BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg942945
Length=3139
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G11110.1 | Symbols: SPA2 | SPA1-related 2 | chr4:6771605-677... 4927 0.0
> AT4G11110.1 | Symbols: SPA2 | SPA1-related 2 | chr4:6771605-6777225
FORWARD LENGTH=3964
Length=3964
Score = 4927 bits (2668), Expect = 0.0
Identities = 2983/3135 (95%), Gaps = 22/3135 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AATGATGGATGAGGTATCAGTAGGGGATGTGAGTAGGATTGATGAAGCTGATGTTGCTCA 79
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 AATGATGGATGAGGGATCAGTAGGGGATGTGAGTAGGATTGATGAAGCTGATGTTGCTCA 362
Query 80 CCTTCAATTCAAGAATAGTGAGCATTCGTTTAAACCGGAGAAC-TGTGAAGTCCGGGAAG 138
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 363 CCTTCAATTCAAGAATAGTGAGCAGTCGTTTAAACCGGAGAACAT-TGAAGTCCGGGAAG 421
Query 139 TAAAAGATGTGCAGGTTCAGAGAGAAGCCGGTTCTCCTGATTGTTCGTATGGTGTAATAG 198
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 422 TAAAAGAAGTGCAGGTTCAGAGAGAAGCTGGTTCTCCTGATTGTTCTTATGGTGTAATAG 481
Query 199 CAGAGTTTTTAGATGGTAAGAA---TGGTGACCCTGTGGAGCAAATAGGAAATGAACCAT 255
|||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 482 CAGATTTTTTAGATGGTAAGAATGGTGGTGACCATGTGGAGCTTATAGGGAATGAACCAT 541
Query 256 GTTCTAGCCGGCAG-------A--ATGCGGGCGATGTTGTCGAGGAGTTGACTGTTAAAA 306
|||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GTTCTAGCCGGCAGAATACAAATGATGAGGGGGATGTTGTCGAGGAGTTGACTGTTAAAA 601
Query 307 CTTGTGAGGGTTCAAGCATGGCTATAGTTGGTAGACCAAGTAGTAGAGCTAGGTTAGAGA 366
|||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 602 CTTGTGAGGGATCGAGTATGGCTATAGTTGGTAGACCAAGTAGTAGAGCTAGATTAGAGA 661
Query 367 TGAATCGCAGCCAGTTTCTGCATCGTTTTCCGCTAGATGGTGATTTACCTGGTAGTAGTT 426
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 662 TGAATCGCAGTCAGTTTCTGCATCGTTTTCCGCTAGACGGTGATTTACCGGGTAGTAGTT 721
Query 427 CTATGAGTAAGAAGGAAAATAACAGGGGAACAATAGGTATCTTGAGAAATGCAGGTAAAA 486
||||||||||||||| || | ||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 722 CTATGAGTAAGAAGGTAATTGACAGGGGAACAGTAAGTATCTTGAGAAATGCTGGGAAAA 781
Query 487 TGTCTTTGCCTGAGACTTCAACTGGACAACTGGCTATTGTTACTGTTAATGGAGAAGCTA 546
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 782 TGTCTTTGCCTGAGACTTCAAATGGACAACTGGCTATTATTGCTGTTAATGGAGAAGCTA 841
Query 547 ATGAGCTTTTGAAAAATGTTGAACGAAATCCTGTACCCGTAGAGGCATTGTCCCATGAAG 606
|||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 842 ATGAACATTTGACAAATGTTGAACGAAATCCTGTACCTGTAGAGGCATTGTCTCATGAAG 901
Query 607 GCATTAAGACAAAGATGTTATCACAGTCTGGGTTTTCTCAGTTTTTTGTTAGGAAAACAT 666
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 902 GCATCAAGACAAAGATGTTATCGCAGTCTGGGTTTTCTCAGTTTTTTGTTAGAAAAACAT 961
Query 667 TGAAAGGCAAGGGAGTCACATTT-AGAGGCCCGCCACACGATATATCTAAAGCTAGCAAT 725
||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| || ||| ||||||||| || |||
Sbjct 962 TGAAAGGGAAGGGAGTTAC-TTTCAGAGGCCCGCCAAACAATAGATCTAAAGCGAGGAAT 1020
Query 726 ATGGATCAGCAAACTGTAGCTAGTTCTGGTAGCCCTTTAGTAATATCAAATACTCCAGCA 785
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 1021 ATGGATCAGCAAACTGTAGCTAGTTCTGGTAGCGCTTTAGTAATAGCTAATACTTCAGCA 1080
Query 786 AAGATTTCTAGCAGCATCCCTTTGGCGGCTTATGATGGTTTGCCTTGCTTGCCTTCCAAC 845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1081 AAGATTTCTAGCAGCATCCCTTTGGCGGCTTATGATGGTTTGCCGTGCTTACCTTCCAAT 1140
Query 846 GCCAGTAAACCGTCTTCTTGTG-GAAGCCCTTCAGATATACATAGAGGTTGTGGAGGTGA 904
|||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ACCAGTAAACCATCTTCTTGTGCTAA-TCCTTCAGATACACATAGAGGTTGTGGAGGTGA 1199
Query 905 AGGTTTAAGTCTGAGAGAATGGTTGAAGTCAGAGCGGCAGGAAGTTAATAAAGCAGAATG 964
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGGTTTAAGTCTGAGAGAATGGTTGAAGTCGGAGCGGCAGGAAGTTAATAAAGCAGAATG 1259
Query 965 TATGTATATCTTTAGGCAGATCGTGGATCATGTGGATTGTTCTCATTCTCAAGGAGTTGT 1024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TATGTATATCTTTAGGCAGATCGTGGATCATGTGGACTGTTCTCATTCTCAAGGAGTTGT 1319
Query 1025 TTTATGTGACCTACGACCATCTTCATTCAAAATTTTCAAGGAAAATGCAGTCAAGTATGT 1084
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 TTTATGTGACCTGCGACCATCTTCATTCAAAATTTTCAAGGAAAATGCAGTAAAGTATGT 1379
Query 1085 GGGTTCAGGTTCTCAACGAGAGTCATTTT-ACAGCAACATGAACAAAGAGACTTTAAGTC 1143
|| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGTTTCAGGTTCTCAACGAGAGTC-TTTTGACAGCAACATGAACAAAGAGACTTTAAGTC 1438
Query 1144 AACTCGAAAACCCTCTGGTTAGAAGGCGGTTAGGAGATACTTATAGTCCCTCTATCCCTG 1203
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1439 AACTCGAAAACCCTCTGGTTAGAAGACGGTTAGGAGATACTTCTAGTCTCTCTATCCCTG 1498
Query 1204 CAAAGAAGCAGAAATCAGGTGGACCAAGCTCTAGACAGTGGCCTATGTTTCAACGAGCTG 1263
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAAAGAAGCAGAAATCAAGTGGACCAAGCTCTAGACAGTGGCCTATGTTTCAACGAGCTG 1558
Query 1264 GTGGCGTCAATATCCAAACTGAAAATGGTGATGGCGCAATACATGAGTTTCATTTCAGAT 1323
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTGGCGTCAATATCCAAACTGAAAATAATGATGGCGCGATACAGGAGTTTCATTTCAGAT 1618
Query 1324 CTAGTCAACCTCATTGTAGTACAGCTGCCCGTCCTTTTACTTCAGTGAGTGAGCAGTTAG 1383
|||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1619 CTAGTCAACCTCATTGTAGTACAGTTGCCTGCCCTTTTACTTCAGTGAGTGAGCAGTTGG 1678
Query 1384 AAGAGAAATGGTATGCGAGCCCTGAGGAGCTGAGGGGTGACATGCGTTCAGCCTCTTCAA 1443
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AAGAGAAATGGTATGCGAGCCCTGAGGAGCTCAGGGGTGACATGCGTTCAGCCTCTTCAA 1738
Query 1444 ACATCTATAGTTTGGGTATTCTTCTTTATGAGTTGCTTAGTCAATTTCAGTGTGAAAGAG 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ACATCTATAGTTTGGGTATTCTTCTTTATGAGTTGCTGAGCCAATTTCAGTGTGAAAGAG 1798
Query 1504 CTCGCGAGGCTGCAATGTCTGATATTCGACACCGAATTCTTCCTCCCAAATTTCTGTCGG 1563
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTCGTGAGGCTGCAATGTCTGATATCCGACACCGCATTCTTCCTCCCAAATTTCTGTCGG 1858
Query 1564 AGAATCCAAAGGAAGCTGGGTTTTGTCTATGGTTACTTCATCCAGAATCTTCATGCCGAC 1623
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AGAATCCAAAGGAAGCTGGGTTTTGTCTTTGGTTACTTCATCCAGAATCTTCATGCCGAC 1918
Query 1624 CATCAACCAGGGACATCTTACAGTCTGAAGTAGTTAATGGAATCCCGGATTTGTATGCTG 1683
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CATCAACCAGGGACATCTTACAATCTGAAGTAGTTAATGGAATCCCGGATTTGTATGCTG 1978
Query 1684 AAGGCTTATCTTTATCCATTGAGCAAGAGGACACAGAGTCTGAACTGTTGCAGCATTTCC 1743
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1979 AAGGCTTATCTTTATCCATTGAACAAGAGGACACAGAGTCTGAACTCTTGCAGCATTTCC 2038
Query 1744 TTATCTTGTCCCAAGAGAAAAGGCAGAAGCATGCTGGAAAGTTGATGGAAGAAATTGCGT 1803
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTTTCTTGTCCCAAGAGAAAAGGCAGAAGCATGCTGGAAATTTGATGGAAGAAATTGCGT 2098
Query 1804 CTGTGGAAGCAGATATCGAAGAAATTGTCAAGAGACGTTATGCCATAGGGCCTCTATCTC 1863
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 2099 CCGTAGAAGCAGATATCGAGGAAATTGTCAAGAGACGTTGTGCCATAGGGCCTCCGTCCC 2158
Query 1864 TGGAAGAAGCTTCTAGCTCATCTCCTGCTTCTAGTGTATCTGAAATGAGACTGATCAGGA 1923
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TGGAAGAAGCTTCTAGCTCATCTCCTGCTTCTAGTGTACCTGAAATGAGACTGATCAGGA 2218
Query 1924 ACATTAATCAGCTTGAAAGCACTTATTTCGCAGCAAGGATCGATGCCCATCTCCCTGAAG 1983
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 2219 ACATTAATCAGCTTGAAAGCGCTTATTTCGCTGCAAGGATAGACGCACATCTCCCTGAAG 2278
Query 1984 CACGTTATAGGCTACGCCTGGATAGAGATCTGCTAAGAAATCGTGATAATACTGTAGCAG 2043
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CACGTTATAGGTTACGCCCAGATAGAGATCTGCTAAGAAATAGTGATAATACTGTAGCAG 2338
Query 2044 AAGTAGAAAACAGTGAGACTTGGAGCTCAGATGATCGTGTTGGAGCGTTCTTTGATGGGT 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AAGTAGAAAACAGTGAGACTTGGAGCTCAGATGATCGTGTTGGAGCGTTCTTTGATGGGT 2398
Query 2104 TATGCAAATATGCTCGATATAGTAAGTTTGAAACTCGGGGTGTGCTGAGGACCAGTGAGT 2163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TATGCAAATATGCTCGATATAGTAAGTTTGAAACTCGGGGTGTGCTGAGGACCAGTGAGT 2458
Query 2164 TGAACAGCACTTCAAATGTGATTTGTTCTCTGGGTTTCGATCGGGACGAGGATTATTTTG 2223
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGAACAACACTTCAAATGTGATTTGTTCTCTGGGTTTTGATCGGGACGAGGATTATTTTG 2518
Query 2224 CCACCGCTGGTGTGTC-AAAGAAAATTAAGATATATGAGTTCAATTCCCTTTTCAACGAA 2282
|||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CCACAGCTGGTGTGTCGAAA-AAAATTAAGATATATGAGTTCAATTCCCTTTTCAACGAA 2577
Query 2283 TCTGTTGACATTCACTATCCAGCCGTAGAAATGCCAAATAGATCAAAGCTTAGTGGCGTT 2342
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2578 TCTGTTGACATTCATTATCCAGCCATAGAAATGCCAAATAGATCAAAGCTTAGCGGCGTT 2637
Query 2343 TGCTGGAACAACTACATTAGGAACTACCTAGCTTCCTCTGATTATGATGGTATTGTCAAG 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 TGCTGGAACAACTACATTAGGAACTACCTAGCTTCCTCTGATTATGATGGTATTGTCAAG 2697
Query 2403 TTATGGGATGTGACAACAGGACAGGCCATTTCACATTTCATAGAGCACGAGAAGAGGGCT 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2698 TTATGGGATGTGACAACAGGACAGGCCATTTCACATTTCATAGAGCATGAGAAGAGGGCT 2757
Query 2463 TGGTCTGTTGACTTCTCTGAAGCTTGTCCGACAAAATTAGCCAGTGGAAGCGATGATTGT 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 TGGTCTGTTGACTTCTCTGAAGCTTGTCCGACAAAATTAGCCAGTGGAAGCGATGATTGT 2817
Query 2523 TCTGTGAAGCTATGGAACATCAATGAGAGGAACTGCTTAGGAACAATCAGGAACATTGCA 2582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TCTGTGAAGCTATGGAACATCAATGAGAGGAACTGCTTAGGAACAATCAGGAACATTGCA 2877
Query 2583 AACGTTTGTTGTGTGCAATTTTCTCCACAGTCCTCTCATTTGCTAGCCTTTGGATCATCA 2642
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 AACGTTTGTTGTGTGCAATTTTCTCCACAGTCCTCTCACTTGCTAGCCTTTGGATCATCA 2937
Query 2643 GATTTCAGAACATACTGCTACGATCTACGGAATTTAAGAACTCCTTGGTGCATACTGTCA 2702
|| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 GACTTCAGAACCTACTGCTATGATCTAAGGAATTTAAGAACTCCTTGGTGCATACTGTCA 2997
Query 2703 GGACACAACAAAGCAGTTAGCTACGCGAAATTCTTGGATAATGAAACTCTTGTCACAGCA 2762
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2998 GGACACAACAAAGCAGTTAGCTATGCGAAGTTCTTGGATAATGAAACTCTTGTAACAGCA 3057
Query 2763 TCAACTGATAACACGTTAAAGCTTTGGGATCTTAAGAAAACCACTCACGGTGGCCTCTCC 2822
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 TCAACTGATAACACGTTAAAGCTTTGGGATCTTAAGAAAACCACTCACGGTGGCCTCTCA 3117
Query 2823 ACAAATGCTTGCAGCTTAACTTTTGGCGGCCATACAAATGAGAAGAACTTTGTTGGGTTG 2882
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3118 ACAAATGCTTGCAGCTTAACTTTTGGCGGCCATACAAATGAGAAGAACTTTGTTGGTTTG 3177
Query 2883 TCTACTTCCGATGGATATATAGCTTGTGGCTCTGAGACAAATGAGGTTTATGCCTATCAT 2942
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 TCTACTTCTGATGGATATATAGCTTGTGGCTCTGAGACAAATGAGGTTTATGCCTATCAC 3237
Query 2943 CGGTCTCTTCCTATGCCTATTACCTCGTACAAGTTTGGTTCTATTGATCCTATATCAGGT 3002
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3238 CGGTCTCTTCCCATGCCAATTACCTCGTACAAGTTTGGTTCTATTGATCCAATATCAGGT 3297
Query 3003 AAGGAGATAGAGGAGGACAACAACCTATTTGTTTCAAGCGTTTGCTGGAGAAAAAGATCG 3062
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 AAGGAGATAGAGGAGGACAACAACCTGTTCGTTTCAAGCGTTTGCTGGAGAAAAAGATCG 3357
Query 3063 AATATGGTTGTTTCAGCTAGCTCAAATGGGTCTATCAAAGTTCTACAGTTGGTCTGAAAT 3122
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358 AATATGGTTGTTTCAGCTAGCTCAAATGGGTCAATCAAAGTTCTACAGTTGGTCTGAAAT 3417
Query 3123 AAATATACACACACA 3137
||||| | ||| |||
Sbjct 3418 AAATACATACATACA 3432
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156119526616
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5