BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg939752 Length=2491 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G03650.1 | Symbols: SBE2.2 | starch branching enzyme 2.2 | c... 3520 0.0 > AT5G03650.1 | Symbols: SBE2.2 | starch branching enzyme 2.2 | chr5:931904-937641 FORWARD LENGTH=2609 Length=2609 Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0 Identities = 2052/2124 (97%), Gaps = 4/2124 (0%) Strand=Plus/Plus Query 370 TCAAGGAGAGAGGAGTGAGACCAAGAGTAGTTCCCCCACCTGGG-GATGGGAAGAAAATA 428 ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| Sbjct 337 TCAAGGAGAGAGGGGTGAAACCAAGAATAGTTCCCCCACC-GGGTGATGGCAAGAAAATT 395 Query 429 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAAGTTACAGCAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 488 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 396 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAACTTACAACAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 455 Query 489 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTGGAGGCATTTTCTCGT 548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 456 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTTGAGGCATTCTCTCGT 515 Query 549 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACATATAGAGAGTGGGCG 608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 516 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACTTATAGAGAGTGGGCG 575 Query 609 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATTGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 668 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 576 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATCGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 635 Query 669 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGAtttttttGCCCAACAACACTGATGGT 728 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 636 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGATCTTTTTGCCCAACAACACTGATGGT 695 Query 729 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCGTCTGGCATT 788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 696 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCATCTGGCATT 755 Query 789 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAATTCTCCGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 848 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 756 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAGTTCTCGGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 815 Query 849 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAATATGTATTCAAACATCCTCAACCA 908 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 816 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAGTATGTATTCAAACATCCTCAACCA 875 Query 909 AAGAGACCTAAGTCGCTGAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 968 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 876 AAGAGACCTAAGTCGCTAAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 935 Query 969 ATGGTCAATACTTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCACGCATCAAAAGGCTTGGC 1028 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 936 ATGGTCAATACGTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCCCGCATCAAAAAGCTTGGA 995 Query 1029 TATAATGCGGTTCAAATCATGGCTATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1088 |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 996 TATAATGCTGTTCAAATTATGGCCATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1055 Query 1089 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGTTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCT 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1056 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGCTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCA 1115 Query 1149 TTGATAGATAGAGCTCATGAGTTAGGCCTGGTCGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1208 |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1116 CTGATAGATAGAGCTCACGAGTTAGGCCTGGTAGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1175 Query 1209 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGGCTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1268 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1176 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGACTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1235 Query 1269 CACTCTGGGCCTCGGGGTTACCATTGGATGTGGGACTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1328 |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1236 CACTCTGGACCTCGGGGATACCATTGGATGTGGGATTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1295 Query 1329 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1388 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1296 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1355 Query 1389 GATGGATTTAGGTTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGGCTCTCGGTT 1448 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1356 GATGGATTTAGATTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGACTCTCGGTT 1415 Query 1449 GGATTTACTGGGAATTACACCGAGTACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1508 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1416 GGATTTACTGGGAACTACACCGAATACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1475 Query 1509 TATCTCATGCTGGTAAATGATATGATTCATGGGCTATACCCTGAAGCGATTACAGTTGGT 1568 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1476 TATCTCATGCTGGTTAATGATATGATTCATGGGCTCTACCCTGAAGCGATTACCGTTGGT 1535 Query 1569 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1628 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1536 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1595 Query 1629 GACTACCGTCTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATTCTCAAGAAGAGAGAT 1688 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1596 GACTACCGTTTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATGCTCAAGAAGAGAGAT 1655 Query 1689 GAAGACTGGCAAATGGGTGATATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1748 ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1656 GAAGACTGGCAAATGGGCGACATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1715 Query 1749 TGTAT-TGCTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1807 ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1716 TGTATCT-CTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1774 Query 1808 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACACCTCT 1867 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1775 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACTCCTCT 1834 Query 1868 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCATAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1927 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1835 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCACAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1894 Query 1928 AGAAGGATACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATCGATTTTCC 1987 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1895 TGAAGGTTACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATTGATTTTCC 1954 Query 1988 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGGAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTTAGTTATGA 2047 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1955 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGTAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTCAGTTATGA 2014 Query 2048 CAAATGCAGACGAAGATTTGATCTTGGGGATGCAGACTATCTCAGATACCGCGGACTGCA 2107 ||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 2015 CAAATGCCGCCGCAGATTTGATCTTGGGGATGCAGATTATCTCAGATACCGCGGACTACA 2074 Query 2108 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCTGAGCA 2167 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2075 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCGGAGCA 2134 Query 2168 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGATGATCT 2227 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2135 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGGTGATCT 2194 Query 2228 CGTCTTTGTCTTTAACTTCCACTGGACCAGCAGCTACTTCGATTACCGCATTGGTTGCTC 2287 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2195 CGTCTTTGTCTTTAACTTTCACTGGACCAGCAGCTACTTTGATTACCGCATTGGTTGCTC 2254 Query 2288 CAAGCCTGGGAAATATAAGATCGTATTGGACTCAGACGATCCTCTGTTTGGTGGATTCAA 2347 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2255 CAAGCCTGGAAAATATAAGATCGTATTGGACTCGGACGATCCTCTCTTTGGTGGATTCAA 2314 Query 2348 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTATTTCACATATGATGGCTTATACGACGGACGACCCAG 2407 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 2315 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTACTTCACTTATGATGGCTTATACGACGAACGACCCTG 2374 Query 2408 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2467 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2375 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2434 Query 2468 TTAGGACTTTCAGACTTTGGATCC 2491 |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2435 TTAGAACTTTCAGACTTTGGATCC 2458 Score = 444 bits (240), Expect = 2e-123 Identities = 304/332 (92%), Gaps = 15/332 (5%) Strand=Plus/Plus Query 3 TCACCGGCGGCGAG-GGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTGTTACTCCACGCTTCAC 61 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2 TCACCGGCGGCGAGAGGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTCTTACTCCACGCTTCAC 61 Query 62 TCTTCCTTGTCGACCTCTCAACACTAGCTTTAAT---GGCAATTCCAGCCTCTCCTTCTT 118 |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||| Sbjct 62 TCTTCCTTCTCGACCTCTCAACACTGGCTTTAATGCCGGCAATTCCACCCTCTCTTTCTT 121 Query 119 CCTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 122 CTTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 181 Query 179 TTCTTCTTCACAAGCTATCGCTGCGTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 238 |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 182 TTCTTCGTCACAAGCTATCTCTGCTTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 241 Query 239 TGATCCCAGCAG-TTTTTCACAAGAACCACAGATATTTAATCTAGAAAGTCAAACAATGG 297 ||||||||| || ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 242 TGATCCCAG-AGGTTTTTCACA-GA--------TATTTGATCTAGAAAGTCAAACAATGG 291 Query 298 AAGAGACTGAGGCATTAAGAACAGAAGACCAA 329 || | ||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 292 AATATACTGAGGCAGTAAGAACAGAAGACCAA 323 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 123611347552 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5