct 883 TTGTTTAGTCTTGAATT-GG-----G---ACAAAAATTCTTCTCT-GAAGAGGTCCGTGC 932
Query 2627 TTTCTTTGTTGAAGTAAGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGT 2686
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Sbjct 933 TTTCTTTGTTGAAGTAAGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAACTGGCGTAGT 992
Query 2687 GAAATCCCATATTTCATATATAAGAAAAAGGAATAATTCGCCAGATTCGGGATTGATCTC 2746
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Sbjct 993 GAAATCCCATATTTCATATATAAGGAAAAGGAATAATTCGTCAGATTCGGGATTAATCTC 1052
Query 2747 TGCAGATCACATGAATCCGTTTTATTCGATTTCGCCCAAGGCTGGCATTCTTCAACAATC 2806
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Sbjct 1053 TATAGATCACATGAATCAGTTTTATTCGATTTCGCCAAAGTCTGGCATTCTTCAACAATA 1112
Query 2807 ACTTAGACAAAATCACGGAACTATTCGTATGTTCTTAAATCGAAATAAGGAATCCCAATC 2866
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Sbjct 1113 ACTTAGACAAAATCACGGAACTATTCACATGTTCTTAAATCAAAATAAGGAGTCCCAATC 1172
Query 2867 TTTGTTAATTTTATCATCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAATA 2926
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Sbjct 1173 TTTGTTACTTTTATCATCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAACA 1232
Query 2927 TCACAATGTGATAAACAAATCAATaa-aaaaaaaTACTCTAATTACAATTAAAAATTCGT 2985
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Sbjct 1233 TCACAATGTGATAAATAATTTAATAAGAAAAAAAAACTCTAATTACCATTGAAAATTTGT 1292
Query 2986 CGGGCCCCTTAGGAACAGCTACCCAAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAA 3045
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Sbjct 1293 TGGGACCCTTAGGAACAGCTACCCCAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAA 1352
Query 3046 CTTATAAT-AAGATCTCTTTAATTAAATATTTGCAACTTGATAACTTAAAATATATTTTT 3104
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Sbjct 1353 TTTATAATCAA-ATCTCTTTAATTAAATATTTTTGACTTGATAACTTAAAATATATTTTT 1411
Query 3105 CAAGTAATTAACTCTTATTTAATCGATGAAAACGGAAAAATTTTTAATCTCGACCCATAC 3164
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Sbjct 1412 CAAAAAATTAACTCTTACTTAATCGATGAAAACGTAAGAATTTTAAATCTCGACCCATAC 1471
Query 3165 AGTAACGTTGTTTTGAATCCATTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCAT 3224
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Sbjct 1472 AGTAACGTTGTTTTGAATCAAGTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCAT 1531
Query 3225 CATAAT-TATTGTGAGGAAACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAAtttttttGTGAAAA 3283
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Sbjct 1532 CATAATGT-TTGTGAAGAAACGTCCACAATAATTAGTCTTGGAAAAATTTGTTGTGAAAA 1590
Query 3284 TTTATGTATAGCCAAAAAAGAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAG 3343
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Sbjct 1591 TGTATGTATAGCTAAAAAAGAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAGAG 1650
Query 3344 GGATTCTGTAGTAATAAGATCTGCGAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCA 3403
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Sbjct 1651 GGATTCTGCAGTAATAAGATCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCA 1710
Query 3404 TGGGCATTACAGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAA 3463
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Sbjct 1711 TGGGCATTATAGCGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATAAAAA 1770
Query 3464 ATCGAGATCCGGTGATATAACAC-AAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAAGTTTTAGAAGTCC 3522
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Sbjct 1771 ATCGAGATCCGGTGATATAAC-CTAAGGTCTTCCAAAAGTAGAAAAAGTATTAAAAGTCC 1829
Query 3523 GCTCGATTGATTCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAAGTGTA 3582
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Sbjct 1830 GCTCGATTGACTCAGTATCGTTGAACTTAGAAAAACGGATTAAGAGTTCGAACAAGTGTA 1889
Query 3583 TAACAAGAATTCTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGC 3642
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Sbjct 1890 TAACAAGAATTCTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGAGTGGTGCTGAGTTAACTATAGTGC 1949
Query 3643 AAAGTCGTATTTCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGA 3702
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Sbjct 1950 AAAGTCGTATTTCTTTGGTTA-TAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAAGGGGTGTAGA 2008
Query 3703 TTCATAATAGGCATATCG-AAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCC 3761
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Sbjct 2009 TTCATAATAGGCAAA-CGGAAATTAATGTACGTCCACTAACATCAAAAGTTTTCGTTTCC 2067
Query 3762 GAAGAGGGAATGTCTAATGtttttttACCTGGAGAACTTATTGGATTGTTACGAGCAGAA 3821
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Sbjct 2068 GAAGAGGGATTG-CTAATGCTTTTTTACCTGGAGAACTTATTGGATTATTATGAGC-G-- 2123
Query 3822 CGAACGGGGCGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACT 3881
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Sbjct 2124 -G---GG--CGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGTATTAACT 2177
Query 3882 CGAGCATCTTTGAATACTCAAAGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGA 3941
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Sbjct 2178 CGAGCATCTTTGAATACTCAAAGTTT-ATATCCGAAGCAAGTTTTCAATAAACTGCTCGA 2236
Query 3942 GTTTTAGCAAAAGCC---GCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAA 3998
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Sbjct 2237 GTTTTAGAAAAAGTTTTTGCTCTTCGGGGTCATATCGATTTGTTGAAAGGCCTGAAAGAA 2296
Query 3999 AATGTTGTTTTAgggggggTGATCCCCGCCGGGACCGGATTCAACAAAGGATTGGTGCAT 4058
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Sbjct 2297 AATGTTGTTCTAGGGGGGATGATCCCCACCGGGATCAGATTCAACAAAGGAATGGTGTAT 2356
Query 4059 TGTTCACGGCAACATACCAACATTCTTTTGGaaaaaaaaaCAAAGAATTTAGCTTTATTC 4118
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Sbjct 2357 TGTTCACGGCAACATACCAACATTATTTTGGAAAAAAA--CAAAGAATTTAGCTTTATTC 2414
Query 4119 GAGGGAGATATGAGAGATATTTTATTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCC 4178
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Sbjct 2415 GAGGGAGATATGAGAGATATTTTATTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCC 2474
Query 4179 AAATCTGACTTTTCTAGGATTTAATGATTTCTAATAGCGGACTATT 4224
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Sbjct 2475 AAATCTGATTTTTCTAGGATTTAAAGATTTCTAATAGCGGACTATT 2520
> AT5G31909.1 | Symbols: | pseudogene, hypothetical protein |
chr5:11765720-11765950 FORWARD LENGTH=231
Length=231
Score = 333 bits (180), Expect = 8e-90
Identities = 182/183 (99%), Gaps = 0/183 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 736 GGATTTCTGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGAATTTTTATCCAAA 795
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Sbjct 49 GGATTTCGGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGAATTTTTATCCAAA 108
Query 796 CATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGATGTGTCGCCTTTC 855
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Sbjct 109 CATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGATGTGTCGCCTTTC 168
Query 856 GAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTTGGAACACAATCAA 915
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Sbjct 169 GAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTTGGAACACAATCAA 228
Query 916 TAT 918
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Sbjct 229 TAT 231
> AT1G32110.1 | Symbols: | pseudogene, hypothetical protein |
chr1:11552177-11552310 REVERSE LENGTH=134
Length=134
Score = 176 bits (95), Expect = 1e-42
Identities = 123/136 (90%), Gaps = 3/136 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1747 TTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGGCGAAGAAATCGATTTCTCATTCCATTCC 1806
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Sbjct 1 TTCATGAAAACTCGGATTTACTA-AAAAAAGACGAAGAAATAGATTTCTTATTTCATTCC 59
Query 1807 AATCGATTCAAGA-GCAAGAGAAAGAATTCATACCACATTCAGGTATCTCGGTTGAAATA 1865
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Sbjct 60 AATCGATTTAA-ACGCAAGAGAAAGAATTCATACCACATTCAGGTATCTCGGTTGAAATA 118
Query 1866 CCCATAAATGGTATTT 1881
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Sbjct 119 CTCGTAAATGGTATTT 134
> AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717826-7722120
FORWARD LENGTH=4295
Length=4295
Score = 91.6 bits (49), Expect = 6e-17
Identities = 51/52 (98%), Gaps = 0/52 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2854 AGGAATCCCAATCTTTGTTAATTTTATCATCATCTAATTGTTTTAGAATGGG 2905
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Sbjct 1750 AGGAGTCCCAATCTTTGTTAATTTTATCATCATCTAATTGTTTTAGAATGGG 1699
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 210550659771
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5