BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg939656 Length=2247 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G02810.1 | Symbols: PRR7, APRR7 | pseudo-response regulator ... 3482 0.0 > AT5G02810.1 | Symbols: PRR7, APRR7 | pseudo-response regulator 7 | chr5:637897-641977 REVERSE LENGTH=2831 Length=2831 Score = 3482 bits (1885), Expect = 0.0 Identities = 2131/2247 (95%), Gaps = 28/2247 (1%) Strand=Plus/Plus Query 6 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGTTAACGAGGAGGGGGAGGAGGGTTCACGTTACCCA 65 ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 244 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGCTAATGAGGA--GGG-GGAGGGTTCACGTTACCCA 300 Query 66 ATCGCTGATCGAAAAACCGGAGACACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 125 ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ATCACTGATCGAAAGACCGGAGAGACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 360 Query 126 CATAGTGAAGAAGAG-AAAGTCAATGGAATCACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCAGG 184 ||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 361 CATAGTGAAGAAGAGAAAACT-AATGGAATTACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCA-G 418 Query 185 AGCTGGACAAGGCTCAGGTGGACCTCAAATTCCGTTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 244 | ||| | | | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 -G-TGG---A----C---T-G----CAAATTCCATTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 461 Query 245 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGCGTACAATTAGAGTTCTGCTTGTGGAAAATGATGA 304 ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 462 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGAGAACCATTAGAGTTCTGCTTGTCGAAAATGACGA 521 Query 305 CTGCACTCGTTATATTGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 364 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 522 CTGCACTCGTTATATCGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 581 Query 365 TTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 424 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 582 GTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 641 Query 425 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGAGCAAGATTTTGAG 484 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 642 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGTGCAAGATTTTGAA 701 Query 485 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 544 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 702 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 761 Query 545 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCAGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 604 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 762 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCTGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 821 Query 605 CGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGCGGTAGTGG 664 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 822 TGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGTGGTAGTGG 881 Query 665 AAGCGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATC-AAAGAGTATTAGAAAAT 723 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| Sbjct 882 AAGTGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATCGAAA-AGTATTAAAAAAT 940 Query 724 CTGATCACGATTCGGGAAGCAGTGGTGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 783 ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 941 CTGATCAAGATTCAGGAAGCAGTGATGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 1000 Query 784 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGGGGAGG 843 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 1001 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGTGGATG 1060 Query 844 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGATCGAGTCGATAGTACTTGCGCCCAAG 903 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1061 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGACCGAGTTGATAGCACTTGCGCCCAAG 1120 Query 904 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTCCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 963 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1121 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTTCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 1180 Query 964 AGACTCAAGAACAGGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1023 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1181 AGACTCAAGAACATGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1240 Query 1024 GCATTCGTAGAAATTGTGATCTGGCACTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1083 ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1241 GCATTCGTAGAAACTGTGATCTGGCCCTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1300 Query 1084 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCATTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1143 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1301 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCGTTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1360 Query 1144 TTGGAAAAGGACCAGTGGACCTCAGCAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1203 |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1361 TTGGAAAAGGACCATTGGACCTCAGTAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1420 Query 1204 ATGGAGGCTCGGGTTTTAAAGCCATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCCGAAT 1263 ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1421 ATGGAGGCTCGAGTTTCAAAGCTATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCTGAGG 1480 Query 1264 CGCTTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATTCAAATGAAACTTCTGTCAAAAATTCCGAAG 1323 ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| |||| Sbjct 1481 CGCCTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATACAAATGAAGCTTCTGTTAAAATTTCTGAAG 1540 Query 1324 AGCTAATTCACATGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1383 ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1541 AGCTAATGCACGTGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1600 Query 1384 TAGTTAGGGATGACCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1443 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1601 TAGTTAGGGATGATCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1660 Query 1444 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGCTTTCTGGCGGGAACTTAGGAAGCAATTCGCTTCATG 1503 ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 1661 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGATTTCTGGTGGGAACTTAGGAAGCACTTCGCTTCAGG 1720 Query 1504 ATAATAATAGCCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCTGCATGTGATTGTCACTCAAACA 1563 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| Sbjct 1721 ATAATAATAGTCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCAGCATATGATTGTCACTCGAACA 1780 Query 1564 TGAATGAGAGTCTCCCCAATAATCACCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1623 ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1781 TGAATGAGAGTCTCCCCCATAATCATCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1840 Query 1624 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1683 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1841 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1900 Query 1684 GATCTTCATCAGTCAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCATGTGATCATCATAATAATC 1743 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1901 GATCTTCATCAGTGAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCCTGTGATCATCATAATAATC 1960 Query 1744 ATGCCTCCTATAATCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAG---CTACCGCCACAATGTGGAT 1800 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1961 ATGCCTCCTATAACCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAGAAGCTACCGCCACAATGTGGAT 2020 Query 1801 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2021 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 2080 Query 1861 ATGGTAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGGAGCAATGGGCCATATGGAAGCAGCAATGGTA 1920 |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 2081 ATGGAAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGAAGTAATGGGCCATATGGAAGCAGTAACGGTA 2140 Query 1921 TGAATACTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAACGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGTG 1980 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2141 TGAATGCTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAATGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGCG 2200 Query 1981 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGCGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2040 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2201 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2260 Query 2041 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAAAGGTGCTTCAGAA 2100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 2261 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAGAGGTGCTTCCGAA 2320 Query 2101 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCGGAACAACGACCTCGTGTCCGTGGCC 2160 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||| Sbjct 2321 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCAGAACAACGCCCTCGAGTGCGAGGCC 2380 Query 2161 AATTCGTCCGTAAAATAGCCGCTGCAACGGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGAAA 2220 |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2381 AATTTGTGCGTAAAACAGCCGCTGCAACTGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGATA 2440 Query 2221 GCTAACGGAAAATCTACAAAACCAACT 2247 |||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 2441 GCTAACGGAAAATCAACAAAACCCACT 2467 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 111495410445 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5