BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg944415 Length=3327 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G34830.1 | Symbols: MRL1 | Pentatricopeptide repeat (PPR) su... 5243 0.0 > AT4G34830.1 | Symbols: MRL1 | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr4:16599605-16606027 REVERSE LENGTH=3674 Length=3674 Score = 5243 bits (2839), Expect = 0.0 Identities = 3177/3336 (95%), Gaps = 39/3336 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCTACCACCAG 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 12 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCCACTACCAG 71 Query 61 ATCTTCTAAGTATCTCACCTTGACTTCTTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 120 ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 72 ATCTTCTAAATACCTTACCTTAACTTCGTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 131 Query 121 CCGCCGTGATTTTCTCGGTTGTTGTCATAGTCTCCGACGTCCTTCTCCTCATCTTCGTAC 180 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || Sbjct 132 CCGCCGTGATTTTCTTGGTTGTTGTCATAGTCT-C--CGTCCTTCTCCTCATCTTCGAAC 188 Query 181 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGCTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 240 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 189 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGTTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 248 Query 241 AGCTTCTCTCGATTCTGGTTTGATTCTTGTTATTGTGGCTGTCACTGCCTTTTCCGCCAT 300 ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || ||||| Sbjct 249 AGCTTCTATCGATTCTGGTTTGATTCTTATTGTTGTTGCTGTCACTGCGTTCTCTGCCAT 308 Query 301 TGCTTTCGCTTACTGCCAAAATACTTTCAGGAAGCGGAAAACTTCCGATGTGGTTGCAGC 360 |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || Sbjct 309 TGCTTTCGCTTATTGCCAAAGTACTTTCAGGAAGCGGAAATCTTCCGATGAGGTT---GC 365 Query 361 ATCTACTGGAACGATTCGTGGCGG-AAAAATCAGTACTGAGAATCGGCGGGAAAGTAAAC 419 | || | | ||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| || | || Sbjct 366 A---AC--G---G-TTCATGGCGGAAAAAAT-AGTGCTGAGAATCGGC-GG---G--AA- 408 Query 420 ATTTAGATGGAGATGTTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGGAGGTTTCAGAAAGA 479 | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 409 A-TT-CATGGAGATATTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGTAGGTTTCAGAAAGG 466 Query 480 TGGAGGAACAAAGTGTGAAGCTTTTGGAGGAAGAGGAGACTCATCAAATCCAGGAAATTG 539 | |||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||| Sbjct 467 TAGAGGAAGAAAGTGTGAATCTTTTGGAGGAAGAAAAGGCTCATCAAATCCATGAAGTTG 526 Query 540 CTGTGATGGAGTATGATTCATTTTCAGCTGAGGAGTCTCAGTTTGCTGTTGCCAGTGTCA 599 |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 527 CTGTGATGGATTATGATTCAGTTTCAGCTGAGGATTCTCAGTTTGCTGTTGCTAGTGTGA 586 Query 600 GCACAGTTACCAAGGAACATACTTTAATAGATGAATCCCTTTCATCTTCTATTGTTAATG 659 ||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 587 CCACAGTTGCCACGGCACATACCTTAATAGATGAATCCTTTTCATCTTCTATTGTTAATG 646 Query 660 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTAGAGT-TAAA-A-C------ACAAGTTGAAA 710 ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | |||||||| || Sbjct 647 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTGGAGTAAAAACACCTGAAAAACAAGTTGGAA 706 Query 711 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCTCAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 770 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 707 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCACAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 766 Query 771 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 830 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 767 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 826 Query 831 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAATACAGCGTCTTTGCGGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 890 ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 827 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAGTACAGCATCTTTGCCGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 886 Query 891 CTTTTTATGGGTCTAAGCATTCATCAGCCAAGTCTTCAAGGTTACCAAGTCTAAAAGCAG 950 | || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||| | Sbjct 887 CATTCTATGGGTCTAATCATTCATCAGCCAAGTCATCACGGTTGCCAAGTCTTAAAGCCG 946 Query 951 TCTCTCCTAG-TGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTGCTGGACCACAAGAACAATGGA 1009 |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 947 TCTCTCCT-GCTGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTCCTGGACCACAAGAACAATGGA 1005 Query 1010 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACATAGTTCTGGTCAGGCTACTGCTGATGTTCAAGAA 1069 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 1006 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACAGAGTTCTGGTCAGGCTACTGGTGATGTGCAAGAA 1065 Query 1070 GAAAAACTTGTGGCAAACGGTAACGGCGGTGTATCCCACATTAGGAAAGACGTTAAAGGA 1129 ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1066 GAAAACCTTGTGGCACACAGTAACGGTGGTGTATCCCACATTAGGAAAGATGTTAAAGGA 1125 Query 1130 GACTGGAAATTTCCAAATGATGGGACGCATGTGGGTCACCAAACTGATGAAAGCATGCCT 1189 |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1126 GACTGGAAATTTCCAAGTGATGGGAAGCATGTGGGTCACCAAATTGATGAAAGCATGCCC 1185 Query 1190 CAGTTCCCTGCTCGAAACTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAAGTAAT 1249 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 1186 CAGTTCCCTGCTCGAAATTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAACTAGT 1245 Query 1250 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATTAGCTTGCTCGAA 1309 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1246 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATAAGCTTGCTCGAA 1305 Query 1310 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1369 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1306 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1365 Query 1370 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1429 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1366 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1425 Query 1430 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1489 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1426 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1485 Query 1490 GGAGCTCGGGGAGTTTTGCGTCTGGTACAAGAGAGTGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1549 |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1486 GGAGCTCGGGGAGTGTTACGTCTGGTACAAGAGAGCGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1545 Query 1550 TACACAACTTTAATATCGAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1609 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1546 TACACAACTTTAATATCAAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1605 Query 1610 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTCGGTGCACTTATT 1669 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1606 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTTGGTGCACTTATT 1665 Query 1670 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCTTATGGAATTTTAAGG 1729 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1666 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCGTATGGAATTTTAAGG 1725 Query 1730 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAACGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1789 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1726 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAATGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1785 Query 1790 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1786 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1845 Query 1850 ATAGACCCTGATCATATCACGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1909 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1846 ATAGACCCTGATCATATCTCGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1905 Query 1910 GTAGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1969 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1906 GTCGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1965 Query 1970 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCATGT 2029 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1966 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCGTGT 2025 Query 2030 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTCAGTGCA 2089 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2026 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTTAGTGCA 2085 Query 2090 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2086 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2145 Query 2150 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTGTATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2209 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2146 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTATATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2205 Query 2210 TGTAACGCGAAGGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTTAATCAAA 2269 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2206 TGTAACGCGAAAGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTCAATCAAA 2265 Query 2270 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2329 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2266 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2325 Query 2330 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTCGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2389 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2326 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTTGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2385 Query 2390 ATTACTTACTCAATGCTCATGCTGGCAAGTGAAAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAG-TTT 2448 || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2386 ATCACTTACTCTATGCTCATGCTGGCAAGTGAGAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAGCTTT 2445 Query 2449 CAAGCTTCTTTCTCAAGCAAAAGAAGATGGAATATCACCAAACTTCATCATGTGCAGATG 2508 ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2446 -AAGCTCCTTTCTCAAGCAAAAGGAGATGGAGTATCACCAAACTTGATCATGTGCAGATG 2504 Query 2509 CATAACCAGCCTGTGTAAGCGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2568 |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2505 CATAACCAGCCTATGCAAACGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2564 Query 2569 GTCCTTCAAATCAGGGCGACCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCCTTGATGGT 2628 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2565 GTCCTTCAAATCAGGGCGCCCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCTTTGATGGT 2624 Query 2629 TTACCGTGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2688 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2625 TTACCGCGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2684 Query 2689 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATATCGACTTTAGG 2748 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2685 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATTTCGACTTTAGG 2744 Query 2749 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2808 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2745 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2804 Query 2809 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTACTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2868 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2805 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTGCTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2864 Query 2869 TGTGTCCTTTAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACAACAGAATTGCCGAAAAACGTAGC 2928 |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 2865 TGTGTCATTCAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACGACAGAATTGCCGAAAAACGTTGC 2924 Query 2929 TGAGGTTTACCTCTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCAGCTGGTGCGAA 2988 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2925 TGAGGTTTACCTGTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCTGCTGGTGCGAA 2984 Query 2989 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATGGAAGAGAAGGAAATTAGGAGTTCTGAAGG 3048 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 2985 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATTCAAGAGAAGGAAATTAGGACTCCTGAAGG 3044 Query 3049 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3108 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3045 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3104 Query 3109 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3168 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3105 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3164 Query 3169 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTGGATTCGCCTTTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3228 ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3165 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTCGATTCGCCATTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3224 Query 3229 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3288 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3225 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3284 Query 3289 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3324 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3285 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3320 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 165550911900 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5