BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941029
Length=2959
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G15450.1 | Symbols: APG6, CLPB3, CLPB-P | casein lytic prote... 4846 0.0
> AT5G15450.1 | Symbols: APG6, CLPB3, CLPB-P | casein lytic proteinase
B3 | chr5:5014212-5018347 REVERSE LENGTH=3186
Length=3186
Score = 4846 bits (2624), Expect = 0.0
Identities = 2851/2962 (96%), Gaps = 10/2962 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTT-TTTAATTCTCCGAGCTAATGGCGACGGCTACGACGACTGCTACGGCTGCGTTTAGT 59
||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 73 GTTCTTAAATT-TCCGAGCTAATGGCGACGGCTACGACGACTGCTACGGCGGCGTTTAGT 131
Query 60 GGTGTAGTCAGCGTAGGAACGAAGACTCGAAGGATTTCTACGTTTTCTCATCTTCAACCT 119
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 132 GGTGTAGTCAGTGTAGGAACGGAGACTCGAAGGATTTATTCGTTTTCTCATCTTCAACCT 191
Query 120 TCTGTGGCTTTTCCGGCGAAGCCCAATTCCTTCAAACT-TCTGAAATTTAAGCAGAGCGC 178
|||| |||||||||||||||||| | |||||||||| | ||| ||||| |||||||||||
Sbjct 192 TCTGCGGCTTTTCCGGCGAAGCCTAGTTCCTTCAAA-TCTCTCAAATTAAAGCAGAGCGC 250
Query 179 GAGGCTCACACGGCGGCTTGAGCATCGGCCATTCATTGTCCGATGTGAAGCTTCTTCCTC 238
||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 251 GAGGCTCACACGGCGGCTTGATCATCGGCCGTTCGTTGTCCGATGTGAAGCTTCTTCTTC 310
Query 239 TAATGGAAGGCTTACACAGCAAGAATTCACAGAAATGGCGTGGCAATCGATAGTTTCTTC 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 311 TAATGGAAGGCTTACACAGCAAGAATTCACAGAAATGGCGTGGCAATCGATAGTTTCGTC 370
Query 299 ACCAGATGTTGCGAAGGAGAATAAGCAACAGATTGTGGAGACAGAGCATCTAATGAAAGC 358
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ACCAGATGTTGCAAAAGAGAATAAGCAACAGATTGTGGAGACAGAGCATCTAATGAAAGC 430
Query 359 TCTTTTGGAGCAGAAGAATGGTTTAGCTCGCAGGATTTTCTCTAAGATCGGTGTGGATAA 418
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 TCTTTTGGAGCAGAAGAATGGTTTAGCTCGTAGGATTTTCTCTAAGATCGGTGTGGATAA 490
Query 419 CACTAAGGTTCTAGAAGCAACTGAGAAGTTCATTCAACGCCAGCCAAAGGTGTATGGAGA 478
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 491 CACAAAGGTTCTAGAAGCAACAGAGAAGTTCATTCAACGCCAACCAAAGGTGTATGGAGA 550
Query 479 TGCTGCTGGGTCGATGTTGGGGCGTGATTTGGAAGCTCTGTTCCAGAGAGCAAGACAGTT 538
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 TGCTGCTGGTTCGATGTTGGGGCGTGATTTGGAAGCTCTGTTCCAGAGAGCAAGACAGTT 610
Query 539 TAAGAAAGATTT-AGGAGACTCTTATGTGTCAGTGGAGCATTTGGTTCTTGCTTTTGCTG 597
|||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 TAAGAAAGATTTAAAG-GACTCTTATGTGTCAGTGGAGCATTTGGTTCTTGCTTTTGCTG 669
Query 598 ATGATAAGCGGTTTGGGAAACAGTTGTTTAAGGATTTTCAGATATCAGAGAAGACCTTGA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 670 ATGATAAGCGGTTTGGGAAACAGTTGTTTAAGGATTTTCAGATATCAGAGAGGAGCTTGA 729
Query 658 AATCCGCAATTGAATCCATTAGAGGGAAACAATCAGTCATTGACCAAGATCCGGAAGGCA 717
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 AATCTGCAATTGAATCCATTAGAGGGAAACAATCAGTCATTGACCAAGATCCGGAAGGCA 789
Query 718 AGTATGAGGCATTGGAGAAGTATGGAAAAGATTTGACAGCAATGGCAAGAGAAGGAAAAC 777
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 790 AGTATGAGGCGTTGGAGAAGTATGGAAAAGACTTGACAGCAATGGCAAGAGAGGGAAAAC 849
Query 778 TCGATCCTGTGATTGGTAGAGATGACGAAATCCGTAGATGCATTCAGATTCTCTCAAGGA 837
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 TAGATCCTGTGATAGGTAGAGATGACGAGATCCGAAGATGCATTCAGATTCTCTCAAGGA 909
Query 838 GAACGAAGAACAACCCCGTGTTGATTGGTGAACCAGGTGTTGGTAAAACCGCAATTTCAG 897
|||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 910 GAACAAAGAACAACCCTGTGTTGATCGGTGAACCAGGTGTTGGTAAAACTGCAATTTCAG 969
Query 898 AAGGACTTGCTCAGAGGATTGTGCAAGGAGATGTACCTCAAGCATTGATGAACAGAAAGT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AAGGACTTGCTCAGAGGATTGTGCAAGGAGATGTACCTCAAGCATTGATGAACAGAAAGT 1029
Query 958 TGATATCTCTTGATATGGGTGCTCTCATTGCTGGAGCAAAGTATCGGGGAGAATTCGAAG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 TGATATCTCTTGATATGGGTGCTCTCATTGCTGGAGCAAAGTATCGGGGAGAATTCGAAG 1089
Query 1018 ATAGACTAAAGGCTGTACTTAAGGAAGTCACAGACTCAGAAGGCCAAATCATTTTGTTCA 1077
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 ACAGACTAAAAGCTGTGCTTAAGGAAGTCACAGACTCAGAAGGCCAAATCATTTTGTTCA 1149
Query 1078 TCGATGAGATCCACACAGTTGTTGGTGCAGGTGCGACTAATGGGGCCATGGATGCTGGTA 1137
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 TCGATGAGATCCATACAGTTGTTGGTGCAGGTGCGACTAATGGGGCCATGGATGCTGGTA 1209
Query 1138 ATCTGCTGAAACCGATGCTGGGTCGAGGCGAGTTACGTTGTATCGGTGCAACAACGCTTG 1197
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1210 ATCTGCTGAAACCGATGCTGGGCCGAGGCGAGTTACGTTGTATCGGTGCAACCACGCTTG 1269
Query 1198 ATGAATACAGGAAATACATAGAGAAAGATCCAGCCTTGGAACGTAGGTTTCAACAGGTTT 1257
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1270 ATGAATATAGGAAATACATAGAGAAAGATCCAGCCTTGGAGCGTAGGTTTCAACAGGTTT 1329
Query 1258 ATGTCGATCAACCTACGGTTGAAGACACGATTTCGATTCTCCGTGGTTTGCGGGAAAGGT 1317
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 ATGTTGATCAACCTACGGTTGAAGACACGATTTCTATTCTCCGTGGTTTGCGGGAAAGGT 1389
Query 1318 ATGAACTTCATCATGGAGTTCGCATCTCAGATAGTGCTCTAGTGGAAGCTGCTATCCTCT 1377
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 ATGAACTACATCATGGAGTTCGCATCTCAGATAGTGCTCTAGTGGAAGCTGCTATCCTCT 1449
Query 1378 CGGACCGTTACATCAGCGGCAGGTTTCTACCCGATAAAGCAATTGACTTGGTCGATGAAG 1437
| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 CAGACCGTTACATCAGTGGCCGGTTTCTACCCGATAAAGCAATTGACTTGGTCGATGAAG 1509
Query 1438 CGGCAGCCAAATTGAAAATGGAAATCACTTCGAAACCGACAGCTCTTGACGAGCTTGACC 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 CGGCAGCCAAATTGAAAATGGAAATCACTTCGAAACCTACAGCTCTTGACGAGCTTGACC 1569
Query 1498 GTTCGGTGATAAAGCTTGAAATGGAGAGGCTTTCACTCACCAATGATACAGACAAAGCTT 1557
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 GTTCGGTAATAAAGCTTGAAATGGAGAGGCTTTCACTTACCAATGATACAGACAAAGCTT 1629
Query 1558 CTAGAGAGAGATTGAATCGAATTGAAGCAGAGTTAGTGTTATTAAAGGAGAAGCAAGCTG 1617
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1630 CTAGAGAGAGATTGAATCGAATTGAAACTGAGTTAGTGCTATTAAAGGAGAAACAAGCTG 1689
Query 1618 AATTAACCGAACAGTGGGAGCACGAGAGGTCTGTTATGTCCCGTCTTCAGTCGATTAAAG 1677
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 AGTTAACTGAACAGTGGGAGCACGAGAGGTCTGTTATGTCCCGTCTTCAGTCGATTAAAG 1749
Query 1678 AGGAGATTGATCGAGTAAACGTCGAGATCCAGCAGGCGGAACGTGAATACGATCTTAACC 1737
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1750 AGGAGATTGATCGAGTAAACCTCGAGATCCAGCAGGCGGAACGTGAATACGATCTCAACC 1809
Query 1738 GTGCAGCTGAGCTCAAATACGGAAGCTTAAACTCATTGCAGCGACAGCTTAATGAAGCAG 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 GTGCAGCTGAGCTCAAATACGGAAGCTTAAACTCATTGCAGCGACAGCTTAATGAAGCAG 1869
Query 1798 AGACAGAGCTGAACGAGTACTTAAGCTCCGGGAAATCTATGTTCAGAGAAGAGGTTTTGG 1857
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 AGAAAGAGCTGAACGAGTACTTAAGCTCTGGGAAATCTATGTTCAGAGAAGAGGTTTTGG 1929
Query 1858 GTAGCGATATCGCCGAGATTGTGAGTAAATGGACTGGTATCCCGGTATCGAAGCTTCAAC 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1930 GTAGCGATATCGCCGAGATTGTGAGTAAATGGACTGGAATCCCGGTATCAAAACTTCAAC 1989
Query 1918 AGTCTGAAAGAGATAAACTTCTACATTTGGAAGAAGAATTGCATAAAAGGGTAGTCGGTC 1977
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1990 AGTCTGAACGAGATAAGCTTCTACATTTGGAAGAAGAATTGCATAAAAGAGTAGTCGGTC 2049
Query 1978 AAAACCCAGCAGTGACTGCGGTAGCTGAAGCAATTCAACGATCAAGGGCTGGTCTTTCGG 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2050 AAAACCCAGCAGTGACTGCGGTAGCTGAAGCAATCCAACGATCAAGAGCTGGTCTTTCGG 2109
Query 2038 ATCCAGGCCGTCCAATAGCTAGTTTCATGTTTATGGGACCAACTGGTGTGGGTAAAACAG 2097
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2110 ATCCAGGCCGTCCTATAGCTAGTTTCATGTTTATGGGACCAACTGGTGTTGGTAAAACAG 2169
Query 2098 AGCTAGCCAAAGCACTTGCTTCTTATATGTTCAACACAGAAGAAGCTTTAGTCAGAATTG 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2170 AGCTAGCCAAAGCACTTGCTTCTTATATGTTCAACACTGAAGAAGCTTTAGTGAGAATTG 2229
Query 2158 ACATGAGTGAGTACATGGAGAAGCATGCTGTCTCTAGGCTCATTGGAGCTCCACCTGGAT 2217
|||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 ACATGAGTGAATACATGGAGAAGCATGCGGTGTCTAGGCTCATTGGAGCTCCACCTGGAT 2289
Query 2218 ATGTTGGTTACGAAGAAGGAGGACAGTTAACAGAAACGGTTAGAAGAAGGCCTTATTCGG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 ATGTTGGTTACGAAGAAGGAGGACAGTTAACAGAAACGGTTAGAAGAAGGCCTTATTCGG 2349
Query 2278 TCATCCTCTTTGATGAGATTGAGAAAGCTCATGGAGATGTCTTCAATGTGTTTCTCCAAA 2337
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 TCATTCTATTTGATGAGATTGAGAAAGCTCATGGAGATGTCTTCAATGTGTTTCTCCAAA 2409
Query 2338 TCTTGGACGATGGGCGAGTCACAGATTCTCAAGGACGTACTGTGAGTTTCACCAATACCG 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2410 TCTTGGACGATGGGCGAGTCACAGATTCTCAAGGACGTACAGTGAGTTTCACCAATACCG 2469
Query 2398 TCATTATTATGACTTCAAATGTTGGTTCGCAGTTTATTCTGAACAACACAGATGATGATG 2457
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 TCATTATTATGACCTCAAATGTTGGTTCGCAGTTTATTCTGAACAACACAGATGATGATG 2529
Query 2458 CTAATGAGCTCGCTTATGAAACGATTAAAGAGAGAGTGATGAATGCTGCAAGATCAATCT 2517
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2530 CTAATGAGCTCTCTTATGAAACGATTAAAGAGAGAGTGATGAATGCTGCAAGGTCAATCT 2589
Query 2518 TTCGTCCTGAATTCATGAATAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCCAACCTCTTGACCGCG 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2590 TTCGTCCTGAATTCATGAATAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCAAACCTCTTGACCGCG 2649
Query 2578 AGCAGATCAACCGCATTGTTCGGTTACAGCTGGCACGTGTGCAGAAGCGAATTGCAGACA 2637
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 AGCAGATCAACCGCATTGTCCGGTTACAGCTGGCACGTGTGCAGAAGCGAATTGCAGACA 2709
Query 2638 GGAAAATGAAGATAAACATCACAGATGCAGCAGTCGAACTTCTCGGAAGCCTAGGGTATG 2697
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2710 GGAAAATGAAGATAAACATCACGGATGCAGCAGTCGATCTTCTTGGAAGCCTAGGGTATG 2769
Query 2698 ATCCAAACTATGGAGCTAGACCTGTTAAGCGCGTAATACAGCAAAACATTGAGAATGAGC 2757
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 ATCCAAACTATGGAGCTAGACCTGTTAAGCGTGTGATACAGCAAAACATTGAGAATGAGC 2829
Query 2758 TCGCTAAAGGTATCTTGAGAGGAGATTTCAAGGAGGAGGATGGCATTTTGATCGATACCG 2817
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 TTGCTAAGGGTATCTTGAGAGGAGATTTCAAGGAGGAAGATGGCATTTTGATCGATACCG 2889
Query 2818 AGGTCACAGCGTTCTCCAATGGCCAGTTACCTCAGCAAAAGCTCACATTCAAGAAGATTG 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2890 AGGTCACAGCGTTCTCCAATGGCCAGTTACCTCAGCAAAAGCTCACATTCAAGAAGATTG 2949
Query 2878 AGTCAGAAACGGCAGATGCTGAACAAGAAGAAGAAGAAGCTTTCTCAAAACAGAGCAGTT 2937
|||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2950 AGTCAGAAACAGCAGATGCTGAACAAGAAGAAGCAG---CTTTCTCAAAATAGAGTAGTT 3006
Query 2938 GAAAAATGAAACCTTTTGGAGC 2959
||||| || |||||||||||||
Sbjct 3007 GAAAA-TGCAACCTTTTGGAGC 3027
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147089476876
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5