BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944105
Length=3184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G37460.1 | Symbols: SRFR1 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-l... 5136 0.0
> AT4G37460.1 | Symbols: SRFR1 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:17608378-17615776 REVERSE LENGTH=3646
Length=3646
Score = 5136 bits (2781), Expect = 0.0
Identities = 3058/3187 (96%), Gaps = 37/3187 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 GGCGACGGCGACATCGGAACGAGTCGAGTTAGCCAAGCACTGCAGTTCACGGAACTGGTC 84
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 251 GGCGACGGCGACATCGGAACGATTCGAGTTAGCCAAGCACTGCAGTTCACGGAACTGGTC 310
Query 85 TAAAGCGATCCGAGTTCTCGATTCGCTCCTTGCTAAGCAGTCTTCAATTTTGGATATATG 144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 TAAAGCGATCCGAGTTCTCGATTCGCTCCTTGCTAAGGAGTCTTCAATTTTGGATATATG 370
Query 145 CAATAGAGCGTTTTGTTATAATCAATTGGAGCTTCACAAGCATGTGATTAAGGACTGTGA 204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CAATAGAGCGTTTTGTTATAATCAATTGGAGCTTCACAAGCATGTGATTAAGGACTGTGA 430
Query 205 CAAGGCACTTCTGCTTGAACCTTGTGCCATTCAAGCTTTTATTCTCAAAGGACGCGCTCT 264
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 CAAGGCACTTCTGCTTGAACCTTTTGCCATTCAAGCTTTTATTCTCAAAGGACGCGCTCT 490
Query 265 TTTGGCTTTGGGGAGAAAACAGGAAGCTGTTCTTGTTTTGGAGCAAGGATATAAAAATGC 324
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 491 TTTGGCTTTGGGGAGAAAACAGGAAGCTGTTCTTGTTTTGGAGCAAGGGTATAAAAGTGC 550
Query 325 TTTGCAGCAGACAGCAGATGTGAAGCAGTTACTTGAATTAGAAGAACTCCTCAAAGATGC 384
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 551 GTTGCAGCAGACAGCAGATGTGAAGCAGTTACTTGAATTAGAAGAACTCTTAAAAGATGC 610
Query 385 AAGACGAGAAA-T--T--G---------A--C--GCCACCGAGTCT-CGACAAGAGACCC 425
||||||||||| | | | | | |||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 611 AAGACGAGAAATTGATGGGATTTTAAAAAGTCATGCCACCGAGTCTCCG-CAAGAGACCC 669
Query 426 CTGCCTCTCATAGTGAGAAGTCTGATGAAAAAACTGACAAGCTGGGCAACCATGAATCAG 485
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 670 CTGCCTATCATAGTGAGAAGTCTGATGAAAAAAGTGACAAGCTGGACAACCATGAATCAG 729
Query 486 GAGCATGTAGCAATGGGAACTCCCATGACCACGAGGCATCTAGGGAATTGGGTGAGAAAT 545
||||| ||||||||||||||| | | || ||| ||||||| |||||||| ||| |||
Sbjct 730 GAGCAAGTAGCAATGGGAACT--C---A-CATGAGTCATCTAGCGAATTGGGCGAGCAAT 783
Query 546 CAAAGATTA-TAAGCTTTTCAAAAGATACATCCAAGGCAAGCAAGCAATCTGATGGTAGT 604
|||||| || ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 784 CAAAGA-TAGTAAGCTTTTCAAAAGTTGCATCCAAGGCTAGCAAGCAATCTGATGGTAAT 842
Query 605 TCCGACTTATGTAATGGATCAGCGTATAAGGAAAAAGAGAATGGAAAGTGTGGCAGCCAA 664
|||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TCCGACTTATGTAACGGATCAGTGTACAAGGAAAAAGAGAATGGAAAGTGTGGCAGCCAA 902
Query 665 ATCAATGGTTCTTATGAATCATGTAAACCATGTAATGGTTCTGATTTGCATGATAATTTA 724
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 ATCAATGGTTATTATGAATCATGTAAACCTTGTAATGGTTCTGATTTGCATGATAATTTA 962
Query 725 GCTGAAAGTTCCGATCGGTTAGGGGACCTGTCGATTAATGGAAACAAGTTAATTATTAAG 784
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 963 GCTGAAAGTTCCGATCGGTTCGGGGAGCTATCGATTAATGGAAACAAGATAAGTATTAAG 1022
Query 785 TCTAGCAAAATGAGCCATAAAACTGAGGCACGTTGC-G----A-TGA--AA-CCAGGAAA 835
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||| || ||||||||
Sbjct 1023 TCTAGCAAAATGAGCCATAAAGCTGAGGCACGTTGCGGAATTAGTGATGAATCCAGGAAA 1082
Query 836 AATAAGAAGTACACCATTGCAAGAATATCAGGAACCCATTCTATAAGTGTGGATTTTCGA 895
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1083 AATAAGAAGTACACCATAGCAAGAATATCGGGAACCCATTCCATAAGTGTGGATTTTCGA 1142
Query 896 CTTTCTAGAGGCATTGCACAGGTGAATGAAGGAAACTATACGAAAGCTATTTCTATTTTT 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CTTTCTAGAGGCATTGCACAGGTGAATGAAGGAAACTATACGAAAGCTATTTCTATTTTT 1202
Query 956 GATAAGGTGCTGAAAGAAGAACCCACTTACCCTGAGGCACTTATAGGAAGAGGAACAGCT 1015
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1203 GATAAGGTGCTGAAAGAAGAACCAACTTACCCTGAGGCACTTATAGGAAGAGGGACAGCT 1262
Query 1016 TATGCATTCCAACGAGAGCTTGAAAGTGCTATCGCTGATTTTACTAAGGCTATCCAATCT 1075
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 TATGCATTCCAACGAGAGCTTGAAAGTGCTATAGCTGATTTTACTAAGGCTATCCAATCT 1322
Query 1076 AACCCAGCAGCAACTGAGGCCTGGAAGCGGAGAGGACAGGCTCGTGCTGCTCTTGGGGAA 1135
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 AACCCAGCAGCAAGTGAGGCCTGGAAGCGGAGAGGACAGGCTCGTGCTGCTCTTGGGGAA 1382
Query 1136 TATGTTGAGGCGGTTGAAGATTTGACTAAAGCACTTGTTTTCGAGCCAAACTCACCTGAT 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1383 TATGTTGAGGCGGTTGAAGATTTGACTAAAGCACTTGTTTTTGAGCCAAACTCACCTGAT 1442
Query 1196 GTATTGCACGAAAGGGGTATTGTTAATTTCAAATCTAAGGACTTCACTGCTGCTGTAAAG 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1443 GTATTGCACGAAAGGGGTATTGTTAATTTCAAATCTAAGGACTTCACTGCTGCTGTGAAG 1502
Query 1256 GACCTATCTATATGTCTGAAGCAAGAGAAAGATAACAAGTCTGCATATACTTATTTGGGA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1503 GACCTATCTATATGTCTGAAGCAAGAGAAAGATAACAAGTCTGCATACACTTATTTGGGA 1562
Query 1316 CTAGCATTTGCTTCTCTTGGTGAATATAAAAAAGCTGAAGAGGCGCATTTGAATTCCATC 1375
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1563 CTAGCATTTGCTTCTCTTGGTGAATACAAAAAAGCTGAAGAGGCGCATTTAAAGTCCATC 1622
Query 1376 CAATTGGATAGTAATTATCTTGAAGCATGGCTTCATCTCGCCCAGTTCTATCAAGAGTTG 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CAATTGGATAGTAATTATCTTGAAGCATGGCTTCATCTCGCCCAGTTCTATCAAGAGTTG 1682
Query 1436 GCCGACCACTGCAAGGCTTTGGAATGCATTGAGCAGGTTCTACAGGTTGACAACAGGGTT 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1683 GCCGACCACTGCAAGGCTTTGGAATGCATTGAGCAGGTTCTACAAGTCGACAACAGGGTT 1742
Query 1496 TGGAAGGCCTATCACTTGCGTGGACTAGTGTTCCATGGATTAGGCGAACACAGGAAGGCT 1555
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 TGGAAGGCCTATCACTTGCGTGGATTAGTGTTCCATGGATTAGGCGAACACAGGAAGGCT 1802
Query 1556 ATCCAAGAATTATCTATTGGCTTGAGCATTGAGAACACAATAGAGTGCTTGTACCTACGA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 ATCCAAGAATTATCTATTGGCTTGAGCATTGAGAACACAATAGAGTGCTTGTACCTACGA 1862
Query 1616 GGTTCCTGCTATCATGCCATAGGAGAGTATAGAGATGCGGTGAAGGACTATGATGCTACA 1675
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1863 GGTTCCTGCTATCACGCCGTAGGAGAGTATAGAGATGCGGTGAAGGACTATGATGCAACA 1922
Query 1676 GTTGACGTGGAACTTGATGCAGTGGAGAAATTTGTTCTTCAATGCTTGGCGTTTTATCAG 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 GTTGACGTGGAACTTGATGCAGTGGAGAAATTTGTTCTTCAATGCTTGGCGTTTTATCAG 1982
Query 1736 AAGGAGCTTGCCTTGTATACAGCTTCCAAAGTTAGTAGTGAGTTTTTATGCTTTGATATT 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 AAGGAGCTTGCCTTGTATACAGCTTCCAAAGTTAGTAGTGAGTTTTTATGCTTTGATATT 2042
Query 1796 GATGGTGACATAGACCCTATGTTCAAGGAGTACTGGTGCAAAAGATTACACCCAAAAAAT 1855
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 GATGGTGACATAGACCCAATGTTCAAGGAGTACTGGTGCAAAAGATTACACCCAAAAAAT 2102
Query 1856 GTATGTGAAAAGGTTTACAGACAACCTCCCCTACGTGAATCACTTAAGAAGGGTAAACTG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GTATGTGAAAAGGTTTACAGACAACCTCCCCTACGTGAATCACTTAAGAAGGGTAAACTG 2162
Query 1916 AAAAAGCAAGATCTTGCAATAACCAAACAGAAGGCGAATGTTCTTCGCTTTGCTGATGTA 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||
Sbjct 2163 AAAAAGCAAGATCTTGCAATAACCAAACAGAAGGCGAATATTCTTCGTTTTGCTGATTTA 2222
Query 1976 ATAGGCAAGAGGATCCAATATGATTGTCCTGGATTCTTACCAAACAAACGCCAGCACCGT 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 ATAGGCAAGAGGATCCAATATGATTGTCCTGGATTCTTACCAAACAAACGCCAGCACCGT 2282
Query 2036 ATGGCAGGATTGGCTGTGATAGAGATTGCTCAAAAAGTTTCCAAAGCTTGGCGCATAGAG 2095
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 ATGGCAGGATTAGCTGTGATAGAGATTGCTCAAAAAGTTTCCAAAGCTTGGCGCATAGAG 2342
Query 2096 TGGAGGAATTCAACCAAAGGCACCACAAAAAATGGAAAGAAAAACCGGAGGAGAGAGAGA 2155
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TGGAGGAATTCAACCAAAGGCACTACAAAAAATGGAAAGAAAAACCGGAGGAGAGAGAGA 2402
Query 2156 ACCAACATACTTAGCCAGAATAGAGGTGGTGCTGGGTGTAGTAGTAGCAGTTTCAGTGAA 2215
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 ACCAACATTCTTAGCCAGAATAGAGGTGGTGCTGGGTGTAGTAGTAGCAGTTTCAGTGAA 2462
Query 2216 ACTTCAACTGGATATGCCTCACTAGAAGACAGATCATCTGGCCGCTCTATGTTGTCTTGG 2275
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2463 ACTTCAACTGGATATGCCTCACTAGAAGATAGATCATCAGGCCGCTCTATCTTGTCTTGG 2522
Query 2276 CAAGACGTTTATTCCCCTGCTGTCAGATGGAGACAAATTTCAGAGCCTTGTGACCCAGTT 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 CAAGACGTTTATTCCCCTGCTGTCAGATGGAGACAAATTTCAGAGCCTTGTGACCCAGTG 2582
Query 2336 GTCTGGGTTAACAAACTAAGTGAAGAGTTTAATTCTGGGTTTGGTTCTCATACACCAATG 2395
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 GTGTGGGTTAACAAACTAAGTGAAGAGTTTAATTCTGGGTTTGGTTCTCATACACCAATG 2642
Query 2396 GTACTCGGACAAGCTAAAGTAGTACGCTATTTCCCAAATTATGAAAGAACCCTGACTCTT 2455
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GTACTCGGTCAAGCTAAAGTAGTACGCTATTTCCCAAATTATGAAAGAACCCTGACTCTT 2702
Query 2456 GCAAAGAGCATCATCAAGGATAAACTCTCTGTACGCAGCAAGAAAGATAAAGTTATTGAT 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 GCAAAGAGCATCATCAAGGATAAACTCTCTGTACGCAGCAAGAAAGATAAAGTTATTGAT 2762
Query 2516 CTTTCTAAAGACGAGAAGATAGAAAAAATAATGCGTGCTGAAACATGTGATGAGCTACAC 2575
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2763 CTTTCTAAAGATGAGAAGATCGAAAAAATAATGCGTGCTGAAACGTGTGATGAGCTACAC 2822
Query 2576 AAAATTGTTGGTGAGGATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCGACAGTACCGGATCTGAAGGG 2635
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 AATATTGTTGGTGAGGATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCGACAGTACCGGATCTGAAGGG 2882
Query 2636 AAACGCCTCGAAGGAACTAGAATCACCTGCATTCAAAAACCGGGAAGGCTTGGGTACGAT 2695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2883 AAACGCCTCGAAGGAACTAGAATCACCTGCATTCAAAAACCGGGAAGGCTGGGGTATGAT 2942
Query 2696 TTTTCAATTCGAACTCCATGTACACCTGCAAGGTGGAGCGACTTTGATGAAGAAATGACC 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 TTTTCAATTCGAACTCCATGTACACCTGCAAGGTGGAGCGACTTTGATGAAGAAATGACC 3002
Query 2756 TCAGCTTGGGAGGCTTTATGCAATGCCTATTGTGGAGAGAACTATGGTTCTACCGAGCTG 2815
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3003 TCAGCTTGGGAGGCTTTATGCACTGCCTATTGTGGAGAGAACTATGGTTCTACTGAGCTC 3062
Query 2816 GACGCTTTAGAAACCGTTAAAGACGCTATCTTACGCATGACATATTACTGGTACAATTTT 2875
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 GACGCTTTAGAAACCGTTAGAGACGCCATCTTACGCATGACATATTACTGGTACAATTTT 3122
Query 2876 ATGCCATTAGCTCGAGGGACTGCTGTAACGGGATTTGTAGTATTACTTGGACTTCTGCTT 2935
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3123 ATGCCATTAGCTCGAGGAACTGCTGTAACAGGATTTGTAGTGTTACTTGGACTTCTGCTT 3182
Query 2936 GCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGACTATCCCGAAAGGGTTACAGATCGATTGGGAAGCT 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 GCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGACTATCCCGAAAGGGTTACAGATCGATTGGGAAGCT 3242
Query 2996 ATACTTAATGTTGAGCCAGATTCCTTTGTTGATTCGGTTAAGTCTTGGTTATACCCGTCC 3055
||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 ATACTTAATGTCGAACCGGGTTCCTTTGTTGATTCGGTTAAGTCTTGGTTATACCCGTCC 3302
Query 3056 CTGAAAATCAACACGTCGTGGAGAGATCATCCGGATATTTCCTCGGCTTTTTCGACAACA 3115
||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3303 CTGAAAATCAATACGTCGTGGAGAGACCATACGGAAATTTCCTCGGCTTTTTCGACAACA 3362
Query 3116 GGAGCGGTTGTTGCGGCGCTTAGCTCTTACAACGATTGAGTTTCAAAtctctctgtctct 3175
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 3363 GGAGCGGTTGTTGCTGCGCTTAGCACTTACAACGATTGAGATTCAAATCTCTCTCTCTCT 3422
Query 3176 ccctctc 3182
|||||
Sbjct 3423 GTCTCTC 3429
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158377039051
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5