BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941687
Length=2707
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G21930.1 | Symbols: PAA2, HMA8, ATHMA8 | P-type ATPase of Ar... 4346 0.0
> AT5G21930.1 | Symbols: PAA2, HMA8, ATHMA8 | P-type ATPase of
Arabidopsis 2 | chr5:7243129-7248895 FORWARD LENGTH=2826
Length=2826
Score = 4346 bits (2353), Expect = 0.0
Identities = 2569/2673 (96%), Gaps = 16/2673 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGGCGACCAATCTTCTCCGATGTCCTCTTCCTCCGCCGTCGAGTCTTCATATTCGTCCA 83
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAGCAATCTTCTCCGATTTCCTCTTCCTCCGCCATCGAGTCTTCATATTCGTCCA 60
Query 84 AGTAAGTTCCTCGACGTCAAATTCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACAGCGCCGTTCTCGT 143
|||||| | | | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 AGTAAG-T--T---C--C----TCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACTGCGCCGTTCTCGT 108
Query 144 ATCCGGCGGCACTGTTCAAC-ACCTGGTTTATTGGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 202
||||||||||||||||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 109 ATCCGGCGGCACTGTTC-GCGACCTTTTTTTTTAGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 167
Query 203 TCAATCGTTTGAATCTACGGAATCTTCAATCGAATCTGCAAAATCTGTTACGAGCGACAC 262
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 168 TCAATCATTTGAATCTACTGAATCTTCAATCGAATCTGTGAAATCCATTACGAGCGACAC 227
Query 263 CCCTATTCTCCTCGAAGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGGGTTAAATC 322
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 228 GCCTATTCTCCTCGATGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGAGTTAAATC 287
Query 323 GGTTTTGATGTCTGATGACCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACAGC 382
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 288 GGTTTTGATGTCTGATGATCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACCGC 347
Query 383 GGCGGTGAAGCTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATGCGGCGGAGAGTTTAGCTAA 442
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 348 GGCTGTGAAGTTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATACGGCAGAGAGTTTAGCTAA 407
Query 443 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGGATGGGAGTGGCGGA 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 408 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGTATGGGAGTGGCGGA 467
Query 503 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTGAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 562
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTAAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 527
Query 563 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 587
Query 623 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCATATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 682
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCACATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 647
Query 683 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCAGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGATTTGCT 742
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 648 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCCGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGAATTGCT 707
Query 743 GTTTGATGGCATAAAGGCTTTTGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 802
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 GTTTGATGGCATAAAAGCTTTCGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 767
Query 803 GGGATCTATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 862
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 GGGATCCATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 827
Query 863 GGATGCTTCCTTCTTTGAGGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 922
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 GGATGCTTCCTTCTTCGATGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 887
Query 923 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTAAAGCATCTAGCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 982
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTCAAGCATCTACCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 947
Query 983 CTCCACTCAGTCAAGACTTGTGATTACTTCATCTGACAATAACACCGCAGCT-GATTCTG 1041
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||
Sbjct 948 CTCCACTCAATCAAGACTTGTGATTACTTCATCAGACAATAACACCCCAG-TGGATTCTG 1006
Query 1042 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTCTCTGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1101
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTGTCAGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1066
Query 1102 CGCTGTTGGTTTTGCCTGGTGAAACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1161
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 CGCTATTGGTTTTGCCTGGTGAGACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1126
Query 1162 GTGTTGTGGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCCGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1221
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1127 GTGTTGTAGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCGGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1186
Query 1222 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATAAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCCA 1281
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1187 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATTAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCTA 1246
Query 1282 CTGGTTCCAACTCGACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1341
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 CTGGTTCCAACTCAACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1306
Query 1342 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1366
Query 1402 CTTTATCTGCAGTGACGTTTGCCTTCTGGTATTACGTTGGTTCACACATATTCCCAGATG 1461
||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 CTTTATCTGCAATGACGTTTGCCTTCTGGTATTATGTCGGTTCACACATATTCCCAGATG 1426
Query 1462 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTCTGGCCTTAAGCCTAAAACTGG 1521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1427 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTTTGGCCTTAAGCTTAAAACTGG 1486
Query 1522 CCGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGTCCCTGTGCGCTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1581
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 CTGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGCCCCTGTGCACTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1546
Query 1582 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTCT 1641
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1547 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTTT 1606
Query 1642 TAGAACGTCTGGCTTCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGAACTCTTACTGAAG 1701
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1607 TAGAACGTCTGGCATCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGTACTCTTACTGAAG 1666
Query 1702 GAAGACCTGTCGTCGCTGGTGTTGCTTCTCTAAGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAG 1761
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GAAGACCTGTCGTCTCTGGTGTTGCTTCTCTAGGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAA 1726
Query 1762 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1786
Query 1822 CAGAATCTCTGAATCTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAACTGACAGAACCAGGCTTTG 1881
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1787 CTGAATCTCTGAATTTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAATTGACAGAACCAGGCTTTG 1846
Query 1882 GTACTTTGGCAGAAGTAGATGGACGTTTAGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1941
|||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GTACTTTGGCAGAAATAGACGGACGTTTTGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1906
Query 1942 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCAGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTTTTGGATC 2001
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1907 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCGGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTATTGGATC 1966
Query 2002 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGGTATTCGAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2061
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGATACTCAAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2026
Query 2062 GTGAAGGAGAAGGGATTATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2121
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 GTGAAGGAGAAGGGATCATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2086
Query 2122 AATTTACTGTAGCCAGACTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2181
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 AATTTACTGTAGCCAGGCTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2146
Query 2182 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTGAGAGTGAATCAACCAATT 2241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTAAGAGTGAATCAACCAATT 2206
Query 2242 ATTCCTTGTCTCCGGAAAAGAAATTTGAGTTTATAACTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2301
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 ATTCCTTGTCTCCTGAAAAGAAATTTGAGTTTATATCTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2266
Query 2302 GTGTTGCTATGGTTGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2361
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 GTGTTGCTATGGTGGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2326
Query 2362 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2386
Query 2422 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2446
Query 2482 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCATGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2541
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCGTGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2506
Query 2542 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCCTTATCCGGTGGAC 2601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2507 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCGTTATCTGGTGGAC 2566
Query 2602 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTCGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTCCAGCTCCATAAAT 2661
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2567 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTTGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTGCAGCTCCATAAGT 2626
Query 2662 CTGAAACAAGTGGAAACAGCTTGTGATCGGCTC 2694
||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2627 CTGAAACAAGTAAAAATAGCTTGTGATCGGCTC 2659
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134447407240
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5