BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg928563 Length=2110 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G09060.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3291 0.0 > AT3G09060.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr3:2766367-2768430 REVERSE LENGTH=2064 Length=2064 Score = 3291 bits (1782), Expect = 0.0 Identities = 1972/2065 (95%), Gaps = 8/2065 (0%) Strand=Plus/Plus Query 21 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 80 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 60 Query 81 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCAGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 140 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCGGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 120 Query 141 CACTCCGCCGTCGTCTACCACCACATCCTCCGACGTCTCTCGGAAG-CGCGGATGGTTAC 199 |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 121 CACTCCGCCGTCGTTTACCACCATATCCTCCGACGTCTCTCGG-AGACGCGGATGGTTA- 178 Query 200 A-CACGTGGGTCGAATCGTCGAGCTCATTAGGTCACAAGAATGCAAGTGCGACGAAGATG 258 | || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 179 ATCATGTAAGTCGAATCGTCGAGCTTATTAGGTCACAAGAATGTAAATGCGACGAAGATG 238 Query 259 TGGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCCGATCGAGCTCTAGATG 318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 239 TCGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCTGATCAAGCTCTAGATG 298 Query 319 TTTTCAAACGAATGCGAGAGGTTTTCGGGTGCGAGCCTGGGATTCGATCTTATAATACTC 378 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| Sbjct 299 TTTTCAAACGAATGCGAGAGATTTTCGGGTGCGAGCCTGCGATTCGATCTTATAACACTC 358 Query 379 TACTCAATGCGTTTGTGGAAGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 438 |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 TACTTAATGCGTTCGTGGAGGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 418 Query 439 TCGAAACAGCGGGTGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAGATGTCTT 498 |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 419 TCGAGACTGCTGGAGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAAATGTCTT 478 Query 499 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTTGATTGGATGTGGAAAGAGGGTT 558 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 479 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTAGATTGGATGTGGAAAGAGGGGT 538 Query 559 TTAAGCCGGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCGAAAACTGGAAAAT 618 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| Sbjct 539 TTAAGCCTGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCTAAAGCTGGGAAAT 598 Query 619 TGGATGATGCATTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAGAGAGGAGTGGCACCTGATGTTA 678 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 599 TGGATGATGCACTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAAAGAGGAGTGGCACCTGATGTCA 658 Query 679 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGATGGCTATGC 738 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 659 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGACGGCTATGG 718 Query 739 AACTGTGGGACAAACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 798 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 AACTGTGGGACAGACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 778 Query 799 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGTGGAAGAGTAGATGATTGTTTGAAGATATGGGACA 858 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 779 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGCGGAAGAGTAGATGATTGTTTAAAGATATGGGAGA 838 Query 859 GAATGAAACAGAATGAGCGAGAAAAAGATTTGTATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 918 |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 GAATGAAACAAAATGAGCGTGAAAAAGATTTATATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 898 Query 919 TGTGCGATGAAGGGAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAACGAGTTGGTCGAAAGGA 978 ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| Sbjct 899 TGTGCGATGCAGGTAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAATGAGTTGGACGAAAGGA 958 Query 979 AGGCCTTTATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1038 | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AAGCCTCGATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1018 Query 1039 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTATGGAGAATCATGGAGCAGAGGAATTCAGTTAACATAG 1098 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 1019 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTGTGGAGAATCATGGAGCACAAGAATTCAGTTAACATAG 1078 Query 1099 TGAGTTATAACATTTTGATAAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1158 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 TGAGTTATAACATTTTGATTAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1138 Query 1159 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAACACAACTTATGGTATTT 1218 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| Sbjct 1139 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAAAACTACTTACGGTATTT 1198 Query 1219 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTAAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1278 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTGAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1258 Query 1279 TGGAGAGCAAAGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1338 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 TGGAGAGCAGTGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1318 Query 1339 GCAAAAAGAGAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1398 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 GCAAAAAGAAAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1378 Query 1399 TGGAGCTGAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1458 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 TGGAGCTAAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1438 Query 1459 TTGGTGATGCTTCCCTTTTGATGAGAAG-GATGGGGAAGAACGGTTGTCTCCCGACTGTT 1517 ||||||| |||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1439 TTGGTGAGGCTTCCTTTTTTCTGAG-AGAGATGGGGAAGAACGGTTGTCGCCCGACTGTT 1497 Query 1518 GTATCCTACAACATTGTTATTTGCGGTTTGTGTGAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1577 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GTATCCTACAACATTCTTATTTGCGGTTTGTGTAAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1557 Query 1578 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACAGACT-GAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1636 ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACGGA-TGGAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1616 Query 1637 ACTCTTGGGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGAATTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1696 |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 ACTCTTATGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGATTTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1676 Query 1697 ATTTCTTCAATCGGGTCTAGAACCCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1756 ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 ATTTCTTCAATCGGGACTCGAAACCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1736 Query 1757 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1816 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1796 Query 1817 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATACTTCAAAGTTAGAGA 1876 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 1797 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATTCTTCAAAGTTGGAGA 1856 Query 1877 CAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1936 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 TAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1916 Query 1937 TATATCCTACAATACTATACTGAAAGGGTTGTGTCTGTGCCACAGAGTGTCGTATGCAAT 1996 ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| || Sbjct 1917 TATATCCTACAATACTATAATGAAAGGGTTGTGTATGTGCCGCGGAGTGTCGTATGCTAT 1976 Query 1997 TGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTCCCAACTGTTTACACGTGGAACAT 2056 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1977 GGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTTCCAACTGTTTACACCTGGAACAT 2036 Query 2057 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2081 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2061 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 104617935780 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5