BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944295
Length=2650
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G35830.1 | Symbols: ACO1 | aconitase 1 | chr4:16972598-16978... 1908 0.0
> AT4G35830.1 | Symbols: ACO1 | aconitase 1 | chr4:16972598-16978057
REVERSE LENGTH=3214
Length=3214
Score = 1908 bits (1033), Expect = 0.0
Identities = 1203/1277 (94%), Gaps = 43/1277 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1160 GACTGACATTCGTGCTTGGATAATAGAGTGGGATTCAAGGTTAGATTTTGCTGTACCTAA 1219
||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1282 GACTGGCATTCTTGCTTGGACAATAGAGTAGGATTCAAGG---G-TTTCGCTGTACCTAA 1337
Query 1220 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1397
Query 1280 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACCTCGAACCCTAGTGTAAT 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1398 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACTTCAAACCCTAGTGTAAT 1457
Query 1340 GCTTGGCGCTGCCTTGGTTGCAAAAAAGGCCTGCGAACTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1399
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 GCTTGGCGCTGCCTTAGTTGCAAAAAAGGCCTGCGACCTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1517
Query 1400 GATTAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1459
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 GATCAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1577
Query 1460 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATAGTTGGTTATGGGTGTACCACATG 1519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1578 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATCGTTGGTTATGGGTGCACCACATG 1637
Query 1520 CATTGGAAACTCAGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1579
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 CATTGGAAACTCGGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1697
Query 1580 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCCGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1639
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCTGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1757
Query 1640 AAGGGCTAACTATCTAGCTTCCCCGCCGCTTGTTGTAGCCTATGCTTTGGCTGGAACGGT 1699
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1758 AAGAGCTAACTATCTAGCTTCCCCACCGCTTGTTGTAGCCTATGCTCTGGCTGGAACTGT 1817
Query 1700 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGCAAACAGATATTTTT 1759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1818 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGAAAACAGATATTTTT 1877
Query 1760 CAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGTAAATATATATGGGTTGTTCAA 1819
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||
Sbjct 1878 CAGGGACATTTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGT---T------G--TT---CAA 1923
Query 1820 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1983
Query 1880 AT-TGGGA-C------C-----CGA-A---A-T-T----GAGTGGGACCCGAAATCAACA 1916
|| ||| | | | || | | | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 ATGTGGAATCAGTTATCTGTGGCGTCAGGTACTCTCTATGAGTGGGACCCGAAATCAACT 2043
Query 1917 TACATTCACGAGCCACCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCACCACCCGGTCCACATGGT 1976
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2044 TACATTCACGAGCCGCCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCTCCACCCGGTCCACATGGT 2103
Query 1977 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2163
Query 2037 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCGGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2096
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2223
Query 2097 GACAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCAAGA 2156
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2224 GATAGAAGAGACTTCAACTCATACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCGAGA 2283
Query 2157 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2343
Query 2217 ACAGTTCACATTCCCACAGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTT-GATGCTGCCATGAAATACAG 2275
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2344 ACAGTTCACATTCCCACTGGAGAGAAGCTTTCTGT-TTTCGATGCTGCCATGAAATATAG 2402
Query 2276 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2462
Query 2336 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2522
Query 2396 CGAGCGAATTCACCGAA 2412
|||||||||||||||||
Sbjct 2523 CGAGCGAATTCACCGAA 2539
Score = 1840 bits (996), Expect = 0.0
Identities = 1118/1172 (95%), Gaps = 27/1172 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCGACTTGTATC-ATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 59
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 88 CTCGACTTGTATCTATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 147
Query 60 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGCGATTTCGGTAACTACTACAGCTTGCCTGCTTTGAACGAT 119
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 148 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGTGAATTCGGTAACTACTACAGCTTACCTGCTTTGAACGAT 207
Query 120 CCCAGGATCGGTGAGTTTATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 179
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 208 CCCAGGATC-----G---ATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 259
Query 180 TACGTAACTGTGATGAGTTTCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 239
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TACGTAACTGTGATGAGTTCCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 319
Query 240 AGAATAC-T-T----AG-A-----A-ATTCCGTTCAAACCTGCTCGGGTTCTTCTTCAGG 286
||||||| | | || | | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 320 AGAATACTTCTCCCAAGCAGGTTGAGATTCCGTTCAAGCCTGCTCGGGTTCTTCTTCA-G 378
Query 287 TACCGACTTTACTGGTGTCCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 346
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 ----GACTTTACTGGTGTTCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 434
Query 347 TAATCTCGGTGGGGATTCTAATAAGATTAACCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 406
|||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TAATCTCGGTGGTGATTCTAATAAAATTAATCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 494
Query 407 TCACTCCGTTCAGGTTGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 466
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 TCACTCCGTTCAGGTGGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 554
Query 467 TGAGTTCCAGCGCAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAATGCCTTTCA 526
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 555 TGAGTTCCAGCGTAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAACGCCTTTCA 614
Query 527 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 674
Query 587 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 734
Query 647 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 794
Query 707 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTGCCCGGTGTTGTGGGTTT 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 795 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTACCCGGTGTTGTGGGTTT 854
Query 767 CAAGCTAACAGGAAAACTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 826
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 CAAGCTAACGGGAAAGTTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 914
Query 827 TCAAATGCTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 886
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TCAGATGTTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 974
Query 887 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGATCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 946
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGACCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 1034
Query 947 AACCATGGGATTCTTCCCAGTTGACCATGTCACGTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1006
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 GACCATGGGATTCTTCCCAGTCGATCATGTCACTTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1094
Query 1007 GAGCGATGACACTATCTCTATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1066
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 GAGCGATGACACTGTCTCCATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1154
Query 1067 TTACAGTGAGCCAGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTGGAGGA 1126
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1155 TTACAGTGAGCCGGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTCGAGGA 1214
Query 1127 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1246
Score = 361 bits (195), Expect = 2e-98
Identities = 227/242 (94%), Gaps = 3/242 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2410 GAA-ATGCTGAGACACTAGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGATCTCCCAAAC 2468
||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2587 GAAGATGCTGAGACCCTTGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAAC 2646
Query 2469 ACTGTTAGTAAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCATCACAAACAATGGGAAATCT 2528
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2647 AATGTTAGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCGTCACAAACAATGGCAAATCT 2706
Query 2529 TTCACATGTACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTTGATCACGGAGGT 2588
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2707 TTCACATGTACACTCCGATTTGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCGATCACGGAGGG 2766
Query 2589 ATATTGCAGTACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAAGCCACCAGAGAC 2648
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2767 ATTTTGCAATACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAA-C-ACCAGAGAC 2824
Query 2649 TT 2650
||
Sbjct 2825 TT 2826
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131587891489
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5