BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927966
Length=2975
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G04240.1 | Symbols: SEC | Tetratricopeptide repeat (TPR)-lik... 5084 0.0
> AT3G04240.1 | Symbols: SEC | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:1113934-1120872 REVERSE LENGTH=3337
Length=3337
Score = 5084 bits (2753), Expect = 0.0
Identities = 2900/2973 (98%), Gaps = 2/2973 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AATTTCATTAAGAAGCGATGATCTCGTCGAAAAACGGAGCTGCGATGATCTCTCGACCTG 63
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 134 AATTTCATTAAGACGCGATGATCTCGTCCAAAAACGGAGCTGCCATGATCTCCCGACCTG 193
Query 64 TGTTTCTTTCGGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTTTCTT 123
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 194 TCTTTCTTTCCGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTCTCTT 253
Query 124 CTTCGTCTTCTTCGAGTCTCCTCCAGCAGTTCAATAAAACTCATGAAGGGGATGATGACG 183
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 254 CTTCGTCTTCTTCGAGCCTCCTCCAGCAGTTCAATAAGACTCATGAAGGTGATGATGACG 313
Query 184 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTGTACAAAGGAGGAGATTTCAAACAAGCCCTAGAGC 243
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 314 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTATACAAAGGAGGCGATTTCAAACAAGCCCTGGAGC 373
Query 244 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGTACTGATAATCTTCTTCTGATTGGTG 303
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 374 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGCACTGATAATCTTCTTCTAATTGGTG 433
Query 304 CTATTTATTACCAGCTCCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTAGAAATGAAGAAGCTCTTC 363
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 434 CTATTTATTACCAGCTTCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTCGAAATGAAGAAGCTCTTC 493
Query 364 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 553
Query 424 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAACTTTG 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 554 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAATTTTG 613
Query 484 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 673
Query 544 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTTTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 603
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTCTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 733
Query 604 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 793
Query 664 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 853
Query 724 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 913
Query 784 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCTCTTGGAAGACCTACAG 843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |
Sbjct 914 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCCCTCGGGAGACCTACTG 973
Query 844 AAGCTATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTGTGCAATGGCATTTG 903
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 974 AAGCGATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTCTGCAATGGCATTTG 1033
Query 904 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTGGATTTAGCAATTCGACACTACA 963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTAGATTTAGCAATTCGACACTACA 1093
Query 964 AGCAGGCTATCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTATAATAACTTGGGTAATGCAT 1023
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1094 AGCAGGCTCTCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTACAATAACTTGGGTAATGCAT 1153
Query 1024 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAATTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1083
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAGTTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1213
Query 1084 AACCAAATCATCCACAAGCAATGGCTAATCTTGGAAATATTTATATGGAGTGGAATATGA 1143
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AACCAAATCATCCACAAGCCATGGCTAATCTTGGAAACATTTATATGGAGTGGAATATGA 1273
Query 1144 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1333
Query 1204 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTATAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1263
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTACAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1393
Query 1264 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGCA 1323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1394 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGGA 1453
Query 1324 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCTATTCAGGATTACATGCATGCTATTA 1383
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1454 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCAATTCAGGATTACATGCATGCTATAA 1513
Query 1384 ATTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCATGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1443
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 ACTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCACGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1573
Query 1444 GGCATGTGGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTACTACGACCAGACTTCC 1503
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1574 GGCATGTAGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTTCTACGACCAGACTTCC 1633
Query 1504 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTGCACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAAGACCGTA 1563
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1634 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTACACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAGGACCGTA 1693
Query 1564 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1753
Query 1624 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1813
Query 1684 TCAGTCGTAAATATGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1743
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 TCAGTCGTAAATACGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1873
Query 1744 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1933
Query 1804 GATATGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCATTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1863
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 GATACGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCGTTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1993
Query 1864 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTACGCAT-TGAGTGCAAATGATAAT 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 1994 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTATGC-TCTGAGTGCAAATGATAAT 2052
Query 1923 ACTGAGTGGAGACAGCGTATCCAATCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTTCTATG 1982
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2053 ACTGAGTGGAGACAGCGAATCCAGTCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTGCTATG 2112
Query 1983 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAATGAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2042
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAACCAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2172
Query 2043 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCACCGATCCAG 2102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2173 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCTCCGATCCAG 2232
Query 2103 GTTTCATATATGGGCTTCCCAGGTACAACTGGGGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2162
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2233 GTTTCATATATGGGCTTCCCGGGTACCACTGGAGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2292
Query 2163 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCATCTT 2222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2293 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCACCTT 2352
Query 2223 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTAGATCCAAAT 2282
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2353 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTGGATCCAAAT 2412
Query 2283 TCTAAGCCCAAGAGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2342
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 TCGAAGCCCAAGCGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2472
Query 2343 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2532
Query 2403 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2592
Query 2463 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGTCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2522
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGCCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2652
Query 2523 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCTGATGTAATCCTCGACACGCCTCTGTGC 2582
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2653 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCCGATGTAATCCTCGACACGCCCCTGTGC 2712
Query 2583 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTGCTGTGGGCTGGTGTACCGATGATAACATTACCA 2642
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2713 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTACTGTGGGCTGGTGTACCAATGATAACGTTACCA 2772
Query 2643 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGTCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2773 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGCCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2832
Query 2703 GAGATGATAGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2762
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2833 GGGATGATTGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2892
Query 2763 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2893 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2952
Query 2823 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCGTACTTCAAAATGTGGAACCTC 2882
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2953 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCATACTTCAAAATGTGGAACCTC 3012
Query 2883 CATTGCTCTGGACAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 2942
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3013 CATTGCTCTGGGCAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 3072
Query 2943 CATGACAGATAAACAACGAGGGAAAGAAAACTG 2975
|||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 3073 CATGACAGATAAACAAGGAGGGAAAGACAACTG 3105
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147892147964
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5