BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg931996 Length=1202 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 2172 0.0 AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 2161 0.0 > AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 2172 bits (1176), Expect = 0.0 Identities = 1196/1205 (99%), Gaps = 4/1205 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381 Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 1321 Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261 Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201 Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141 Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081 Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021 Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTA-TGAAAAC 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961 Query 480 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATT-CACCTCTG 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901 Query 539 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841 Query 599 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781 Query 659 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721 Query 719 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 778 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661 Query 779 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601 Query 839 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541 Query 899 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTC-ATAAGAGCCCGGTATTGT 957 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 540 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTCGA-AAGAGCCCGGTATTGT 482 Query 958 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 422 Query 1018 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 362 Query 1078 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 1137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 302 Query 1138 AATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 1197 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AATGATGCGTCGCCAGCACAGAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 242 Query 1198 CAACG 1202 ||||| Sbjct 241 CAACG 237 > AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 2161 bits (1170), Expect = 0.0 Identities = 1194/1205 (99%), Gaps = 4/1205 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381 Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCATTAACG 1321 Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261 Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201 Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141 Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081 Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021 Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTA-TGAAAAC 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961 Query 480 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATT-CACCTCTG 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901 Query 539 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841 Query 599 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781 Query 659 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721 Query 719 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 778 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661 Query 779 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601 Query 839 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541 Query 899 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTC-ATAAGAGCCCGGTATTGT 957 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| Sbjct 540 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTCGA-AAGAGCCCAGTATTGT 482 Query 958 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 422 Query 1018 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 362 Query 1078 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 1137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 302 Query 1138 AATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 1197 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AATGATGCGTCGCCAGCACAGAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 242 Query 1198 CAACG 1202 ||||| Sbjct 241 CAACG 237 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 59035840920 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5