BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943759
Length=2563
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G00060.1 | Symbols: MEE44 | Nucleotidyltransferase family pr... 4331 0.0
> AT4G00060.1 | Symbols: MEE44 | Nucleotidyltransferase family
protein | chr4:21437-28871 FORWARD LENGTH=5025
Length=5025
Score = 4331 bits (2345), Expect = 0.0
Identities = 2496/2568 (97%), Gaps = 13/2568 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCGTAAAGAAAAGTTGACAATGCCTAATGGACGATCCAGAACTTTGGAGGAAGGGGAAT 60
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1907 ATCGTAAAGAAAAGTTGACAATGCCTAATGAACGATCCAGAACTTTGGATGAAGGGGAAT 1966
Query 61 CCCATCGGATTCACCATCAGAGAAGAGAAGCAGGTTACGGTATTGCCTCCAGCAGTTCAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CCCATCGGATTCACCATCAGAGAAGAGAAGCAGGTTACGGTTTTGCCTCCAGCAGTTCAG 2026
Query 121 AATTTGTTTCTTATGAGTGGCCTGCTGTAGCTCCTATGTACTTTTCACATGTTAATTCTC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2027 AATTTGTTTCTTATGAGTGGCCTGCTGTAGCTCCTATGTACTTTTCGCATGTTAGTTCTC 2086
Query 181 ACCTTCCAACTGCAACTGATAGACTGCATCTTGATGTTGGTCACAATTTGCATGCATACG 240
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2087 ACCTTCCAACTGCAACTGACAGACTGCACCTTGATGTTGGTCACAATTTGCATCCATACG 2146
Query 241 TACGCCAACCTTTTGTGTCCACTGTGCAACATGCTAGAAATCCTTCCATTGAAGGTTCCC 300
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2147 TACGGCAACCTTTTGTGTCCACTGTGCAACATGCTAGAAATCCTTCAATTGAAGGTTCCC 2206
Query 301 ACAAACAAGTTCTTTCTCGACCCATGCCCATGAGTCTAGATTGGCCTCCCATGGTTCATA 360
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 ACAAACAAGTTCTCTCTCGACCCATGCCCATGAGTCTAGATTGGCCTCCCATGGTTCATA 2266
Query 361 GCAATTGCGGCTTGACAACAGCATTCGCTTGCAATTATGATTCTGGAATTCTGGTGGACA 420
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2267 GCAATTGCGGCTTGACAACAGCATTCACTTGCAATTATGATTCTGGAATTTTGGTGGACA 2326
Query 421 TTCCTGAACAGAAAAATAAGCCCGAGCTGGGGAATGAATGCGAGAATAACTGGATGTTAG 480
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 TTCCTGAACAGAAAAATAAGCACGAGCTGGGGAATGAATGCGAGAATAACTGGATGTTAG 2386
Query 481 AGGAAGATTTTGAGGTGCACACTGTTTCTGGAGTAGACTATAATCAATATTTCGGTGGTG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 AGGAAGATTTTGAGGTGCACACTGTTTCTGGAGTAGACTATAATCAATATTTCGGTGGTG 2446
Query 541 GAGTGATGTATTGGAATCCTTCCGATCATCTCGGGACTGGCTTTTCTCGTCCTCCGTCCC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 2447 GAGTGATGTATTGGAATCCTTCCGATCATCTCGGGACTGGCTTCTCTCGCCCTCCTTCCC 2506
Query 601 TTTGTTCTGATGATAGCTCTTGGGCTTGGCATGAAGCTGAAATGAAGAGGTCTGTTGATG 660
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 TTAGTTCTGATGATAGCTCTTGGGCTTGGCATGAAGCTGAAATGAAGAGGTCTGTTGATG 2566
Query 661 ACATGGTTGCATTTTCGTCTTCTTACAGCGCAAATGGACTAGATTCTCCAACTGCAGCCT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 ACATGGTTGCATTTTCGTCTTCTTACAGCGCAAATGGACTAGATTCTCCAACTGCAGCCT 2626
Query 721 CGTTCTGTTCCCCTTTTCACCCCTTAGGCCCGGCAAGTCAGCCTCTCGGTTATGTTGTGC 780
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 CGTTCTGTTCCCCTTTTCACCCCTTAGGCCCACCAAATCAGCCTCTCGGTTATGTTGTGC 2686
Query 781 CAGGTAATGAAATATCTACCAAAATACTGCAAGCTCCGCCAACAACAAGTGAAGGTGCAG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2687 CAGGTAATGAAATATCTACCAAAATACTGCAAGCTCCGCCAACAACAATTGAAGGTGCAG 2746
Query 841 GTGAAGAGGAAGTCTCCGGAACTTTGGCTAGTTTATCAGGGGATGTTGAAGGAAATTCAG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2747 GTGAAGAGGAAGTCTCCGGAACTTTGGCTAGTTTATCAGGGGATGTTGAAGGCAATTCAG 2806
Query 901 GAGACTCACTTCCTTATCCGATTTTGCGCCCTATAATTATCCCAAATATGTCAAAATCTG 960
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 GAGACTCACTTCCTTATCCAATTTTGCGCCCTATAATTATCCCAAATATGTCAAAATCTG 2866
Query 961 ATTACAAGCGTAGTTATGATACGAAAAGCCCAAATGTTCCACCTACAAGGCGCGAGCATC 1020
| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 AATACAAGCGTAGTTATGATACTAAAAGCCCAAACGTTCCACCTACAAGGCGCGAGCATC 2926
Query 1021 CTCGTATAAAGCGGCCACCATCACCTGTGGTACTATGTGTTCCACGTGCTCCTCGACCGC 1080
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2927 CTCGTATAAAGCGGCCACCGTCACCTGTGGTACTATGTGTTCCACGTGCTCCTCGACCAC 2986
Query 1081 CACCTCCTTCTCCTGTGAGCAACTCCAGAGCACGGCGAGGTTTTCCAACTGTGAGGTCTG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2987 CACCTCCTTCTCCTGTGAGCAACTCCAGAGCACGGCGAGGTTTTCCAACTGTGAGGTCAG 3046
Query 1141 GAAGTTCAAGCCCAAGACATTGGGGTATGAGAGGCTGGTTTCATGACGGTGTAAACTGGG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 GAAGTTCAAGCCCAAGACATTGGGGTATGAGAGGCTGGTTTCATGACGGTGTAAACTGGG 3106
Query 1201 AAGAACCTTGTGGAGCAGA-AGTTGTTTTGCCCTGGAGAAACAAAAGCCTTGCAGTCAGG 1259
|||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 AAGAACCTCGTGGAGCAGAGA-TTGTTTTGCCCTGGAGAAACAAAAGCCTTGCAGTCAGG 3165
Query 1260 CCGATCATTCAACCTTTACCGGGGGCCCTCCGGCAAGATCACTTAATTGCAATGTCGCAA 1319
||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 CCGATCATTCAGCCGTTACCGGGGGCCCTCCTGCAAGATCACTTAATTGCAATGTCGCAA 3225
Query 1320 CTAGGCCGAGACCAAGAGCATCCTGATGTGGCCTTCCCTCTGCAACCACCCGAGTTATTG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 CTAGGCCGAGACCAAGAGCATCCTGATGTGGCCTTCCCTCTGCAACCACCCGAGTTATTG 3285
Query 1380 AACTGTCCAATGCAAG---AATCTTTATCACTGATCCACGGTCTTCTTAATGACGAGATA 1436
|||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3286 AACTGTCCAATGCAAGGGGAATCTCTCTCACTGATCCACGGTATTCTTAATGACGAGATA 3345
Query 1437 GACTCTTTCTGCAAGCAGGTTGCTGCAGAGAATATGGCCCGCAAACCTTATATCAGTTGG 1496
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3346 GATTCTTTCTGCAAGCAGGTTGCTGCAGAGAATATGGCCCGCAAACCTTATATCAATTGG 3405
Query 1497 GCAATCAAGCGGGTTACCCGATCTCTCCAAGTTCTGTGGCCCAGGTCCAGGACGAACATA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3406 GCAATCAAGCGGGTTACCCGATCTCTCCAAGTTCTGTGGCCCAGGTCTAGGACGAACATA 3465
Query 1557 TTTGGTTCATCTGCAACTGGTTTGTCTCTCCCTTCTAGTGATGTGGATCTTGTGGTTTGT 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 TTTGGTTCATCTGCAACTGGTTTGTCTCTCCCTTCTAGTGATGTGGATCTTGTGGTTTGT 3525
Query 1617 CTTCCTCCAGTGAGAAATTTGGAACCTATTAAAGAGGCAGGAATTTTGGAGGGTCGCAAT 1676
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3526 CTTCCTCCAGTGAGAAATTTAGAACCTATCAAAGAGGCAGGAATTTTGGAGGGTCGCAAT 3585
Query 1677 GGTATAAAGGAGACTTGCCTTCAGCATGCAGCCAGGTATCTCGCCAATCAAGAGTGGGTA 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3586 GGTATAAAGGAGACTTGCCTTCAGCATGCAGCCAGGTATCTCGCGAATCAAGAGTGGGTA 3645
Query 1737 AAAACTGATTCCCTGAAGACAGTTGAAAACACAGCTATACCAATTATCATGCTTGTTGTG 1796
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3646 AAAACTGACTCCCTGAAGACAGTTGAAAACACAGCTATACCAATTATCATGCTTGTTGTG 3705
Query 1797 GAAGTCCCTTGTGATCT-AGTATGCAGTATACAGTCACCAAAAGATGGCCCAGACTGTAT 1855
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3706 GAAGTCCCTTGTGATCTGA-TATGCAGTATACAGTCACCAAAAGATGGTCCAGACTGTAT 3764
Query 1856 CAGTATCACTGTTGACCAGGACAGCAATGGTAACACTGAAATGGTTGGATTTGAAGACTC 1915
|| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3765 CA----C-C-GTTGACCAGGATAGCAATGGTAACACTGAAATGGTTGGATTTGAAGACTC 3818
Query 1916 TGCAGCAGCAAACTCTTTGCCAACAAACACTGGAAACTTGGCAAATGCAAAATCTGTCCG 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3819 TGCAGCAGCAAACTCTTTGCCAACAAACACTGGAAACTTGGCAATTGCAAAATCTGTCCG 3878
Query 1976 TCTTGACATCAGTTTCAAAACTCCATCCCATACGGGCCTTCAAACCACGCAGCTGGTCAA 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3879 TCTTGACATCAGTTTCAAAACTCCATCCCATACGGGTCTTCAAACCACGCAGCTGGTCAA 3938
Query 2036 AGATCTGACTGAGCAATTTCCAGCTGCCACACCACTTGCTCTGGTGTTAAAGCAGTTTTT 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3939 AGATCTGACTGAGCAATTTCCAGCTGCCACACCACTTGCTCTGGTGTTAAAGCAGTTTTT 3998
Query 2096 GGCTGATCGTACTCTGGATCAATCATACTCTGGTGGATTAAGCTCTTATTGCCTGGTCTT 2155
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3999 GGCTGATCGTACCCTGGATCAATCATACTCTGGCGGATTAAGCTCTTACTGCCTGGTCTT 4058
Query 2156 ACTGATTACTCGTTTTCTTCAGCATGAGCATCATCTGGGGCGCTCTATCAACCAAAACCT 2215
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4059 ACTGATTACACGTTTTCTTCAGCATGAGCATCATTTGGGGCGCTCTATCAACCAAAACCT 4118
Query 2216 TGGGGGGCTTCTAATGGATTTTCTTTACTTTTTTGGTAATGTCTTTGATCCTCGCCAGAT 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4119 TGGGGGGCTTCTAATGGATTTTCTTTACTTTTTTGGTAATGTGTTTGATCCTCGCCAGAT 4178
Query 2276 GCGTGTTTCAGTGCAAGGAAGTGGTATCTATAGGAATCGGGAGAGGGGTTATAGTATTGA 2335
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4179 GCGTGTATCAGTGCAAGGAAGTGGTATCTATAGGAATCGGGAGAGGGGTTATAGTATTGA 4238
Query 2336 TCCGATACACATTGATGATCCTCTTTTCCCCACAAATAATGTGGGTAGAAATTGCTTCCG 2395
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4239 TCCGATACACATTGATGATCCTCTTTTCCCAACAAATAATGTGGGTAGAAATTGCTTCCG 4298
Query 2396 TATACATCAATGTATTAAGGCATTTTCTGAAGCTTACTCTGTTCTGGAAAATGAGCTTAC 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4299 TATACATCAATGTATTAAGGCATTTTCTGAAGCTTACTCTGTTCTGGAAAATGAGCTTAC 4358
Query 2456 ATGCATTACTAGTTCCAGTGATTCGTGTGGGAAGCAGCAGCTACACAATTTGCTTCCAAA 2515
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4359 ATGCATTACTAGTACCAGTGATTCGTGTGGGAAGCAGCAGCTGCACAATTTGCTTCCAAA 4418
Query 2516 AATCATCCCAAGTATCATTTCATCTTAGGAACCAACTGAGATGTCTTT 2563
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4419 AATCATCCCAAGTATCATTTCATCTTAGGAACCAACCGAGATGTCTTT 4466
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127223367448
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5