BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926973
Length=2422
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G75850.1 | Symbols: VPS35B | VPS35 homolog B | chr1:28477768... 4052 0.0
> AT1G75850.1 | Symbols: VPS35B | VPS35 homolog B | chr1:28477768-28483928
REVERSE LENGTH=2712
Length=2712
Score = 4052 bits (2194), Expect = 0.0
Identities = 2352/2428 (97%), Gaps = 11/2428 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGCTGACACACGGA-G-G-AGAAG-AGATGAGGACGCTCGCCGGAGTAGAAGACGAGGA 56
||||||||||||||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 27 CTGCTGACACACGGAGGAGAAGAAGAAGATGAGAACGCTCGCCGGAGTAGAAGACGAGGA 86
Query 57 TAAGTGGCTGGCGGAAGGAATCGCCGGAATCCAGCACAACGCTTTCTTCATGCATCGCGC 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 87 TAAGTGGCTGGCGGAAGGAATCGCCGGAATCCAGCACAACGCTTTCTTCATGCATCGCGC 146
Query 117 TTTGGACGCGAATAATCTCAGAGAAGTTCTCAAGTACTCTGCTCTGATGCTATCGGAGCT 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 147 TTTGGACGCGAATAATCTCAGAGAAGTTCTCAAGTACTCTGCTCTGATGTTATCGGAGCT 206
Query 177 CCGAACCTCCAAGCTCTCTCCTCAGAAATATTACGATCTCTATATGAGAGCTTTCGATCA 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 TCGAACCTCCAAGCTCTCTCCTCAGAAATATTACGATCTCTATATGAGAGCTTTCGATCA 266
Query 237 ATTGAGGCAGCTGGAGATTTTCTTCAAGGATGAGAGTAGGCATGGATTACCTGTGGTTGA 296
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 267 ATTGAGGCAGCTGGAGATTTTCTTTAAGGATGAGAGTAGGCATGGATTACCTGTTGTTGA 326
Query 297 TTTGTATGAGCTTGTTCAACATGCCGGCAACATATTGCCCAGGATGTATCTGTTATGTAC 356
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 327 TTTGTATGAACTTGTTCAACATGCCGGCAACATATTGCCCAGAATGTATCTGCTATGTAC 386
Query 357 GGTAGGGTCTGTGTATATCAAAAGCCAGCAGGCTCCTTCTAAGGATGTTCTTAAGGATCT 416
||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 387 GGTCGGGTCTGTTTATATCAAAAGTAAGCAGGCTCCTTCGAAGGATGTACTTAAGGATCT 446
Query 417 TGTGGAAATGTGTCGAGGTGTTCAACATCCCATTCGTGGCCTCTTTTTGAGGAGTTATCT 476
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 447 TGTGGAAATGTGTCGAGGTGTTCAACATCCTATTCGTGGCCTCTTTTTGAGGAGTTATCT 506
Query 477 TGCTCAAGTGAGCAGGGATAAGTTACCTGAGATTGGCTCAGACTACGAAGGAGATGCGAA 536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 507 CGCTCAAGTGAGCAGGGATAAGTTACCTGAGATTGGCTCAGACTACGAAGGAGATGCAAA 566
Query 537 TACTGTGATGGATGCTGTGGAGTTTGTGCTACAAAATTTCACCGAGATGAATAAGCTCTG 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 567 TACTGTGATGGATGCTGTGGAGTTTGTGCTACAAAATTTCACAGAGATGAATAAGCTTTG 626
Query 597 GGTTCGAATACAGCATCAGGGACCAGGAACAGTTCGAGAAAAGCAGGAGAAAGAGAGGAA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 GGTTCGAATACAGCATCAGGGACCAGGAACAGTTCGAGAAAAGCAGGAGAAAGAGAGGAA 686
Query 657 CGAACTTCGTGATCTTGTTGGAAAAAATCTACATGTTCTAGGACAGATCGAAGGTGTTGA 716
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 687 CGAACTTCGTGATCTTGTTGGAAAAAATCTGCATGTTCTAGGACAGATAGAAGGTGTTGA 746
Query 717 CCTTGAGATGTACAAAGAGACTGTTCTTCCTAGGGTCTTAGAGCAGGTCGTCAACTGTAA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 CCTTGAGATGTACAAAGAGACTGTTCTTCCTAGGGTCTTAGAGCAGGTCGTCAACTGTAA 806
Query 777 AGATAAGCTGGCTCAGTATTATCTGATGGAGTGCATAATTCAAGTCTTTCCTGATGAGTA 836
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 AGATAAGTTGGCTCAGTATTATCTGATGGAGTGCATAATTCAAGTCTTTCCTGATGAGTA 866
Query 837 TCATTTGCAGACTCTTGAGGCCTTGTTGGCTGCTTGTACCCAACTGATGCCAACGGTTGA 896
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 867 CCATTTGCAGACTCTTGAGACCTTATTGGCTGCTTGTACCCAACTGATGCCAACTGTTGA 926
Query 897 CACCAAGATAGTGTTAACCCAACTAATGGACCGGTTGTCAAACTATGCTGCCTCAAGTCC 956
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 CACGAAGATAGTGTTAACCCAACTAATGGACCGGTTATCAAACTATGCTGCCTCAAGTCC 986
Query 957 AGATGTGTTACACGAATTTTTGCAAGTGGAAGCTTTTGCCAAATTGAGCAATGCAATTGG 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 987 AGATGTGTTACACGAATTTTTGCAAGTGGAAGCTTTTGCTAAATTGAGCAATGCAATTGG 1046
Query 1017 AAAGGTGATAGATACACAGCTTGAGATGCCTATTGTTGGAGCTATGACTCTGTTTGTCTC 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047 AAAGGTGATAGATACACAGCTTGAGATGCCTATTGTCGGAGCTATGACTCTGTTTGTCTC 1106
Query 1077 TCTTCTGACTTTTACTCTCCGAGTTCATCCTGATCGGCTTGACTATGTGGATCAAGTATT 1136
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 TCTTTTGACTTTTACTCTCCGAGTTCATCCTGATCGGCTTGACTATGTGGATCAAGTATT 1166
Query 1137 GGGTGCATGTGTAGTAAAGCTTTCCAGTGTGCCCAAGCTGGAGGACGCCCGTGCAATGAA 1196
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 GGGTGCATGTGTAGTTAAGCTTTCCAGTGTGCCCAAGCTGGAGGACGCCCGTGCAATGAA 1226
Query 1197 ACAAGTAGTTGCACTTCTGAGTGCTCCTTTAGAAAAGTACAGTGACATAGTTACAGCTCT 1256
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 ACAAGTAGTGGCACTTTTGAGTGCTCCTTTAGAAAAGTACAGTGACATAGTTACAGCTCT 1286
Query 1257 TACATTGTCAAATTATCCACGTGTTATGGATCATCTTGATGATGGAACGAACAAAGTAAT 1316
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 TACATTGTCAAATTATCCGCGTGTCATGGATCATCTTGATGATGGAACGAACAAAGTAAT 1346
Query 1317 GGCAATGCTTATTATTCAAAGTATAATGAAAACTGATTCGTGTATATCAACTGCTGATAA 1376
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 GGCTATGCTAATTATTCAAAGTATAATGAAAACTGATTCGTGTATATCAACTGCTGATAA 1406
Query 1377 GGTTGAGGTGCTGTTTGAATTGATAAAAGGACTTATTAAAGATTTGGATGAAACCAACGC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GGTTGAGGTGCTGTTTGAATTGATAAAAGGACTTATTAAAGATTTGGATGAAACCAACGC 1466
Query 1437 GGAGGAGCTTGACGAGGAGGATTTCCAGGAGGAACAAAATTCAGTAGCCCGTCTCATACA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 GGAGGAGCTTGACGAGGAGGATTTCCAGGAGGAACAAAATTCAGTAGCCCGTCTCATACA 1526
Query 1497 TATGCTTGATAATGAAGAACCAGAGGAGATGCTAAAGATTATATGTGTTGTGAGAAGGCA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1527 TATGCTTGATAATGAAGAACCAGAGGAGATGCTTAAGATTATATGTGTTGTGAGACGACA 1586
Query 1557 TCTTATGACAGGAGGACCTCGACGCTTGCCTTTTACTGTTCCCCCACTTGTTTTTTCTGC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 TCTTATGACAGGAGGACCTCGACGCTTGCCTTTTACTGTTCCCCCACTTGTTTTTTCTGC 1646
Query 1617 TGTTAGGTTGGTGAGGCAGCTAGAATCCCAGGGTGGAGATATAGCAGGAGAAGATGTTCC 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1647 AGTTAGGTTGGTGAGGCAGCTAGAATCCCAGGGTGGAGATATAGCAGGAGAAGAT-T-C- 1703
Query 1677 AGCAACCCCGAGAAAGATTTTTCAGATTCTCAACCAGACAATCGAGGTTCTCT-CCTCAG 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1704 AGCAACCCCGAGAAAGATTTTTCAGATTCTCAACCAGACAATCGAGGTTCT-TACCTCAG 1762
Query 1736 TTCCATGTCCTGAACTGGCTCTAAGGCTCTACCTCCAGTGCGCTGAGGCCGCAAGTGACT 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1763 TTCCATGTCCTGAACTGGCTCTAAGGCTCTACCTTCAGTGCGCAGAGGCCGCAAGTGACT 1822
Query 1796 GTGATCTTGAGCCTGTTGCTTATGAGTTTTTTACCCAAGCATTTATATTATATGAGGAAG 1855
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1823 GTGATCTTGAGCCTGTTGCTTATGAATTTTTTACCCAAGCATTTATGTTATACGAGGAAG 1882
Query 1856 AAATTGCGGACTCCAAGGCACAGGTAACCGCGATTCATCTGATCGTTGGAACCTTGCAAA 1915
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 AAATTGCGGACTCGAAGGCACAGGTAACTGCGATTCATCTGATCGTTGGAACCTTGCAAA 1942
Query 1916 GGATCAATGTCTTTGGTATTGAAAACAGGGACACCTTGACACATAAAGCAACCGGGTACT 1975
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1943 GGATCAATGTCTTTGGTGTTGAAAATAGGGACACCTTGACACATAAGGCAACCGGGTACT 2002
Query 1976 CAGCAAGGCTTCTTAAGAAGCCTGATCAATGTCGAGCGGTTTATGCATGCTCTCACCTCT 2035
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2003 CAGCAAGGCTTCTTAAGAAGCCTGACCAATGCCGAGCGGTTTACGCATGCTCTCACCTCT 2062
Query 2036 TTTGGGTCGATGATCCAGATGGTATTAAAGATGGAGAAAGAGTTCTTCTCTGTTTAAGAC 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 TTTGGGTCGATGATCCAGATGGTATTAAAGATGGAGAAAGAGTTCTTCTCTGTTTAAGAC 2122
Query 2096 GTGCACTGAGGATAGCAAACGCAGCTCAACAAATGGCTAGTGCAACCAGAGGTAGCAGCG 2155
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 GTGCACTGAGGATAGCGAACGCAGCTCAACAAATGGCTAGTGCAACCAGAGGTAGCAGCG 2182
Query 2156 GACCAGTCACGCTGTTTGTCGAAATCTTGAACAAGTACATTTACTTCTTTGAGAAAGGGA 2215
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 GACCAGTCACGCTGTTTGTTGAAATCTTGAACAAGTACATTTACTTCTTTGAGAAAGGGA 2242
Query 2216 ATCCACATATCACTCCATCTGATATACAGAGCCTCATAGAGTTAATCAACAACGAGATGC 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 2243 ATCCACATATCACTCCATCTGATATACAGAGCCTCATAGAATTGATCAACAATGAGATGC 2302
Query 2276 AAAGCGACAACGGTAACACGACAATCCACTCAGA-CCCGTTCTTTACAAGTACATTGCGT 2334
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2303 AAAGCGACAACGGTAACACGACAATCCACTCAGATCCC-TTCTTTACAAGTACATTGCGT 2361
Query 2335 TACATTAGGTTCATAAAACAGAAAGGTGGTTTGATGGGTGAGAAATATGACCCTATCAAG 2394
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 TACATTAAGTTCATAAAACAGAAAGGTGGTTTGATGGGTGAGAAATATGACCCTATCAAG 2421
Query 2395 TTGTGACTTATATTCGCGACACAAGCCT 2422
||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 2422 CTGTGACTTAAATCCGAGACACAAGCCT 2449
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120280505820
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5