BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928570
Length=2735
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G09090.1 | Symbols: DEX1 | defective in exine formation prot... 4527 0.0
> AT3G09090.1 | Symbols: DEX1 | defective in exine formation protein
(DEX1) | chr3:2782698-2787804 REVERSE LENGTH=3157
Length=3157
Score = 4527 bits (2451), Expect = 0.0
Identities = 2644/2738 (97%), Gaps = 9/2738 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGCCGCTGTGTCTGCTGATTTGTTTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 232 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGAGGCAGTGTCTGCTGGTTTGTTTG 291
Query 61 CTCTGTCTTACCTTAACAAAACTCTCCTATGGGGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 120
||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 CTCTGTCTTTCCTTAACGAATCTCTCCTATGGAGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 351
Query 121 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCTGAAATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 180
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCCGATATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 411
Query 181 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 471
Query 241 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATCGTCGTTCCATCTTTTGTTCAT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 472 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATTGTTGTTCCATCTTTTGTTCAT 531
Query 301 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 591
Query 361 CAGTCAAATGTGCATTCCAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 420
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 CAGTCAAATGTGCACTCGAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 651
Query 421 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGGCGAAGTTCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 480
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGCCGAAGTGCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 711
Query 481 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGCAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 540
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGTAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 771
Query 541 CCTGACCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTCCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 600
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CCTGATCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTTCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 831
Query 601 ATGGCAATGAAGTCATCGGCCACTCGTAAAAGCGAATGCAGCAACCACAACACCAAATGT 660
|||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 832 ATGGCAATGAAGTCATCGACCACTC---AAA-CGAATGCAACTACCACAACACCAAATGT 887
Query 661 TACAGTCTCGATGTCCAAAG-AGTCCATGGCGGTGATTCAAACGTGTCATCTCAAGAGAA 719
||||||||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||| | |||||| |||||||| |
Sbjct 888 TACAGTCTCGATGACCAAAGAAGTTCATGGCGCTAATTCATATGTGTCAACTCAAGAGGA 947
Query 720 TCAAAAGAGACTC-GAGAATAATCAAACAGAAGCTATCGTAAAGCCTACACCCGAGCTAC 778
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 948 TCAAAAGAGAC-CAGAGAATAATCAAACAGAAGCTATTGTAAAGCCTACTCCAGAGCTAC 1006
Query 779 ATAATTCCTCCATGGGTGCTGGAGCAAATAATTCGTCAGCAAATGTTACTACAGCTGGCT 838
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1007 ATAATTCCTCCATGGATGCTGGAGCAAATAATTTGGCAGCAAATGCTACTACAGCTGGCT 1066
Query 839 CAACAGAAAAGTTCAATGGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 898
||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 CAAGAGAAAACCTCAATAGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 1126
Query 899 AAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAACTAAACACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAATCTC 958
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1127 GAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAATTAAATACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAAACTC 1186
Query 959 TGGGGACAACTGGAAACAGTAGTACGACAGAGACAGTAACCAAGAGTGGGAGGCGACTTC 1018
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1187 TGGGGACATCTGGAAACAGTAGTACGGCAGAGACAGTAACCAAAAGTGGGAGGCGACTTC 1246
Query 1019 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACGGCCATTCGGACAATAAAGACAACAAAG 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1247 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACAGCCATTCGGACAGTAAAGACAACAGTG 1306
Query 1079 AGGGTGTTCGCATGGCGATC-GTTGAAAACGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1137
||||||| |||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 AGGGTGTCCGCATGGCGA-CAGTAGAAAATGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1365
Query 1138 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1425
Query 1198 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTCGAGGGGCAGCACGAGAAC 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1426 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTTGAGGGGCAGCACGAGAAC 1485
Query 1258 TCAGAGGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1317
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 TCAGAAGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1545
Query 1318 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1605
Query 1378 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATAAAAAATTATATTGCT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1606 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATTAAAAATTATATTGCT 1665
Query 1438 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGAAACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1497
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGATACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1725
Query 1498 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCCCCAACGGTTGTTGAT 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1726 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCACCAACGGTTGTTGAT 1785
Query 1558 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1845
Query 1618 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGG 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGA 1905
Query 1678 GCAGTGGTTGCAGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1737
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 GCAGTGGTTGCGGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1965
Query 1738 CACGGAAATATAGCAGCATGGACTACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 1797
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 CACGGAAATATAGCAGCATGGACCACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 2025
Query 1798 AGTCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGATGTT 1857
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2026 AGCCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGAGGTT 2085
Query 1858 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 2145
Query 1918 CGTCCTTACCCATATAGAACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 1977
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 CGTCCTTACCCATACAGGACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 2205
Query 1978 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACTATCGTTACTACATCTTTTGACGGTTAC 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2206 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACCATCGTTACTACATCCTTTGACGGTTAC 2265
Query 2038 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGATATTGGTGAAACTTCA 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2266 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGACATTGGCGAAACTTCA 2325
Query 2098 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2385
Query 2158 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2445
Query 2218 TGGAGATCTACTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2277
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 TGGAGATCTAGTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2505
Query 2278 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2565
Query 2338 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2625
Query 2398 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGATAGAAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGAGAGGAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2685
Query 2458 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTCGGAGTGAGAACAACAGGA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2686 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTGGGAGTGAGAACAACAGGA 2745
Query 2518 ACTGTAATGGTGGAGATGGTAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2577
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 ACTGTAATGGTGGAGATGGCAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2805
Query 2578 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTTTGAAATGGCTTCTTGTCCTCCCGATGCTCGGG 2637
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2806 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTCTGAAATGGCTTCTTGTTCTCCCGATGCTCGGG 2865
Query 2638 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATTCTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCCCTACCATCCTTTTCC 2697
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||
Sbjct 2866 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCTCTCCCGTCTTTTTCC 2925
Query 2698 CGCAACACAGACTTATGATATTAGGTACCATCTGTAAA 2735
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2926 CGCAACACAGATTTATGATACTAGGTACCATCTGTAAA 2963
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135852081644
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5