BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg933875 Length=2068 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G32950.1 | Symbols: COP1, ATCOP1, DET340, FUS1, EMB168 | Tra... 3522 0.0 > AT2G32950.1 | Symbols: COP1, ATCOP1, DET340, FUS1, EMB168 | Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | chr2:13977933-13983535 FORWARD LENGTH=2348 Length=2348 Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0 Identities = 2005/2053 (98%), Gaps = 3/2053 (0%) Strand=Plus/Plus Query 18 AAAATGGAGGAGATTTCGACGGATCCGCTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGGACA 77 |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 65 AAAATGGAAGAGATTTCGACGGATCCGGTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGAACA 124 Query 78 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTAATGAAAATGATGACGGTGG-AGACGGTGGTTC 136 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || ||| ||||| Sbjct 125 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTCATGAAAATGACGACGGAGGAAG-CGGCGGTTC 183 Query 137 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 196 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 184 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 243 Query 197 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 256 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 244 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 303 Query 257 CCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAACAATCAGCTTTA 316 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 304 TCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAATAATCAGCTTTA 363 Query 317 TCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 376 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 364 CCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 423 Query 377 TGCATCGCCCTTGGATCAATTTCGGGAAGCACTTCAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 436 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 424 TGCATCGCCCTTGGATCAGTTTCGGGAAGCACTACAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 483 Query 437 GGAGGTTGATAATCTTCTTTCACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 496 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 484 GGAGGTTGATAATCTTCTGACACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 543 Query 497 AGCTGAGAGGAACATGCAGATTCTGTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 556 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 544 AGCTGAGAGGAACATGCAGATACTTTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 603 Query 557 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATCAAAGAGGATATAAATGCTGT 616 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 604 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATTAAAGAAGATATAAATGCCGT 663 Query 617 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGGGCTAGGGACAGATATTCTGTGAAGTTGCGGAT 676 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 664 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGAGCTAGGGACAGATATTCTGTAAAGTTGCGGAT 723 Query 677 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGAGTGGTTT 736 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 724 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGATTGGTTT 783 Query 737 CAACTCCAATTCTCTGAGCATAAGAGGAGGAAATTTTTTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 796 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 784 CAACTCCAATTCTCTCAGCATAAGAGGAGGAAATTTTGTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 843 Query 797 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 844 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 903 Query 857 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAATCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATCCA 916 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 904 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAGTCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATTCA 963 Query 917 TGCTCAGTTCAATGATCTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGTAGACCA 976 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 964 TGCTCAGTTCAATGATTTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGCAGACCA 1023 Query 977 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1036 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1024 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1083 Query 1037 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1096 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1084 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1143 Query 1097 AGCAGAAATCCGGCATGGGGACATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1156 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1144 AGCAGAAATCCGGCATGGGGATATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1203 Query 1157 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1216 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1204 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1263 Query 1217 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1276 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1264 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1323 Query 1277 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAGAAAAATCACATAGCAAGCAG 1336 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1324 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAAAAAAATCACATAGCAAGCAG 1383 Query 1337 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1396 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1384 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1443 Query 1397 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1456 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1444 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1503 Query 1457 TGTATCTGGTAGTGACGATTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACAAGGCAGGAAGCAAGTGT 1516 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1504 TGTATCTGGTAGTGACGACTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACGAGGCAGGAAGCAAGTGT 1563 Query 1517 GCTTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1564 GATTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1623 Query 1577 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAATATAAG 1636 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1624 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAACATAAG 1683 Query 1637 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1696 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1684 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1743 Query 1697 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1756 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1744 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1803 Query 1757 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACACACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1816 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1804 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACATACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1863 Query 1817 AGTGAATAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1876 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1864 AGTGAACAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1923 Query 1877 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCACCTGACATGGACGATGCAGA 1936 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1924 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCGCCAGACATGGACGATGCAGA 1983 Query 1937 GGAAGAGGCAGGCTCATACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGCGATAGTCCCACAAT 1996 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1984 GGAAGAGGCAGGTTCCTACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGTGATAGTCCCACGAT 2043 Query 1997 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTTGCTGCGTGATTCTA-TA 2055 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 2044 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTCGCTGCGTGATTCTAGTA 2103 Query 2056 AACGTTACAAAAG 2068 || ||||||||| Sbjct 2104 GACATTACAAAAG 2116 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 102509512890 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5