BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg931998 Length=901 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 1637 0.0 AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 1631 0.0 > AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 1637 bits (886), Expect = 0.0 Identities = 897/902 (99%), Gaps = 1/902 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381 Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 1321 Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261 Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201 Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141 Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081 Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021 Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961 Query 481 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTT-CATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901 Query 540 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841 Query 600 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 659 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781 Query 660 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721 Query 720 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 779 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661 Query 780 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601 Query 840 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541 Query 900 GT 901 || Sbjct 540 GT 539 > AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 1631 bits (883), Expect = 0.0 Identities = 896/902 (99%), Gaps = 1/902 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381 Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCATTAACG 1321 Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261 Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201 Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141 Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081 Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021 Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961 Query 481 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTT-CATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901 Query 540 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841 Query 600 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 659 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781 Query 660 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721 Query 720 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 779 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661 Query 780 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601 Query 840 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541 Query 900 GT 901 || Sbjct 540 GT 539 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 44005112772 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5