BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940830
Length=2068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13650.2 | Symbols: | elongation factor family protein | ch... 3522 0.0
> AT5G13650.2 | Symbols: | elongation factor family protein |
chr5:4397748-4402692 FORWARD LENGTH=2432
Length=2432
Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0
Identities = 2019/2073 (97%), Gaps = 7/2073 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGCGGCGGAGAGAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 60
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 TCGCGGCGGAGAAAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 113
Query 61 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTCCTTTACAAGCAACAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 120
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTGCTTCACAAGCAGCAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 173
Query 121 CTTCCGCGCTTAAACCAAGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 180
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 CTTCCGCGCTCAAACCTGGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 233
Query 181 GTCCCATCTCTTGCTCCGCCTCTCCATCAACCGCCGAACCTTCCTCC---GAGGTGAAGA 237
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 234 GTCCCATCACTTGCTCCGCCTCTCCATCAACTGCCGAACCAGCCTCCGTAGAGGTGAAGA 293
Query 238 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGAATGACGTGAGGAATATAGCAATCGTAGCACATGTTGATC 297
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 294 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGGATAACGTGAGGAATATCGCAATCGTTGCACATGTTGATC 353
Query 298 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 413
Query 358 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 473
Query 418 TACTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATTGATACTC 477
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 474 TTCTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATAGATACTC 533
Query 478 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 593
Query 538 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 653
Query 598 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTTGTCGTGGTCGTTAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 657
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTGGTCGTGGTCGTAAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 713
Query 658 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACATTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCTACAGATG 717
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 714 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACTTTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCAACAGATG 773
Query 718 AACAGTGTGATTTCCAAGCAATATATGCTAGCGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 777
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 AACAGTGTGATTTCCAAGCGATATATGCTAGTGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 833
Query 778 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTATTCGAAGCCATAATCAGATGTGTACCTG 837
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 834 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTGTTCGAAGCTATAATCAGATGCGTACCTG 893
Query 838 GGCCAAATATTGAAAAAGACGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 897
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 GGCCAAATATTGAAAAAGATGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 953
Query 898 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTGCACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 957
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTACACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 1013
Query 958 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1073
Query 1018 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1133
Query 1078 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1193
Query 1138 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1253
Query 1198 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACGAGCAGGAACTTACGAGATCGCTTAA 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1254 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACAAGCAGGAACTTACGAGATCGTTTAA 1313
Query 1258 ACCGTGAACTTGAGAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1317
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 ACCGTGAACTTGAAAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1373
Query 1318 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1433
Query 1378 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAATAAAAGGGTTAACGACAAAT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1434 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAACAAAAGGGTTAACGATAAAT 1493
Query 1438 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1553
Query 1498 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGATCGGAAG 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1554 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGGTCGGAAG 1613
Query 1558 GAACAACCTTTCTACGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1617
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 GAACAACCTTTCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1673
Query 1618 TCTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1677
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TTTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1733
Query 1678 GGGCCGGTGATATTAGCACTCGCGATCTGGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1737
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 GGGCCGGTGATATTAGCACCCGCGATCTAGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1793
Query 1738 CAACATCATATGCTCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCAGGAG 1797
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1794 CAACATCATATGCCCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCTGGAG 1853
Query 1798 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCATCAGAGACCCGGGGACTTGGGTCTTA 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1854 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCACCAGAGACCCGGCGACTTGGGTCTTA 1913
Query 1858 ATATATGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGGTCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1917
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 ATATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGATCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1973
Query 1918 TTGACACTCCCTTGACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 1977
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 TTGACACTCCCTTAACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 2033
Query 1978 TGGTGGAGGTTACACCTTCAAGTATAAGGATGTGCAAGAATCCA-AAAATGGCAAAGAAA 2036
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2034 TGGTGGAGGTTACACCTTCTAGTATTAGGATGTGCAAGAATC-AGAAAATGGCAAAGAAA 2092
Query 2037 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTT-GCA-GCTGGG 2067
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2093 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTTTGCAAGCTGGG 2125
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102509512890
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5