BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944437
Length=1651
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G34610.1 | Symbols: BLH6 | BEL1-like homeodomain 6 | chr4:16... 2567 0.0
> AT4G34610.1 | Symbols: BLH6 | BEL1-like homeodomain 6 | chr4:16530346-16533034
REVERSE LENGTH=2123
Length=2123
Score = 2567 bits (1390), Expect = 0.0
Identities = 1573/1657 (95%), Gaps = 29/1657 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAA-AACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCGGAAACACAGTTTCTTCCCGGAAATTCA 62
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 307 AAAGAACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCAGAAACACAGTTTATTCCCGGAGATTCA 366
Query 63 ATGATCCAGAATGCTACAGTTTCTTACTCTGAGGAATTAGCTGGTAGAG--A-AAGAACT 119
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||
Sbjct 367 ATGATCCAGAATGCTATAGTTTCTTACTCTGAGGAATCAGCCGGTAGAGAAAGAAGAACT 426
Query 120 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGCGGAATT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 427 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGGGGAGTT 486
Query 180 TCGCAAATGCAGAATC-TTGATCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 238
| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 CCACAAATGCAGAA-CATTGGTCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 545
Query 239 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 605
Query 299 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCTGGAATTCATCAAATGAGCCATCA 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 606 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCAGGAATTCATCAGATAAGCCATCA 665
Query 359 AAATATGGCGCCGAGAGCCGAGCATTTCAGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAG-CTTCC 417
|||||| | | | ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 666 AAATAT-G-G-C----GCC--G------AGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAGTTTTCC 710
Query 418 TGGTCGAGAATCAGAATTTGGATGTTGTGAGGAA-AATTCCCAACTCAAAGTATCTCAAG 476
|| || ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 711 -GGGCGGGAATCAGAACTTGGATGTTGTGA-GAACAATTCCCAACTCAAAGTATCTTAAG 768
Query 477 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTTAGGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTAAAGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 828
Query 537 GCAGAAGGAGATAAAAACAACGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAACACTCAAGACTCG 596
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 829 GCAGAGGGAGATAAAAACAATGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAGCACTCAAGACTCG 888
Query 597 AGCACGAATCCTCCTGCGGAAATCTCTCATTCAGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 656
|||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AGCACGAATCCTCCTGCGGACATCTCTCAGTCGGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 948
Query 657 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 1008
Query 717 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCAGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCTGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 1068
Query 777 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 1128
Query 837 GGACAAATCCTCGTGATACGGAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 896
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 GGACAAATCCTCGTGCTACGTAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 1188
Query 897 AGAGTTGGGATAATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAGCAAAGAGGT 956
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1189 AGAGTTGGGATTATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAACAAAGAGGT 1248
Query 957 TTTATGCAACCTCAAGCGTGGAGGCCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1016
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 TTTATGCAACCTCAAGCTTGGAGACCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1308
Query 1017 CTTCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1076
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 CTCCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1368
Query 1077 ATGCTAGCAAGACAAACAGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTTATAAATGCG 1136
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1369 ATGCTAGCAAGACAAACGGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTCATAAATGCA 1428
Query 1137 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1488
Query 1197 GATTCCAACTCTTCTTCCGAAAATACACCAAAAATGTCTGAGATAGGACATGCTGCTGCT 1256
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1489 GATTCCAACTCGTCTTCCGAAAATACACCGAAAATGTCTGAGATAGGACCTGTTGCTGCT 1548
Query 1257 GATGATGAAGATCGAGCTCAAGAGCTTTCACAAGACCAGACCAAACTGGACCATGGACAT 1316
||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1549 GATGATGAAGATCGAGCTCGAGAGTTTTCACAAGACCAGACCAAACCGGACCATGGACAT 1608
Query 1317 GGATATGGTGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1376
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GGATATGGCGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1668
Query 1377 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATATGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1436
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATACGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1728
Query 1437 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACATGGT-AATGTTGTGGCTATGTCCAG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1729 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACA-GGACAATGTTGTGGCTATGTCTAG 1787
Query 1496 TGAGGCGG-CATACAACTTTTCCGGGGTAGATATATACGAGAATGCCATCCCGGGAGCTG 1554
|||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1788 TGAGGCATACA-ACAACTTTTCCGGGGTGGATATTTACGAGAATGCCATCCCGGGAGATG 1846
Query 1555 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATTAATTCTTCACAATTGGTAC 1614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1847 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATAAATTCTTCACAATTGGTAC 1906
Query 1615 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1943
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81575885625
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5