BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg929675
Length=3553
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G18090.1 | Symbols: NRPD2B | nuclear RNA polymerase D2B | ch... 5912 0.0
AT3G23780.1 | Symbols: NRPD2A, DRD2, NRPD2, DMS2, NRPE2 | nucle... 5714 0.0
> AT3G18090.1 | Symbols: NRPD2B | nuclear RNA polymerase D2B |
chr3:6194564-6200237 FORWARD LENGTH=3715
Length=3715
Score = 5912 bits (3201), Expect = 0.0
Identities = 3438/3555 (97%), Gaps = 5/3555 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGTGTTTTGAGGTATACCAGAGATGGACATTAATGAGATGGATATTGACGAGATCGAGA 60
|||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 151 GTGTGTATTGAGGTATACCAGAGATAGACATAAATGAGATGGATGTTGACGAGATCGAGT 210
Query 61 CTGCTGGGCAGATGAATCTTTCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAAAGTTTCTGCAAAA 120
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 211 CTGCTGGGCAGATCAATATTTCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAGACTTTCTGCAAAA 270
Query 121 AAGCTGCTACATCCTTCTTTGAAGAGTATGGGCTTATAAGTCATCAGCTCAACTCCTACA 180
||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 271 AAGCTGCGACATCTTTCTTTGAAGAGTTTGGACTTATAAGTCATCAGCTTAACTCCTACA 330
Query 181 ACTTCTTCATCAAACACGGGCTTCGGAATGTGTTCGAGTCCTTTGGTGAGATGCTTGTGG 240
|||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 331 ACTTCTTCATTGAACACGGGCTTCAGAATGTGTTTGAGTCCTTTGGTGACATTCTTGTGG 390
Query 241 AACCGTCTTTTGATGTAATAAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACAGTGAAAT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 391 AACCGTCTTTTGATGTAATAAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACGGTGAAAT 450
Query 301 TCGGAGAAGTCACTTTTGAGAAGCCCACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGAGTTTC 360
| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 TTGGAAAAGTCACTTTGGAGAAGCCTACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGAGTTTC 510
Query 361 TCCCATGGCATGCCAGGCTTCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTGAATGTCC 420
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 511 TCCCATGGCATG-CAGGCTTCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTCAATGCCC 569
Query 421 AAGTTGAGGTGTTCaaaaaaaCTGTTGTTAAA-AGCGACAAATTCAAGACGGGACAAGAT 479
||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 570 AAGTTGAGGTGTTCAAAAAAATTGTTATTAAACA-CGACAAATTCAAGACTGGACAAGAT 628
Query 480 GAATATGTCGAGAAGGAGATACTGGATGTCAAAAAGCAGGACATTCTAATTGGTAGCATT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 GAATATGTCGAGAAGGAGATACTGGATGTCAAAAAACAGGACATTCTAATTGGTAGCATA 688
Query 540 CCTGTCATGGTGAAATCTGTCCTTTGCAAAACAAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAAA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 CCTGTCATGGTGAAATCTGTCCTTTGCAAAACTAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAAA 748
Query 600 AAGGGGGATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGTTATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTG 659
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 AAGGGGAATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGATATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTG 808
Query 660 TTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGACTGTGGATTTCTAATTCACCATGGACT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGATTGTGGATTTCTAATTCACCATGGACA 868
Query 720 GTCTCCTTCAGGTCCGAAACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 869 GTCTCCTTCAGGTCCGAAACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAG 928
Query 780 AAAGCAGAAGACTATAAGAGAAGGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACGGAG 839
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 929 AAAGCAGAAGACTATAAGATAATGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACTGAG 988
Query 840 ATTCCAGTCTGGCTCTTGTTCTTTGCGCTGGGTGTTTCGTCAGACAAAGAAGCCATGGAT 899
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 989 ATTCCAGTCTGGCTCCTGTTCTTTGCGTTGGGTGTTTCATCAGACAAAGAAGCCATGGAT 1048
Query 900 CTAATTGCTTTTGATGGTGTTGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCAT 959
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 CTAATTGCTTTCGATGGTGATGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCAT 1108
Query 960 GAAGCTGATGCAGTTTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATGTTGAA 1019
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 GAAGCTGATGCAGTGTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATGTTGAA 1168
Query 1020 CATCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGATTGCCTCCGTCTG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169 CATCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGATTGCCTCCGTCTG 1228
Query 1080 TATTTGTTTCCAGGCCTCCAAGGTTTGAAGAAGAAAGCCCGATTCCTGGGCTATATGGTG 1139
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 TATTTGTTTCCATGCCTCCAAGGTTTGAAGAAGAAAGCCCGATTCCTGGGCTATATGGTG 1288
Query 1140 AAGTGCCTTCTGAGTGCGTATGCGGGAAAACGAAAATGTGAAAACAGGGACAGTTTCCGG 1199
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 AAGTGCCTTTTGAGCGCGTATGCGGGAAAACGAAAATGTGAAAACAGGGACAGTTTCCGG 1348
Query 1200 AATAAGCGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTGTTGGAAAGGGAAATAAGGGTGCATCTGGCA 1259
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1349 AATAAACGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTGTTGGAGAGGGAGATAAGGGTGCATCTTGCA 1408
Query 1260 CATGCTAGGAGAAAGATGACAAGGGCCATGCAGAAACAACTCTCAGGCGAGGGAGATTTG 1319
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1409 CATGCTAGAAGAAAGATGACCAGGGCCATGCAGAAACAACTCTCAGGCGATGGCGATTTG 1468
Query 1320 AAGCCTATTGAGCATTATTTGGATGCTTCTGTTATCACAAATGGGCTTAATCGAGCCTTC 1379
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1469 AAGCCTATAGAGCATTATTTGGATGCTTCCGTTATCACCAATGGGCTTAATAGAGCCTTC 1528
Query 1380 TCCACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTTTCAGGTGTTGTAGCT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1529 TCCACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTCTCAGGTGTTGTAGCT 1588
Query 1440 AATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGACAGCAA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 AATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGACAGCAA 1648
Query 1500 GTCCTATATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGATATCCGCATCCCTCTCACTGGGGCAGA 1559
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1649 GTCCTTTATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGACATCCGCATCCTTCTCACTGGGGCAGA 1708
Query 1560 GTATGCTTTTTGTCAACTCCAGATGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATGTCTCTT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 GTATGCTTTTTGTCAACTCCAGATGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATGTCTCTT 1768
Query 1620 CTTGGACTTGTTAGCACTCAAGTTTTGGAGTCTGTGGTGGAAACGCTCTATGCTTGTGGA 1679
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||
Sbjct 1769 CTTGGACTTGTTAGCACTCAAGGTTTGGAGTCTGTGGTGGAAATGCTCTTTACTTGCGGA 1828
Query 1680 ATGGAAGAGCTGATGGATGATACCAGCACACCATTGTGTGGCAAACACAAAGTTCTTCTC 1739
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 ATGGAAGAGCTGATGAATGATACCAGCACACCATTGTGTGGCAAACACAAAGTTCTTCTC 1888
Query 1740 AATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGCGGAGTTAAAAAGC 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1889 AATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGGGGAGTTAAAAAGC 1948
Query 1800 AGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTCGT-GAGATGGAAATCAAGCGAGATAAAGATGACAA 1858
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 AGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTC-TCGAGATGGAAATCAAGCGAGATAAAGATGACAA 2007
Query 1859 TGAGGTGAGAATTTTCACTGACGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTTGTGGAAAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 TGAGGTGAGAATTTTCACTGACGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTTGTGGAAAA 2067
Query 1919 TCTCCACAAGTTGAAGCAAGACAAACCTACACAGTATCCTTTTAAGCATCTTCTTGACCA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 TCTCCACAAGTTGAAGCAAGACAAACCTACACAGTATCCTTTTAAGCATCTTCTTGACCA 2127
Query 1979 AGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTAATACAGCATGGGGAAT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2128 AGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTACTACAGCATGGGGAAT 2187
Query 2039 CAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAGAATTACACGCATTGCGAATTGGACCTGTCATTCCT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2188 CAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAGAATTACACGCATTGCGAATTGGACCTATCATTCCT 2247
Query 2099 GTTGGGTGTGAGCTGTGCAATTGTCCCATTTGCAAATCACGATCATGGGAAAAGAGTTCT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 GTTGGGTGTGAGCTGTGCAATTGTCCCATTTGCAAATCACGATCATGGGAAAAGAGTTCT 2307
Query 2159 CTACCAGTCCCAGAAGCATTGCCAACAAGCCATTGGATTCTCATCAACGAACCCTAACAT 2218
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308 TTACCAGTCTCAGAAGCATTGCCAACAAGCCATCGGATTCTCATCAACGAACCCTAACAT 2367
Query 2219 CCGCTGCGATACTCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAGAAGCCACTGTTCAAGACATT 2278
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2368 CCGCTGCGATACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAAAAGCCACTTTTCAAGACATT 2427
Query 2279 GGCGTCGGAGTGTCTaaaaaaaGAAGTGCTGTTTAATGGCCAGAACGCAATTGTTGCTGT 2338
|||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 GGCGTCAGAGTGTCTTGAAAAAGAAGTTCTATTTAATGGCCAGAACGCAATTGTTGCTGT 2487
Query 2339 GAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGATTCCATTGTGATGAACAAGGCTTCATTGGA 2398
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 GAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGACTCCATTGTGATGAACAAGGCTTCATTGGA 2547
Query 2399 ACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGATACTAAAGA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 ACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGATACTAAAGA 2607
Query 2459 CTCGGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACATACAGCAAAAT 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2608 CTCGGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACATACAGCAAAAT 2667
Query 2519 CGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAACATGAGTAC 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2668 CGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAACATGAGTAC 2727
Query 2579 TGGAGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTATAAAGCTCAA 2638
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2728 TGGCGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTATAAAGCTCAA 2787
Query 2639 GCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCATCTAATGATGAAGGGAAGAA 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2788 GCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCTTCTAATGATGAAGGGAAGAA 2847
Query 2699 TTTTGCTGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAAGTTTTCCAG 2758
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2848 TTTTGCAGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAAGTTTTCCAG 2907
Query 2759 TATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTATCTAGAGGAACAGCAGAATTTTCCTTTCAC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2908 TATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTATCTAGAGGAACAGCAGAATTTTCCTTTCAC 2967
Query 2819 GATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTTATAAACCCGCACGCTTTCCCTTCTAGGCAAAC 2878
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2968 GATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTGATAAACCCGCACGCTTTCCCTTCTAGGCAGAC 3027
Query 2879 ACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTATACAAAAGAA 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3028 ACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTATACAAAAGAA 3087
Query 2939 GGAGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTTCTCCACTCC 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3088 GGAGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTTCTCCACTCC 3147
Query 2999 GGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGA 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3148 GGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGA 3207
Query 3059 AAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATGATGCGTTCTCTGATATTCATGGGCCCAAC 3118
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3208 AAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATGATGCGCTCTCTGATATTCATGGGCCCAAC 3267
Query 3119 TTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGGACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACC 3178
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3268 TTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGAACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACC 3327
Query 3179 AGTCCACCCGCTCACACGTCAGCCAGTCGCAGACAAGAAGAGGTTTGGCGGAATAAAATT 3238
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3328 AGTCCACCCGCTCACACGCCAGCCAGTCGCAGACCGGAAGAGGTTTGGCGGGATAAGATT 3387
Query 3239 TGGAGAAATGGAGCGAGACTGTCTAATAGCTCACGGTGCATCCGCTAATCTGCACGAGCG 3298
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3388 TGGAGAAATGGAGCGAGACTGCCTAATAGCTCACGGTGCATCCGCTAATCTGCACGAGCG 3447
Query 3299 TCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGTAAGACCTATGC 3358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3448 GCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGCAAGACCTATGC 3507
Query 3359 GAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATCAGAGGGCCATATTGTAGAGT 3418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3508 GAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATCAGAGGGCCATATTGCAGAGT 3567
Query 3419 CTGCGCGTCCTCAGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCGTATGGAGCTAAGCTTCTGTG 3478
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3568 GTGCGCATCCTCCGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCTTATGGAGCTAAGCTTCTTTG 3627
Query 3479 TCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATCACTCTCAATTTCGACACCAAGCTCTGCTGATTCCC 3538
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3628 TCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATTACTCTCAACTTCGACACCAAGCTCTGCTGATTCCC 3687
Query 3539 CGCCTTTGTTATGTA 3553
|| | || |||||||
Sbjct 3688 CGTCATTATTATGTA 3702
> AT3G23780.1 | Symbols: NRPD2A, DRD2, NRPD2, DMS2, NRPE2 | nuclear
RNA polymerase D2A | chr3:8567731-8574190 REVERSE LENGTH=3955
Length=3955
Score = 5714 bits (3094), Expect = 0.0
Identities = 3412/3565 (96%), Gaps = 24/3565 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGTGTTTTGAGGTATACCAGAGATGGACATTAATGAGATGGATATTGACGAGATCGA-G 59
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||| |||| ||| |||| |
Sbjct 183 GTGTGTTTTGAGGTATGCCAGATATGGACATTGATGTGAAGGATCTTGAAGAGTTCGAGG 242
Query 60 --ACTGCTGGGCAGATGAATCTTTCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAAAGTTTCTGCA 117
||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||
Sbjct 243 CTACTACTGGGGAGATCAATCTATCTGAGCTAGGAGAAGGTTTTCTGCAGAGTTTCTGCA 302
Query 118 AAAAAGCTGCTACATCCTTCTTTGA-AGAGTATGGGCTTATAAGTCATCAGCTCAACTCC 176
|||||||||| || || |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 AAAAAGCTGCAACTTCTTTCTTTGATA-AGTATGGACTTATAAGTCATCAGCTCAACTCC 361
Query 177 TACAACTTCTTCATCAAACACGGGCTTCGGAATGTG-TTCGAGTCCTTTGGTGAGATGCT 235
||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 362 TACAACTACTTCATTGAACACGGGCTTCAGAATGTGTTTC-AATCCTTTGGTGAGATGCT 420
Query 236 TGTGGAACCGTCTTTTGATGTAATAAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACAGT 295
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 421 TGTGGAACCGTCTTTTGATGTTGTAAAGAAGAAGGATAATGATTGGAGATACGCAACGGT 480
Query 296 GAAATTCGGAGAAGTCACTTTTGAGAAGCCCACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGA 355
||| ||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAAGTTCGGAGAAGTCACTGTGGAGAAGCCTACTTTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGA 540
Query 356 GTTTCTCCCATGGCATGCCAGGCTTCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTGAA 415
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 541 GTTTCTCCCATGGCATGCTAGGCTTCAGAACATGACATACTCTGCAAGGATCAAAGTCAA 600
Query 416 TGTCCAAGTTGAGGTGTTCaaaaaaaCTGTTGTTAAAAGCGACAAATTCAAGACGGGACA 475
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 601 TGTCCAAGTTGAGGTGTTCAAGAATACTGTTGTTAAAAGCGACAAATTCAAGACAGGACA 660
Query 476 AGATGAA-TATGTCGAGAAGGAGATACTGGATGTCAAAAAGCAGGACATTCTAATTGGTA 534
||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGA-CAACTATGTCGAGAAGAAGATACTGGATGTCAAAAAGCAGGACATTCTAATTGGTA 719
Query 535 GCATTCCTGTCATGGTGAAATCTGTCCTTTGCAAAACAAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACT 594
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 GCATTCCTGTCATGGTGAAATCTATCCTTTGCAAAACAAGCGAGAAAGGGAAAGAAAACT 779
Query 595 GCAAAAAGGGGGATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGTTATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGA 654
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCAAAAAGGGGGATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGATATTTCGTGATAAAGGGGGCTGAGA 839
Query 655 AGGTGTTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGACTGTGGATTTCTAATTCACCAT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AGGTGTTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGACTGTGGATTTCTAATTCACCAT 899
Query 715 GGACTGTCTCCTTCAGGTCCGAAACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGA 774
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGACAGTCTCCTTCAGGTCCGAAAATAAAAGAAATAGATTCATTGTGCGCCTCTCGGAGA 959
Query 775 ATGAGAAAGCAGAAGACTATAAGAGAAGGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATGAGAAAGCAGAAGACTATAAGAGAAGGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGA 1019
Query 835 CGGAGATTCCAGTCTGGCTCTTGTTCTTTGCGCTGGGTGTTTCGTCAGACAAAGAAGCCA 894
| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTGAGATTCCAGTCTGGCTCCTCTTCTTTGCGCTAGGTGTTTCGTCAGACAAAGAAGCCA 1079
Query 895 TGGATCTAATTGCTTTTGATGGTGTTGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTA 954
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGGATCTAATTGCTTTTGATGGTGATGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTA 1139
Query 955 TCCATGAAGCTGATGCAGTTTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATG 1014
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1140 TCCATGTAGCTGATGCAGTTTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCTTTAACATATG 1199
Query 1015 TTGAACATCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGATTGCCTCC 1074
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 TTGAACAGCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGAGTGCCTCC 1259
Query 1075 GTCTGTATTTGTTTCCAGGCCTCCAAGGTTTGAAGAAGAAAGCCCGATTCCTGGGCTATA 1134
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATCTGTATTTGTTTCCAGGCCTCCAAAGTTTGAAGAAGAAAGCTCGATTCCTGGGCTATA 1319
Query 1135 TGGTGAAGTGCCTTCTG-AGTGCGTATGCGGGAAAACGAAAATGTGAAAACAGGGACAGT 1193
||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1320 TGGTGAAGTGCCTTCTGAACT-CGTATGCGGGAAAAAGAAAATGCGAAAACAGGGACAGT 1378
Query 1194 TTCCGGAATAAGCGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTGTTGGAAAGGGAAATAAGGGTGCAT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1379 TTCCGGAATAAGCGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTATTGGAGAGGGAGATAAGGGTGCAT 1438
Query 1254 CTGGCACATGCTAGGAGAAAGATGACAAGGGCCATGCAGAAACAACTCTCAGGCGAGGGA 1313
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1439 CTGGCACATGCTAGAAGAAAGATGACCAGGGCCATGCAGAAACACCTCTCAGGCGATGGT 1498
Query 1314 GATTTGAAGCCTATTGAGCATTATTTGGATGCTTCTGTTATCACAAATGGGCTTAATCGA 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1499 GATTTGAAGCCTATTGAGCATTATTTGGATGCTTCTGTTATCACAAATGGGCTTAGTAGA 1558
Query 1374 GCCTTCTCCACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTTTCAGGTGTT 1433
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GCCTTCTCTACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTTTCAGGTGTT 1618
Query 1434 GTAGCTAATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGA 1493
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GTGGCTAATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGA 1678
Query 1494 CAGCAAGTCCTATATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGATATCCGCATCCCTCTCACTGG 1553
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1679 CAGCAAGTCTTATATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGATATCCGCACCCCTCTCACTGG 1738
Query 1554 GGCAGAGTATGCTTTTTGTCAACTCCAGATGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATG 1613
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GGCAGAGTATGCTTTTTGTCAACTCCAGACGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATG 1798
Query 1614 TCTCTTCTTGGACTTGTTAGCACTC-AAGTTTTGGAGTCTGTGGTGGAAACGCTCTAT-G 1671
|||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 1799 TCTCTTCTGGGACTTGTGAGCACCCAAAG-TTTGGAGTCTGTGGTGGAAAAGCTCT-TCG 1856
Query 1672 CTTGTGGAATGGAAGAGCTGATGGATGATACCA-GCACACCATTGTGTGGCAAACACAAA 1730
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1857 CTTGTGGAATGGAAGAGCTGATGGATGATA-CATGCACACCATTGTTTGGCAAACATAAA 1915
Query 1731 GTTCTTCTCAATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGCGGAG 1790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GTTCTTCTCAATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGCGGAG 1975
Query 1791 TTAAAAAGCAGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTCGTGAGATGGAAATCAAGCGAGATAAA 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TTAAAAAGCAGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTCGTGAGATGGAAATCAAGCGAGATAAA 2035
Query 1851 GATGACAATGAGGTGAGAATTTTCACTGACGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTT 1910
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GATGACAATGAGGTAAGAATTTTCACTGATGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTT 2095
Query 1911 GTGGAAAATCTCCACAAGTTGAAGCAAGACAAACCTACACAGTATCCTTTTAAGCATCTT 1970
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2096 GTGGAAAATCTCCAAAAGTTGAAGCAAGAAAAACCTTCACAGTATCCTTTTGACCATCTT 2155
Query 1971 CTTGACCAAGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTAATACAGCA 2030
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CTTGACCATGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTAATACAGCA 2215
Query 2031 TGGGGAATCAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAGAAT-TACACGCATTGCGAATTGGACCT 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2216 TGGGGAATCAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAG-ATATACACACATTGCGAATTGGACCT 2274
Query 2090 GTCATTCCTGTTGGGTGTGAGCTGTGCAATTGTCCCATTTGCAAATCACGATCATGGGAA 2149
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2275 GTCATTCTTGTTGGGTGTGAGCTGTGCAGTTGTCCCATTTGCAAATCACGACCATGGGAG 2334
Query 2150 AAGAGTTCTCTACCAGTCCCAGAAGCATTGCCAACAAGCCATTGGATTCTCATCAACGAA 2209
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 AAGAGTTCTCTACCAGTCCCAGAAGCACTGCCAACAAGCCATTGGATTCTCATCAACGAA 2394
Query 2210 CCCTAACATCCGCTGCGATACTCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAGAAGCCACTGTT 2269
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2395 CCCTAACATCCGCTGCGATACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCTCAGAAGCCACTGTT 2454
Query 2270 CAAGACATTGGCGTCGGAGTGTCTaaaaaaaGAAGTGCTGTTTAATGGCCAGAACGCAAT 2329
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2455 CAAGACATTGGCGTCGGAGTGTCTTAAAAAAGAAGTGCTGTTCAATGGCCAGAACGCAAT 2514
Query 2330 TGTTGCTGTGAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGATTCCATTGTGATGAACAAGGC 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 TGTTGCTGTGAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGATTCCATTGTGATGAACAAGGC 2574
Query 2390 TTCATTGGAACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGA 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 TTCATTGGAACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGA 2634
Query 2450 TACTAAAGACTCGGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACATA 2509
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2635 TGCTAAAGACTCAGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACACA 2694
Query 2510 CAGCAAAATCGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAA 2569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 CAGCAAAATCGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAA 2754
Query 2570 CATGAGTACTGGAGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTAT 2629
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 CATGAGTACTGGCGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTAT 2814
Query 2630 AAAGCTCAAGCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCATCTAATGATGA 2689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 AAAGCTCAAGCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCATCTAATGATGA 2874
Query 2690 AGGGAAGAATTTTGCTGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAA 2749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 AGGGAAGAATTTTGCTGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAA 2934
Query 2750 GTTTTCCAGTATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTATCTAGAGGAACAGCAGAATTT 2809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 GTTTTCCAGTATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTACCTAGAGGAACAGCAGAATTT 2994
Query 2810 TCCTTTCACGATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTTATAAACCCGCACGCTTTCCCTTC 2869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 TCCTTTCACGATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTGATAAACCCGCACGCTTTCCCTTC 3054
Query 2870 TAGGCAAACACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTAT 2929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3055 TAGGCAAACACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTAT 3114
Query 2930 ACAAAAGAAGGAGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTT 2989
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 ACAAAAG--G-AGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTT 3171
Query 2990 CTCCACTCCGGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATG 3049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 CTCCACTCCGGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATG 3231
Query 3050 GGGAAACGAAAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATGATGCGTTCTCTGATATTCAT 3109
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3232 GGGAAACGAAAGGGTCTACAACGGTAGATCAGGTGAGATGATGCGTTCTATGATATTCAT 3291
Query 3110 GGGCCCAACTTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGGACAAAGTCAAGTTCAGGAA 3169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 GGGCCCAACTTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGGACAAAGTCAAGTTCAGGAA 3351
Query 3170 CACCGGACCAGTCCACCCGCTCACACGTCAGCCAGTCGCAGACAAGAAGAGGTTTGGCGG 3229
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3352 CACTGGACCAGTCCACCCGCTCACACGCCAGCCAGTTGCAGACAGGAAGAGATTTGGCGG 3411
Query 3230 AATAAAATTTGGAGAAATGGAGCGAGACTGTCTAATAGCTCACGGTGCATCCGCTAATCT 3289
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3412 GATAAAATTTGGAGAAATGGAGCGAGACTGCCTAATAGCTCACGGTGCATCAGCTAATCT 3471
Query 3290 GCACGAGCGTCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGTAA 3349
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 GCATGAGCGTCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGTAA 3531
Query 3350 GACCTATGCGAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATCAGAGGGCCATA 3409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3532 GACCTATGCGAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATTAGAGGGCCATA 3591
Query 3410 TTGTAGAGTCTGCGCGTCCTCAGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCGTATGGAGCTAA 3469
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3592 TTGTAGAGTCTGCGTATCCTCAGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCGTATGGAGCTAA 3651
Query 3470 GCTTCTGTGTCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATCACTCTCAATTTCGACACCAAGCTCTG 3529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3652 GCTTCTGTGTCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATCACTCTCAACTTCGACACCAAGCTATG 3711
Query 3530 CTGATTCCCCGC-CTTTGTTATGTA 3553
|||||||||| | |||| |||||||
Sbjct 3712 CTGATTCCCC-CTCTTTATTATGTA 3735
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 176888641018
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5